2019-2020年宁夏炭疽芽胞杆菌毒力鉴定及基因分型研究

目的 了解宁夏2019-2020年分离的炭疽芽胞杆菌菌株致病力及基因分型特征,为宁夏皮肤炭疽疫情判定与分子溯源提供实验室依据。方法 收集2019-2020年宁夏各地区分离的炭疽芽胞杆菌,对其进行毒力鉴定,并运用MLVA-15和canSNP分型技术进行基因分型研究。结果 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌均为强毒株,MLVA-15分型为同一种群,canSNP分型为A.Br.001/002组。结论 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌致病力较强,且菌株呈现相同的基因分型特征,提示菌株间存在流行病学关联。此研究结果填补了宁夏炭疽芽胞杆菌实验室检测中菌株致病力及基因分型的空白。     

贵州省2006-2011年炭疽芽胞杆菌检出情况与致病性研究

目的了解贵州省2006—2011年炭疽芽胞杆菌感染和分布情况,为贵州省炭疽疫情的预防控制和炭疽病09分子流行病学研究提供科学依据。方法对来自贵州省2006—2011年不同地区09830份疑似炭疽标本（外环境标本667份、患者标本151份和牲畜标本12份）,采用传统的革兰染色镜检、普通营养琼脂平板和血琼脂平板培养基分离培养炭疽芽胞杆菌,运用青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽芽胞杆菌菌落进行鉴定。采用Real—time PCR技术检测88株经传统细菌学方法鉴定为炭疽芽胞杆菌菌株pX01质粒上的PA基因和pX02质粒上的CAP基因。结果从830份标本中分离出88株炭疽芽胞杆菌,总检出率为10．60％。2007年分离出炭疽杆菌的阳性标本最多,占36．36％;其次为2009年,占29．55％。阳性标本主要分布在黔西南州,其次为毕节地区和黔南州;册亨县、织金县和望谟县为炭疽杆菌检出数较多的监测县。88株炭疽芽胞杆菌CAP基因均为阳性。除2007年2株炭疽菌株PA基因为阴性外,其余86株PA基因均为阳性。结论贵州省炭疽疫源地面积广大,污染严重;检出的88株炭疽芽胞杆菌中97．73％的菌株同时具有两种毒力质粒,具有强致病性;该研究结果对贵州省炭疽疫情的预防控制及分子流行病学研究具有重要意义。     

山东省一起皮肤炭疽疫情来源炭疽芽胞杆菌的分子分型及基因溯源分析

目的 对一起皮肤炭疽暴发疫情来源炭疽芽胞杆菌开展分子分型及基因溯源分析，为炭疽的有效防控提供重要的基础性数据。方法 本研究对2021年山东省曹县一起炭疽疫情样本中分离的8株炭疽芽胞杆菌进行药物敏感性实验、MLVA-15和canSNP分型、全基因组测序(WGS)和SNPs分析。结果 药敏结果显示，所有分离株耐药性一致。8株菌MLVA-15分型为同一基因型，该基因型在国内首次发现，命名为MLVA15-CHN77型；canSNP分型均为A.Br.001/002型。WGS结果分析显示，8株菌具有相同的耐药基因和毒力基因谱。SNPs分析显示，8株暴发菌株聚成一簇。结论 基于全基因组序列的分型和溯源策略，是炭疽芽胞杆菌传统分型方法的必要补充。     

MLVA分型在布鲁氏菌临床分离株中的应用探索

目的 探讨MLVA分型对于鉴别布鲁氏菌病复发与重复感染的意义。方法 对初次发病与二次发病的布病患者进行血培养,分离菌株,对分离菌株做布鲁氏菌种属鉴定与MLVA-16分型鉴定,分析两次发病分离到的菌株的分型结果及各位点的差异。结果 收集到4例二次发病的布病患者的血培养物,分离得到8株布鲁氏菌,经MLVA-16分型鉴定为7个基因型,1例两次发病时间间隔较短的患者的2株分离株的MLVA-16分型一致,没有差别,提示为复发。而另外3例两次发病时间间隔较长的患者的6株分离菌株,其MLVA-16分型的基因型不同,分别各有一个位点的差异,提示为重复感染。结论 MLVA分型对于布鲁氏菌病的复发与重复感染具有一定的鉴别意义。     

辽宁省炭疽芽胞杆菌MLVA分型研究

目的 了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法 通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.0 软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 聚类分析发现,6株炭疽芽胞杆菌株可分为2个基因型。对于炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有高度相似性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发事件中的病原体溯源上具有重要的意义。     

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。     

2006-2016年贵州省炭疽芽胞杆菌SNR分型分析

目的 对贵州省2006-2016年分离的炭疽芽胞杆菌进行单核苷酸重复序列分型分析(SNR),了解菌株SNR型别特征,为炭疽疫情监测、调查与溯源提供技术手段和科学依据.方法 提取贵州省2006-2016年间不同地区的炭疽芽胞杆菌菌株基因组DNA,应用SNR各位点引物进行PCR扩增,将扩增产物进行毛细管电泳分析获得各位点序...     

内蒙古炭疽芽胞杆菌多位点串联重复序列分型分析

炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要的炭疽自然疫源地,每年都有病例发生.炭疽杆菌是一种相对保守的细菌,很多基因分型方法都不能对其分型,Keim等[1]首次将MLVA8方法用于炭疽芽抱杆菌基因分子分型中,其选择6个染色体上VNTR多态性位点和2个质粒上VNTR多态性位点联合建立了MLVA8分析方法,是比较有效的区别不同炭疽芽胞杆菌的方法.     

陕西省鼠疫耶尔森菌MLVA分型研究

目的 掌握陕西省鼠疫耶尔森菌分离株的MLVA基因分型特征,阐明不同疫情年份菌株间的遗传进化关系,为今后陕西省鼠疫的监测防治工作提供科学依据。方法 采用MLVA(14+12)方法,对分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫耶尔森菌进行基因分型,利用BioNumerics(Version7.6)软件对分型结果进行聚类分析。结果 66株鼠疫耶尔森菌分为A、B、C群,根据分离时间聚集成为相应群,A群包含42株菌,其中39株菌分离自2000-2001年,B群包含16株菌,其中15株分离自2006年,C群含8株菌,其中6株分离自1987-1988年。基因型分为19种,8个基因型为多菌株基因型,其他型为单菌株基因型。结论 陕西省鼠疫菌MLVA基因型具有多态性,不同疫情年份菌株主导的基因型不同,MLVA分型能够很好区分陕西省不同年代鼠疫菌株,可用于鼠疫菌株的溯源分析。     

甘肃省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及地区分布

目的 采用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)对甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)进行基因分型,探讨甘肃省鼠疫菌地区分布特征。方法 选取1962-2014年间甘肃省各市县(区)不同生态型的鼠疫菌198株,培养并提取基因组DNA。采用14+12对引物进行PCR扩增,产物进行测序,确定每对引物串联重复序列(VNTR)位点的拷贝数。应用BioNumerics 5.10软件对菌株的VNTR位点拷贝数进行聚类分析。结果 甘肃省鼠疫菌分为10个群,群内的菌株依据分离地点继续细化为5-28个分支。10个群分别为:阿拉善黄鼠疫源地菌株聚为1个群;甘南高原疫源地菌株聚成1个群;阿克塞县菌株分成2个群,为当金山群和加尔乌宗村群;肃北县菌株分为3个群,为马场群、党城湾镇群和鱼儿红群;玉门市菌株聚集在肃北县鱼儿红群内;肃南县菌株分为3个群,为大河乡群、马蹄乡群和康乐乡群。结论 MLVA可以清晰地区分甘肃省不同鼠疫疫源地的菌株,将疫源地内菌株继续细分为不同分支,直至精确的分离地点。MLVA分型方法可用于鼠疫菌株的溯源分析。     

贵州省2013-2021年羊种布鲁氏菌分离株的多位点可变数目串联重复序列分析北大核心CSCD

目的了解贵州省2013-2021年羊种布鲁氏菌的分子流行病学特征,为贵州省布鲁氏菌病疫情防控提供科学依据。方法以贵州省疾病预防控制中心2013-2021年分离、鉴定和保存的78株羊种布鲁氏菌分离株为研究对象,运用BCSP31-PCR及AMOS-PCR技术对分离株分别进行布鲁氏菌属及种的鉴定,运用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA-16)技术进行分型分析。对MLVA分型结果进行整理及聚类分析,了解贵州省羊种布鲁氏菌的MLVA型别分布及分子流行病学特征。结果78株羊种菌分离株经BCSP31-PCR技术均鉴定为布鲁氏菌属细菌,AMOS-PCR技术将其均鉴定为羊种布鲁氏菌,MLVA-8分型技术将其分为5种MLVA型,MLVA-16分型技术将其分为46种MLVA型,其中遵义市的MLVA-16基因型型别分布最多。基于MLVA-16分型数据聚类分析显示,78株分离株亲缘关系较近,被聚类为4个群;最小生成树图显示,78株分离株被分为8个遗传复合体和14个单体。结论贵州省羊种布鲁氏菌MLVA型别呈多样性,提示贵州省布病疫情的病原体可能存在多条传播链。     

Molecular epidemiological study of Bacillus anthracis isolated in Mongolia by multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis for 8 loci (MLVA-8)

The incidence of anthrax, which is caused by Bacillus anthracis, in the human and animal population of Mongolia has increased recently, and control of this infection is a nationwide concern. In this study, 29 isolates obtained from animals and various regions in Mongolia from 2001 to 2007 were analyzed by performing multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis for 8 loci (MLVA-8) to understand the genetic relationship between the Mongolian B. anthracis isolates. We found that all the Mongolian isolates can be classified into A3 cluster along with the Japanese and the Chinese B. anthracis isolates. Our data revealed that MLVA-8 is useful for studying the molecular epidemiology of the Mongolian B. anthracis isolates and would help characterize B. anthracis infections in Mongolia.     

瓮安县5例人炭疽分析与现场处置

目的 调查瓮安县某村5例人炭疽发病原因,分析感染途径,评价疫源地消毒效果。方法 通过访谈、查阅诊疗记录、采集患者炭疽痈组织液、病死家畜残余尸体及有关土壤标本作炭疽杆菌培养。用多位点可变数量串联重复序列分析技术(MLVA－8)判定菌株的遗传相似性。结果 66人接触死马,发生皮肤炭疽5例,罹患率7.58％。参与搬运+剖剐+洗切加工+食用者罹患率100%(3/3),搬运+剖剐+食用者罹患率100%(1/1),洗切加工+食用者发病1例,罹患率7.14%(1/14)。病人皮肤病灶渗出液的炭疽芽孢杆菌检出率25%(1/4);剖剐地消毒后土壤标本的炭疽芽孢杆菌检出率15.38%(4/26)。5株炭疽芽孢杆菌的遗传相似度100%。结论 该疫情系村民搬运、剖剐、洗切加工病死马等方式感染而发病,健康教育和剖剐地消毒工作仍需加强。     

贵州省2株牛种布鲁氏菌分子流行病学特征分析

目的 分析贵州省牛种布鲁氏菌分子流行病学特征,为牛种布鲁氏菌病疫情的防控提供科学依据。方法 采用BCSP31-PCR及AMOS-PCR技术对经传统方法鉴定为牛种布鲁氏菌的2株分离株进行属/种复核,采用基于布鲁氏菌rpoB基因的单核苷酸多态性分析了解其rpoB基因型,采用MLVA-16技术进行MLVA分型,了解其与国内牛种布鲁氏菌的聚类关系,采用MLST技术分析其序列型及其与国内菌株间的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR和AMOS-PCR技术被鉴定为布鲁氏菌属细菌,未能明确其具体种型;其rpoB基因型相同;MLVA分型与新疆牛种布鲁氏菌共享同一MLVA-16型(4-5-3-12-2-2-3-1-6-43-8-5-5-5-3-3); MLST分析鉴定2株菌均为ST2型,最小间距图显示2株菌与布鲁氏菌属内的牛种布鲁氏菌遗传距离最近,属同一个遗传复合体。结论 贵州省2株牛种布鲁氏菌分离株间的遗传距离近,与新疆牛种3型布鲁氏菌为同一MLVA型,提示分离株引起的感染可能为外省输入。     

贵州省部分地区结核分枝杆菌MLVA基因分型研究

目的应用多位点可变串联重复序列分析技术(MLVA)对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型分析,为贵州省结核病防控提供科学依据。方法选取贵州省150株临床分离株结核分枝杆菌,采用水煮法提取基因组DNA,PCR扩增15个VNTR位点,统计菌株各VNTR位点的重复数目,通过遗传差异值(h)及Hunter-Gaston指数对VNTR位点进行遗传多态性及分辨力评价,采用BioNumerics 5.0软件对各菌株进行聚类关系和最小间距图(minimum spanning tree,MST)分析。结果 PCR检测结核菌株VNTR各位点呈明显多态性,以Mtub21和MIRU26多态性尤为显著,以h值分别为0.559和0.505;MIRU10和ETRB显示较低基因多态性,h值分别为0.052和0.090。聚类分析显示,150株菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。4个基因群呈现明显地域分布,毕节市以Ⅰ、Ⅱ群为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌株为主要流行菌株。MST分析显示,150株菌株形成3个克隆复合体(clonal complexes,CCs)及若干个独立分支(singleton),遵义、安顺、毕节分离株分别分布于不同的克隆复合体CCs。结论贵州省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性和地域分布特性,以Ⅲ群和Ⅱ群菌株为主要流行菌株,应加强对上述两群菌株的监控。     

福建省2008-2017年人间布鲁氏菌病流行特征及分离株MLVA分型研究

目的 探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法 收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLVA-16进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,并进行聚类分析。结果 福建省2008-2017年布鲁氏菌病发病呈逐年上升趋势,年均发病率0.11/10万;疫情波及福建省80%的县区,呈高度散发态势;发病高峰为4-8月;40~64岁发病数占62.7%,60~64岁组发病率最高(0.27/10万);男女比为2.50:1,农牧民占50.7%。40株布鲁氏菌分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占绝大多数(87.5%); MLVA-16分型将其分为羊种和猪种2个种群,35株羊种菌分为28种基因型,5株猪种菌分为4种基因型,其中26种基因型为单分离株,6种基因型为共享基因型(共14株,35.0%)。同国内147株布鲁氏菌进行聚类分析显示,福建省菌株与广东和内蒙古地区存在4种共享基因型,均为羊种菌,其他部分菌株与外省菌株存在着较近的遗传距离,主要集中在panel 2B上,仅存在1~3个位点的差异。结论 福建省布鲁氏菌病流行强度逐年增高,建议相关部门加强传染源的管控、对疫情高发地区的重点人群采取必要防控措施,控制其发生与流行。福建省布鲁氏菌MLVA-16分型显示高度基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,可以提高布鲁氏菌病监测能力。