利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义#br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）及癌症和肿瘤基因表达图谱（TCGA）数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。 方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期（OS）的关系;采用基因集富集分析（GSEA）预测SMARCA1相关的基因通路。 结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关（P=0022）,而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关（P＞005）。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关（P＞005）。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为364个月、894个月和未达（P=0001）;TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为237个月、294个月和562个月（P=0033）。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K Ras、Akt、BMI 1和mTOR通路等基因集。 结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。     

利用GEO数据集分析UBE2T在肺癌中的表达及临床意义

目的 探究UBE2T基因在肺癌中的表达情况及其与肺癌的临床病理特征和预后的关系。方法 搜索NCBI的GEO数据库中的肺癌公共数据集,下载肺癌组织中的UBE2T表达数据和临床病理信息。分析UBE2T的表达与肺癌临床病理特征（年龄、T分期、N分期、M分期和病理分型）和复发、预后的关系。运用GSEA方法分析受UBE2T调控的基因。 结果 UBE2T在肺癌组织的表达水平高于正常组织的表达水平,差异有统计学意义（肺癌组织表达水平1.222±0.1214,正常组织表达水平-1.645±0.0783,P<0.05）;肺癌组织UBE2T的表达与T分期、N分期、病理分型和复发有关（P<0.05）,与性别、年龄和M分期无关（P>0.05）。UBE2T 高表达组的5年总生存率和5年无病生存率分别为32.672%和27.513%,分别低于低表达组的66.767%和62.019%,差异有统计学意义（P＜0.05）。GSEA结果显示UBE2T 高表达样本富集了MYC信号通路、DNA修复因子、有丝分裂纺锤体、G2M检查点、mTORC1复合物、E2F转录因子和有丝分裂相关的基因集。结论 UBE2T在肺癌组织中高表达,且与肺癌的多个临床病理特征有关,有潜力作为肺癌判断预后的标志物和治疗的靶向分子。     

基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas,THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的数据挖掘,探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1,PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料,GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中,PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01);PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05);PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001);PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达,PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义,可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

USP2和CyclinD1蛋白在胃癌中的表达及其临床意义

[目的]分析胃癌中USP2蛋白和CyclinD1蛋白的表达及其临床意义。[方法]应用免疫组化方法检测胃癌组织和相应癌旁组织中USP2蛋白和CyclinD1蛋白的表达情况,并与胃癌临床病理因素进行相关性分析。[结果]胃癌组织中USP2蛋白阳性表达率为63.3％（69／109）,而癌旁组织中USP2阳性表达率为33．7％（34／101）,两组比较有统计学差异（χ^2=18．428,P〈0．001）。胃癌组织中CyclinD1蛋白的阳性表达率为41．1％（49／111）。胃癌组织中USP2表达与CyclinD1表达高度相关（P=0．005）;胃癌组织中CyclinD1表达与远处转移和TNM分期呈正相关。[结论]胃癌组织中USP2异常表达可能通过其底物蛋白CyclinD1促进胃癌发展并影响患者的预后。     

Mel-18 mRNA在胃癌中的表达及其临床意义

背景与目的:Mel-18为哺乳动物多梳基因家族(polycomb group)成员之一,许多实验研究证实其参与肿瘤的形成,为此我们检测胃痛组织中Mel-18的表达,以探讨其表达及其临床意义.方法:应用实时定量RT-PCR方法检测52例胃癌患者癌组织及其相应正常组织(距肿瘤10 cm以上)中Mel-18的表达,分析Mel-18表达水平改变与临床病理因素的相关性.结果:18例(34.62%)胃癌患者的肿瘤组织中Mel-18 mRNA 表达明显低于正常组织.Mel-18基因在不同年龄、性别、肿瘤大小和肿瘤分化程度间的表达差异均无显著性(P>0.05).Mel-18 mRNA的表达与患者的淋巴结转移和临床分期呈负相关(P<0.05).临床分期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期患者的Mel-18基因的表达分别为1.357、0.453、0.183和0.170,无淋巴结转移患者和有淋巴结转移患者分别为0.634和0.210,组间差异均有显著性(P<0.05).结论:Mel-18基因在胃癌的发生、发展中可能起重要作用,有可能成为预测胃癌预后的指标之一.     

骨桥蛋白mRNA在胃癌中的表达及其临床意义

目的 研究胃癌中骨桥蛋白(OPN)mRNA的表达及其与临床病理特征之间的关系,阐明骨桥蛋白在胃癌侵袭和转移过程中的作用。方法 应用半定量RT-PCR方法,检测OPN mRNA在胃癌组织中的表达和相对含量,分析OPN mRNA的相对含量与胃癌临床病理特征的关系。结果 66例胃癌组织中,50例标本可扩增出330bp的条带,OPN mRNA的阳性表达率为75．8％(50／66)。20例正常胃黏膜组织OPN mRNA的表达全部为阴性。OPN mRNA的表达与肿瘤侵袭深度、肿瘤直径、淋巴结转移程度及有无远处转移有关,与肿瘤的分化程度无关。66例患者随访10～27个月(平均16个月)。OPN mRNA表达阳性组50例中复发15例,表达阴性组16例中仅复发1例(P=0．05);OPN mRNA表达阳性组中死亡10例,表达阴性组无一例死亡(P=0．05)。结论 胃癌中,骨桥蛋白mRNA的表达增高。OPN mRNA的高表达反映了胃癌病情的进展,并且与患者的预后有关。骨桥蛋白在胃癌的远处转移过程中可能起着重要的作用。     

原癌基因C—erbB-2在胃癌组织中的表达及其临床意义

本报道了利用S—P免疫组化染色方法对93例手术切除胃癌组织细胞C-erbB-2癌基因表达检测。结果显示该基因在胃癌组织中增强表达阳性率为35．48%(33／93)；且与胃癌组织学类型、分化程度无关，但与癌细胞浸润深度、淋巴结转移有密切的关采。说明C—erbB-2癌基因表达产物的检测对手术预后的判断和术后筛选转移复发高危患、加强术后化学治疗具有较好的临床参考价值。     

MicroRNA-182 在胃癌中的表达及临床意义

目的:探讨微小RNA-182（miRNA-182）在胃癌中的表达及与临床病理特征和预后的关系。方法:收集50例胃癌患者肿瘤组织和非癌胃组织,采用RT-PCR方法检测miRNA-182的相对表达量,并分析其与临床病理资料和预后的相关性。同时,采用RT-PCR方法检测胃癌细胞株和正常胃上皮细胞中miRNA-182的相对表达量。结果:肿瘤组织中miR-182表达水平显著高于非癌胃组织（P＜0.01）,人胃癌细胞株中miR-182表达水平明显高于正常胃上皮细胞（P＜0.01）。miR-182的表达水平与胃癌的大小、淋巴结转移、及临床分期呈明显相关（P＜0.05）。miR-182低表达者生存时间明显高于高表达组,差异有显著统计学意义(P＜0．05)。结论:miR-182在胃癌组织和胃癌细胞中表达均上调,且与病情进展和预后相关,可能成为判断胃癌预后的新的分子标记物。     

LRP8在胃癌中的表达及其在胃癌发生过程中的作用

背景 与目的:低密度脂蛋白受体相关蛋白8(low-density lipoprotein receptor-related protein 8,LRP8)在肝癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌等多种肿瘤发生中起重要作用,分析LRP8在胃癌中的表达及其意义,探讨LRP8作为胃癌生物治疗新靶点的可能性.方法:利用人类癌症基因组图谱...     

基于GEO数据库筛选胃癌分子标志物

目的：运用生物信息学方法结合基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）筛选参与胃癌发生发展的关键基 因,以获得用于胃癌诊断、治疗靶标选择及预后判断相关分子标志物。方法： 从GEO数据库中下载与胃癌（gastric cancer,GC）相 关芯片数据集,筛选差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）, 对DEG 做功能富集分析,构建蛋白互作网络（proteinprotein interaction network,PPI）,筛选关键基因（key gene）,进而构建共表达网络、生存曲线以及层次聚类分析。结果：共筛选出 261个GC相关DEG,通过分析获得14个关键基因,分别为PLOD1、PLOD3、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL4A1、 COL4A2、COL8A1、COL12A1、COL15A1、ITGA2、LUM、SERPINH1。关键基因主要参与胶原纤维的组织、细胞外基质的组织、 细 胞外结构的组织、皮肤形态发生、胶原的合成及血管的发育等生物学过程。生存曲线分析表明,基因COL3A1（P=0.0241）表达的 改变显著降低了胃癌患者整体生存率;基因ITGA2（P=0.0679）的表达改变也显示与GC患者的无病生存率降低有关。与正常胃 组织相比,层次聚类分析表明,GC组织中基因PLOD1、PLOD3、COL3A1、ITGA2、COL1A2、COL1A1、COL4A1、LUM、COL12A1、 SERPINH1、COL8A1表达上调。结论：经筛选获得的关键基因可作为潜在分子标志物用于GC的早期诊断、治疗靶点选择和预 后判断,并为后续的研究提供参考。     

PHLDB3在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨PHLDB3在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法:通过一张包括90对胃癌和癌旁组织的组织芯片,采用免疫组织化学方法检测PHLDB3的表达,并分析了PHLDB3表达与患者临床病理参数之间的关系,包括性别、年龄、病理分级、肿瘤浸润深度、淋巴结状态、远处转移和AJCC分期。结果:PHLDB3在胃癌组织中表达明显高于其在癌旁组织中的表达,差异具有统计学差异(P=0.0269)。在胃癌组织中,PHLDB3的表达与患者的病理分级、肿瘤浸润深度和AJCC分期密切相关(P<0.05),而与性别、年龄、淋巴结转移和远处转移无关(P>0.05)。结论:PHLDB3在胃癌组织中的表达明显上调,提示其可能参与胃癌的发生发展。     

激活增强子结合蛋白4在胃癌中的表达及其临床意义

目的:探讨激活增强子结合蛋白4（activating enhancer binding protein 4,AP4）在胃癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:采用RT-PCR和Western blot检测胃癌细胞株BGC823和正常胃上皮细胞中AP4 mRNA和蛋白的表达;应用RT-PCR及免疫组化法检测90例胃癌组织中AP4 mRNA和蛋白的表达;进一步采用Log-rank检验和Cox回归模型对结直肠癌患者的预后因素进行分析,并用Kaplan-Meier计算不同AP4表达情况患者的生存率曲线。结果:与正常胃上皮细胞相比,胃癌细胞株BGC823中AP4 mRNA和蛋白的表达水平均显著升高（均P＜0.05）;在胃癌组织中,AP4 mRNA的表达水平也明显高于配对的癌旁组织（3.848±0.426 vs 1.411±0.405,P＜0.05）;在蛋白水平,胃癌组织也显著高于配对的癌旁组织,且AP4蛋白表达与胃癌的脉管浸润（P＜0.05）、浸润深度（P＜0.05）及TNM分期（P＜0.05）相关,而与患者的性别、年龄、分化程度、肿瘤位置、淋巴结转移和远处转移无关（均P＞0.05）;Kaplan-Meier 单因素回归分析显示,AP4蛋白是影响胃癌患者预后的重要因素（P＜0.05）,进一步Cox多因素回归分析显示AP4蛋白是胃癌患者的独立预后因素（P＜0.05）。结论:AP4高表达与胃癌的发生、发展、转移及预后关系密切,可能成为协助胃癌诊断和治疗的新的生物标志物。     

基于数据挖掘分析PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义

目的:探讨PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义。方法:从GEO数据库的GSE29272数据集中下载58对肠型胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱数据,筛选出差异表达基因,并利用DAVID数据库进行基因的功能富集分析。采用WGCNA软件对差异表达基因进行权重基因共表达网络分析,以挖掘出肠型胃癌发生发展过程中的关键调控基因。分析关键调控基因表达水平与肠型胃癌预后的相关性,并在Kaplan-Meier Plotter数据库中验证其预后意义。结果:共获得393个差异表达基因,DAVID 功能富集分析显示它们主要涉及ECM受体相互作用、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路和癌症信号通路等。PTGER3是癌症信号通路上的一个重要成员,在肠型胃癌组织中的表达明显上调。差异基因的共表达网络分析发现PTGER3是模块枢纽基因,与胃癌的发生发展关系密切。GSE29272数据集和Kaplan-Meier Plotter数据库的生存分析均显示PTGER3高表达与预后不良显著相关（P=0.034;P<0.001）。结论:PTGER3表达上调可能参与了肠型胃癌的发生发展,而且其高表达提示患者预后不良。     

丙酮酸脱氢酶蛋白X在胃癌组织中的表达及临床意义

目的:检测丙酮酸脱氢酶蛋白X（PDHX）在胃癌组织中的表达水平，探索其与胃癌患者临床病理特征和预后的关系。方法:取经手术切除并由术后病理确诊的80例胃癌组织及相应癌旁组织构建胃癌组织芯片,通过免疫组织化学法检测PDHX在胃癌组织及癌旁组织中的表达情况,分析其与胃癌患者临床病理特征的关系。然后利用生物信息学技术分析PDHX与胃癌患者预后、免疫浸润相关分子的关系。结果:根据免疫组化结果,PDHX在癌旁组织中的表达明显高于胃癌组织;PDHX的表达与胃癌患者的年龄（P=0.002）、TNM分期（P=0.032）、肿瘤分化（P=0.001）、淋巴结转移（P=0.013）以及脉管侵犯（P=0.026）明显相关。胃癌患者中PDHX高表达者5年总体生存率及无进展生存率都高于低表达者。结论:PDHX在胃癌组织中的表达受到抑制且与患者预后相关，PDHX表达越高，患者预后越好，这表明PDHX可能成为胃癌治疗的潜在靶点。     

血浆miR-1290在胃癌中的表达及临床意义

目的:探究胃癌患者血浆miR-1290的表达及其临床意义。方法:收集2017年10月至2018年6月间就诊于安徽省立医院的84例胃癌患者的血浆及临床病理资料,所有患者均经胃镜及病理活检确诊且术前未进行放疗、化疗或其他药物治疗,同时收集年龄、性别与之相匹配的健康者血浆29例,检测血浆中miR-1290的表达水平,并分析胃癌患者血浆miR-1290表达量与临床病理参数之间的关系。利用受试者工作曲线评估血浆miR-1290作为生物标志物在诊断胃癌方面的临床价值。结果:胃癌患者与健康对照组相比,血浆miR-1290的表达量明显增高（6.44±2.59 vs 3.44±1.75）,差异有统计学意义（P＜0.001）。miR-1290在胃癌患者血浆中的表达水平与患者的年龄、性别无相关性,但与肿瘤的大小、肿瘤的浸润深度、淋巴结转移、TNM分期有显著相关性。ROC曲线结果表明miR-1290对胃癌的发生有预测作用,最佳截断值为3.5,此时灵敏度为86.9%,特异度为65.6%。结论:miR-1290在胃癌患者血浆中表达上调,其表达水平与胃癌的发生、发展密切相关,有望成为胃癌诊断的指标。     

长链非编码RNA CASC9在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:检测长链非编码RNA CASC9（cancer susceptibility candidate 9）在胃癌组织和细胞中的表达,探讨CASC9与胃癌患者临床病理特征及预后的关系。方法:利用RT-PCR检测胃癌组织、细胞及配对癌旁组织、正常胃黏膜细胞中CASC9的表达;利用单因素方差分析CASC9与胃癌患者临床病理特征之间的关系;利用生存曲线分析CASC9与胃癌患者术后5年生存率的关系;利用COX风险比例模型分析CASC9与胃癌患者预后的关系。结果:CASC9在胃癌组织、细胞中表达水平高于癌旁组织和正常胃黏膜细胞;CASC9的表达与胃癌的Bormann分型及TNM分期相关（P＜0.05）;CASC9高表达的胃癌患者术后5年生存率低于低表达的患者,CASC9高表达是胃癌患者独立的预后因素。结论:CASC9在胃癌中表达升高,并与胃癌患者生存及预后密切相关。