基于网络药理学探讨丹参治疗骨质疏松症的作用机制

目的:采用网络药理学方法分析中药丹参防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药效物质基础及其分子作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选出丹参的活性成分及其作用靶点;检索OMIM、GeneCards和DisGeNET数据库获得OP的相关靶基因;绘制韦恩图获得丹参-OP共有靶点。通过Cytoscape软件构建疾病-药物-有效成分-靶点相互作用网络;利用Bioconductor工具对共有靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果:共获得OP相关基因2 026个,丹参抗OP潜在有效成分21个,包括丹参素、丹参酮ⅡA、隐丹参酮、木樨草素等,这些有效成分共作用于474个靶点,其中有53个与OP相关,其潜在调控信号通路139条,包括AGE-RAGE、PI3K-Akt、JAK-STAT等与各种骨细胞增殖、分化密切相关的信号通路。结论:丹参抗OP具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,网络药理学为丹参抗OP作用机制的阐明提供了科学依据,并为中药的防病治病机制研究提供参考思路。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的活性成分及作用机制。方法 从中药系统药理学分析平台获取丹参-葛根药对活性成分和作用靶点,通过GeneCards数据库获取心肌纤维化的相关靶点,使用Venny 2.1软件获取两者共同靶点;运用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建共同靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络并进行拓扑学分析;采用ClusterProfiler R功能包对共同靶点进行基因本体(GO)功能和KEGG通路富集分析;最后使用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-靶点-通路”网络并分析。结果 筛选得到丹参-葛根药对候选活性成分30个,活性成分和心肌纤维化共同靶点41个。共同靶点PPI网络的平均点度值为19.7,平均介数为19.1,度值和介数均超过平均值的靶点共有14个。KEGG显著富集到73条通路,其中与心肌纤维化相关的通路有6条。“活性成分-靶点-通路”网络显示,丹参中的木犀草素、丹参酮IIA和葛根中的葛根素、β-谷甾醇等活性成分通过共同调控脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、血流剪切力与动脉粥样硬化、缺氧诱导因子-...     

黄芪-丹参药对活性成分网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法对黄芪-丹参药对的主要活性成分的作用机制进行分析,探讨其多成分、多靶点、多通路的相关关系。方法:首先将黄芪-丹参药对中14个主要活性成分(黄芪甲苷、芒柄花苷、芒柄花素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、丹酚酸B、紫草酸、迷迭香酸、丹参素、原儿茶醛、丹参酮IIA、二氢丹参酮I、丹参酮I、隐丹参酮)依据Pharm Mapper数据库构建多成分-蛋白网络;然后采用MAS和KEGG数据库获得靶蛋白的作用通路;最后,采用Cytoscape软件建立黄芪-丹参药对成分-靶点-通路网络模型。结果:黄芪-丹参药对中的14个效应成分涉及63个靶点蛋白和69条作用通路。预测结果得到文献印证。网络模型中每个靶点蛋白、每条作用通路出现的平均频次分别为8.31次、7.62次,每个效应成分的平均靶点蛋白数、平均作用通路数分别为4.57、4.93。结论:为深入研究黄芪-丹参药对的药效作用及其机制提供参考。     

基于网络药理学和GEO数据研究三七、黄芪和丹参防治缺血性脑卒中作用机制

目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...     

基于网络药理学的续断抗骨质疏松分子作用机制研究

目的：基于网络药理学探讨续断治疗骨质疏松症（osteoporosis,OP）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,以药代动力学特征为标准获取续断的活性成分,并预测相关活性成分的作用靶点;与GeneCards和DisGeNET数据库获取的骨质疏松疾病靶点映射,筛选续断治疗OP的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建中药?活性成分?疾病?靶标调控网络和潜在靶点间的蛋白互作网络。同时通过Enrichr在线工具进行潜在靶点的GO分析以及KEGG通路富集分析。最后通过AutoDock Vina软件将续断活性成分与重要的靶蛋白进行分子对接验证。结果：共获得续断活性化合物8个,根据靶点预测技术预测出相关靶点53个,与疾病靶点映射得续断?OP疾病交集靶点14个。富集分析显示续断可通过多条主流信号通路及细胞代谢过程调控OP的发生发展。分子对接实验证实续断的活性成分和靶标之间具有良好的结合能力。结论：续断除了通过直接作用骨代谢相关途径,还参与调控上下游多条信号通路,从而干预OP的进展。     

基于网络药理学对丹参治疗非酒精性脂肪肝病主要活性成分及潜在靶点分析

目的运用网络药理学研究方法对丹参治疗非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)主要活性成分及核心靶点进行分析。方法采用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、DRAR-CPI分子对接平台和Uniprot数据库筛选出丹参的有效活性成分及作用靶点基因,通过Gene Cards数据库收集NAFLD疾病基因,然后对药物作用基因及疾病相关基因进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点,进而构建活性成分-靶点相互作用网络,并进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果研究得到26个作用于NAFLD疾病靶点的活性成分和98个作用靶点,GO功能富集分析确定了289个条目,KEGG通路分析共发现83条作用通路。结论本研究结果初步探讨了丹参治疗NAFLD的基本药理作用及其相关机制,并为进一步的实验室研究奠定了良好的基础。     

基于网络药理学探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库获得丹参的活性成分以及潜在靶点基因。应用GeneCards、DisGeNet数据库检索黄褐斑相关作用靶点。应用Venny2.1.0获得丹参治疗黄褐斑的作用靶点。将作用靶点导入STRING数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。应用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用CytoScape 3.8.2软件构建丹参治疗黄褐斑的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,利用PyMOL及AutoDock Vina软件,对重要化合物进行分子对接验证。结果 剔除无对应的靶基因信息后,筛选获得丹参有效活性成分58个,分子靶点105个,获得黄褐斑靶点基因51个。通过Venny处理获得7个共同靶点,分别为血管内皮生长因子A (VEGFA)、前列腺素G/H合酶2 (PTGS2)、雌激素受体1 (ESR1)、雌激素受体2 (ESR2)、孕酮受体(PGR)、诱导型一氧化氮合酶...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的 预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制.方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点.借助GeneCards、NCBI等数据库检索OP相关基因.应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,...     

基于网络药理学探讨土家药飞龙掌血抗肝癌的潜在活性成分及作用机制

目的 探讨土家药飞龙掌血抗肝癌的潜在活性成分及作用机制。方法 通过HERB、PubChem、Swiss Target Prediction数据库检索飞龙掌血的化学成分、作用靶点和通过DisGeNET数据库、OMIM数据和NCBI数据库筛选飞龙掌血抗肝癌的潜在活性成分;利用Cytoscape 3.7.2软件、String数据库、R 4.1.3软件构建韦恩图、“药物-活性成分-共同靶点-疾病”网络关系图、PPI网络模型、GO功能、KEGG通路富集分析;利用Pubchem、PDB数据库,Chem Bio3D Ultra 14.0软件、PyMOL 2.4.0软件和Auto Dock Tools 1.5.6软件对核心靶点和关键活性成分进行常规处理分子对接。结果 一共筛选出飞龙掌血活性成分19个,成分作用靶点449个,飞龙掌血与肝癌的共同靶点140个;AKT1、VEGFA、EGFR、CASP3 SRC等可能为飞龙掌血抗肝癌的重要靶点;关键活性成分为氧化白屈菜红碱(oxychelerythrine)、氯化两面针碱(nitidine chloride)、二氢白屈菜红碱(dihydrocheleryth...     

基于网络药理学探讨何首乌-丹参治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的应用网络药理学方法预测何首乌-丹参抗阿尔茨海默病(AD)的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗AD的作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索何首乌-丹参的活性成分及对应的作用靶点,再通过Drugbank数据库、Dis Ge NET数据库和TTD数据库获得AD的主要致病靶点,采用Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-靶点网络图,利用STRING数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络,然后运用生物信息学的方法对关键靶点进行基因功能分析和通路富集分析,最后采用MTT法、ELISA法、比色法和实时荧光定量PCR法对网络药理学主要预测的生物过程与信号通路进行验证。结果研究共筛选出何首乌-丹参药对的有效成分24个,对应靶点274个,与AD相关靶点共107个,相关信号通路前10条,GO分析相关度前20个靶点分子功能。细胞实验证实了何首乌-丹参能有效提高PC12细胞的细胞存活率及抑制PC12细胞的炎症反应和氧化应激反应,并促进Nrf2/HO-1信号通路的激活。结论何首乌-丹参主要是通过抗炎和抗氧化应激对AD产生重要的治疗作用,为后续临床治疗AD提供新的思路。     

基于网络药理学的"桑枝-桂枝"药对治疗类风湿关节炎的的作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨"桑枝-桂枝"药对治疗类风湿关节炎的主要活性成分、主要靶点基因以及关键通路,研究作用机制.方法:使用TCMSP数据库和Swisstargetprediction数据库筛选药对活性成分和靶点,使用GeneCards和OMIM数据库获取类风湿关节炎靶点基因,获取交集基因,即"桑枝-桂枝"药对治疗类风...     

矮地茶治疗骨质疏松症的网络药理学分析及实验研究

目的 基于网络药理学及体外实验探究矮地茶治疗骨质疏松症（osteoporosis, OP）的作用机制。方法 使用TCMSP、GeneCards数据库筛选矮地茶治疗骨质疏松症的有效成分及关键靶点（疾病靶点与药物活性成分靶点的交集）;使用Cytoscape3.7.1软件构建“中药-活性成分-交集靶点-疾病”网络;使用STRING数据库构建关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络;通过DAVID数据库对关键靶点进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。体外实验使用矮地茶醇提物干预成骨诱导的ST-2细胞,通过碱性磷酸酶染色（alkaline phosphatase, ALP）、RT-qPCR、Western blot等检测其对成骨分化的影响并验证网络药理学信号通路预测结果。结果 共获得槲皮苷、山柰酚、射干醇A、丹皮酚、肉桂醛等193个矮地茶主要活性成分;预测出82个矮地茶与OP的关键靶点,这些关键靶点主要参与调控雌激素信号通路、凋亡、Wnt/β-catenin信号通路等。体外实验显示,矮地茶能有效提高ST-2细胞成骨转录因子表达（P&...     

基于网络药理学研究血必净注射液治疗肝脏缺血再灌注损伤的作用机制

目的:运用网络药理学的方法预测血必净注射液治疗肝脏缺血再灌注损伤的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选血必净注射液中丹参、赤芍、红花、川芎、当归五味中药的活性成分及其作用靶点,通过OMIM和GeneCards Suite数据库获取肝脏缺血再灌注损伤相关靶点,同时获取药物-疾病...     

基于网络药理学及分子对接探究复方“仙灵骨葆”治疗骨质疏松分子机制

目的 通过构建仙灵骨葆成分与靶点网络和蛋白相互作用网络,从而进行富集分析确定涉及的生物过程和通路,研究复方仙灵骨葆治疗骨质疏松(osteoporosis,OP)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库筛选出仙灵骨葆的活性成分,并预测其靶点,并与TTD数据库、Genecards数据库、OMIM数据库以及PharmG...     

基于网络药理学和分子对接研究“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的作用机制

目的运用网络药理学和分子对接的方法分析“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在作用机制。方法 借助 TCMSP、Drugbank、Uniprot等数据库及参考文献获取中药柴胡-丹参的有效成分及靶标。通过Genecards、Drugbank、OMIM平台检索有关与慢性乙型肝炎疾病相关的靶标,并借助Venny数据库、String数据库和Cytoscape平台构建有效成分-靶点相互作用网络图,运用R语言对其核心靶点进行功能和通路富集分析,预测“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在关键成分与作用靶标,进一步使用Autodock和Pymol软件对其有效成分与慢性乙型肝炎HBcAg、HBeAg、HBsAg进行分子对接,分析其治疗的作用机制及可行性。结果 获得“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎发挥作用的有效活性成分73个,疾病潜在靶点985个。对其“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的共有化合物-靶点网络图可知,有槲皮素、木樨草素、山柰酚、丹参酮等67个有效活性成分,PTGS2、ADRB2、HSP90AA1、ESR1等88个共有靶点。通过GO和KEGG分析可知,参与了细胞因子受体结合等生物过程及乙型肝炎等信号通路发挥其治疗作用。运用核心成分与靶蛋白对接可知,槲皮素、木樨草素与HBcAg、HBeAg、HBsAg具有较好的亲和力。结论 通过网络药理学和分子对接,充分体现了“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎“多成分-多靶点-多通路”复杂的作用特点,为进一步的实验和临床提供了理论依据和新的治疗方向。     

基于网络药理学慈丹胶囊抗肝癌作用机制研究

目的 构建慈丹胶囊活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能以及通路进行分析,探讨慈丹胶囊抗肝癌作用机制。方法 通过TCMSP数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)挖掘获取慈丹胶囊中丹参、当归、黄芪、莪术、鸦胆子、马钱子、冰片、牛黄、山慈菇的主要活性成分。利用GeneCard数据库(http://www.genecards.org/)和OMIM数据库 (Online Mendelian Inheritance in Man,http://www.omim.org/)预测和筛选慈丹胶囊活性成分对应靶点中与肝细胞癌相关靶点。采用Cytoscape构建活性成分-作用靶点网络,采用String数据库(http://string-db.org/)和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络。采用DAVID数据库(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,https://david.ncifcrf.gov/)对靶点进行GO (Gene ontology) 及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes )通路分析。结果 筛选得到慈丹胶囊活性成分24个,共得100个作用靶点。网络分析结果表明,慈丹胶囊主要涉及细胞过程、生物调控、代谢过程、对化学刺激反应等生物过程。靶点通路分析结果显示,慈丹胶囊抗肝癌作用的靶点主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。结论 慈丹胶囊抗肝癌作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节TNF、PI3K-Akt、MAPK等相关通路发挥作用。     

网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例

目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...     

基于网络药理学和生物信息学研究丹参治疗骨关节炎的分子机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探讨丹参治疗骨关节炎(O A)的潜在活性成分及作用机制.方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中丹参成分,筛选丹参活性成分和作用靶点;检索DisGeNET、Drug bank、OMIM、TTD、Gene Cards、GAD、HPO、PharmGKB、Uniprot...     

基于网络药理学及分子对接探讨"藿香-佩兰-大黄"角药治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接探析角药"藿香-佩兰-大黄"治疗慢性肾衰竭(CRF)的核心成分、核心靶点、关键通路及其作用机制.方法 通过TCMSP数据库获取"藿香-佩兰-大黄"角药的药物活性成分和作用靶点,并进行筛选.疾病靶点通过Gencards、Drugbank和TTD数据库检索,Uniprot数据基因名称通过Uni...     

野菊花抗菌活性的网络药理学研究

目的 基于网络药理学方法研究野菊花主要抗菌活性成分、靶点,初步探讨其作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、GeneCards数据库筛选出野菊花主要抗菌活性成分、靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建可视化的"药物-成分-靶点-疾病"网络,依据在线STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),...