循环肿瘤DNA在消化系统肿瘤中的应用

循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)属于血浆游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)的一种,是通过凋亡或坏死的肿瘤细胞释放到血液中,或由肿瘤直接分泌。ctDNA携带肿瘤特异性基因特征和表观遗传学特征,包括基因突变、染色体重排、拷贝数变异和甲基化改变。ctDNA属于液体活检技术,具有操作方便、重复性高、创伤性小等优势。ctDNA可应用于消化系统肿瘤早期癌症的筛查和诊断、指导治疗、监测治疗效果、分析术后残余病灶及预防疾病复发。本文对ctDNA的生物学特性、检测方法、在消化系统肿瘤中的应用进行了探讨。     

数字PCR技术检测肺腺癌循环肿瘤DNA中EGFR突变的临床意义

目的 探讨数字聚合酶链反应(droplet digital polymerase chain reaction, ddPCR)技术检测肺腺癌循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)中表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)突变的临床意义。方法 采用ddPCR技术检测肺腺癌患者102例的ctDNA中EGFR突变即EGFR-L858R突变和EGFR-19del突变。分析ctDNA与患者临床参数的关系。绘制ROS曲线,评估ctDNA对患者预后和是否发生转移的预测作用。结果 ddPCR技术检测ctDNA中EGFR突变评价EGFR突变状态的曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.694,敏感度为40.2%,特异度为88.6%。与早期肺腺癌相比,晚期肺腺癌患者ctDNA中EGFR突变检测的AUC(0.837 vs. 0.498)和敏感度(75.2%vs. 10.2%)更高。肿瘤发生转移与ctDNA中EGFR突变丰度呈强的正相关性(r=0.510,P<0.001)。ctDNA阳...     

结直肠癌患者血浆循环游离DNA的RAS突变与临床特征的关系

目的 探讨结直肠癌患者血浆循环游离DNA(cfDNA)与肿瘤组织DNA的RAS基因突变检测的一致性,以及与临床特征的关系.方法 收集71例结直肠癌患者的血浆及肿瘤组织标本.采用多重荧光PCR法检测血浆标本cfDNA的RAS的基因突变状态,并与肿瘤组织标本的相应基因突变状态对比分析.分析血浆RAS基因突变状态与患者临床特征的关系.结果 血浆cfDNA的RAS突变率为32.39%,组织DNA的RAS突变率为50.70%,两种标本的RAS突变检测的一致率为76.06%,血浆cfDNA与组织DNA的RAS突变检测结果一致(Kappa=0.523,P=0.000).血浆cfDNA检测的敏感性为58.33%、特异性为94.29%、阳性预测值为91.30%、阴性预测值为68.75%.血浆cfDNA的RAS突变状态与结直肠癌患者年龄、性别、分期(Ⅳa与Ⅳb)、原发肿瘤部位、肺转移、CEA水平、CA199水平等无明显相关性,而血浆cfDNA的RAS突变与结直肠癌患者肝脏转移有相关性(P=0.045),肝转移患者较未发生肝转移的患者突变率升高.结论 血浆cfDNA可以作为无法获得组织标本的结直肠癌患者的RAS基因检测的替代标本,具有临床应用价值,且结直肠癌患者肝脏转移cfDNA RAS突变率升高.     

循环肿瘤DNA在结直肠癌中的应用

结直肠癌是我国常见的癌症类型之一,也是世界第二大死因。随着诊断技术的发展和包括手术和化疗在内的治疗方法的进步,其预后得到了极大的改善,但是仍有一定比例的患者在接受根治性治疗后出现复发。循环肿瘤DNA(ctDNA)是来自肿瘤细胞的循环游离DNA(cfDNA)片段,是一种新型的生物标志物,可以用于监测结直肠癌患者的放化疗效果和术后复发情况。与传统的生物标志物相比,ctDNA具有更高的特异度和灵敏度,并且可以在患者的血清中稳定存在。通过检测ctDNA的水平可以对患者的病情进行更加准确的评估,并根据检测结果制定更加个性化的治疗方案。在结直肠癌的诊疗过程中,ctDNA具有较高的特异度和灵敏度,通过检测患者的血清ctDNA水平,可以较早期判断患者是否可能患有结直肠癌。同时,通过比较患者治疗前后的血清ctDNA水平变化,可以评估患者的治疗效果。在结直肠癌的随访中,ctDNA同样具有很高的特异度和灵敏度,通过检测患者的血清ctDNA水平,可以有效地判断患者的复发情况。若患者血清ctDNA水平持续升高,则表明患者可能出现了复发,需要及时进行进一步的检查和干预。总之,ctDNA是一种新型的生物标志物,具有...     

中国人血浆DNA定量多中心合作研究进展

血浆DNA(plasma DNA)又被称为循环DNA(circulating DNA),是存在于循环血液中的细胞外DNA(cell-free DNA),它可以以DNA-蛋白质复合物的形式存在,也可以游离DNA片断形式存在.     

浙江地区晚期非小细胞肺癌患者循环肿瘤DNA突变特征的检测

目的初步探究浙江地区晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的突变特征并为患者提供临床靶向用药理论依据。方法采用高通量测序技术,对79例浙江籍贯的NSCLC患者的ctDNA样本进行基因靶向捕获深度测序,对测序结果进行回顾性统计分析。结果 EGFR基因的突变频率最高,达到56.5%,发现的高频突变还包括存在于TP53(33.3%)、KRAS(30.4%)、ERBB2(23.2%)、FGFR1(18.8%)、PTEN(15.9%)等基因的致病位点。EGFR突变更容易出现在女性、不吸烟、肺腺癌患者(P0.05),KRAS突变更容易出现在年轻、吸烟患者(P0.05),ERBB2突变容易出现在不吸烟的患者(P0.05)。在44例(44/79,55.7%)中共发现了存在于8个基因的29个靶向用药位点突变,在22例(22/44,50.0%)中检测到同时存在多个用药位点的现象,9例以往接受过酪氨酸激酶抑制剂药物治疗的复发患者均检测到T790M突变。结论 NSCLC具有十分复杂的突变特征,基于ctDNA的高通量测序在一定程度上可以较全面反映肿瘤的分子特征,为患者提供更多的靶向用药指导。     

循环肿瘤DNA检测对胃癌患者疾病进展和肿瘤复发的预测价值

目的 探讨循环肿瘤DNA(ctDNA)检测对胃癌患者疾病进展和肿瘤复发的预测价值。方法 收集154例胃癌患者术前、术后7 d及术后每3个月至2年的血液样本。采用二代测序(NGS)(Panel检测)或微滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)分析血浆样本中ctDNA突变情况。结果 Panel检测结果显示,ctDNA突变总检出率为73.4%(113/154),共发现207个基因突变,以TP53(68.1%,77/113)基因突变最为常见,其次为KRAS(27.4%,31/113)、APC(17.7%,20/113)、PIK3CA(14.16%,16/113)、GNAS(9.73%,11/113)。随后对63例患者术后样本进行ddPCR分析,在4例术后肿瘤复发患者中,ctDNA突变检测术前均为阳性,术后7 d阳性3例,ctDNA突变阳性患者复发率为75.0%。根据术后7 d时ctDNA突变水平,ctDNA突变阳性患者无复发生存期显著短于ctDNA突变阴性患者(HR:14.91;95%CI:0.72～313.45;P<0.001)。结论 通过液体活检检测ctDNA突变有助于识别术后复发高风险患...     

循环肿瘤DNA检测在胃肠间质瘤诊疗中的价值

胃肠间质瘤（gastrointestinal stromal tumor,GIST）起源于胃肠道间叶组织，多数继发于KIT及血小板源性生长因子受体α(platelet derived growth factor receptor alpha,PDGFRA)基因突变，这一发现对GIST的基础研究和临床诊疗具有里程碑意义。基因检测被广泛运用于明确GIST的病理诊断、判断预后及指导靶向药物治疗等诸多领域。近年来众多研究表明包括循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)检测在内的液体活检技术对GIST的诊疗有极其重要的临床价值和广阔的应用前景，本文主要论述ctDNA检测用于GIST诊疗的价值。     

cfDNA检测联合肝脏MRI在肝细胞癌筛查中的应用价值

目的评估循环游离细胞DNA(circulating free DNA,cfDNA)检测联合肝脏核磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)在肝细胞癌筛查中的应用价值。方法 选择126例高度疑似肝癌的患者为研究对象,根据病理学检查结果,其中82例为肝癌患者(肝癌组),44例为良性肿瘤患者(良性组),比较两组患者cfDNA、RNaseP基因(cfDNA池基因编码DNA的参考基因)拷贝、肝功能指标,包括丙氨酸转氨酶(alanine transaminase,ALT)、天冬氨酸转氨酶(aspartate transaminase,AST)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)及肿瘤标志物水平,包括甲胎蛋白(alpha-fetoprotein,AFP)、癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)、糖链抗原199(carbohydrate antigen,CA199)。比较cfDNA水平与肝细胞癌病理参数的关系,并评估RNaseP联合MRI在肝细胞癌中的诊断效能。结果 肝癌组的cfDNA、RNaseP基因拷贝、AF...     

超声造影肝脏成像报告和数据系统对HBV感染肝细胞癌患者分类诊断的价值

膀胱癌是泌尿系统常见的恶性肿瘤之一，而高复发率和进展快是影响其预后的重要因素。循环肿瘤DNA（ctD-NA）是肿瘤细胞释放到血液中的DNA片段，能反映整个肿瘤基因组信息。ctDNA检测是一种非侵入性检查方法，在肿瘤的诊断、复发与进展的监测、疗效评估等方面具有一定的临床意义。故本文对ctDNA检测在膀胱癌诊疗中应用的研究进展作一综述。     

循环肿瘤DNA的研究进展与应用前景

随着医学的发展，对肿瘤的认识越来越深入，并在肿瘤诊疗中取得了不错的成绩。随着科技的进步，肿瘤精准诊疗成为了未来的趋势。目前常用的组织穿刺活检存在穿刺偏倚、创伤等问题，因此寻找一种高效的方法就成为研究的重点。循环肿瘤DNA（ctDNA）来源于肿瘤，能很好的反映肿瘤的基因信息，并且会随着肿瘤的进展发生相应的改变。近年来ctDNA其独特的能力备受人们关注并被广泛研究，该文就其研究进展与应用前景做一综述。     

外周血ctDNA基因突变对早中期非小细胞肺癌患者的诊断效能分析

目的 分析外周血循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)基因突变对非小细胞肺癌患者的诊断效能。方法 纳入2016年12月至2017年12月在河北大学附属医院初诊初治且行单孔胸腔镜手术治疗的50例非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者为研究对象。收集所有研究对象外周血后分离血浆,并提取ctDNA。 Illumina HiSeq 3000平台进行目标区域的高通量测序,并以基因突变频率作为ctDNA的检测分析指标。结果 50例患者ctDNA检测非小细胞肺癌的敏感性明显高于血清中癌胚抗原检测的敏感性(P<0.05);ctDNA基因突变频率在不同年龄、性别、病理类型、吸烟史等患者间差异无统计学意义(P>0.05),而在不同肿瘤大小及临床分期患者中差异有统计学意义(P<0.05)。结论 外周血ctDNA基因突变可敏感诊断早中期NSCLC,且与早中期NSCLC肿瘤大小及临床分期有相关性。     

外周血循环DNA在肝细胞癌早期诊治的研究进展

 循环DNA是存在于血浆/血清中的游离DNA。已有研究证实肿瘤患者循环DNA来源于肿瘤细胞。因此,检测肿瘤患者循环DNA质和量的改变对肿瘤的早期诊断和预后分析具有较大价值。循环DNA检测具有微创性、标本获取方便、可连续动态检测等优点,是一种极具前景的肿瘤标志物。有关肝癌患者循环DNA的研究不多,本文就循环DNA检测在肝癌诊断和预后分析中的研究进展做一综述。     

循环游离DNA对前列腺癌诊断价值的Meta分析

背景　众多研究表明循环游离DNA（cfDNA）对前列腺癌有诊断价值,但关于cfDNA检测前列腺癌的准确性并不一致。目的　进一步明确cfDNA对前列腺癌的诊断价值。方法　检索PubMed、EMBase、Web of Science、The Corchrane Library、中国知网、万方数据知识服务平台等数据库,收集所有符合纳入标准的中英文文献,提取第一作者的姓名、发表年份、国家、样本量、检测方法及研究数据参数（真阳性、假阳性、假阴性、真阴性）等信息,检索年限自建库至2020年2月。采用Spearman秩相关分析探讨有无阈值效应,并通过汇总受试者工作特征曲线（SROC曲线）判断SROC图形是否呈“肩臂状”,运用Corchran-Q检验、I2检验分析纳入研究间的异质性,并根据异质性大小选择合适模型进行合并。通过Meta分析评估cfDNA的诊断效能,绘制Fagan图评估cfDNA的诊断能力。结果　共纳入22篇文献,2 774例研究对象包括1 936例前列腺癌患者和838例非前列腺癌患者,纳入文献整体质量较好。Meta分析结果显示,cfDNA诊断前列腺癌的合并灵敏度（Sen合并）为0.49〔95%CI（0.47,0.51）〕,合并特异度（Spe合并）为0.91〔95%CI（0.89,0.92）〕,合并阳性似然比（PLR合并）为6.04〔95%CI（4.39,9.31）〕,合并阴性似然比（NLR合并）为0.52〔95%CI（0.45,0.60）〕,合并诊断比值比（DOR合并）为18.19〔95%CI（12.33,26.85）〕。相应的SROC曲线下面积（AUC）为0.898 2。亚组分析显示cfDNA对前列腺癌的诊断效能的AUC在各个亚组中并无明显改变（P>0.05）。Fagan图显示,设定验前概率为20%,然后辅以检测cfDNA,诊断前列腺癌的准确率为88%。结论　cfDNA诊断前列腺癌有一定价值,可能有助于早期发现前列腺癌,但仍有待于大量的证据进一步验证。     

循环肿瘤DNA液态活检检测微小残留病在实体肿瘤诊疗中的研究进展

基于液态活检的微小残留病（minimal residual disease, MRD）检测在各肿瘤疾病的应用中具有巨大的潜力,随着基因测序技术和生物信息学的发展,二代测序(next-generation sequencing, NGS)作为一种新兴的MRD检测技术,可以对循环肿瘤DNA(circulation tumor DNA, ctDNA)进行定量和定性分析,目前在多种实体瘤中的应用均具有高灵敏度和高特异度。多项研究已证实基于ctDNA的MRD检测结果与患者复发预测、预后判断、疗效评估及个体化分层治疗均有临床相关性,且相较于传统临床手段优势明显。但目前ctDNA MRD的检测技术应用于常规临床实践仍需要大量临床数据的支持,检测方法的统一标准仍未建立。     

急性淋巴细胞白血病移植瘤模型小鼠髓外浸润过程中血清Wnt5A和LINE-1启动子甲基化水平检测及其意义

目的:建立绿色荧光蛋白(GFP)标记的急性淋巴细胞白血病(ALL)移植瘤小鼠模型,研究ALL髓外浸润过程中血清游离DNA(cfDNA)特异基因甲基化的变化,为ALL髓外浸润监测提供理论和实验依据.方法:60只ICR小鼠随机分为对照组、实验15 d组和实验30 d组,每组20只.实验组小鼠通过尾静脉注射构建GFP标记AL...     

Methylated APC and GSTP1 genes in serum DNA correlate with the presence of circulating blood tumor cells and are associated with a more aggressive and advanced breast cancer disease

Background

Tumor-related methylated DNA and circulating tumor cells (CTC) in the peripheral blood might be of prognostic importance in breast cancer. Thus, the aim of our study was to examine free methylated DNA and CTC in the blood from breast cancer patients and to correlate it with clinicopathological features known to influence prognosis.

Materials and methods

We prospectively obtained serum samples from 85 patients with breast cancer and 22 healthy volunteers. Sera were analysed by methylation specific PCR (MethyLight PCR) for five genes: adenomatous polyposis coli (APC), ras association domain family protein 1A (RASSF1A), estrogen receptor 1 (ESR1), CDKN2A (p16) and glutathione s-transferase pi 1 (GSTP1). Beta actin (ACTB) served as control. In parallel matched peripheral blood of 63 patients was used to assay for circulating tumor cells in the peripheral blood by a modified immunomagnetic AdnaTest BreastCancerSelect with PCR detection for EPCAM, MUC1, MGB1 and SPDEF.

Results

We found a hypermethylation in the APC gene in 29% (25/85), in RASSF1A in 26% (22/85), in GSTP1 in 18% (14/76) and in ESR1 in 38% (32/85) of all breast cancer patients. No hypermethylation of CDKN2A was found (0/25). Blood samples of patients were defined CTC positive by detecting the EPCAM 13% (8/63), MUC1 16% (10/63), MGB 9% (5/55), SPDEF 12% (7/58) and in 27% detecting one or more genes (15/55). A significant difference was seen in methylated APC DNA between cancer patients and healthy volunteers. Moreover, methylated APC, RASSF1 and CTC were significantly different in metastatic versus non-metastatic disease. In addition, the presence of methylated APC, RASSF1A and CTC correlated significantly with AJCC-staging (p = 0.001, p = 0.031 and 0.002, respectively). High incidences of methylations were found for the genes RASSF1 and ESR1 in healthy individuals (both 23% 5/22). Methylated GSTP1 was predominantly found in the serum of patients with large primaries (p = 0.023) and was highly significantly correlated with positive Her2/neu status (p = 0.003). Elevated serum CA15.3 was strongly correlated with methylated APC and CTC detection (both p = 0.000). Methylated ESR1 failed to exhibit significant correlations with any of the above mentioned parameters. The presence of CTC in peripheral blood was significantly associated with methylated APC (p = 0.012) and methylated GSTP1 (p = 0.001).

Conclusion

The detection of methylated APC and GSTP1 DNA in serum correlated with the presence of CTC in the blood of breast cancer patients. Both methylated DNA and CTC correlated with a more aggressive tumor biology and advanced disease.     

大肠癌患者癌细胞DNA含量及倍体分布与某些胃肠激素水平的关系

目的：探讨大肠癌患者癌细胞DNA含量、倍体分布与体内胃泌素（G）、生长抑素(SS）水平变化,以及肿瘤临床病理参数之间的关系。方法：以图像分析法测定40例大肠癌患者癌细胞DNA含量及二倍体偏离指数（2cDI）;放免法测定血清G,血浆、肿瘤、癌近旁粘膜和癌远旁粘膜的SS水平;借助计算机以多因素逐步回归法分析癌细胞DNA含量、2cDI、上述胃肠激素水平与肿瘤临床病理特点之间的关系。结果：肿瘤SS上升伴随着DNA含量和2cDI显著下降（P<0.01）;癌近旁粘膜SS与DNA含量（P<0.05）和2cDI(P<0.01）呈显著正相关;直肠癌细胞DNA含量和2cDI明显增高（P<0.01）。结论：内源性SS参与了对癌细胞DNA合成的调节;提高肿瘤和癌近旁粘膜SS水平将有助于抑制大肠癌细胞内DNA的合成。