普城沙雷氏菌rpoS基因的生物信息学分析

目的: 通过生物信息学方法对普城沙雷氏菌G3 菌株rpoS基因的序列、理化性质和结构进行解析,为进一步研究生物学功能提供依据。方法： 利用Expasy数据库分析蛋白质的理化性质;TMHMMServerv.2.0、TargetP1.1Server和SignalP 4.1 Server预测跨膜结构和信号肽;分别用NetNGlyc 1.0Server和NetPhos 2.0预测磷酸化、糖基化位点;用SOPMA和SWISS-MODEL分别对蛋白质二级和三级结构进行预测;用MEGA 4 NJ法构建系统进化树。结果： RpoS是一个亲水性蛋白,没有跨膜区域和信号肽,有糖基化位点和高水平的磷酸化位点,α 螺旋和无规则卷曲是其主要二级结构。结论： 生物信息学预测表明RpoS具有较高比例的磷酸化位点和由α 螺旋和无规则卷曲组成的二级结构,这与其整合和响应环境中不同的胁迫信号刺激,诱导一般胁迫反应使细菌在逆境中得以生存的生物学功能相吻合。     

家蝇黏蛋白mucin-46基因的序列分析

目的：分析和预测家蝇黏蛋白mucin-46基因及其编码蛋白的结构和特性.方法：利用EST测序技术从家蝇幼虫cDNA文库中获得家蝇黏蛋白mucin-46基因cDNA序列,采用美国国家生物技术信息中心（NCBI）、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（Expasy）中的相关工具,对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构和亚细胞定位等方面进行预测和分析.结果：家蝇黏蛋白mucin-46基因的cDNA序列具有完整的开放阅读框（ORF）,全长1 383 bp,编码460个氨基酸;其编码的蛋白质理论分子量为46.42 kDa,等电点4.13;无信号肽及跨膜区,属于亲水性蛋白,具有4个几丁质结合功能域,含有4个糖基化位点及多个蛋白磷酸化作用位点;二级结构β折叠（E）和无规则卷曲（L）的比例是14.13∶85.87,没有α螺旋（H）结构类型;主要分布于细胞核.结论：应用生物信息学方法从家蝇cDNA文库中筛选出了家蝇黏蛋白mucin-46基因序列并预测了其结构及功能等生物学信息,为进一步研究家蝇围食膜蛋白的功能奠定了一定的基础.     

杜氏利什曼原虫假定蛋白PA5的原核表达与生物信息学分析

目的扩增杜氏利什曼原虫假定蛋白PA5基因,原核表达该假定蛋白并预测其结构与功能。方法以杜氏利什曼原虫前鞭毛体基因组DNA为模板,巢式PCR法扩增该基因,将其克隆入pQE30质粒构建pQE30-PA5重组质粒,经IPTG诱导表达目的蛋白。采用生物信息学方法对该蛋白进行同源性分析、信号肽及跨膜区预测、蛋白质结构与B细胞抗原肽位点分析。结果成功扩增出PA5基因,序列全长为765 bp,构建的pQE30-PA5重组质粒,经诱导后目的蛋白以包涵体形式表达。所获得的蛋白含254个氨基酸,相对分子质量为27 065,等电点为5.71的亲水性不稳定蛋白,不含信号肽及跨膜区。二级结构以α-螺旋及不规则卷曲为主,共含5个B细胞抗原肽片段。结论成功表达了杜氏利什曼原虫PA5蛋白,该亲水蛋白具有体液免疫刺激潜能,具有利什曼病潜在免疫诊断价值。     

果蝇Tap蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析果蝇Tap蛋白的结构和功能.方法 基于NCBI数据库中果蝇Tap蛋白的氨基酸序列,从蛋白质理化性质、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、结构域、三维结构及物种间同源蛋白进化关系等方面进行分析.结果 Tap蛋白为不稳定亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,在细胞核中发挥生物学效应,具有碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)结构域.Tap蛋白与来源于NeuroD1的模板2ql2.1.B有61.02％的氨基酸序列一致,Tap蛋白与人类和啮齿动物的编码产物高度同源,在系统发生树中距离最近.结论 果蝇Tap蛋白具有bHLH蛋白家族的典型结构,可能在果蝇胚胎发育早期的神经发生、分化等过程中发挥作用.     

信号肽生物信息学分析在Neurospora crassa phyA基因鉴定中的应用

目的 对Neurospom crassa基因组中与黑曲霉phyA具有46.85%相似性的EAA33149.1蛋白基因进行鉴定并确定其功能.方法 利片j信号肽预测软件SignalP 3.0 Server,真核蛋白序列中精氨酸和赖氮酸前导肽切割位点以及信号肽切割位点预测软件PmP 1.0 server,跨膜结构域预测软件Tmpred和TMHMM Server v.2.0,GP I锚定位点预测软件big-P I Predictot以及哑细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01对EAA33149.1蛋白基因进行预测分析,根据分析结果将该基冈克隆到酿酒酵母中表达.结果 确定了该蛋白的信号肽、信号肽切割位点以及分泌途径.重组酿酒酵母表达的54 000重组蛋白,显示了植酸酶活性.结论 初步确定该蛋白基因为N.crassaphyA基因.     

人类pygo1基因的生物信息学分析

目的：对人类pygo1基因编码蛋白质进行结构和功能预测。 方法：利用生物信息学方法和工具对PYGO1蛋白质理化性质、跨膜区域、二级结构、亲（疏）水性进行分析。 结果：PYGO1蛋白氨基酸残基组成中脯氨酸含量最高,分子式C1943H2937N577O635S18,相对分子质量45,等电点6.38;可能为非跨膜的亲水性蛋白;α-螺旋和无规卷曲为其主要结构元件,含有一个植物同源结构域。 结论：人类pygo1基因可能作为转录因子与其他蛋白共同作用调节心脏发育及心脏病的发生过程。     

家兔泛素样小分子修饰因子-2基因克隆与序列分析

目的克隆家兔泛素样小分子修饰因子-2（SUMO-2）基因,并预测其蛋白质结构和功能。方法应用分子克隆技术从家兔肝组织中克隆SUMO．2基因,用DNAMAN、CBS等生物软件及网络分析平台分析克隆所得到的SUMO-2基因序列及其编码的蛋白结构。结果测序结果显示成功克隆家兔SUMO-2基因片段,序列分析显示氨基酸序列与其他物种源性SUMO-2同源性较高。家兔SUMO-2蛋白氨基酸序列相对分子质量为10826．9,等电点为4．70,蛋白主要以无规则卷曲形式存在（56．84％）,可能含有1个N-糖基化位点,2个N．豆蔻酰化位点,1个丝氨酸磷酸化位点,2个苏氨酸磷酸化位点及2个蛋白激酶C磷酸化位点。无信号肽区域。无跨膜区,该蛋白可能为可溶性蛋白。结论成功克隆家兔SUMO-2基因,为进-步研究SUMO-2与肝纤维化的关系及其功能奠定基础。     

结核分枝杆菌SepF蛋白的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法分析结核分枝杆菌的Rv2147c基因及其编码的SepF蛋白结构和功能。方法：自NCBI网站获取Rv2147c基因及SepF蛋白的基本信息;使用Protparam和ProtScale预测SepF蛋白的理化性质和亲疏水性;使用SignaIP6.0 Server、DEEP TMHMM和NetPhos3.1软件预测SepF蛋白的信号肽、跨膜结构及磷酸化位点;使用SOPMA预测SepF蛋白的二级结构,通过SWISS MODEL软件构建该蛋白的三级结构模型;分别使用IEDB和SYFPEITHI预测SepF蛋白的B和T细胞表位;通过STRING数据库预测SepF的相互作用蛋白。结果：Rv2147c基因全长657bp,编码的SepF蛋白氨基酸数为218,分子式为C₁₀₉₅H₁₆₆₈N₃₂₀O₃₃₇S₁₀。SepF蛋白含有磷酸化位点和抗原表位。结论：生物信息学方法分析SepF蛋白含有一个保守的结构域,其结构域与结核分枝杆菌耐药性的产生密切相关,为抗结核药物靶点的选择提供了...     

Bioinformatics Analysis on the Structure and Function of Malate Dehydrogenase Gene of Taenia solium

目的:分析和预测猪带绦虫苹果酸脱氢酶的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的工具,结合Pcgene和Vector NTI suite生物信息学分析软件包,从猪带绦虫全长cDNA质粒文库中识别苹果酸脱氢酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果:该基因编码332个氨基酸,为全长基因.GenBank中与细粒棘球绦虫苹果酸脱氢酶序列同源性最高,理论分子量为36459.2 Da.预测编码蛋白无跨膜区,无二硫键,稳定性较好.与吸虫属的苹果酸脱氢酶进化关系最近.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫Cd-NA文库中筛选出了猪带绦虫核糖体Cdna全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

人血管紧张素转换酶2编码蛋白功能的生物信息学分析

目的 研究人血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)基因编码的蛋白分子结构,从生物信息学角度分析其与心肌损伤的联系。方法 利用生物信息学手段,对人ACE2蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化修饰位点、空间结构、组织表达、蛋白质相互作用及序列同源性等多方面进行功能分析。结果 人ACE2是酸性的不稳定性亲水性蛋白,信号肽和跨膜区域皆有,定位于细胞膜和胞外基质的可能性最大。二级结构含α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲,属于Gluzincin和Collectrin超家族。基因本体(gene ontology, GO)以及组织表达等分析显示,主要功能涉及肾素-血管紧张素系统(renin angiotensin system, RAS)性动脉血压调控;参与血管紧张素原对血管紧张素的代谢过程等多种信号通路。它在人体多个组织存在特异性表达,心脏位居前列。结论 人ACE2编码蛋白的生物学功能具有较强的广泛性,在很多机制上都可以试着开展与心肌损伤关联性的探讨。