整合生物信息学分析筛选宫颈癌的关键预后生物标志物

目的 通过生物信息学分析鉴定宫颈癌(cervical cancer,CC)的潜在诊断、预后基因.方法 下载GEO数据库中GSE90738数据集和TCGA数据库中的宫颈癌转录组数据用于生物信息学分析.使用R软件中"Limma"包分别鉴定GSE90738数据集和TCGA数据库中宫颈肿瘤组织与宫颈正常组织间的差异表达基因,使...     

基于TCGA数据库分析胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系

目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系.方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据.在G...     

心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构

目的:构建心力衰竭相关基因和蛋白质的数据库,为心血管疾病分子生物学研究提供信息服务.方法:以美国国立生物技术信息中心、欧洲分子生物信息学实验室、美国国立图书馆等知名生物信息组织提供的数据库集群作为信息数据来源;根据心力衰竭的特点设计数据库的结构;编写软件从上述信息资源中自动获取数据,进行分类整理,存入数据库,利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索.结果:经过对现有基因和蛋白质数据库的检索,目前确定了407条与心衰相关的基因,4 046条相关核酸序列和蛋白质序列;建立心力衰竭相关基因和蛋白质数据库,并对其内容进行初步分析.实现了网上发布和查询.结论:通过整合现有相关信息,建立了一个与心衰相关基因和蛋白质的二级数据库,为心力衰竭的分子生物学研究提供一个新工具.     

大鼠小脑外形数据集三维重建方法的探索

目的 建立大鼠小脑外形三维重构的可视化数据集. 方法 采用小脑连续切片,同时建立采集切片后的图像数据,切片经尼氏染色后,用数码相机采集图像,尼氏染色后的图像与切片时采集的图像配准,进行图层合并,获取原始图像数据库,并对数据库中的数据进行人工配准及分割,应用Amira 4.1.1软件对分割后的数据库进行三维重建. 结果获得大鼠小脑外形微细结构信息的数据库. 结论 本法是将传统的由组织切片进行三维重建技术与用于虚拟人研究的机床铣切及同步数据采集系统相结合的新方法,适用于组织微细结构的三维重建.     

基于肿瘤基因组图谱数据库分析血管活性肠肽受体1基因在肺腺癌组织中的表达及其临床意义

目的 基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析血管活性肠肽受体1(VIPR1)基因在肺腺癌组织中的表达及临床意义.方法 下载TCGA数据库中肺腺癌组织和正常肺组织的转录组数据及临床数据,分析VIPR1在肺腺癌组织和正常肺组织中的表达差异以及高、低表达水平对患者预后、临床病理特征的影响.采用基因集富集分析(GSEA)软件...     

补体C3a受体1与低级别胶质瘤预后及免疫细胞浸润的关系

目的 借助癌症基因组图谱(TCGA)数据库研究低级别胶质瘤(LGG)组织中补体C3a受体1(C3AR1)的表达水平及其与LGG患者预后及肿瘤免疫细胞浸润的关系.方法 从TCGA数据库下载514例LGG患者的基因表达谱数据和临床信息.比较C3AR1基因在LGG组织和正常组织中的表达水平,分析不同WHO分级LGG组织样本中...     

上调的细胞周期相关蛋白在胃癌中的作用研究

目的 进一步研究胃癌发病机制.方法 富集分析3个GEO数据集筛选出的差异基因,利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用图,使用Cytoscape软件筛选关键基因.通过TCGA数据库验证关键基因的差异表达.利用Western blotting和实时荧光定量PCR (qPCR)检测胃癌组织中细胞周期相关基因的蛋白和mRNA...     

肿瘤登记数据库的临床应用

随着肿瘤发病率及死亡率的急剧上升,其研究已成为医学研究的焦点,肿瘤数据资料具有数据量大、无序、检索不方便的特点,这就对资料的搜集与统计分析提出了更高要求,肿瘤登记数据库应运而生,它作为循证医学发展的产物,适用于对大量无序的肿瘤相关数据进行组织管理和快速的查询检索.着重介绍SEER数据库,总结国内外肿瘤登记数据库的临床应用情况及存在问题.     

基于加权基因共表达网络分析识别F2RL1为结直肠癌的核心致病基因

目的 通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证.方法 从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据.通过差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异共表达基因.对差异共表...     

宫颈癌中SLC39A6基因表达及其调节上皮间质转化的研究

目的 研究SLC39A6在宫颈癌中表达的临床意义及其对宫颈癌细胞功能的影响.方法 基于GEO数据库中已有数据对SLC39A6在正常组织及肿瘤组织中的表达进行meta分析,继而在组织芯片上进行验证.通过TCGA数据库中数据对SLC39A6表达与宫颈癌患者的生存期进行相关性分析.通过RNAi技术结合慢病毒技术,对人宫颈癌细胞(Hela)中SLC39A6进行稳定干扰,研究SLC39A6基因干扰对宫颈癌细胞上皮间质转化(EMT)及转移能力的影响.结果 通过GEO数据集和TCGA数据库中分析表明,宫颈癌组织中SLC39A6表达明显高于正常组织,且SLC39A6基因表达与患者总生存期及无病生存期呈负相关.干扰SLC39A6可明显抑制宫颈癌细胞上皮间质转化及转移能力.结论 SLC39A6与宫颈癌发生发展密切相关,SLC39A6可调控宫颈癌细胞转移,进而影响宫颈癌患者预后,表明SLC39A6可作为潜在的宫颈癌诊断标志物及治疗靶点.