基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学探究1-脱氧野尻霉素治疗2型糖尿病的作用机制

目的 运用网络药理学探讨1-脱氧野尻霉素(1-Deoxynojirimycin, DNJ)治疗2型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus, T2DM)的潜在作用机制。方法 在SwissTargetPrediction网站检索获取DNJ的潜在靶点,应用GeneCards、OMIM数据库筛选2型糖尿病相关靶点;使用STRING11.0数据库结合Cytoscape3.7.2软件构建靶点相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络并进行可视化,同时使用Cytoscape3.7.2软件的Cytohubba和MCODE插件挖掘DNJ作用于T2DM的PPI网络的核心靶点,最后利用Metascape数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路分析。结果 获得DNJ与T2DM共同靶点72个,核心靶点包括MGAM、CNR1、GLA、GLB1、SI、MANBA和DRD2;GO和KEGG富集分析发现DNJ主要涉及化学突触传递、顺行突触信号、碳水化合物代谢过程等生物学过程,通过调节神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢等发挥2型糖尿病治疗作用,并且通路中关键靶点涉及MGAM、CNR1、GLA、GLB1、SI、MANBA和DRD2核心靶点。结论 初步探讨了1-脱氧野尻霉素治疗2型糖尿病的分子机制,提示1-脱氧野尻霉素可能通过多靶点、多通路发挥2型糖尿病治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺饮治疗支气管哮喘的作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学探究清肺达原颗粒治疗肺炎的药理作用机制

采用网络药理学方法研究清肺达原颗粒治疗肺炎的潜在作用机制。利用中药整合药理学平台(TCMIP)获取清肺达原颗粒的活性成分及其相关靶标;利用Cytoscape 3.7.2软件构建"成分-靶标-疾病"网络与PPI网络;在TCMIP平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,获取清肺达原颗粒治疗肺炎的"中药材-化学成分-关键靶标-作用通路"的多维网络分析结果,探讨其多成分多靶点多作用通路治疗肺炎的作用机制。在清肺达原颗粒中筛选出474个活性成分和865个药物作用靶点;其核心靶标为NF-κB、TNF-α、MAPK3、IL-1β、PTGS、CASP3等;GO功能富集分析表明药物可能通过免疫调节、细胞凋亡等干预炎症;KEGG信号通路分析表明主要与糖尿病并发症AGE-RAGE通路、IL-17通路、T细胞受体通路、肿瘤坏死因子信号通路等密切相关。清肺达原颗粒能通过多成分、多靶点、多途径的作用方式,从炎症反应、免疫调节等发挥其治疗肺炎的作用。     

基于网络药理学探讨左金丸治疗功能性消化不良作用机制

目的 基于网络药理学分析左金丸治疗功能性消化不良（FD）的作用靶点和分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得左金丸的有效成分及作用靶点,检索GeneCards数据库获取FD的疾病靶点,并使用韦恩图获取药物与疾病的共同靶点。采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,使用Cytoscape 3.7.1进行PPI网络拓扑分析。使用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape 3.7.1构建“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络。结果 获得左金丸33个有效成分,作用靶点203个,其关键有效成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、吴茱萸次碱、氢化小檗碱等,关键靶点为AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA。GO功能富集到1 989个条目,KEGG通路富集到202条通路,主要包括癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎等。结论 左金丸治疗FD具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过调控AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA等核心靶点和PI3K-Akt信号通路等,发挥抗凋亡、抗炎、...     

基于网络药理学预测红花治疗心肌缺血的作用机制

目的基于网络药理学方法预测红花治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索心肌缺血相关疾病靶点。获取红花中有效成分的靶点和心肌缺血疾病相关靶基因的共同靶基因。针对共同靶基因,通过在线STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建可视化的"化合物-靶点-通路"网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到22种潜在的药效成分,218个化合物靶点,531个心肌缺血相关靶基因;后两者取交集后获得39个共同靶点。PPI网络自由度较高的节点为白细胞介素(IL)-6、白蛋白、血管内皮生长因子A、丝裂原激活蛋白激酶8、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3。GO功能富集分析得到48个GO条目,KEGG通路富集分析得到114条信号通路。结论红花可能是通过调节激活转录因子结合、雌激素受体结合、半胱氨酸型内肽酶活性、核激素受体结合、DNA结合转录激活活性等靶点,调控流体切应力...     

基于网络药理学方法研究决明子活性成分治疗动脉粥样硬化的分子机制

目的 应用网络药理学方法初步研究决明子抗动脉粥样硬化可能的有效活性成分和潜在靶点。方法 通过TCMSP和SwissTargetPrediction数据库收集决明子主要活性成分及其潜在靶点，GeneCards、OMIM、TTD and DrugBank数据库挖掘AS相关靶点。利用R语言筛选药物与疾病间的交集靶点并绘制Venny图。应用String平台构建蛋白质相互作用网络，Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析。基于DAVID网站完成富集分析，并利用R语言使结果可视化。利用Cytoscape 3.7.2软件建立决明子活性成分-靶点-通路网络，并分别生成14个活性成分作用网络。结果 TCMSP数据库中共检索到aloe-emodin、Obtusin、quinizarin等决明子有效活性成分14个，有效活性成分潜在靶点542个。与挖掘到的574个动脉粥样硬化靶点取交集，共获得99个共同靶点。经Cytoscape 3.7.2软件拓扑分析后筛选出前20位核心靶点，包括SRC、JUN、MAPK8、MAPK14、CTNNB1等。GO富集分析共获得平滑肌细胞增殖的正调控、炎症反应等340个生物过程；KEGG通路富集分析得出104条通路，涉及VEGF、TNF和花生四烯酸代谢等通路。蒽醌类化合物主要作用于IL-17、TNF、VEGF、动脉粥样硬化流体剪切力和脂质代谢等靶点和通路；苯并吡喃酮类化合物主要作用于糖尿病性心肌病、动脉粥样硬化流体剪切力、VEGF、血小板活化、花生四烯酸代谢等靶点和通路。结论 决明子治疗动脉粥样硬化具有多成分、多靶点、多通路的特点，主要通过影响炎症反应、氧化应激、血管新生和斑块稳定性等病理生理过程发挥治疗AS的作用。     

基于网络药理学探寻银芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎抑制机制的研究

目的探寻银芩口服液治疗儿童新型冠状病毒肺炎(Corona virus disease 2019,COVID-19)的潜在成分及作用机制。方法借助TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取金银花、黄芩、柴胡、蝉蜕四味中药的活性成分和作用靶点。利用蛋白质数据库UniProt和人类基因数据库GeneCards进行靶点与基因的转换,借助Cytoscape3.7.2构建"活性成分-靶点"网络并进行拓扑分析,利用R软件进行GO和KEGG功能富集分析。结果银芩口服液共筛选出56个化合物和相应靶点266个,关键靶点涉及PTGS1、GSK3β、NCOA2、ESR2、ESR1等。GO富集共涉及237个生物过程、65种分子功能、54种细胞组成。KEGG通路66个条目,涉及网络神经信号传递通路、肿瘤相关通路、cAMP信号通路等。分子对接结果发现柴胡、黄芩、金银花中含有较多潜在抗COVID-19活性成分,其中以柴胡皂苷(A、D)、黄芩素、异黄蝶呤亲和力最强。结论银芩口服液中的有效成分可能通过抗病毒、抑制炎症因子、调节免疫等途径调控多条通路,为进一步阐明银芩口服液治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制提供了研究方向。     

基于网络药理学和分子对接技术研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病（Alzheimer's disease,AD）的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到相关通路65条（P<0.05）。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。      

基于网络药理学的墨旱莲-女贞子药对“异病同治”糖尿病肾病与糖尿病视网膜病变的机制研究

[目的]通过网络药理学的方法,研究墨旱莲-女贞子药对"异病同治"糖尿病肾病(DN)与糖尿病视网膜病变(DR)的药理作用机制,验证国医大师吕仁和教授治疗DN与DR的临床经验。[方法]利用TCMSP、TCMID和Uniprot数据库,搜集并获取墨旱莲、女贞子的化学成分及其作用靶点。利用NCBI-gene、Genecards和OMIM数据库搜集DN和DR的疾病相关靶点。通过String数据库、Cytoscape3.7.2软件、TBtools软件构建药物靶点蛋白相互作用网络,获取交集靶点。利用BioGPS数据库和Cytoscape3.7.2软件构建作用靶点-组织分布网络图,运用GO数据库和Cytoscape3.7.2软件的ClueGO插件对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。[结果]墨旱莲-女贞子药对主要含有14个活性成分和124个潜在作用靶点,DN相关靶点2 614个,DR相关靶点2 587个,其中药对同时作用于DN和DR的共同靶点有63个。有11个作用靶点在胰岛、视网膜和肾脏高表达,KEGG富集分析得到共同靶点主要富集在糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等115条通路上,涉及对含氧化合物的反应、细胞对化学刺激的反应、对脂质的反应和细胞群增殖的调节等1 686个生物过程。[结论]墨旱莲-女贞子药对可能通过调节多个靶点、多条通路和多个生物反应过程,达到对DN与DR的"异病同治"作用,为吕仁和教授的临床经验用药提供了网络药理学验证,也为今后进一步研究墨旱莲-女贞子药对的药理作用机制提供了依据。     

基于网络药理学探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制

目的基于网络药理学探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制。方法结合中药系统药理学数据库与分析平台和文献筛选桂枝芍药知母汤的活性成分和对应靶点。借助GeneCards、OMIM、DisGeNET及TTD数据库检索痛风相关靶点,并将药物与疾病靶点取交集。运用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-靶点-成分网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络,借助R 4.0.3软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果预测桂枝芍药知母汤的活性成分125个,药物-疾病共同靶点60个。GO功能富集分析主要涉及磷酸酶结合、金属内肽酶活性、MAPK活性、转录因子结合、氧化还原酶活性等分子功能,KEGG富集分析显示TNF信号通路、TLR信号通路、IL-17信号通路、Th17细胞分化、CLR信号通路、NF-κB信号通路等与痛风密切相关。结论桂枝芍药知母汤在治疗痛风的炎症反应、尿酸代谢紊乱和骨破坏等多个环节中发挥显著作用,为今后临床试验和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制

目的 运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法 在中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中药分子机制的生物信息学分析网络（Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）等数据平台筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分与靶点;并通过相关疾病靶点数据库检索心理应激哮喘的相关靶点;通过韦恩图得到哮喘宁颗粒与心理应激哮喘之共同靶点,利用Cytoscape 3.7.2建立"药物-成分-靶点"作用网络,然后使用STRING数据库进行化合物-疾病共同靶点的蛋白互作分析（protein-protein interaction,PPI）,运用Cytoscape 3.7.2的插件MCODE、cytohubba及拓扑运算后筛选关键靶点;利用David数据库进行基因本体（Gene Ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。结果 筛选出哮喘宁颗粒39个主要有效成分和121个交集预测靶点,心理应激哮喘靶点1 063个;通过韦恩图得到共同靶点72个,继用cytohubba插件及拓扑运算得到重要基因,通过MCODE筛选出基因互作模块,从而得到MAPK1、MAPK8、TNF、VEGFA、EGF、PTGS2、JUN、IL-6等交集靶点;通过GO和KEGG富集分析得知这些靶点涉及信号转导、细胞增生正调控、MAPK信号通路激活等生物学过程,神经活性配体受体相互作用、TNF、NOD样受体、Toll样受体、钙离子、T细胞受体、PI3K-Akt等信号通路。结论 哮喘宁颗粒可能通过多种有效成分作用于神经机制、免疫炎性反应、细胞增生等方面以综合调节"神经-内分泌-免疫"网络,从而防治心理应激哮喘。     

基于网络药理学预测芹菜素治疗系统性红斑狼疮的机制

目的 通过网络药理学预测芹菜素治疗系统性红斑狼疮（SLE）的潜在靶点以及涉及的信号通路。方法 通过SwissTargetPrediction及PharmMapper数据库预测芹菜素的潜在靶点,用OMIM、GeneCards、DrugBank和PharmGKB等数据库收集SLE疾病相关靶点。从STRING数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）,并运用Cytoscape 3.8.2软件绘制芹菜素-SLE的PPI图,并筛选核心靶点。基于DAVID数据库和Bioconductor生物信息软件包对共同靶点进行基因功能（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过双荧光素酶报告基因实验验证芹菜素对所筛选通路的调控作用。结果 共筛选出芹菜素潜在靶点77个,SLE相关靶点1016个,芹菜素-SLE共同靶点21个,其中核心靶点3个：ALB、HSP90AA1、ESR1;GO分析结果包括37条生物学功能、12条细胞组成过程和26条分子功能过程;KEGG通路分析显示与12条通路相关,主要涉及雌激素信号通路、NF-κB信号通路、精氨酸和脯氨酸代谢通路等经典通路。双荧光素酶报告基因实...     

基于生物信息学筛选小细胞肺癌相关关键基因

目的 筛选与小细胞肺癌(SCLC)相关的关键基因,为后续生物学功能研究提供分子靶标。方法 首先从基因表达综合数据库(GEO)提取含有SCLC癌组织和癌旁组织基因表达数据的数据集GSE43346和GSE40275,用GEO2R在线程序分析SCLC癌组织和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs)。使用DAVID数据库对SCLC的DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库构建DEGs的蛋白质相互作用网络(PPI),并用Cytoscape软件作图。使用Cytoscape中的MCODE和cytoHubba插件分析重要的功能模块及子模块中的关键基因。结果 GEO数据分析结果显示,SCLC癌组织和癌旁组织共有232个DEGs(151上调基因,81个下调基因)。GO富集分析结果显示,DEGs主要参与细胞分裂等生物过程,构成细胞核等细胞组分,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs主要富集于细胞周期、HTLV-I感染、癌症通路等。经过构建PPI网络,分析其重要的功能模块及其关键基因,结果鉴定出10个关键基因可...     

基于网络药理学的大柴胡汤治疗2型糖尿病机制探讨

目的运用网络药理学研究大柴胡汤治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)筛选大柴胡汤主要化学成分和靶点,通过Gene Cards获得2型糖尿病相关靶点基因,将药物靶点基因和疾病靶点映射而得到大柴胡汤治疗2型糖尿病的预测靶点。利用Cytoscape 3.6.0软件构建中药化合物-靶点网络与蛋白互作网络(PPI)。利用DAVID 6.8数据库进行交集基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果大柴胡汤治疗2型糖尿病有效成分98个,相关靶点260个,关键靶点35个。GO分析包括生物学进程625个,细胞组分71个和分子功能129个。KEGG通路富集分析包括134条信号通路,主要与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、细胞凋亡信号通路等密切相关。结论大柴胡汤主要通过作用于炎症反应、胰岛素抵抗、胰岛β细胞凋亡、血管增生等多方面治疗2型糖尿病。     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点，通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点；借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图；运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个，对应靶点238个；DN相关靶点740个，大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点，拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示，涉及74个生物功能，46个细胞功能，92个分子功能；干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...     

熊去氧胆酸抗肝纤维化的网络药理学研究

目的 通过网络药理学方法探讨熊去氧胆酸(Ursodeoxycholic Acid, UDCA)抗肝纤维化的作用机制。方法 通过PubChem数据库查找UDCA的分子结构并下载SDF格式文件,经PharmMapper服务器筛选UDCA所对应的靶标基因。通过GeneCards、OMIM数据库筛选肝纤维化的靶标基因。采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-靶点-疾病”网络图,利用STRING数据库绘制蛋白相互作用网络(PPI),对相关靶点进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析。结果 经筛选后获得UDCA作用于肝纤维化的靶点有35个,GO和KEGG富集分析结果表明,UDCA主要涉及GTP结合、嘌呤核糖核苷结合、嘌呤核苷结合、核糖核苷结合、鸟苷酸结合、泛素蛋白连接酶结合等生物学功能,通过调节流体剪应力与动脉粥样硬化通路发挥抗肝纤维化作用。结论 UDCA抗肝纤维化可能是多靶点、多层次的,为进一步研究提供思路与依据。     

基于网络药理学探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制

目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...