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1.
目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达。方法 从对照组(不添加ghrelin)和实验组(添加600 ng/mL ghrelin 24 h)的人卵巢癌细胞株SKOV-3中分别提取RNA进行测序,筛选出实验组发生差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集,对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个(上调130个,下调106个);差异表达mRNA有71个(上调66个,下调5个)。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示:这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运,氧化应激反应及发育过程相关,并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异,其可能参与卵巢癌的发生、发展,提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。 相似文献
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食管癌是临床常见消化道恶性肿瘤,具有较高的发病率和死亡率,由于早期症状不典型,多数患者确诊时已处于中晚期,治疗效果欠佳。目前对食管癌发病机制的认识有限,基本认为是基因-遗传-环境互作的结果,但目前尚无确切定论,且缺乏有效的治疗方法。因此,明确食管癌潜在发病机制对于临床早期筛查、诊断、治疗和预后等均具有重要意义。其中,长链非编码RNA(long noncoding RNA, LncRNA)是肿瘤诊断、治疗和预后评估的新型生物标志物,在肿瘤细胞的分化、增殖、凋亡、侵袭和转移中扮演着重要角色,介导包括食管癌在内的多种恶性肿瘤的发生与发展。LncRNA在食管癌中具有抑癌和促癌的双重角色,但文献报道较为零散,且LncRNA介导食管癌发生与发展的作用机制尚不完全明确。基于此,文章就LncRNA在食管癌发生发展中的双重调控机制进行系统综述,旨在明确LncRNA如何影响食管癌的发生与发展,以期为食管癌的临床防治提供新思路。 相似文献
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目的探讨lncRNA CASC11在非小细胞肺癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法收集2016年2月—2018年2月在辽宁中置盛京老年病医院进行手术治疗的69例非小细胞肺癌患者的癌组织及癌旁组织,采用实时荧光定量PCR检测lncRNA CASC11的表达,并分析lncRNA CASC11表达水平与临床特征的相关性。利用GEPIA网站分析来自TCGA和GTEx项目的518例非小细胞肺癌组织以及207例对照样本组织中lncRNA CASC11的表达及其与预后的关系。结果实时荧光定量PCR检测结果显示,非小细胞肺癌组织中lncRNA CASC11的表达水平高于癌旁组织[(0.090±0.005)vs(0.177±0.011),t=0.003,P<0.001];lncRNA CASC11表达水平与肿瘤大小、TNM分期有关(P<0.05)。GEPIA网站分析结果显示,lncRNA CASC11在非小细胞肺癌组织中的表达水平高于正常组织[(0.181±0.021)vs (0.072±0.003),P<0.05];lncRNA CASC11的表达水平越高,患者的预后越差,但... 相似文献
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张绍平徐怡 《南昌大学学报(医学版)》2020,60(6):33
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)DILC在胆囊癌中的表达及意义。方法用实时荧光定量PCR法检测80例胆囊癌组织标本(胆囊癌组)和30例慢性胆囊炎组织标本(对照组)中胆囊癌细胞GBC-SD和人胆囊上皮细胞HGBEC中DILC基因表达水平。以DILC表达量的中位数为截断值,将胆囊癌患者分为高表达组和低表达组,并比较这2组临床病理特征。建立Cox比例风险模型分析影响生存预后的因素。通过转染DILC siRNA下调GBC-SD细胞中DILC的表达,用Transwell侵袭实验检测细胞侵袭能力;细胞划痕实验检测细胞迁移能力。结果胆囊癌组DILC相对表达量明显高于对照组(P<0.05)。GBC-SD细胞DILC相对表达量明显高于HGBEC细胞(P<0.05)。高表达组T分期为T3—T4期、TNM分期为Ⅲ—Ⅳ期的占比明显高于低表达组(P<0.05)。T分期(T3—T4)、淋巴结转移、TNM分期(Ⅲ—Ⅳ)、DILC高表达是胆囊癌患者不良预后(生存时间)的独立危险因素(P<0.05)。转染DILC siRNA后,GBC-SD细胞侵袭和迁移能力明显下降(P<0.001)。结论 DILC在胆囊癌组织中高表达,并且与肿瘤分期和生存预后有关。DILC可以促进胆囊癌细胞侵袭和迁移。 相似文献
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目的 探讨长链非编码RNA HOX转录反义RNA(HOTAIR)在卵巢癌组织与正常卵巢组织中的表达差异.方法 对44例卵巢癌组织及14例正常卵巢组织样本采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法检测长链非编码RNA HOTAIR mRNA的表达.结果 卵巢癌组织中HOTAIR mRNA表达高于正常卵巢组织[(1.26±0.27) vs.(0.14±0.09)],差异有统计学意义(P<0.05),病理类型为低度分化及未分化的卵巢癌组织中HOTAIR mRNA表达高于中-低、中-高及高度分化组织[(1.65±0.41) vs.(0.39±0.14)],差异有统计学意义(P<0.05).结论 卵巢癌组织中HOTAIR的表达增高,且癌组织分化越低,HOTAIR表达越高.提示HOTAIR有可能作为发现卵巢癌,并判断其恶性程度的一个分子标志. 相似文献
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目的:发现外周血中与冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)相关的未知长链非编码RNA(LncRNA)。方法:选取临床冠心病组及对照组各3例外周血血浆样本进行LncRNA高通量测序表达谱分析,使用cuffdiff软件获得LncRNA表达谱,计算两组样本间的倍数变化和P?value值,筛选差异表达LncRNA。Q?PCR法验证36对冠心病和正常组外周血浆及外周血单核细胞中的基因表达水平。结果:测序结果分析发现差异表达明显的45个上调表达及29个下调表达的LncRNA。Q?PCR法筛选出3个在冠心病患者外周血单核细胞中上调表达明显的LncRNA:uc003pxg.1,ENST00000565257,ENST00000568324。ROC曲线下面积分别为0.812 5,0.742 4,0.742 4。以上基因在冠心病患者中上调表达均差异显著,与测序结果一致。结论:初步从冠心病患者外周血样本中筛选出上调表达的LncRNA,这为后续深入研究奠定基础,为LncRNA用于冠心病临床早期筛查提供理论依据。 相似文献
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目的:构建基于长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的膀胱癌预后模型,并寻找预后生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载膀胱癌转录组及临床数据,Perl软件和R软件用于数据处理和分析。首先筛选差异表达lncRNA,继而对筛选结果进行单因素Cox回归分析以初步筛选与预后相关的lncRNA,再进一步用Lasso回归分析筛选影响预后的关键lncRNA,并运用多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,运用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者接受特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和C指数对模型进行评价。此外,运用多因素Cox回归分析计算预后模型中各lncRNA的危险比和95%置信区间,并对差异有统计学意义的lncRNA进行K-M生存分析以确定预后生物标志物。结果:单因素Cox回归分析显示,在691个差异表达的lncRNA中, 35个可能与预后相关,其中23个经Lasso回归分析确认为影响预后的关键lncRNA。此外,K-M生存分析结果显示低风险组的总生存时间较高风险组长[(2.85±2.72)年vs. (1.58±1.51)年, P<0.001], ROC曲线显示3年生存率和5年生存率的曲线下面积分别为0.813和0.778,C指数为0.73。多因素Cox回归表明,23个关键lncRNA中有11个lncRNA差异有统计学意义,进一步的K-M生存分析表明,其中有3个lncRNA可能具有独立的预后价值,包括lncRNA AL589765.1(P = 0.004), AC023824.1(P = 0.022)和PKN2-AS1(P = 0.016)。结论:通过生物信息学分析,成功构建了基于23个lncRNA表达水平的膀胱癌预后模型,预测准确性中等,并确定了一个保护性预后生物标志物AL589765.1,以及两个不利的预后生物标志物AC023824.1和PKN2-AS1。 相似文献
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目的 探究内质网应激反应也称为未折叠蛋白效应(unfolded protein response, UPR)激活后小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryonic fibroblasts, MEFs)的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)表达谱。 方法 分离13天的小鼠胚胎获得并培养MEFs,采用内质网应激反应诱导剂衣霉素(tunicamycin)处理细胞16h后发生UPR;以未处理的MEFs作为阴性对照,采用基因芯片技术检测lncRNA表达谱,实时荧光定量PCR(real-time PCR)验证lncRNA芯片结果并进行生物信息学分析。 结果 与未使用衣霉素处理的MEFs相比, 衣霉素处理的MEFs有411个lncRNAs表达量出现显著上调,790个lncRNAs出现显著下调;实时荧光定量PCR验证部分lncRNAs表达结果与芯片一致;高级生物信息学分析分析了显著变化的lncRNAs并提示它们可能参与了细胞内许多生物学过程的调控。 结论 lncRNA 表达谱及生物信息学分析提示lncRNA在UPR激活后的细胞功能中可能发挥重要作用。 相似文献
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目的 探讨长链非编码RNA (long non-coding RNA,LncRNA) SOX21-AS1在宫颈癌中的表达及其临床诊断价值.方法 收集宫颈脱落细胞学标本共43例,其中正常23例,宫颈癌20例.采用实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reac... 相似文献
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目的探讨LncRNA MIR155HG在慢性心力衰竭(CHF)患者血清中的表达及其作为慢性心力衰竭患者生物标志物的潜能。方法收集2016年1月至2018年01月我院收治的93例CHF患者(心功能Ⅰ级22例,Ⅱ级24例;Ⅲ级21例;Ⅳ级26例),同时收集同期健康体检者33例作为对照组,QRT-PCR检测血清MIR155HG的表达,分析MIR155HG的表达与临床病理参数的相关性及其作为生物标志物潜能。结果慢性心力衰竭患者血清中MIR155HG的表达水平(7. 755±0. 449)较健康对照组(1. 199±0. 218)显著升高,差异有统计学意义(P<0. 05); MIR155HG在心功能Ⅰ级~Ⅳ级的CHF患者中的表达水平逐渐升高,各组间差异有统计学意义(P<0. 05)。心肌梗死后重度左室重构患者血清MIR155HG的表达较无左室重构患者明显增高,差异有统计学意义(P<0. 05),在重度左室重构患者心肌梗死后早期(1-3个月) MIR155HG升高缓慢,随后开始持续升高,差异有统计学意义(P<0. 05)。而无论是缺血性还是非缺血性心力衰竭患者血清MIR155HG的表达均较心肌梗死后1年心室重构患者明显增高,差异有统计学意义(P<0. 05)。血清MIR155HG的表达与左室舒张末期容积呈正相关关系(r=0. 672,P<0. 001),与左室射血分数呈负相关关系(r=-0. 630,P<0. 001)。结论血清MIR155HG水平的高低与慢性心力衰竭具有一定的相关性,可以间接的反映心力衰竭的严重程度。 相似文献
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目的 :利用mRNA差异显示技术研究正常卵巢上皮和卵巢上皮癌之间的基因表达差异状况 ,筛选和克隆卵巢上皮癌相关基因。方法 :通过DD PCR分析正常卵巢上皮和卵巢上皮癌总RNA将差异片段分离并显示出来 ,将其回收 ,利用基因克隆技术将其筛选和克隆出来作为探针进行斑点杂交鉴定、DNA序列测定、通过国际互联网络检索GenBank进行同源性分析。结果 :共筛选克隆鉴定 6个差异显示片段。其中 4个为未知基因片段 ,已收录入GenBank ,GenBank登录号为AF136 413~AF136 417。两个为已知基因片段 ,其中一个克隆 3AOSKN3与GenBank中染色体 17hCIT克隆 98%同源。另外一个克隆 3AON2 8与GenBank中人类NADH :辅酶Q氧化还原酶有 99%的同源性 ,研究表明该基因与肿瘤相关。结论 :上述结果证明mRNA差异显示方法和杂交分析结合已成为一种敏感、高效、快速的差异表达基因的克隆技术 相似文献
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目的:探讨miR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及作为胰腺癌的诊断指标的意义,并进行生物信息学分析。方法:从GEO数据库收集胰腺癌和正常胰腺组织中miR-199a-3p的数据。汇总数据绘制受试者工作特征曲线,进行Meta分析,采用生物信息学方法预测miR-199a-3p的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到6个GEO数据,4个数据的ROC曲线表现出显著的诊断意义,Meta分析结果显示miR-199a-3p在胰腺癌中表达水平高于正常胰腺组织,差异有统计学意义(P<0.001)。预测到221个miR-199a-3p潜在的靶基因,其功能主要富集在基因表达的调控,细胞代谢的调控,蛋白质域特异性结合等生物学过程(P<0.001),KEGG分析结果显示主要集中在PI3K-Akt通路、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调控、癌症通路、Hippo通路、鞘脂通路、ErbB通路、MAPK通路等通路(P<0.05)。结论:相比正常胰腺组织,miR-199a-3p在胰腺癌为高表达,可作为胰腺癌的一个潜在诊断指标,并可能在胰腺癌的发生发展中起到重要作用,为胰腺癌的研究和治疗提供了新的方向。 相似文献
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目的:构建二甲基苯并蒽(9,10-Dimethylen-1,2Benzanthracene,DMBA)诱导金黄地鼠颊囊黏膜癌变过程中基因差异表达谱,用相关生物信息学分析方法筛选在癌变过程中起重要作用的基因和信号通路.方法:用DMBA诱导建立金黄地鼠颊鳞癌模型,以Ratio≥2和Ratio≤0.5为阈值,用Agilent全基因表达谱芯片检测金黄地鼠颊囊黏膜癌变的差异表达基因,并对这些差异基因进行(Gene ontology,GO)功能分类和Pathway通路分析.结果:金黄地鼠正常颊黏膜和癌变组织之间共有1 943条差异表达基因,其中上调基因787条,下调基因1 156条;GO分析差异表达基因涉及结构分子相关基因群、转录调控相关基因群和代谢相关基因群等10类;Pathway分析在颊黏膜癌变中共有27条通路发生显著性异常改变,有136条差异基因在以上27条异常通路上发生富集,其中Ppp3r2、Actn1、Src等13条基因均分别富集在3条以上异常改变的通路上.结论:金黄地鼠颊癌的发生共有1 943条基因发生差异表达和27条通路发生异常改变,其中Ppp3r2、Actn1、Src等13条基因是导致细胞通路改变而最终发生癌变的重要致病基因,针对以上基因和通路的深入研究,将有助于揭示口腔黏膜癌变的分子机制,并为基因治疗提供新的靶点. 相似文献
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《中国现代医生》2021,59(29):21-23+27
目的 分析IGF2 基因在卵巢癌组织中表达及变化。方法 选取2018 年2 月至2019 年4 月中山大学附属第八医院(深圳福田)妇产科收治的72 例卵巢癌患者为对象,根据其IGF2 基因表达情况分为高表达组、低表达组各41 例、31 例,选取同期72 名健康女性为对照组,用免疫组化实验、qRT-PCR 实验、染色实验,分析IGF2 高表达和低表达在患者一般资料中的差异。结果 IGF2 基因的mRNA 表达,检测方法为qRT-PCR,检测显示,在卵巢癌组织细胞中的IGF2 高表达,与正常卵巢组织比较,癌细胞中IGF2 水平较高,差异有统计学意义(P<0.05);IGF2 蛋白的表达,检测方法为Western-blot,检测显示在正常卵巢组织中IGF2 蛋白表达正常,在癌细胞组织中呈现高表达,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 ①IGF2 基因在卵巢癌组织的表达明显高于正常卵巢组织和癌旁组织,且其表达与患者的病理分级显著相关;②IGF2 基因表达与卵巢癌患者生存时间密切相关,是一个重要的不良预后因素。 相似文献
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目的 探讨lncRNA SOX2OT在卵巢癌细胞系中相对表达情况,评估其对卵巢癌生物学行为的影响。 方法 将2017年4月—2019年4月宁波市鄞州人民医院治疗的112例卵巢癌患者纳入研究,分析卵巢癌及卵巢癌旁组织、卵巢癌细胞系lncRNA SOX2OT表达情况,并测试其影响增殖及周期、迁移状况。 结果 卵巢癌组织内SOX2OT mRNA表达(3.50±0.13)高于癌旁组织(1.59±0.21,t=81.045,P<0.01);HO-8910PM细胞株内lncRNA SOX2OT表达(5.78±0.04)高于HO-8910细胞株(1.05±0.11,t=405.918,P<0.05)。空白对照组克隆细胞数、迁移细胞数、侵袭细胞数高于siSOX2OT-1组、siSOX2OT-2组;阴性对照组克隆细胞数、迁移细胞数、侵袭细胞数高于siSOX2OT-1、siSOX2OT-2组(均P<0.01)。子宫内膜样癌、浆液性卵巢癌、黏液性卵巢癌lncRNA SOX2OT表达分别为4.12±0.25、3.68±0.42、3.44±0.31,组间差异无统计学意义(均P>0.05)。 结论 lncRNA SOX2OT在卵巢癌细胞系中呈异常高表达,敲低lncRNA SOX2OT表达可对卵巢癌细胞的增殖及迁移、侵袭进行抑制,加快卵巢癌细胞凋亡。 相似文献
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目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月~2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO(gene ontology)功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调(均P〈0.05)。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关(r=0.983,P〈0.05)。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能(P〈0.01);KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路(P〈0.05)。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。 相似文献
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目的探讨卵巢癌组织Survivin的表达情况。方法运用免疫组织化学S-P法检测卵巢肿瘤组织中凋亡抑制因子Survivin的表达情况,以正常卵巢组织作为正常对照组。结果30例卵巢肿瘤组织Survivin阳性表达25例,阳性率为83.33%,6例正常卵巢组织均无Survivin的表达。卵巢癌组织Survivin阳性表达20例,阳性率为80%,交界性性卵巢肿瘤组织Survivin阳性表达3例,阳性率为60%。各组间比较差异有显著性。结论凋亡抑制因子Survivin在卵巢癌组织中高表达,它可能与卵巢癌的发生、发展有关,并有可能成为卵巢癌治疗的新靶点。 相似文献
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目的 探讨ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达及临床价值。方法 通过Oncomine、TCGA数据库对ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达水平进行分析,UALCAN数据库分析ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者临床性状的相关性,基因富集分析(GSEA)软件分析ENTPD5在上皮性卵巢癌中的可能作用机制,CIBERSORT包探讨ENTPD5的表达量与免疫浸润的相关性。为进一步验证生物信息挖掘结果,RT-qPCR及Western blot检测23例上皮性卵巢癌组织和15例正常卵巢组织中ENTPD5的表达水平,免疫组化法检测50例上皮性卵巢癌石蜡样本和6例正常卵巢石蜡样本中ENTPD5的表达水平。结果 Oncomine、TCGA数据库发现与正常卵巢组织相比,ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中表达显著增高(P<0.05),ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者生存呈负相关(P<0.05)。UALCAN数据库发现ENTPD5表达水平与患者年龄相关。GSEA软件分析发现ENTPD5参与ABC转运蛋白、WNT信号通路、胰岛素信号通路以及糖降解等过程,并在其中高度富集。CIBERSORT包分析显示
ENTPD5表达水平与NK细胞、肥大细胞及嗜酸性粒细胞的含量呈负相关(P<0.05)。RT-qPCR结果提示ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中的表达水平(2.592±0.339)显著高于其在正常卵巢组织表达水平(1.00±0.123)(t=4.312,P<0.01)。Western blot结果提示上皮性卵巢癌组织中的ENTPD5表达显著高于正常卵巢组织(P<0.05)。免疫组化结果提示ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达。结论 ENTPD5在上皮性卵巢癌中高表达,其可能通过参与细胞多种功能过程以及细胞免疫浸润,参与上皮性卵巢
癌的发生发展。 相似文献