基于系统药理学分析透解祛瘟颗粒治疗COVID-19的活性成分

目的 采用系统药理学多维阐释探寻透解祛瘟颗粒（TJQW）治疗新型冠状肺炎（COVID-19）药效物质基础,并筛选活性成分。方法 采用数据库搜寻、文献挖掘与类药性指标筛选确定TJQW化合物、疾病阳性药物及作用靶点,基于活性成分-阳性药物-疾病潜在靶点交联互作明确关键节点靶标,并对其进行 GO 生物过程分析和 KEGG 通路分析,在此基础上针对核心靶标对TJQW组分进行虚拟筛选,构建成分-靶点-通路网络效应图,最后对活性成分分子结构特征进行阐释。结果 从TJQW组方中得到159个化合物,基于活性成分-阳性药物-疾病三者交联得到18个核心节点蛋白,结合新近报道的4个COVID-19相关蛋白共22个靶标构成了COVID-19靶标。虚拟筛选结果显示每个靶标蛋白有14个及以上化合物与其应答,其中与NR1I2蛋白结合效应的分子多达64个,多途径、多成分、多靶点阐释了TJQW抗COVID-19物质基础,共筛选得到与疾病核心靶标结合较好的前30个分子,黄酮类起主导作用。结论 从“关键活性药效分子-疾病关键节点靶标-相关生物学通路”角度来揭示TJQW多个成分、多个靶点和多条通路机制治疗 COVID-19的作用机制药效物质基础,并筛选出前30个活性先导物,为该组方的临床应用和深入开发提供参考。     

柴葛畅源汤预防新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:柴葛畅源汤(CGCYT)是贵州省中医药管理局发布预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的预防方之一,本研究采用网络药理学的技术和方法,筛选其预防COVID-19的作用靶点及探讨其相关的作用机制。方法:在ETCM、TCMSP数据库检索柴葛畅源汤处方药味的化学成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape软件构建化合物-靶点(基因)网络,用DAVID和STRING对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:筛选后共获得柴葛畅源汤活性成分561个,与COVID-19共同作用靶点62个;获得105条GO生物学过程和84条KEGG信号通路。结论:CGCYT预防COVID-19可能与其参与抗病毒,调节细胞增殖、存活、生长、迁移和氧稳态调解等有关。     

基于网络药理学方法探讨败毒散治疗COVID-19的潜在性

目的 基于网络药理学方法筛选出败毒散的潜在成分、作用靶点及其信号通路,探讨败毒散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在性。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对败毒散的药材进行逐一的检索,筛选出潜在活性成分及其对应靶点,应用Cytoscape3.7.2软件对成分和靶点进行网络构建与分析。在GeneCards、TTD等数据库中筛选COVID-19的相关靶点。将通过药物筛选得到的靶点与通过疾病筛选得到的靶点进行交集,在DAVID数据库中进行基因注释的GO分析和信号通路的KEGG富集分析。结果 利用数据库的检索和分析,筛选得到败毒散潜在成分107个,对应靶点189个。GeneCards、TTD数据库中筛选到与COVID-19有关靶点736个,二者取交集得到靶点42个。GO分析条目161条,KEGG信号通路54条。结论 败毒散可能通过多成分、多靶点、多通路,对发挥抗COVID-19具有一定的潜在作用,潜在活性成分对ACE2具有一定的作用。     

基于网络药理学探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的〓本研究通过网络药理学的方法，探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 运用网络药理学对清瘟解热合剂治疗COVID-19的可能作用靶点和通路进行分析，利用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）检索相关化学成分和作用靶点。在OMIM和Genecards数据库中查询与COVID-19相关的靶点。将药物靶点和疾病靶点做韦恩图，得到交集靶点。运用DAVID数据库和KOBAS3.0数据库对靶点进行进行基因功能（GO）富集分析和基因通路（KEGG）富集分析。运用Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。结果 网络药理学分析结果表示，本研究共收集到清瘟解热合剂活性成分264个，可作用于510个靶点，关键靶点涉及：白细胞介素（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、趋化因子配体2（CCL2）等。GO功能富集分析得到283个条目，其中生物条目（BP）226条，分子功能（MF）31条，细胞组成（CC）26条。KEGG通路富集分析共得到232条通路，包含IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 通过网路药理学研究，清瘟解热合剂中的有效成分可能通过影响IL-6、TNF、CCL2等靶点的表达，并调控了IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等，发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺饮治疗支气管哮喘的作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...     

基于网络药理学探讨人参有效成分对骨关节炎的保护作用机制研究

目的：运用网络药理学技术探究人参有效成分对骨关节炎的作用机制。方法：利用TCMSP 数据库筛选人参主要活性化合物和药效基因靶点,并利用GeneCards 和OMIM 数据库筛选骨关节炎相关的靶基因。利用R 语言对人参和骨关节炎相关靶基因取交集,筛选出人参活性化合物治疗骨关节炎的基因靶点,通过Cytoscape 软件绘制基因网络,并用String 数据库构建人参- 蛋白互助图,筛选出核心靶基因,最后采用R 语言对筛选基因靶点进行GO 及KEGG 通路分析。结果：筛选得到人参22 种活性化合物,可能参与治疗骨关节 炎的基因靶点共51 个。获得144 条GO 生物学过程和143 条KEGG 信号通路,主要富集AGE-RAGE、Fluidshear stress and atherosclerosis 和IL-17 等信号通路。结论：人参治疗骨关节炎的作用机制可能与通过抗细胞炎症,降低细凋亡等有关。     

基于网络药理学及分子对接技术分析艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行初步探讨。方法：从TCMSP 及TCM Database@Taiwan 数据库中收集和分析艾迪注射液的有效化学成分,在TCMSP 和Swiss Target Prediction 网站预测作用靶点,在GeneCards、DisGeNET、OMIM 和TTD 数据库中检索鼻咽癌的相关靶点。绘制艾迪注射液治疗鼻咽癌的活性成分—靶点网络图,运用拓扑学方法筛选其核心化学成分。将二者交集靶点在STRING 数据库和Metascape 数据库分别进行蛋白质互作分析、GO 富集及KEGG 富集分析。最后运用Auto Dock软件对核心活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：经筛选整理得到艾迪注射液有63 种活性成分和对应的852 个靶点,鼻咽癌有1989 个潜在靶点,其中二者共同靶点有308 个。应用GO 数据库功能富集分析得到310 个GO条目,应用KEGG 数据库富集筛选得到198 条有关通路,其中包含PI3K/AKT 信号通路、HIF-1α信号通路、TNF 信号通路等已报道与鼻咽癌相关的通路。分子对接结果显示,艾迪注射液的核心化学成分（quercetin、kaempferol、isorhamnetin、7-O-methylisomucronulatol 及Jaranol）对SRC、STAT3、MAPK1、PIK3R1 及RELA 蛋白具有良好的亲和力。结论：对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行了初步探索,并对其药效物质基础进行了预测,为进一步明确艾迪注射液治疗鼻咽癌的有效成分和作用机制提供依据。     

基于网络药理学探讨四妙丸治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的：采用网络药理学的研究方法,对四妙丸用于治疗腰椎间盘突出症(LDH)的药理作用以及机制问题进行研究和探讨。方法：借助TCMSP平台筛选出四妙丸活性药物成分及靶标预测。从OMIM数据库、GeneCards数据库、Drugbank数据库中检索出疾病靶标。采用R软件确定了四妙丸-LDH的交集靶点并利用STRING网站进行蛋白互作。利用Cytoscape软件构建了药物成分-交集靶点网络。最后在R软件将交集靶标进行富集分析。结果：分析研究显示共挖掘到了四妙丸中活性药物成分75种及预测靶点2 902个、399个LDH疾病相关靶点,取交集后得到四妙丸-LDH交集靶点45个,分析得到MAPK14、MAPK1、IL6、ESR1、FOS和JUN可能为核心靶点,汉黄芩素、槲皮素可能为四妙丸治疗LDH的关键活性化合物。GO富集分析得到GO条目2 004个,KEGG分析得到AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等可能为作用通路。结论：四妙丸中有多个对LDH有抑制作用的药效成分,多成分多靶标共同作用是其作用机制。     

基于网络药理学对三才封髓丹组方治疗复发性口腔溃疡的作用机制研究

目的：研究三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的网络药理学作用机制。方法：利用TCMSP、BATMAN数据库预测和筛选出三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的潜在靶点,采用CTD和DisGeNET数据库对口腔溃疡相关基因和靶标筛选,并与前面数据库筛选的靶标整合,缩小范围。基于Cytoscape插件对获得的靶点蛋白进行GO富集分析和KEGG通路注释,绘制蛋白相互作用网络和“活性成分-靶点-信号通路”网络图确定组方的作用机制。结果：组方中71个活性成分被筛选出。通过交叉验证55个靶蛋白显著富集28条GO功能术语中,最后划分为8个类别功能。靶蛋白主要通过JAK-STAT信号通路、细胞因子-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等通路作用。基于草药-成分-靶蛋白-通路构建网络药理学网络,最终构建网络共122个节点,363条关系对,其中化学成分节点27个,靶蛋白节点73个,通路相关靶蛋白节点35个,通路节点17个。结论：本研究结果初步预测了三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的主要活性成分、靶点和相关通路,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于参芪地黄汤治疗膜性肾病作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

目的：基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病（MN）的作用,并阐明其机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用（PPI）网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用Bioconductor R软件进行靶点基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、表皮生长因子（EGF）、血管内皮生长因子A (VEGFA)、肿瘤蛋白P53 (TP53)和表皮生长因子受体（EGFR）;基于分子对接技术...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于网络药理学探讨三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制

  目的  根据网络药理学方法对三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制进行探讨。  方法  利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三拗汤中有效成分进行筛选及靶点预测，检索GeneCards、OMIM数据库筛选CVA疾病靶点，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选三拗汤治疗CVA核心靶点，使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。  结果  基于TCMSP得到三拗汤的114个有效成分和254个潜在靶点，筛选获得与CVA疾病发生、发展相关的靶点2 257个，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选得到三拗汤治疗CVA的核心靶点28个，GO功能富集分析得到条目328个，其中生物过程条目264个、分子功能条目46个、细胞组成条目18个，主要包括细胞凋亡、脂多糖反应、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、一氧化氮合酶活性等功能途径；KEGG通路富集分析得出条目115个，主要包括MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Th17细胞分化等通路途径。  结论  基于网络药理学初步探讨并验证了三拗汤治疗CVA多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点，预测了三拗汤治疗CVA的潜在作用机制，以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。      

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学、分子对接及实验探讨茵陈蒿汤调节阻塞性黄疸氧化应激的作用机制

目的:运用网络药理学探讨茵陈蒿汤调节阻塞性黄疸氧化应激的作用机制,并用分子对接及免疫组化进行验证。方法:首先利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索并筛选茵陈蒿汤有效成分及作用靶点;通过Gene Cards数据库检索阻塞性黄疸的作用靶点;利用R语言将疾病与药物的有效靶点进行分析,确定交集靶点;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用R语言进行基因本体论（GO）生物学过程富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock_vina软件对内皮型一氧化氮合成酶（eNOS）、诱导型一氧化氮合成酶（iNOS）和茵陈蒿汤主要化学成分进行分子对接验证;最后通过免疫组织化学方法（IHC）验证茵陈蒿汤对阻塞性黄疸大鼠肝组织中eNOS和iNOS的影响。结果:研究共筛选获得茵陈蒿汤中29个有效成分及177个作用靶点,阻塞性黄疸的2 183个疾病靶点,茵陈蒿汤和阻塞性黄疸的交集靶点123个;经GO和KEGG富集分析得到133个GO生物过程和127个相关信号通路,主要涉及Hepatitis B、流体剪应力与动脉粥样硬化、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）、肝细胞癌、低氧诱导因子（HIF）-1等信号通路;拓扑属性分析发现槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要成分和Akt1、TP53、白细胞介素（IL）6、血管内皮生长因子（VEGF）A、eNOS和iNOS等关键靶点。分子对接验证表明,eNOS和iNOS蛋白与槲皮素、山奈酚、异鼠李素有较好的亲和能力;IHC实验证明与假手术组相比,模型组肝组织中eNOS表达水平降低,而iNOS表达水平升高（P＜0.05）;与模型组相比,茵陈蒿汤组肝组织中eNOS表达水平升高,iNOS表达水平降低（P＜0.01）。结论:茵陈蒿汤对阻塞性黄疸的作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,茵陈蒿汤对阻塞性黄疸氧化应激的调节可能与改变eNOS、iNOS蛋白的表达有关。     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。     

基于网络药理学探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...     

基于网络药理学的黄芪-鸡血藤配伍治疗白细胞减少症作用机制研究

目的 采用网络药理学挖掘黄芪-鸡血藤药对配伍治疗白细胞减少症的作用靶点以及信号通路,探究其治疗白细胞减少症的物质基础和作用机制。方法 从TCMSP数据库收集黄芪、鸡血藤的化学活性成分,通过Genecards和CTD数据库收集白细胞减少症的靶点以及所选中药成分作用的靶点。对白细胞减少症疾病靶点以及黄芪-鸡血藤药物靶点进行映射,构建作用靶点的PPI网络模型,筛选出排名前10的Hub基因;采用Cytoscape软件建立化合物-疾病靶点的网络模型,利用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果 确定黄芪-鸡血藤药对活性化合物治疗白细胞减少症靶点网络包含19个化合物,108个靶点,关键靶点涉及PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10、KRAS、EGFR、CSF2、IL-3和IL-2RB。涉及的主要KEGG通路富集分析确定信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用,药物代谢,造血细胞系,JAK-STAT信号通路等。结论 黄芪-鸡血藤药对是通过调节PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10等基因,调控药物代谢,细胞因子-细胞因子受体相互作用,造血细胞系,JAK-STAT等信号通路,通过复杂网络模式治疗白细胞减少症。      

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.