基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

基于网络药理学数据挖掘新型冠状病毒肺炎中药预防治疗的潜在靶点

目的:采用网络药理学方法分析预防和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中药活性成分及潜在治疗靶点。方法:采集自2019年12月8日官方通报的武汉首例不明原因肺炎发病病例至2020年2月10日国家级及省级卫生与健康委员会、中医药管理局、中医医院以及各中医专家团队根据本次疫情的发病情况确立的预防和治疗方案,纳入预防方剂55首中的高频药材,采用网络药理学在线分析系统(TCMSP)统计分析高频药物活性成分以及治疗靶点。结果:根据比对发现,共有22个化合物可能与COVID-19靶点相结合,22个化合物分别靶向CTSB1,CTSB2,CDK1,NTRK1四个靶点。其中化合物MOL005911同时靶向CTSB1,CDK1,NTRK1三个靶点。化合物MOL000098与CDK1,MOL000006 Cyclin-dependent kinase 1/cyclin B更好的靶点结合可能性。藿香同时含有化合物MOL005911和MOL000098。结论:藿香复方中药可能预防COVID-19。     

基于网络药理学探讨金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的?采用网络药理学方法探究金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的可能性和潜在作用靶点。方法?利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选金欣口服液的物质组成分,以口服生物吸收度和成药相似性为限制条件筛选类药性成分及其作用靶点。以规范化的MeSH主题词搜索疾病相关的靶点基因,并对靶点进行蛋白交互作用分析。进一步利用DAVID数据库进行基因本体分析,以类药性成分→基因靶点→作用通路的交互网络分析金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的可能效应成分和潜在作用靶点。结果?金欣口服液中筛选得到129种类药性成分,以苯丙素和脂类成分为主。筛选到类药成分作用于病毒性肺炎相关的靶点基因75个,基因本体分析和交互网络分析结果显示其黄酮类成分和脂质类成分具有抗病毒免疫和抗炎作用。结论?金欣口服液具有潜在的抗新型冠状病毒肺炎的作用。      

基于网络药理学的清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎多组分协同作用机制研究

[目的]通过网络药理学的方法分析清肺达原颗粒(Qingfei Dayuan Granules,QFDYKL)治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的潜在机制。[方法]从中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、Pubchem、Uniprot等数据库中获取QFDYKL的活性成分和作用靶点,再对靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,将靶点导入String数据库,运用Cytoscape 3.7.0软件构建“成分-靶点”网络,分析并确定QFDYKL中的核心成分。绘制蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并使用分子复合物检测(molecular complex detection,MCODE)确定功能模块与hub基因。[结果]共得到有效活性成分182个,相关的蛋白质靶点454个。网络拓扑分析结果显示,QFDYKL主要成分为芍药新苷(lactiflorin)、甘草酸(glycyrrhizic acid)、芍药二酮(palbinone)等;主要靶点为雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等。KEGG通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR/ErbB)、肾素血管紧张素系统(renin angiotensin systems,RAS)、钙等信号通路,涉及炎症免疫、解热镇痛等方面。磷酸肌醇-3-激酶催化亚基α肽(phosphoinositide-3-kinase subunit α,PIK3CA)、淀粉样β蛋白前体(amyloid β precursor protein,APP)、90kDa热休克蛋白αA1(heat shock protein 90kDaαA1,HSP90AA1)等为QFDYKL发挥治疗作用的核心靶点。 [结论]QFDYKL中主要成分芍药新苷、甘草酸、芍药二酮等可能通过作用于PIK3CA、APP等核心靶点来调节炎症免疫、解热镇痛等过程,发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学探讨新型冠状病毒肺炎时方不同治则中药特色机制研究

目的 分析比较新型冠状病毒肺炎(COVID-19)时方中不同治则代表中药的作用机制,以期阐释中药防治新型冠状病毒肺炎不同病程阶段的药理作用机制及主要防治途径.方法 依据国家卫生健康委员会发布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》中临床治疗期的处方中药,总结疾病证候演变中四类基本治则,并且选定各治则高频次及具...     

基于网络药理学探讨厚朴-广藿香治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学预测厚朴-广藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Dis-ease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制.方法:通过TCMSP,BATMAN-TCM数据库查询和相关文献检索筛选出厚朴-广藿香的活性成分及对应作用靶点,经过Uniprot数据库查询靶点对应的...     

基于网络药理学探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的分子机制

目的通过网络药理学初步探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的可能作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台获得麻黄汤的有效活性成分及其作用靶点,再在UniProt数据库中利用Perl脚本获取药物靶点对应的人类基因。通过OMIM和GeneCards数据库收集与发热相关的疾病靶点。运用Venny平台获取药物-疾病交集的靶点基因后,通过STRING数据库建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。运用R×64 3.6.1软件对PPI网络中的30个关键基因进行可视化,并对所有交集靶点基因进行功能富集和通路富集分析。结果获得141个麻黄汤有效活性成分及194个药物-疾病交集的靶点基因,筛选出30个关键基因,包括STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL-6、CXCL2、VEGFA、IL-1B等。交集靶点基因涉及DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合、细胞因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性等170个生物过程,同时主要涉及胞内磷脂酰肌醇激酶-蛋白激酶B信号通路、低氧诱导因子1信号通路、核因子κB信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路等46个信号通路。结论麻黄汤缓解新...     

药对治疗新型冠状病毒肺炎邪犯肺卫证作用机制的网络药理学探讨

目的:利用网络药理学方法探讨金银花-连翘药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)邪犯肺卫证的主要通路和可能机制.方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、GeneCards数据库、Uniprot数据库以及Cytoscape软件构建金银花-连翘药对活性成分-作用靶点和金银花-连翘药对活性成分-COVID-19疾病...     

清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎机制解析

清肺排毒汤为寒湿疫而立,用于治疗新型冠状病毒肺炎,由21味中药组成.通过21味中药的归经可知各药对脏腑的特殊亲和作用,主要作用于肺与脾胃,涉及心、肾、肝等脏腑,而新型冠状病毒肺炎的病位主要是肺与脾胃,涉及心、肝等脏腑.21味中药除各有独特的功效外,多药组合又产生新的功效,如麻黄发汗解表、宣肺平喘、利水消肿,针对肺表,如...     

基于网络药理学和分子对接技术分析清肺排毒汤治疗COVID-19的机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术分析清肺排毒汤治疗COVID-19的作用靶点、信号通路和生物学功能。方法 利用TCMSP、SwissTarget Prediction、CooLGeN、GeneCards、DAVID等数据库,分析清肺排毒汤中麻黄、半夏等21味药所含的活性成分及其靶点蛋白,筛选与COVID-19疾病共有的靶点蛋白及其信号通路与生物学功能,采用Gephi软件构建清肺排毒汤药味-活性成分-作用靶点-生物学功能网络图。结果 清肺排毒汤中麻黄、半夏、甘草、冬花、紫菀、枳实等18味药的MOL000519、MOL000554、MOL004798、MOL004824、MOL010428、MOL013443等163个活性成分通过调控ACE、ACE2、AGTR1、FURIN、TNF、CASP3、CASP6、DPP4、MCL1、POLD1等10个蛋白靶点激活肾素-血管紧张素系统信号通路和细胞凋亡信号通路,发挥肾素-血管紧张素对血容量的调节、肾素-血管紧张素对全身动脉血压的调节等42种生物学功能治疗COVID-19。初步分子对接结果显示,核心活性成分MOL000519（来自半夏）、MOL000554（来自冬花）、MOL004798（来自麻黄）、MOL004824（来自甘草）、MOL010428（来自紫菀）、MOL013443（来自枳实）等与SARS-CoV-2 3CL水解酶有较好的亲合力,可形成稳定构象,具有较好结合活性（结合能≤-5 kJ/mol）。结论 清肺排毒汤以多药味、多靶点、多信号通道和多生物学功能发挥治疗COVID-19作用,该研 究可为深入阐释清肺排毒汤治疗COVID-19的药理作用及机制提供参考。     

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于网络药理学探讨振中汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对振中汤治疗类风湿关节炎(rheumatic arthritis,RA)的作用机制进行探讨研究.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对振中汤活性成分进行筛选,运用Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点网络;以"rheumatic arthritis"、"RA"为关键词,检索Drugbank和Genecard数据库获取疾病靶标;通过韦恩图,得到疾病与药物的共同靶点;基于String11.0和Analyze Network插件对振中汤治疗类风湿关节炎的关键靶点进行构建分析;采用WebGestalt富集分析工具对关键靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:研究显示共挖掘到振中汤51种有效成分及234个潜在靶点,类风湿关节炎1223个相关靶点,得到振中汤-类风湿关节炎共同靶点120个,共同作用靶点主要富集于119个生物过程和104条信号通路上.结论:振中汤可能是通过原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL6)、蛋白激酶(ATK1)等靶点,调控TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、白介素-17信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路等,从而发挥抗炎、调节免疫、调节内分泌功能、抑制滑膜细胞增殖、减少破骨细胞生成、抗缺氧应激来治疗类风湿关节炎.     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。