检测HBV YMDD变异的方法学进展

乙型病毒性肝炎是世界上最常见的感染性疾病之一。我国是慢性乙型肝炎的高发区,拉米夫定是目前普遍使用的治疗慢性乙型肝炎的核苷类似药物。但长期使用该药易引起HBV基因组突变而使HBV产生耐药性,降低疗效。酪氨酸-甲硫氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸（YMDD）功能区变异是HBV拉米夫定耐药的主要原因。临床上很有必要在拉米夫定治疗过程中对患者的HBV进行监测,现综述近年来YMDD变异检测的有关研究。     

实时荧光聚合酶链反应技术检测乙型肝炎病毒YMDD变异的研究

目的采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)技术检测慢性乙型肝炎(CHB)患者在使用拉米夫定过程中,乙型肝炎病毒(HBV)YMDD变异的发生情况,并研究影响变异发生的相关因素,为临床预测和判断HBV YMDD变异提供一定的依据。方法选择50例CHB患者作为拉米夫定治疗组,30例CHB患者作为对照组。采用实时荧光PCR方法分别检测两组在用药期间HBV YMDD变异的发生情况,同时采用荧光定量PCR方法检测治疗组在用药前后HBV DNA水平。结果治疗组在用药52周时的变异率24.0%,明显高于对照组52周时的变异率3.3%(P<0.05);治疗组在用药52周时的变异率24.0%,明显高于用药26周时的变异率4.0%(P<0.05);治疗前HBV DNA水平较高组(28例)患者在用药52周时的变异率(35.7%)明显高于HBV DNA水平较低组(22例)患者的变异率(9.1%)(P<0.05);治疗组中未变异的38例患者在用药52周时的HBV DNA阴转率(65.8%)明显高于变异的12例患者的HBV DNA阴转率(16.7%)(P<0.05)。结论拉米夫定可导致HBV YMDD变异的产生,并且该变异的发生率随着拉米夫定的用药时间的延长而增加;HBV YMDD变异的发生同血清HBV DNA水平相关。     

拉米夫定抗乙肝病毒治疗YMDD变异研究

目的]探讨拉米夫定治疗后乙肝病毒发生YMDD变异情况，及未接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者中是否存在天然变异的情况。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）结合Taqman荧光技术对海南地区110例慢性乙肝患者进行HBVYMDD检测，一组80例接受拉米夫定治疗及保肝治疗，另一组30例为对照组只给予保肝治疗，治疗1年对患者HBV多聚酶基因YMDD基序定性检测，观察是否有突变。[结果]拉米夫定治疗组在用药1年后有31例发生YMDD突变，其中YIDD变异有15例，YVDD变异有7例，YIDD＋YVDD变异有9例，变异株中有19例伴HBVDNA、ALT水平高于正常水平；而对照组有11例发生YMDD突变，其中YIDD变异有2例，YVDD变异有1例，YIDD＋YVDD变异有8例。[结论]在未经抗病毒治疗的慢性乙肝患者中存在YMDD变异株，l临床上在应用拉米夫定对慢性乙型肝炎患者进行抗病毒治疗前，应对患者是否存在YMDD变异加以重视。     

泉州地区拉米夫定抗乙肝病毒治疗YMDD变异

目的 检测泉州地区乙肝病毒YMDD变异的类型,探讨拉米夫定治疗后及未接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者中乙肝病毒(HBV)发生YMDD变异情况.方法 采用聚合酶链反应(PCR)结合Taqman荧光技术对泉州地区114例慢性乙肝患者进行HBV YMDD检测,一组66例接受拉米夫定治疗及保肝治疗,另一组48例为对照组只给予保肝治疗,治疗1年对患者HBV多聚酶基因YMDD基序定性检测,观察是否有突变.结果 拉米夫定治疗组在用药1年后有24例发生YMDD突变.其中YVDD变异有15例,YIDD变异有6例,YIDD YVDD变异有3例,其中变异株中有15例,伴有HBV DNA、ALT高于正常水平;而对照组有17例发生YMDD突变.其中YVDD变异有9例,YIDD变异有4例,YIDD YVDD变异有4例.结论 泉州地区乙肝病毒变异株主要是YVDD型,在未经抗病毒治疗的慢性乙肝患者中存在YMDD变异株,临床上在应用拉米夫定对慢性乙型肝炎惠者进行抗病毒治疗前,应对患者是否存在YMDD变异加以重视.     

拉米夫定治疗乙型肝炎病毒感染中YMDD变异发生与HBV DNA水平的关系

目的　研究拉米夫定治疗乙型肝炎病毒感染中 YMDD变异发生与治疗前 HBV DNA水平的关系。方法　 98例拉米夫定治疗的乙型肝炎病毒感染者 ,测定治疗前 HBV DNA水平 ,定期随访 ,分别以PCR和 PCR- RFLP法检测 HBV DNA水平和 YMDD变异。结果　 2 5例病例出现 YMDD变异 ,出现的平均时间为 1 1 .2± 7.45 mo。按治疗前病毒 DNA水平分为 5× 1 0 2～ 5× 1 0 4,5× 1 0 5～ 5× 1 0 6,5× 1 0 6～ 5×1 0 8和大于 5× 1 0 8copies/ml四个组 ,YMDD发生率分别为 1 0 % ,1 3.3% ,33.3%和 5 8.3%。结论　乙肝患者进行拉米夫定治疗时 ,病毒 DNA水平越高 ,发生 YMDD的机率越大     

不同标本对荧光实时定量PCR法测定HBV—DNA结果的影响

目的 利用沉淀煮沸裂解法提取HBV核酸，探讨不同的临床标本和贮存条件对荧光定量PCR法测定乙型肝炎病毒核酸（HBV－NDA）结果的影响，为临床标本的收集和贮存提供依据。方法 按不同要求收集特定的临床标本，用本实验室使用的HBV－DNA提取方法提取DNA模板，再用荧光实时定量PCR法检测HBV－DNA的含量。结果 经EDTA、中等含量肝素、枸橼酸钠抗凝血浆标本与相应血清标本测定HBV－DNA的含量无显著性差别均（P＞0．05），但高浓度肝素（1000U／ml)抗凝管结果显著降低（F值为25．96；P＜0．05）；溶血、高血脂标本、标本反复冻融、血浆（清）标本在室温下短期贮存（48h内）对HBV－DNA含量均无明显影响（P＞0．05）。结论 用本实验室使用的HBV－DNA提取方法，可使抗凝剂及其它PCR反应抑制物质对HBV－DNA测定结果影响降到最低，从而使临床无污染标本一般均可接受。     

应用PCR技术对献血员HBV感染状况的观察分析

输血后乙型肝炎的发生与检查献血员HBV标志方法的灵敏性有很大关系。本文应用RPHA、RIA、FLISA、HBV-DNA探针及聚合酶链反应(PCR)技术对150例献血员血清中HBV标志进行了     

拉米夫定耐药感染者HBV基因与YMDD变异的相关性探讨

目的探讨拉米夫定耐药感染者HBV基因型与YMDD变异的相关性。方法采用PCR扩增后测序的方法,对162例拉米夫定耐药感染者进HBV基因型的分析。实时荧光定量PCR法检测HBVYMDD变异及HBVDNA载量。率的比较采用Y2检验法,两组均数间的比较采用t检验法。结果162例拉米夫定耐药感染者中,B基因型102例（63．0％）,C基因型60例（37．0％）。YMDD变异111例（68．5％）,其中YIDD变异30例（18．5％）,YVDD变异32例（19．7％）,YIDD／YVDD混合型变异49例（30．3％）。统计结果显示,不同性别之间HBV基因型分布没有显著性差别（P〉0．05）。B型患者的年龄（29．7岁±10．2岁）显著低于C型患者的年龄（35．3岁±11．3岁）,差异有统计学意义（P〈0．05）。YMDD变异的发生率在B、C基因型之间差异无统计学意义（P〉0．05）。C基因型患者血清的HBVDNA含量（6．08±0．71）显著高于B基因型组（5．73±0．90）（P〈0．05）,而血清ALT水平没有显著性差别（P〉O．05）。结论拉米夫定耐药感染者YMDD变异与基因型无关。但C基因型患者平均年龄、病毒载量显著高于B基因型,可能是导致CHB患者对拉米夫定耐药的重要因素。     

海南地区拉米夫定抗乙肝病毒治疗YMDD变异

目的：探讨拉米夫定治疗后乙肝病毒发生YMDD变异情况，及未接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者中是否存在天然变异的情况。方法：采用聚合酶链式反应（PCR）结合Taqman荧光技术对海南地区110例慢性乙肝患者进行HBV YMDD检测，一组80例接受拉米夫定治疗及保肝治疗，另一组30例为对照组只给予保肝治疗，治疗1年对患者HBV多聚酶基因YMDD基序定性检测，观察是否有突变。结果：拉米夫定治疗组在用药1年后有31例发生YMDD突变．其中YIDD变异有15例，YVDD变异有7例，YIDD＋YVDD变异有9例，变异株中有19例伴HEV DNA、ALT水平高于正常水平；而对照组有11例发生YMDD突变．其中YIDD变异有2例．YVDD变异有1例．YIDD＋YVDD变异有8例。结论：在未经抗病毒治疗的慢性乙肝患者中存在YMDD变异株，临床上在应用拉米夫定对慢性乙型肝炎患者进行抗病毒治疗前．应对患者是否存在YMDD变异加以重视。     

实时荧光聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒聚合酶基因变异

目的　建立一种在拉米夫啶治疗过程中的聚合酶酪氨酸 蛋氨酸 天冬氨酸 天冬氨酸(YMDD)基序变异的检测方法。方法　根据寡核苷酸探针与模板结合时 ,不匹配碱基显著影响熔解温度的原理 ,设计合成 2条荧光标记的特异性探针 ,用实时荧光聚合酶链反应 (PCR)方法对 2 97例患者的 35 4份标本进行YMDD变异检测。结果　 35 4份标本中 ,检出YMDD变异株 15 6份 ( 44 1% ) ,其中混合株占 34% ( 5 3/15 6 ) ;有 9份血清标本同时进行了DNA序列分析 ,测序结果同本试验检测的结果完全一致 ;同时发现YMDD变异与血清谷丙氨酸转氨酶异常相关 (P <0 0 1)。结论　本研究建立的实时荧光PCR方法简便、快速、灵敏、经济 ,可用于临床拉米夫啶治疗中YMDD变异的检测。     

用套式基因扩增技术检测乙型肝炎病毒P基因区YMDD变异

目的　了解套式基因扩增 (nestedPCR)技术在检测HBVP基因区酪氨酸 -蛋氨酸 -天冬氨酸 -天冬氨酸 (YMDD)变异中的敏感性和特异性。方法　用套式基因扩增技术对 3组共 85例慢性乙型肝炎患者血清进行YMDD变异检测 ,检测结果经琼脂糖凝胶电泳判断。第 1组 :4 0例未经拉米夫定治疗 ,HBVDNA >5× 10 5拷贝 /ml;第 2组 :2 4例经拉米夫定治疗 6～ 18个月 ,HBVDNA≤ 5× 10 5拷贝 /ml;第 3组 :2 1例经拉米夫定治疗 6～ 18个月 ,HBVDNA >5× 10 5拷贝 /ml。结果　第 1组检出YVDD 2例、YVDD YIDD 1例 ,检出率为 7.5 % ;第 2组检出YVDD、YIDD各 1例 ,检出率为 8.3% ;第 3组检出YVDD 4例、YIDD 2例、YVDD YIDD 3例 ,检出率为 4 2 .9%。结论　套式基因扩增技术检测YMDD变异具有较高的敏感性和特异性 ,适合变异株快速检测 ,尤其适合检测处于弱势的YMDD变异株     

快速反相杂交法检测HBV DNA

为建立一种简便快速的核酸探针杂交法检测 Ｐ Ｃ Ｒ扩增产物中的 Ｈ Ｂ Ｖ Ｄ Ｎ Ａ,将 Ｐ Ｃ Ｒ 上游引物用生物素标记后进行扩增;核酸探针固定于硝酸纤维素膜上,与带有生物素的 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增产物杂交,杂交信号用链霉亲和素 酶结合物显色检测。结果表明,该法检测的敏感性为 ５ ｆｇ,杂交时间为４０ 分钟。２００ 例临床标本检测的阳性率（２７５％ ）高于琼脂糖电泳法（２４５％ ）。同时具有操作简便的特点,可作为 Ｐ Ｃ Ｒ扩增产物中 Ｈ Ｂ Ｖ Ｄ Ｎ Ａ 的常规检测方法。     

建立一种PCR产物直接测序检测HBVYMDD突变的方法

目的 建立检测HBV YMDD变异的PCR产物直接测序法,并与传统实时荧光PCR检测YMDD突变的结果进行比较分析.方法 选取103份慢性乙型肝炎患者血清标本,提取血清HBVDNA.用实时荧光PCR检测YMDD突变;用巢式pcR扩增HBV逆转录酶基因,对PCR产物进行DNA双向测序,NTI软件比对结果.采用Kappa一致性检验对DNA测序法检测的rt204位点突变与实时荧光PCR检测的YMDD突变结果进行比较.结果 PCR产物直接测序法可有效检测低病毒载量标本(500拷贝/ml)和高病毒载量(1010拷贝/ml)标本,同时可以避免高病毒载量标本的抑制效应.与实时荧光PCR相比较,YIDD突变检测符合率为100%,YVDD突变检测符合率97.1%,YIDD与YVDD共生突变符合率76.2%(Kappa=0.853,P<0.01).结论 本研究建立的PCR产物直接测序法检测HBV耐药相关基因突变,灵敏度高,检测范围宽,与实时荧光PCR检测结果有较高的符合率,并可同时检出YMDD、YIDD和YVDD.     

Taqman MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的研究

目的:探讨Taqman MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的可靠性。方法:采用荧光定量PCR法检测HBV-DNA含量,Taqman MGB双探针方法和测序方法检测其YMDD变异,以测序方法为参考方法,评价Taqman MGB双探针方法的可靠性。结果:246例HBV DNA阳性患者血清标本中,TaqmanMGB双探针方法阳性检出率100%,100例正常对照全部为阴性;YMDD无突变106例,YMDD有突变(YIDD变异 YVDD变异)140例,与核酸测序方法比较,符合率100%。该方法经过敏感度实验,最低检出下限为1×103copies/ml。结论:Taqman MGB双探针方法能便捷、灵敏、特异地检测YMDD基序变异情况,适用于临床检测慢性乙型肝炎患者拉米夫定治疗的YMDD基序变异。     

不同基因型乙型肝炎病毒患者拉米夫定治疗期间YMDD突变株的变化分析

目的研究不同基因型乙型肝炎病毒（HBV）患者拉米夫定治疗期间酪氨酸-蛋氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸（YMDD）突变株的变化。方法采用实时荧光聚合酶链反应（PCR）技术和基因测序法分别对115例接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因（HBV DNA）水平、YMDD突变株及基因型检测。结果拉米夫定治疗时间〈12个月、12~24个月及〉24个月患者的HBV DNA阳性率分别为75%、35%、16%,YMDD变异率分别为22%、54%、100%。对115例乙型肝炎患者进行HBV基因分型发现,B型占17%,C型占75%,B、C混合型占8%;其中,B型、C型患者中YMDD变异率分别为21%、19.5%,B、C混合型患者中未发现YMDD变异。HBV DNA与HBV的YMDD变异率无明显相关性（P〉0.05）。结论拉米夫定治疗期间,HBV的YMDD变异不受病毒基因型的影响。     

不同基因型乙型肝炎病毒患者拉米夫定治疗期间YMDD突变株的变化分析

目的研究不同基因型乙型肝炎病毒(HBV)患者拉米夫定治疗期间酪氨酸-蛋氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸(YMDD)突变株的变化。方法采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)技术和基因测序法分别对115例接受拉米夫定治疗的乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因(HBV DNA)水平、YMDD突变株及基因型检测。结果拉米夫定治疗时间<12个月、12~24个月及>24个月患者的HBV DNA阳性率分别为75%、35%、16%,YMDD变异率分别为22%、54%、100%。对115例乙型肝炎患者进行HBV基因分型发现,B型占17%,C型占75%,B、C混合型占8%;其中,B型、C型患者中YMDD变异率分别为21%、19.5%,B、C混合型患者中未发现YMDD变异。HBV DNA与HBV的YMDD变异率无明显相关性(P>0.05)。结论拉米夫定治疗期间,HBV的YMDD变异不受病毒基因型的影响。     

实时定量PCR技术在角膜移植供体乙型肝炎病毒筛查中的应用

目的:探讨采用实时定量PCR技术对角膜移植材料进行HBV DNA筛查的可行性.方法:采用实时定量PCR技术对22例角膜移植供体血样和球外筋膜、角膜、色素膜中HBVDNA进行定性和定量分析.比较血样标本和眼组织中检测HBV DNA的特异度、敏感度及不同眼组织中HBV DNA载量的差异.结果:在18例HBV阳性和4例HBV阴性的供体材料中,血样、球外筋膜、角膜和色素膜组织HBV DNA检测的敏感度分别为83％ (15/18)、100％(18/18)、83％ (15/18)和78％ (14/18),检测的特异度均为100％.对球外筋膜、角膜和色素膜HBVDNA的定量分析显示,单位质量色素膜中HBV DNA的载量最高,球外筋膜和角膜HBV DNA载量比较差异无统计学意义.结论:应用实时定量PCR技术检测球外筋膜中HBV DNA可以作为一种角膜移植供体病原体筛查的检测手段.     

乙型肝炎病毒基因型与YMDD基因区序列突变及BCP突变关系探讨

目的 对湘潭地区HBV感染者的基因型、YMDD基因区序列突变及BCP区突变情况进行研究,并对三者之间的关系进行探讨.方法 针对湘潭地区952例不同类型的HBV感染者的样本同时进行基因型、YMDD基因区序列突变及BCP区突变检测,并对检测结果进行统计分析.结果 湘潭地区HBV各种基因型分布比例为:B型698例、占73.32%,C型115例、占12.08%,B、C型混合感染139例、占14.60%.YMDD基因区序列突变结果显示:YMDD野生型844例、占88.66%,其余为YMDD突变型,其中YVDD 54例、占5.67%,YIDD 53例、占5.57%,1例为YMDD与YVDD混合感染.BCP区突变结果显示:1762A/1764G(野生型)672例、占70.59%,1762T/1764A(突变型)188例、占19.75%,其余92例为1762T/1764A和1762A/1764G混合型、占9.66%.基因型、YMDD基因区序列突变及BCP区突变三者相关性分析显示:HBV B型和C型YMDD基因区序列突变率分别为10.04%、10.43%,差异无统计学意义(χ2=0.017,P＞0.05),HBV B型和C型YMDD基因区序列突变类别差异有统计学意义(χ2=4.836,P＜0.05),HBV C型YVDD突变率(9.57%)要高于B型(5.88%).HBV B型和C型BCP区突变率分别为27.36%、46.09%,差异有统计学意义(χ2=16.478,P＜0.01),C型BCP区突变率要高于B型.HBV YMDD野生型和突变型的BCP区突变率分别为2 8.67%、35.51%,差异无统计学意义(χ2=2.139,P＞0.05),但YVDD BCP区突变率(61.11%)要高于其他类别.结论 (1)湘潭地区流行的HBV基因型主要为B型和C型,其中B型为优势基因型,具有南方地区的特点.(2)拉米夫定治疗前通过HBV基因型检测来预测抗病毒应答可能并无实际意义.(3)HBV基因分型、YMDD基因区序列突变、BCP区突变检测的应用,将有助于临床上对乙肝患者的预后和转归进行正确评价,为及时合理的实施干预措施提供了重要依据.

Abstract：

Objective To investigate the relationship between HBV genotypes and YMDD motif mutations or BCP mutations in Xiangtan of Hunan Province. Methods HBV genotypes, YMDD motif mutations and BCP mutations were analyzed in 952 HBV infected patients. Results HBV genotyping showed that 698 HBV type B patients and 115 HBV type C patients accounted for 73.32% and 12.08% respectively of all the participants. The rest 139( 14.60% )were genotype B and C mixed infection( B + C ). The analysis of YMDD motif mutations showed that 844 YMDD wild-type which accounted for 88.66% of all the subjects and the remainder were YMDD mutation types, of which 54( 5.67% ) carried YVDD, 53( 5.57% ) YIDD,and 1 YVDD and YIDD mixed infection. Basic Core Promoter mutations showed that 1762A/1764G ( wild type )accounted for 70.59% and 1762T/1764A( mutant ) accounted for 19.75%. The rest 92 patients were 1762T/1764A and 1762A/1764G mixed infection. This study showed no significant difference in the rate of YMDD mutation( 10.04% vs 10.43% ,χ2 =0.017,P＞0.05 ) ,but a significant difference in the types of YMDD mutation(χ2 = 4.836, P ＜ 0.05 )between HBV types B and C. The YVDD mutation was more commonly seen in genotype C( 9.57% ) than in genotype B( 5.88% ). The BCP mutation rate showed a significant difference( 27.36% vs 46.09%, χ2 = 16.478, P ＜ 0.01 ). Genotype C was more frequent than genotype B. The BCP mutation rate showed no significant difference between YMDD Wild-type and YMDD mutation types( 28.67% vs 35.51%, χ2 = 2.139, P ＞ 0.05 ), but most of BCP mutations happened in YVDD mutant type( 61.11% ). Conclusions ( 1 ) The predominant HBV genotypes in Xiangtan were genotype B and genotype C, the major genotype was type B, which display the characteristics of epidemiology in Southern China. ( 2 ) Determination of HBV genotypes before lamivudine therapy was probably not an important pretreatment investigation to predict antiviral responses. ( 3 ) Detection of HBV genotypes, YMDD motif mutations and BCP mutations will contribute to the correct evaluation of prognosis and timely proper management of HBV patients.