基于网络药理学研究六味地黄丸干预二型糖尿病作用机制

摘要：目的:采用网络药理学的方法,探究六味地黄丸干预2型糖尿病潜在的活性成分和作用机制。方法:从中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）数据库,通过Swiss Target Prediction数据库预测和筛选出活性成分的潜在的作用靶点,通过权威数据库（Drugbank、OMIM、TTD、CTD）检索T2DM相关靶点,将预测的潜在靶点和糖尿病相关靶点绘制韦恩图得到两者的共同靶点作为六味地黄丸干预T2DM的靶点,并通过Cytoscape 3.2.1软件建立成分-靶点网络模型进行网络分析。将核心靶点导入到STRING在线数据库进行蛋白互作（PPI）网络构建并进行分析。利用David数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,阐明六味地黄丸成分对疾病的作用机制。结果:筛选出六味地黄丸37个活性成分,共预测出148个潜在靶点;找到和T2DM相关靶点共57个,这些关键靶点涉及的通路包括糖尿病并发症通路、胰岛素抵抗、炎症通路、氧化应激通路。结论:六味地黄丸可能是通过糖尿病并发症通路、胰岛素抵抗、炎症通路、氧化应激通路干预糖尿病。本研究为阐明中药经典名方六味地黄丸的药理活性及其作用机制研究提供了可靠的科学依据。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗儿童注意缺陷多动障碍的作用机制

目的 基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗儿童注意缺陷多动障碍（ADHD）的作用机制。方法检索中药系统药理学分析平台（TCMSP）,收集六味地黄丸的活性成分及靶点。使用GeneCards及OMIM数据库筛选ADHD的相关基因并与六味地黄丸活性成分靶点基因取交集,构建蛋白相互作用网络（PPI）,使用Cytoscape 3.7.1软件构建六味地黄丸治疗ADHD的“活性成分-靶点”网络图,并利用CytoNCA插件对该网络进行拓扑属性分析,筛选出核心靶点。应用Metascape对筛选出的核心靶点进行基因生物过程（GO）富集分析与信号通路（KEGG）富集分析,利用R语言对分析结果进行可视化处理。结果 六味地黄丸治疗ADHD共有28个有效活性成分和110个对应靶点。槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇是3个最主要的有效活性成分。丝裂原蛋白活化激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体（EGFR）、白细胞介素-6(IL-6)、低聚果糖（FOS）、肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白p53(TP53)、癌基因MYC、雌激素受体1(ESR1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)是9个核心靶点。GO富集分析主要涉及活性氧代谢...     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的作用机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病（diabetic nephropathy,DN））的作用机制。方法 通过检索多个数据库及查阅文献筛选出六味地黄丸活性成分和对应靶点,借助Genecard、OMIM和Drugbank数据库收集DN作用靶点并通过Venny 2.1软件筛选出药物-疾病共同作用靶点。随后,利用STRING和Cytoscape软件分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并使用CytoNCA插件进行拓扑分析刷选出核心靶点。然后,利用ClueGO插件进行GO （GO Ontology）功能富集分析和KEGG-（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。最后,使用AutoDock软件通过分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果 六味地黄丸40个活性成分通过调控128个DN相关靶点,尤其是通过调控28个核心靶点,参与调控体内基因转录、细胞凋亡和增殖、信号转导、炎症反应及蛋白质磷酸化等生物学过程,干预肿瘤、AGE-RAGE、IL-17、MAPK、HIF-1、Toll样受体等信号通路发挥治疗DN的作用。分子对接验证了5种活性化合物与其作用的关键靶点具有可靠的亲和力。结论 推测六味地黄丸治疗DN具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究六味地黄丸治疗DN的分子机制提供了新思路和新方向。     

基于网络药理学研究黄精丸防治阿尔茨海默病的作用机制

目的 采用网络药理学的技术和方法,探讨黄精丸治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库及分析平台（TCMSP）筛选黄精丸的潜在活性成分,DrugBank数据库预测化合物靶点;GeneCards和OMIM数据库收集疾病靶点,构建韦恩图,得到黄精丸治疗AD的作用靶点,通过Cytoscape 3.8.1软件生成药物-成分-靶点网络;R 4.0.3软件进行基因本体（GO）功能注释和东京基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共筛选出黄精丸活性成分12个,黄精丸与AD疾病共同靶点92个,重要活性成分包括黄芩素（baicalein）、5,4’-二羟基黄酮（4’,5-Dihydroxyflavone）、甘草素（DFV）等;核心靶点包括AKT1、TP53、VEGFA、SIRT1、EGFR、PIK3CA、PIK3CB、NOS2、MAPK3等;KEGG主要通路富集在癌症信号通路,代谢通路,PI3K-Akt信号通路、神经退行性性变信号通路、AD等。结论 黄精丸可能主要通过多成分、多靶点、多通路,发挥对AD的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨六味地黄丸治疗胃腺癌的作用机制研究

目的 探讨六味地黄丸治疗胃腺癌的有效成分及其靶点的作用机制.方法 本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索六味地黄丸中所有有效成分信息以及相关靶点,并运用Genecard、OMIM、TTD、Drugbank、DisGeNET数据库检索胃腺癌相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行比对,得出六味地黄丸治疗胃腺癌的相关靶点.利用Metascape数据库,对获取的靶点进行基因本体(GO)富集和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析,并将有效靶点、通路导入Cytoscape 3.6.2构建网络图进行分析,再使用Autodock1.1.2软件对核心化合物与关键靶点进行分子对接.结果 通过筛选,六味地黄丸共有69个有效成分和156个与疾病相关的靶点;JUN、MAPK1、IL-6、AKT1、MAPK8、VEGFA、MYC、ESR1、EGF、HSP90AA1、RELA、FOS、EGFR、CCND1、AR、MMP9、STAT1、IL1B、PPARG、PTGS2是六味地黄丸抗胃腺癌的核心靶点.根据核心靶点筛选,发现六味地黄丸抗胃腺癌主要成分为槲皮素、山柰酚、薯蓣皂苷和四氢鸭脚木碱.将156个靶点通过GO富集发现其涉及细胞毒性、氧化应激、代谢、凋亡等多个方面,共得的36条通路,涉及肿瘤、代谢、免疫、信号转导、细胞凋亡等多个方面,其中肿瘤信号通路、晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路是其发挥功能的主要通路.结论 六味地黄丸可通过多成分、多靶点、多通路治疗胃腺癌.槲皮素、山柰酚、薯蓣皂苷和四氢鸭脚木碱可能是其中比较重要的4个成分,肿瘤信号通路、AGE-RAGE信号通路和TNF信号通路可能是本方发挥重要作用的3个通路.     

六味地黄丸作用机理探讨

六味地黄丸具有广泛的药理活性,主要调节机体免疫和内分泌功能,从而可以延缓衰老。     

基于UPLC-LTQ-Orbitrap-MS和网络药理学探讨六味地黄丸治疗AD潜在作用机制

目的:鉴定六味地黄丸入血入脑化学成分,采用网络药理学方法探讨六味地黄丸治疗阿尔茨海默症(AD)潜在作用机制。方法:通过超高效液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱联用(UPLC-LTQ-Orbitrap-MS)技术鉴定入血入脑成分,通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM、GeneCards、TTD、DisGeNET、DrugBank数据库预测成分和疾病作用靶点,通过String数据库、Cytoscape软件筛选核心靶点并构建“成分-靶点-疾病-通路”相互作用网络;采用Metascape数据库对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)、基因本体分析(gene ontology, GO)。结果:测得六味地黄丸入血入脑成分21个,涉及AD相关靶点蛋白169个。KEGG共富集175条代谢通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、阿尔茨海默症信号通路等。GO功能富集分析主要涉及突触、细胞对氮化合物反应,G蛋白偶...     

基于网络药理学探讨黄精治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:利用网络药理学技术与方法,探讨黄精治疗阿尔茨海默病(AD)的主要活性成分、潜在作用靶点和机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄精的有效成分,通过GeneCards数据库、TTD数据库、DrugBank数据库中检索AD相关疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件建立“黄精-成分-靶点”网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,并通过“CytoHubba”功能筛选关键基因,并进行GO生物进程及KEGG通路富集分析。结果:黄精中β-谷甾醇、黄芩甙元、薯蓣皂苷元有效成分份可能通过AKT1,CASP3,TP53,VEGFA,HIF1,mTOR等关键基因靶点调控神经退行性变途径-多种疾病、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡信号等通路发挥防治AD的作用。结论:黄精可能通过多成分、多靶点和多途径整合调节防治AD。     

基于网络药理学预测人参配伍石菖蒲治疗阿尔茨海默病的作用机制

摘要：目的:预测人参配伍石菖蒲治疗阿尔茨海默病（AD）的潜在靶点及信号通路,为实验研究提供一定的依据。方法:在相关数据库中检索人参和石菖蒲活性成分的作用靶点及AD的靶基因,绘制人参和石菖蒲活性成分与作用靶点网络图,构建作用靶点蛋白互作网络（PPI）,得出石菖蒲、人参及AD三者共同的作用靶点,并将人参与石菖蒲活性成分的作用靶点进一步行基因本体论（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:得到人参与石菖蒲的活性成分作用靶点189个,AD的靶点基因575个,两者共同的作用靶点36个。GO功能富集和KEGG通路富集的结果提示,人参配伍石菖蒲治疗AD与甾体激素的生物合成、代谢通路以及神经活性配体-受体相互作用、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路、钙信号通路、5-羟色胺能突触、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/丝氨酸/苏氨酸激酶（Akt）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路有关。结论:初步预测了人参配伍石菖蒲治疗AD可能通过三者共同作用的36个靶点蛋白及相关信号通路起作用,结论尚待进一步药理实验验证。     

六味地黄丸治疗糖尿病及其并发症的作用机制与临床应用

目的:为六味地黄丸临床用于治疗糖尿病及其并发症提供参考。方法:收集文献,对六味地黄丸治疗糖尿病及其并发症的作用机制和临床应用进行综述。结果与结论:相关动物实验及临床试验表明,六味地黄丸对糖尿病及其并发症有比较好的治疗效果。现阶段六味地黄丸已被广泛应用于临床治疗糖尿病及其并发症,而相关药理研究的深入会更好地指导其临床应用。     

基于网络药理学的淫羊藿治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 基于网络药理学,探讨淫羊藿治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease,AD）的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法 借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出淫羊藿有效成分及靶点基因。通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出AD的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用STRING数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用Metascape数据库进行GO分析和KEGG分析,最后采用MTT试验和荧光实时定量PCR对网络药理学主要分析结果进行验证。结果 筛选得到23个淫羊藿活性成分,共预测获得239个淫羊藿药效靶点和2 156个AD的治疗靶点,取交集后得到152个淫羊藿治疗AD的靶点,蛋白互作分析提示GSK3β、AKT1、CDK5、CDK5R1、APP、MAPK1、MTOR为蛋白互作网络中的关键靶点。淫羊藿关键靶点主要关联AD、β-淀粉样蛋白聚集、tau蛋白异常磷酸化、炎症反应、氧化应激、细胞凋亡等;细胞实验提示,淫羊藿可显著提高Aβ_25-35诱导PC12细胞的细胞存活率,并参与调控GSK-3β、AKT1、CDK5介导的β-淀粉样蛋白聚集及tau蛋白磷酸化通路。结论 淫羊藿治疗AD具有多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,本研究为系统阐明淫羊藿治疗AD作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨表没食子儿茶素没食子酸酯治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）治疗阿尔茨海默病（AD）的相关作用靶点及主要信号通路,探讨其治疗AD的可能作用机制。方法 通过Pubchem数据库筛选EGCG活性成分及作用靶点;通过利用Genecards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索AD的基因靶点,将疾病靶点与药物作用靶点融合找出交集靶点。在String平台利用EGCG的靶标基因与AD靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用（PPI）,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“EGCG-成分-靶点”网络,通过Metascape等数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后采用Auto Dock Vina软件进行分子对接。结果 获得EGCG有效成分和作用靶点有171个,其中与AD相关的靶点95个。EGCG改善AD病理变化的核心靶点主要集中在AKT1、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素（IL）-6等蛋白上。这些靶点涉及信号通路169条,包括磷脂酰肌醇3-羟激酶（PI3K）/Akt信号通路、低氧诱导因子（HIF）-1信号通路、促分裂原活化的蛋白激酶（MA...     

基于网络药理学研究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制

目的 探究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制。方法 选取当归芍药散中的当归、白芍、白术、川芎、茯苓、泽泻为研究对象,应用TCMSP数据库对6味中药主要化学成分进行筛选;使用TCMSP数据库,对筛选出的化合物及阿尔茨海默病进行靶点预测,选取当归芍药散与阿茨海默病一致的6个靶点蛋白作为后续研究对象,通过生物分子功能注释系统（MAS 3.0）及KEGG通路数据库进行通路注解及分析,得到当归芍药散治疗阿茨海默病的相关靶点通路预测图及相关信号通路。结果 从当归芍药散中筛选出35个化合物,可作用于阿尔茨海默病6个潜在的蛋白靶点,找出靶点的相关通路22条。作用通路涉及阿尔茨海默病发病机制相关的钙信号途径、炎症、免疫调节、细胞与细胞之间的信号交流、肌动蛋白细胞骨架的调节等各个环节,6味中药既有共同的成分及作用靶点、通路,又各有偏重,各通路间通过共有靶点连接,显示出不同成分间的多靶点、多途径的协同作用。结论 预测出当归芍药散治疗阿尔茨海默病可能与其调节炎症、免疫系统、钙信号、细胞与细胞之间的信号交流等机制有关。     

基于网络药理学探究黄精防治阿尔茨海默病作用机制

目的：基于网络药理学探讨黄精防治阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库（TCMSP）、实验室获取以及查阅文献收集黄精化学成分并利用Swiss ADME筛选中药活性成分;Swiss target prediction平台预测其作用靶点;GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取AD的主要靶点,利用String PPI平台进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,Matescape平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物过程及通路,利用Cytoscape 3.7.0软件构建“黄精防治AD成分-靶点-通路”网络图,Discovery Studio软件对黄精成分与靶点进行分子对接验证。结果：黄精中apigenin、（+）-Syringaresinol等活性成分及SRC（人原癌基因酪氨酸蛋白激酶）、EGFR（表皮生长因子受体）、STAT3（信号转导及转录激活蛋白3）等作用靶点与黄精防治AD相关,黄精防治AD主要涉及炎症反应、对无机物的反应、活性氧代谢过程等生物过程,并通过调节癌症信号通路、EGFR、酪氨酸激酶抑制剂抵抗等通路产生防治...     

蒙药安神补心六味丸抗抑郁作用网络药理学机制研究北大核心CSCD

目的应用网络药理学、分子对接技术、体外实验技术,预测以及验证蒙药安神补心六味丸的抗抑郁药理作用机制。方法TCMSP数据库及文献挖掘获取安神补心六味丸的活性成分,SwissTargetPrediction预测成分相关靶点信息,Cytoscape构建药材-成分-靶点网络。通过GeneCards、Drugbank、OMIM等数据库检索抑郁症靶点。STRING数据库获取蛋白相互作用关系网络信息。DAVID数据库进行GO生物过程富集分析和KEGG信号通路富集分析。Autodock vina软件进行分子对接验证。BV2小胶质细胞建立体外损伤模型,CCK-8法检测细胞活力,qPCR法检测相关核心靶点mRNA表达量。结果筛选出安神补心六味丸活性成分34个,涉及140个潜在作用靶点,筛选核心靶点59个,共涉及99条信号通路;分子对接结果显示桦木酸、豆甾醇、β-谷固醇、槲皮素等10种活性成分与AKT1、APP、ALB、MAPK3、VEGFA、MAPK1靶点均拥有良好的结合能力。体外实验结果表明,经给药后,BV2细胞活力较模型组明显上升。安神补心六味丸可调节各核心靶点mRNA的表达。结论安神补心六味丸可能主要通过羟色胺突触等信号通路以及相关核心靶点来发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学分析文痴方治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学方法分析文痴方治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法 使用TCMSP数据库检索文痴方中药物的主要活性成分及作用靶点,使用TTD、GeneCards数据库收集AD靶点,将药物作用靶点与疾病靶点进行韦恩分析,取交集靶点为关键靶点。使用DAVID数据库对关键靶点进行GO富集和KEGG通路分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建“活性成分-作用靶点-通路-疾病”相互作用网络并进行分析,确认可能的主要活性成分、核心靶点和关键通路。结果 共筛选出153个活性成分,127个作用靶点,791个疾病相关靶点,药物与疾病的共同靶点有46个,GO富集分析共富集到生物学过程208条,分子功能63条,细胞组成45条,可能的主要活性成分有3种,分别是槲皮素、山柰酚和木犀草素,核心靶点有8个,分别是AKT1、EGFR、VEGFA、SRC、MMP9、MMP2、GSK3B、KDR,关键信号通路有5条,分别是癌症信号通路、AD、PI3K-Akt信号通路、钙信号通路、神经退行性变的信号通路。结论 文痴方治疗AD可能是通过多成分、多靶点、多种作用途径进行的。     

基于网络药理学结合大鼠肾上腺嗜铬细胞瘤细胞探讨地黄抗阿尔茨海默病的作用机制

目的 基于网络药理学并结合大鼠肾上腺嗜铬细胞瘤细胞(rat pheochromocytoma cell, PC12)分析地黄抗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用机制。方法 查阅文献收集地黄的化学成分,经TCMSP筛选其主要活性成分,并构建“地黄-活性成分-潜在靶点”相互作用网络图和PPI图,通过DAVID数据库进行GO生物学过程富集和KEGG代谢通路富集分析,最后采用MTT法验证活性成分对PC12细胞的保护作用。结果 网络药理学分析预测出地黄主要活性成分15个,作用于AD的相关靶点343个,涉及MAPK信号通路、代谢通路、胰岛素信号通路、PI3K-Akt信号通路等。PC12细胞实验结果表明,通过网络药理学筛选得到的地黄9个活性成分均能不同程度提高PC12细胞的存活率,其中胡萝卜苷、木犀草素、京尼平1-β-D龙胆双糖苷、芹菜素、蔗糖、棉子糖处理的PC12细胞存活率更高(P<0.05)。结论 地黄对AD的作用呈多成分、多靶点、多通路的调节机制,为地黄用于AD的干预和治疗提供参考。     

基于网络药理学研究钩藤治疗高血压的作用机制

目的基于网络药理学方法研究钩藤治疗高血压的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选钩藤中口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18的化学成分作为潜在药效成分,在TCMSP数据库中检索成分作用靶点。结合GeneCards、TTD、OMIM数据库检索高血压疾病相关靶点,提取成分和高血压疾病的共有靶点作为关键靶点。利用CluGO插件对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建"成分-靶点-信号通路"网络。结果筛选得到11种潜在的药效成分,协同作用于PTGS1、PTGS12、CHRM1、ADRα1B等关键靶点,并参与调节神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、5-羟色胺能突触、唾液分泌、间隙连接和脂肪细胞中的脂肪分解6条信号通路。结论本文应用网络药理学方法预测钩藤治疗高血压的潜在药效成分、作用靶点及信号通路,为钩藤治疗高血压的临床应用提供依据。