单细胞测序和空间转录组技术在肝病研究中的应用进展

新兴的单细胞测序技术联合空间转录组技术,可以从细胞层面分析细胞的基因组、转录组和空间信息,这有助于人们探究细胞的基因表达水平和三维重建,了解细胞间的联系,进而促进探讨疾病的发生和发展机制。近年来,单细胞测序和空间转录组技术的联合运用已促进细胞和多种疾病研究,其在肝脏生理和疾病方面已取得部分成果。本文综述了单细胞测序和空...     

单细胞测序技术在膀胱癌研究中的应用

单细胞测序技术是在单细胞水平上, 对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术。目前, 单细胞测序技术已广泛应用于膀胱癌的研究, 通过识别不同的细胞亚群、免疫微环境, 开辟了解膀胱细微肿瘤生物学的新途径, 并且单细胞测序技术有望通过识别和使用新的生物标志物和靶向治疗, 对膀胱癌的诊断和治疗做出重要改变。本文总结单细胞测序技术在膀胱癌的异质性细胞亚群、发生发展规律、免疫微环境和耐药性等方面中最新的研究应用进展。     

单细胞转录组测序技术在骨关节炎中的研究进展

骨关节炎是一种常见的以软骨细胞退变、软骨下骨重构以及滑膜炎症为主要特征的慢性退行性骨关节疾病,目前病因及分子发病机制尚不明确。单细胞转录组测序可以对全转录组在单细胞水平进行扩增与测序,可以解决普通细胞测序技术不能精确到细胞类型的问题,用于细胞异质性发现及微量样品的转录组分析,可以在分子水平上研究骨关节炎的发病机制和病理分期,发现新的治疗靶点,为骨关节炎的早期诊断和治疗提供新的理论依据。本文就单细胞转录组测序技术及在骨关节炎领域的研究进展进行概述。     

单细胞测序技术及其在结直肠癌中的研究进展

结肠直肠癌(CRC)是全球第三常见及第二位肿瘤致死癌症疾病, 由于基因突变的发生及肿瘤转移等事件造成CRC的预后不良。单细胞测序技术可以在单细胞水平上进行基因组、转录组、表观遗传学的高通量测序分析, 在肿瘤免疫微环境分析、肿瘤异质性检测、肿瘤转移机制探究及循环肿瘤细胞(CTCs)监测等有着特殊的技术优势。本文简要介绍了单细胞测序的技术流程及数据处理并回顾目前单细胞测序在CRC应用进展, 从而为了解CRC发生及肿瘤进展过程中的肿瘤内异质性、深入理解CTCs的应用与寻找新的药物作用靶点提供参考。     

单细胞RNA测序在肾脏领域的研究进展

肾脏是结构和功能高度复杂的器官,由多种细胞类型组成,明确各种类型及其亚型细胞在生理和病理状态下基因转录图谱及其变化对阐明肾脏结构、功能以及疾病的发病机制极为重要。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)的发展引起转录组学研究模式的转变,从对大量组织基因转录的平均水平的分析转向对特定器官(或组织)中单细胞基因转录的细胞水平的研究。本文在阐述scRNA-seq技术及其揭示的新发现的肾脏细胞亚型和功能的基础上,重点对常见的多种肾脏疾病肾组织中免疫细胞scRNA-seq的研究进展进行综述。     

单细胞测序技术在胰腺癌领域应用现状和展望

胰腺癌是预后极差的恶性肿瘤,其特征是癌细胞与肿瘤微环境中存在复杂的相互作用网络和极高的异质性,导致缺乏早期诊断和有效治疗的策略.新兴的单细胞测序技术从单细胞层面进行基因组、转录组或表观遗传学分析,揭示疾病内在的分子机制,相比于传统的研究方法,更有助于阐明肿瘤内异质性问题.目前,单细胞测序技术已广泛应用于胰腺癌领域的研究...     

单细胞测序技术在膀胱癌研究中的应用进展

膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一, 其复杂的肿瘤微环境和极高的肿瘤内异质性, 导致膀胱癌早期诊断困难及治疗效果欠佳。新兴的单细胞测序技术是一项对单细胞进行基因组、转录组、代谢组及表观遗传学测序, 进而识别细胞间精细差异的强大技术, 对于揭示肿瘤内异质性及探讨肿瘤微环境中细胞间的复杂关系具有独特优势。本文中, 我们总结了单细胞测序技术在膀胱癌肿瘤内异质性、肿瘤微环境、治疗耐药性及治疗靶点等方面的研究, 以期为膀胱癌的诊疗及研究提供新的思路。     

微管相关蛋白1轻链3β在胃癌组织的表达及其临床意义

目的基于单细胞测序技术解析微管相关蛋白1轻链3β(LC3B)在胃癌中的表达及其与患者预后的关系。方法选用3对胃癌及配对的癌旁组织样本行单细胞转录组测序(scRNA-seq)。CellTypist对过滤后的单细胞表达数据进行亚群分类, 使用Wilcoxon rank-sum对测序数据进行拟时序分析, 探究不同细胞簇中LC3B的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)及免疫组织化学技术(IHC)分析LC3B在胃癌组织中的表达。采用单因素和多因素Cox比例风险回归模型确定影响胃癌患者预后的独立因素。实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)技术分析胃癌细胞中LC3B的表达水平, 采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成、Transwell检测LC3B表达改变后, 胃癌细胞增殖、迁移、侵袭能力的变化。两组间比较采用两独立样本t检验。结果 scRNA-seq分析结果显示, LC3B在胃癌组织中的表达量高于癌旁组织(2.001±2.706比1.010±1.634, t=44.094, P<0.01)且LC3B在内皮细胞、单核细胞中表达量高于其余细胞亚群(3.610±3.294, 3.21...     

血小板源性生长因子B在胃癌组织的表达及其临床意义

目的基于单细胞测序技术解析血小板源性生长因子B(PDGFB)在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法选用3对胃癌及配对的癌旁组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq)。CellTypist对过滤后的单细胞表达数据进行亚群分类, 使用Wilcoxon rank-sum对测序数据进行拟时序分析, 探究不同细胞簇中PDGFB的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)及免疫组织化学技术(IHC)分析PDGFB在胃癌组织中的表达。收集68例胃癌患者临床数据, 采用单因素和多因素Cox比例风险回归模型确定影响胃癌患者预后的独立因素。结果 scRNA-seq分析发现, PDGFB与4种促血管生成因子(FLT4、FLT1、TEK、KDR)在胃癌组织中均显著高表达(PDGFB与4种胃癌组织中的表达显著高于在癌旁组织中的表达, PDGFB在胃癌组织中的相对表达量为2.907, FLT4的相对表达量为2.293, FLT1的相对表达量为2.049, TEK的相对表达量为1.851, KDR的相对表达量为1.843, F=19.399, P<0.01);不同细胞亚群的标记基因分析显示, PDGFB在...     

单细胞转录组测序技术在非小细胞肺癌免疫微环境分析中应用的研究进展

非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）是最常见的癌症类型之一,也是导致癌症死亡的重要原因。虽然近年来免疫治疗的应用极大改善了NSCLC的预后,但NSCLC的治疗依然存在巨大挑战。免疫微环境在NSCLC发展、浸润和转移过程中发挥重要作用,二者可相互作用、相互影响,形成恶性循环。单细胞转录组测序可以对单个细胞进行高分辨率分析,在揭示免疫微环境中的细胞类型、细胞演变轨迹、细胞分化的分子机制以及细胞间相互调节中有重要价值。通过单细胞转录组测序有望发现更多有潜力的免疫治疗方法。本文综述了单细胞转录组测序在NSCLC免疫微环境中的重要研究及最新成果,旨在探讨应用单细胞转录组测序分析NSCLC免疫微环境的重要意义。