利巴韦林和干扰素-α联合应用治疗中东呼吸综合征冠状病毒感染的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析探讨联合应用利巴韦林和干扰素-α防治中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)感染的分子机制。方法 在Array Express数据库中查找MERS-CoV相关的基因芯片数据,利用Agilent GeneSpring GX软件对芯片数据进行处理分析。在比较毒理基因组学数据库(CTD)中查找利巴韦林和干扰素-α作用于人体的靶基因位点,利用PANTHER TOOL和DAVID平台分别对基因芯片数据和药物靶基因进行GO功能注释和信号通路分析。结果 检索数据库得到MERS-CoV感染相关的mRNA表达谱芯片数据,以及27个利巴韦林和干扰素-α作用的靶基因。对MERS-CoV感染相关mRNA表达谱数据进行聚类分析可分为两组基因群,即基因表达随病毒感染时间逐渐上升或下降。GO分析显示,药物靶基因与基因芯片数据共同涉及10个生物学过程,主要包括细胞生理、代谢、免疫、生物调节、应激反应等。药物靶基因、基因芯片第一组基因群(随病毒感染时间表达上升)和第二组基因群(随病毒感染时间表达下降)参与的信号通路分别为9、3和23个,其中仅前二者有共同参与的信号通路共7个,主要与识别病原体、促进细胞因子释放、生成自身免疫应答等有关。结论 利巴韦林和干扰素-α联合应用可通过干预多个信号通路中的位点起到治疗MERS-CoV感染的作用,MERS-CoV感染相关基因芯片数据中随感染时间表达水平下降的基因可作为药物靶基因为筛选治疗MERS感染的新型药物提供参考信息。     

细胞色素氧化酶基因CYP1A1多态性与新疆维吾尔族人群冠心病相关性研究

目的 探讨新疆地区维吾尔(维)族人群细胞色素氧化酶基因CYP1A1多态性与冠心病的关联性。方法 使用实时PCR对293例冠心病患者(病例组)和408名健康体检者(对照组)CYP1A1基因单核苷酸多态性(SNPs:rs4886605, rs12441817, rs4646422, rs1048943)进行基因型鉴定。结果 维族人群病例组和对照组rs4886605的基因型及等位基因分布的差异均有统计学意义(均P<0.05)。病例组rs4886605显性模型(CC vs. CT+TT)基因型频率明显低于对照组。调整混杂因素后logistic回归分析表明, 维族人群rs4886605的CC基因型者患冠心病风险明显低于CT+TT基因型者(总体:OR=0.368, 95%CI:0.185～0.530, P=0.018;男性:OR=0.350, 95%CI:0.235～0.568, P=0.015)。病例组和对照组rs12441817的基因型及等位基因分布差异均有统计学意义(均P<0.05)。病例组的rs12441817显性模型(TT vs. CT+CC)基因型频率明显低于对照组。调整混杂因素后logistic回归分析表明, 维族人群rs12441817的TT基因型者患冠心病风险明显低于CT+CC基因型者(总体:OR=0.253, 95%CI:0.231～0.546, P=0.016;男性:OR=0.241, 95%CI:0.132～0.478, P=0.002)。结论 新疆维族人群CYP1A1基因多态性rs4886605、rs12441817的2个位点与发生冠心病相关。rs4886605的CC基因型、rs12441817的TT基因型可能是该人群发生冠心病的保护因素。     

β-arrestin2基因多态性与湖南省汉族海洛因成瘾者美沙酮维持治疗反应的关联分析

目的 研究β-arrestin2(ARRB2)基因的3个单核苷酸多态性(SNP)位点rs3786047、rs1045280、rs2036657在湖南省汉族海洛因成瘾者中的分布及其与美沙酮维持治疗反应的相关性。方法 从湖南省美沙酮维持治疗门诊中随机抽取4个门诊,以汉族美沙酮维持治疗者作为研究对象,收集研究对象的一般社会经济学特征、相关吸毒史和美沙酮治疗史资料,测定ARRB2基因多态性位点的基因型以分析SNP位点与治疗反应的关系。结果 ARRB2基因rs3786047、rs1045280、rs2036657 SNP位点在不同治疗反应组基因型分布频率符合Hardy-Weinberg遗传平衡。在治疗反应好与差两组间,rs3786047(χ²=0.4862,P=0.784)、rs1045280(χ²=1.5919,P=0.451)、rs2036657(χ²=1.0615,P=0.588)的基因型频率分布和等位基因频率分布差异无统计学意义。结论 湖南省汉族美沙酮维持治疗人群中尚未发现ARRB2基因单核苷酸多态位点rs3786047、rs1045280、rs2036657与治疗反应有关联关系。     

健康人携带金黄色葡萄球菌耐药表型及基因型研究

目的 调查我国健康人携带的金黄色葡萄球菌药物敏感性及大环内酯类耐药基因分布情况.方法 应用E-test方法,对2009－2011年收集的100株健康从业人员携带菌株进行16种抗生素的药物敏感性分析,以D 试验测定红霉素对克林霉素的诱导耐药表型.采用spa分型对上述菌株进行分型分析.利用PCR检测基因:甲基化酶[erm(A),erm(B),erm(C),erm(F),erm(T),erm(Y),erm(33)和erm(G)]、ATP结合转运蛋白[msr(A)和msr(D)]、主要易化子[mef(A)]、酯酶[ere(A)]及磷酸化酶[mph(C)],并与猪来源菌株38株(31株MRSA,7株MSSA)和患者来源MRSA菌株20株进行比较.结果 健康人群携带菌株对红霉素和克林霉素耐药率较高,分别为52%和27%.克林霉素诱导耐药率为29%.共鉴定35个spa型别,其中51.0%的spa型别为t189、t571、t002、t796、t437、t034和t701.52株健康人菌株主要携带erm(C)(57.7%)和erm(B)(34.6%), 95.0%的临床分离菌株携带erm(A), 100.0%猪鼻拭子分离菌株均携带erm(C)菌株.结论 携带erm(C)和erm(B)耐药基因的大环内酯类耐药菌株在健康人群中广泛存在,这些耐药基因在金黄色葡萄球菌中呈散在克隆传播.     

不同性别人群免疫球蛋白G N-糖基化结构谱型比较

目的 对不同性别人群的免疫球蛋白G（IgG） N-糖基结构谱型进行分析比较。方法 采用整群抽样,以2012年1-6月在北京市宣武医院体检的669名居民为研究对象,留取空腹静脉血5 ml,对IgG N-糖基进行分离、纯化、标记后,采用超高压液相色谱串联质谱法对IgG N-糖基进行检测,最终得到24个色谱峰,每个峰代表不同的糖基结构。不同性别人群的糖基结构比较采用两独立样本t检验或非参数检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果 669名参与者中男性235人（35.13%）,女性434人（64.87%）,平均年龄为（44.23±9.82）岁。女性核心岩藻糖基化水平Fⁿ（Z=-2.192,P=0.028）高于男性;女性半乳糖基化水平G0ⁿ（Z=-7.898,P<0.001）、G1ⁿ（Z=-2.343,P=0.019）低于男性,而G2ⁿ（Z=-8.414,P<0.001）水平高于男性;女性唾液酸化水平F^totalS1/F^totalS2（Z=-5.049,P<0.001）、FS1/FS2（Z=-3.336,P=0.001）高于男性。结论 IgG N-糖基结构水平可能与性别有关。     

北京地区2011－2014年致儿童猩红热A组链球菌emm基因型别变化特征分析

目的 了解北京地区致儿童猩红热A组链球菌(GAS)emm基因型别分布,并探讨其型别变化与猩红热病例的关系。方法 收集2011－2014年5－7月北京市36家医院临床诊断为猩红热病例咽拭子GAS分离菌株,采用PCR联合测序方法对分离菌株进行emm分型,选取中国疾病监测信息报告管理系统中北京市猩红热病例报告数据进行分析。结果 共采集咽拭子标本2 161份,分离GAS菌株762株,阳性率为35.3%(762/2 161)。检测到7个emm型别,其中emm12型占69.4%(529/762),emm1型占29.8%(227/762),其他5种emm型别(11、22、75、89、128)占0.8%(6/762)。分析各年份emm型别构成比:2011年emm12型82.2%(295/359),emm1型16.7%(60/359),其他型(11、22、89)1.1%(4/359);2012年emm12型77.3%(123/163),emm1型23.9%(39/163),emm75型0.6%(1/163);2013年emm12型50.7%(38/75),emm1型49.3%(37/75);2014年emm12型44.2%(73/165),emm1型55.2%(91/165),emm128型0.6%(1/165)。不同年份emm型别构成比变化的差异有统计学意义(P<0.001)。2011、2012年emm12为主导菌型,2014年主导型别转换为emm1型。2011－2014年报告猩红热病例分别为6 152、2 908、2 048和3 918例,以2011年报告例数最多,2014年比2013年报告病例数增加91.31%。2011年GAS分离株emm型别存在年龄差异,其中1～5岁组分离的emm12型高于>5岁组(P<0.05)。2011、2013年分离GAS菌株存在地区差异,2011年emm1型分离株为城区高于郊区(P<0.05),2013年emm1型为郊区高于城区(P<0.05)。结论 2011－2014年北京地区GAS菌株优势菌型为emm12和emm1型;不同年份emm12、emm1变换成为主导菌型;emm主导菌型变化与猩红热病例变化趋势有关。     

极低出生体重早产儿血清磷、骨碱性磷酸酶、25-羟基维生素D水平动态变化分析

目的 调查分析极低出生体重早产儿血清磷(P)、骨碱性磷酸酶(BALP)、25-羟基维生素D[25-(OH)D₃]水平动态变化,为临床早产儿代谢性骨病的早期预防提供指导。方法 选择入住烟台山医院新生儿科病房且符合入选标准的110例新生儿为研究对象,其中极低出生体重早产儿60例(病例组),足月产儿50例(对照组),分别于出生后1、4、12周空腹采取静脉血2 ml,测定血清P、BALP、25-(OH)D₃水平,分析骨代谢指标的变化情况。结果 病例组25-(OH)D₃水平增长速度低于对照组;两组血清P水平无明显变化。与对照组比较,病例组出生后1、4、12周血清BALP水平均显著性偏高;出生后第12周25-(OH)D₃水平的差异有统计学意义,其中病例组异常率达26.7%,对照组异常率为0。结论 极低出生体重早产儿(病例组)出生后追赶性生长过程中血清BALP、25-(OH)D₃水平与足月儿(对照组)有明显差异,提示该两项指标检测有助于极低出生体重儿代谢性骨病的早期发现及干预,其中以血清BALP指标敏感性较好。     

大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型及其诱导表达与抑制的研究

目的 了解浙江地区大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型及其携带模式、β-内酰胺类抗生素诱导β-内酰胺酶基因表达及组氨酸激酶抑制剂氯氰碘柳胺(CLO)抑制其表达的作用。方法 采用微量稀释法和E-test检测大肠埃希菌临床菌株对β-内酰胺类抗生素耐药率和最低抑菌浓度(MIC)。采用PCR及其产物测序法检测大肠埃希菌耐药菌株β-内酰胺酶基因型及携带模式。采用实时荧光定量RT-PCR和β-内酰胺酶确证试验分别检测1/4 MIC头孢噻肟或青霉素及CLO对大肠埃希菌耐药菌株β-内酰胺酶基因转录和表达的影响。结果 浙江地区61.7%(285/462)大肠埃希菌对青霉素、氨苄青霉素、头孢西丁、头孢噻肟和头孢他啶耐药。285株耐药菌株中, TEM和CTX-M基因检出率(83.2%和75.1%)显著高于KPC、SHV和OXA基因(1.4%～10.2%)(P<0.01), 两种以上β-内酰胺酶基因携带率(68.8%)显著高于单基因(31.2%)(P<0.01), 其中61.4%菌株携带TEM+CTX-M基因(P<0.01)。除KPC基因外, 1/4 MIC头孢噻肟和青霉素能诱导89株β-内酰胺酶单基因菌株TEM、CTX-M、SHV和OXA mRNA水平迅速升高(P<0.01), 但可被50～500 μg/ml CLO所抑制(P<0.01)。100 μg/ml CLO预处理后, 82.8%～85.6%耐药菌株对上述抗生素敏感(P<0.01), β-内酰胺酶检出率也从95.1%下降至16.1%(P<0.01)。结论 TEM和CTX-M是浙江地区大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型, 并以TEM-1+CTX-M为优势携带模式。低浓度头孢噻肟和青霉素可经细菌二元信号系统上调β-内酰胺酶基因表达, 但可被组氨酸激酶抑制剂CLO所抑制。     

新疆维吾尔族、汉族健康人群β3肾上腺素能受体基因多态性分布特征及其与血脂关系的研究

目的 探讨β₃肾上腺素能受体(ADRβ3)基因标签单核苷酸多态性(tagSNP)rs2298423和rs6986132在新疆维吾尔(维)族和汉族健康人群中的分布特征及其与血脂的关系.方法 采用随机抽样方法选取新疆地区维族(n=362)和汉族(n=653)健康体检者,采用实时荧光定量PCR(TaqMan)方法进行基因分型.结果 (1)rs2298423三种基因型在维族人群中的分布频率分别为TT型76.5%、GT型22.1%、GG型1.4%,汉族人群分别为TT型74.7%、GT型23.3%、GG型2.0%,两组基因型分布的差异无统计学意义(P=0.695).(2)rs6986132三种基因型在维族人群中的分布频率分别为GG型81.5%、AG型16.6%、AA型1.9%,汉族人群分别为GG型59.6%、AG型33.7%、AA型6.7%,两组基因型分布的差异有统计学意义(P< 0.001).(3)维族人群rs2298423基因型亚组间的TC、LDL-C水平的差异有统计学意义(P< 0.01),携带GG或GT基因型者较TT基因型有更高的TC、LDL-C水平(P< 0.01),而汉族人群则无差异.两族人群rs6986132基因型亚组间TC、LDL-C、TG、HDL-C水平的差异无统计学意义(P> 0.05).通过非条件logistic回归调整性别、年龄、身高、体重、腰围、尿素氮、SCr、FPG、TG、吸烟史、饮酒史混杂因素后,维族人群GG或GT基因型携带者较TT基因型携带者患高胆固醇血症的风险增高(OR=3.140,95%CI:1.270～7.764,P=0.013),LDL-C水平升高的风险增高(OR=3.818,95%CI:1.761～8.280,P=0.001).(4)rs2298423和rs6986132共构建3个单倍型,其中维族人群T-G单倍型的分布明显高于汉族(P< 0.001),汉族人群T-A单倍型的分布明显高于维族(P< 0.001).结论 新疆维、汉族人群间ADRβ3基因标签SNP的分布频率有差异,维族人群rs2298423多态性与血清TC、LDL-C水平有关,G等位基因可能是该两指标水平升高的危险因素.     

SEC16B基因多态性与体质指数和肥胖关联的Meta分析

目的 探讨SEC16B基因多态性与BMI和肥胖的关联性。方法 系统检索2009-2015年在万方数据库（Wanfangdata）、中国期刊全文数据库（CNKI）、维普中文科技期刊全文数据库（VIP）、PubMed、Embase、Web of Science、NIH GWAS catalog数据库中收录的关于SEC16B基因多态性与BMI和/或肥胖关联性的文献。分别以β值和OR值及其95% CI作为Meta分析效应合并指标。采用Stata 12.0软件对研究结果进行异质性检验和效应值合并计算。结果 最终纳入28篇文献，包括rs10913469相关15篇和rs543874相关13篇。Meta分析显示，在加性遗传模型下，rs10913469-C和rs543874-G与BMI水平具有正向关联，合并β值（95% CI）分别为0.04（0.03～0.05）和0.03（0.02～0.04）；与肥胖罹患风险关联的合并OR值（95% CI）分别为1.11（1.08～1.15）和1.28（1.20～1.36）。按种族、年龄和文献质量进行亚组分析后，rs10913469和rs543874位点与肥胖关联的合并OR值仍有统计学意义。结论 SEC16B基因多态性rs10913469和rs543874位点与不同种族人群BMI及肥胖均有关联，rs10913469-C等位基因和rs543874-G等位基因可增加肥胖罹患风险。