基于网络药理学的荔枝核抗肝纤维化作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨荔枝核抗肝纤维化的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索荔枝核的有效活性成分,采用Perl软件对荔枝核有效成分的作用靶点进行预测。通过GeneCards?和OMIM?数据库获取肝纤维化相关靶点,将其与荔枝核有效成分的作用靶点取交集,得到荔枝核-肝纤维化靶点。利用CytoScape软件构建“中药-活性成分-基因靶点-疾病”网络。针对荔枝核-肝纤维化靶点,构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心基因,同时进行功能富集分析和通路富集分析。结果 (1)筛选得到8个荔枝核有效活性成分、87个有效活性成分的作用靶点、6 899个肝纤维化相关靶点,通过取交集得到79个荔枝核-肝纤维化靶点。(2)“中药-活性成分-基因靶点-疾病”网络提示荔枝核主要通过6种有效活性成分(甘露醇、β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、表儿茶素、槲皮素)作用于荔枝核-肝纤维化靶点发挥作用。(3)PPI网络共筛选出的30个核心基因。(4)荔枝核-肝纤维化靶点共参与101个生物学过程,涉及74条信号通路。结论 荔枝核可能通过甘露醇、β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、表儿茶素、槲皮素等有效活性成分,...     

基于网络药理学探究复方积雪草抗肾纤维化的分子机制

目的 通过网络药理学方法研究复方积雪草主要活性成分治疗肾纤维化的作用机制。方法 在TCMSP数据库中筛选与复方积雪草主要组分相关的活性成分和靶点,利用GeneCards数据库检索与肾纤维化相关靶点并与活性成分靶点取交集。采用Cytoscape软件构建蛋白与蛋白相互作用（PPI）网络、化合物-靶点网络图、中药-化合物-靶点网络图,筛选核心靶点,分子对接验证化合物与靶点的结合能力;将获得的核心靶点利用STRING进行基因通路的富集分析,进而分析网络和作用机制。结果 得到复方积雪草活性成分靶点203个,获得肾纤维化靶点5219个,共同靶点177个。筛选出核心靶点36个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合能力。GO富集分析分别获得可靠性排名TOP10的主要分子功能（MF）、主要细胞组分（CC）和主要生物学过程（BP）。得到核心靶点之间的PPI网络图、化合物-核心靶点网络图和草药-化合物-核心靶点网络图。肿瘤相关通路显著性最高。结论 初步系统分析了复方积雪草治疗肾纤维化的科学性及分子机制。     

基于网络药理学探讨复方积雪草抗肾纤维化的分子机制

目的通过网络药理学方法研究复方积雪草主要活性成分治疗肾纤维化的作用机制。方法在TCMSP数据库中筛选与复方积雪草主要组分相关的活性成分和靶点,利用GeneCards数据库检索与肾纤维化相关靶点并与活性成分靶点取交集。采用Cytoscape软件构建蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络、化合物-靶点网络图、中药-化合物-靶点网络图,筛选核心靶点,分子对接验证化合物与靶点的结合能力;将获得的核心靶点利用STRING进行基因通路的富集分析,进而分析网络和作用机制。结果得到复方积雪草活性成分靶点203个,获得肾纤维化靶点5219个,共同靶点177个。筛选出核心靶点36个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合能力。GO富集分析分别获得可靠性排名TOP10的主要分子功能(MF)、主要细胞组分(CC)和主要生物学过程(BP)。得到核心靶点之间的PPI网络图、化合物-核心靶点网络图和草药-化合物-核心靶点网络图。肿瘤相关通路显著性最高。结论初步系统分析了复方积雪草治疗肾纤维化的科学性及分子机制。     

基于网络药理学探讨加味柴胡疏肝散治疗冠心病伴焦虑/抑郁的作用机制

目的 运用网络药理学方法，探讨加味柴胡疏肝散治疗冠心病伴焦虑/抑郁的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台获取加味柴胡疏肝散所含中药的有效活性成分及其作用靶点。通过GeneCards?、OMIM?、TTD数据库筛选冠心病及焦虑/抑郁的相关靶点，并对两类疾病相关靶点取交集。对有效活性成分的作用靶点与疾病相关靶点进行交集，获得交集靶点作为加味柴胡疏肝散治疗冠心病伴焦虑/抑郁的潜在作用靶点。使用CytoScape 3.8.0软件构建药物成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，并筛选加味柴胡疏肝散治疗冠心病伴焦虑/抑郁的核心靶点(度值≥30)。使用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 (1)共获得有效活性成分233个，有效活性成分的作用靶点161个，交集靶点106个。(2)药物成分-疾病-靶点网络的节点度值较高的前15个有效活性成分中，黄酮类成分共有7个，包括槲皮素、山柰酚、木犀草素、川陈皮素、柚皮素、美迪紫檀素、异鼠李素。(3)PPI网络中...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨人参治疗胃癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术,探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索人参的有效化学成分及其相应的作用靶点,通过GeneCards?数据库、OMIM?数据库、DRUGBANK数据库检索胃癌相关靶点,运用Venny 2.1.0软件获取人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后,应用Cytoscape软件进行可视化处理及网络拓扑学分析以筛选核心靶点。利用STRING数据库构建核心靶点的PPI网络。基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Tools软件对人参主要有效化学成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 (1)共得到人参有效化学成分24个,作用靶点117个,胃癌相关靶点1 921个。人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点共60个,筛选出核心靶点21个,包括蛋白激酶B(AKT)1、Jun B原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2(P...     

基于网络药理学探讨复方鲜石斛颗粒防治酒精性肝病的作用机制及实验验证

目的 结合网络药理学方法和实验验证探讨复方鲜石斛颗粒防治酒精性肝病(ALD)的作用靶点及潜在机制。方法 借助TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库及文献报道检索复方鲜石斛颗粒的化学成分,利用Swiss ADME数据库筛选优效目标化合物,并通过Swiss Target Prediction数据库对活性成分靶点进行预测。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库获取ALD相关疾病靶点,采用String数据库和Cytoscape软件构建靶点相互作用网络图(PPI)及“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图,将预测的潜在作用靶点通过DAVID数据库进行GO/KEGG功能富集分析预测作用机制。构建酒精性肝损伤小鼠模型,通过病理染色、ELISA检测、qPCR及Western blot来验证网络药理学富集分析结果。结果 通过数据库及文献报道共筛选获得73个关键活性成分,与ALD交集靶点有720个,根据P<0.05,FDR<0.05的GO注释分析得到789个BP信息,93个CC信息,204个MF信息,194个KEGG信号通路,主要涉及代谢过程、PI3K...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗骨肉瘤的信号通路及分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)平台,检索白花蛇舌草化学成分和作用靶点,并通过基因卡(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)和疾病靶点预测数据库(TTD)获取骨肉瘤相关靶点,预测白花蛇舌草治疗骨肉瘤的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING平台构建靶点蛋白互作网络(PPI),并使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。将相关度最高的前5位靶点和白花蛇舌草的活性成分进行分子对接,对结合能最大的活性成分-靶点构建对接模型。结果 共筛选出白花蛇舌草中8个活性成分,179个对应的靶点。检索得到3 596个骨肉瘤相关靶点,经R语言取交集得到124个共同靶点。“中药-活性成分-靶点-疾病”网络提示,白花蛇舌草的6个活性成分作用于124个靶点基因以治疗骨肉瘤。PPI图中,124个靶点相互作用关系密切,其中AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、TNF等为核心靶点,与活性成分分...     

基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的作用机制

目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并可视化,并用Autodock＿vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...     

淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎的网络药理学作用机制研究

目的 以网络药理学方法为基础分析淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取药物的活性成分及其潜在靶点,根据药物的吸收、分布、代谢、排泄(ADME)属性对药物活性成分进行筛选,并结合相关文献进行补充;通过PubChem数据库检索活性成分的SMILES结构式和2D结构,经ADME筛选后将符合标准的化学成分传入Swiss Target Prediction数据库预测药物作用靶点;选用关键词“knee osteoarthritis”或“osteoarthritis of knee”在Genecards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、Drugbank数据库检索与KOA相关的主要靶点;绘制韦恩图,获取淫羊藿-附子与KOA的交集靶点;基于STRING数据库构建药物与疾病共同靶点的蛋白互作(PPI)网络;利用Cytoscape3.6.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络中关键靶点信息图。利用Metascape平台对药物与疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 通过T...     

基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制

目的基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制。 方法采用GeneCards数据库获取类风湿关节炎的靶点,中药靶点采用中药系统药理学分析平台(TCMSP),依据OB≥30%,DL≥0.18为桂枝活性成分的筛选条件,获取相应靶点信息。将类风湿关节炎的疾病靶点和桂枝的靶点做交集分析,将得到的共同靶点进行蛋白PPI互作分析,利用DAVID数据库分析靶点的GO基因功能和富集通路。 结果TCMSP数据库共筛选出桂枝48个靶点。进行交集分析,共得到30个共同靶点;共同靶点PPI蛋白互作网络图显示,关键靶点之间联系密切;基因富集分析显示,30个共同靶点与146个基因功能相关,与56条信号通路相关。 结论本研究通过网络药理学发现,桂枝能作用于BAX、CASP3、CASP8、CASP9、TGFB1、JUN和PIK3CG,通过TNF通路,抑制炎症反应发挥其抗炎活性。     

基于网络药理学分析土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的:以网络药理学为基础分析土茯苓在银屑病治疗中的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获取土茯苓的活性成分及有关靶标。利用GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选土茯苓活性成分治疗银屑病的潜在靶标。通过Cytoscape软件绘制土茯苓治疗银屑病形成的"成分-靶标-通路-疾病"网络图。利用STRING数据库进行靶点蛋白相关作用网络构建并对关键靶点的生物功能进行注释和通路分析。结果:从土茯苓中筛选与银屑病有关活性成分12个,107个共同靶点、7条生物代谢途径在治疗银屑病的过程中发挥作用。结论:土茯苓在治疗银屑病的过程中通过多个活性成分、作用靶点以及生物代谢途径发挥作用,而非通过某一单一机制发挥作用,其作用机制具有多靶点的特征。     

基于网络药理学研究麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法筛选麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法 通过多个数据库筛选药物主要活性成分、靶点及与RA相关的疾病靶点,获取交集基因.采用Cytoscape 3.7.0软件构建麻杏苡甘汤治疗RA的成分-靶点-通路网络,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用R语言对靶...     

基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选出柴胡-黄芩药对中的化学成分及其对应靶点,将UniProt数据库筛选的相关药物靶点和Genecards数据库筛选的鼻窦炎疾病靶点相交集;运用STRING平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;采用Metascape平台...     

基于网络药理学和细胞实验探讨陈皮-紫苏子药对治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的：基于网络药理学和细胞实验探讨陈皮-紫苏子药对治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)检索陈皮、紫苏子的化学成分与作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络,将度值排名前5位的化合物作为陈皮-紫苏子药对的核心成分。通过GeneCards数据库检索COPD相关靶点,借助微生信平台获取药物与COPD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,进而筛选核心靶点。通过Metascape数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KE...     

基于网络药理学研究马钱子治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法研究马钱子治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法 通过检索中药系统药理数据分析平台,获得主要活性成分和相关作用靶点。通过UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,利用STRING网络在线分析平台获得抗类风湿性关节炎作用靶点,采用Cytoscape 3.9.0构建有效成分-靶点-疾病网络图,STRING网络平台构建PPI网络图,进一步用Bioconductor进行GO、KEGG通路富集分析。结果 筛选出马钱子具有靶点的活性成分共12个,马钱子治疗类风湿性关节炎交集靶点17个,预测出马钱子有效成分(S)-Stylopine和(2R)-5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)chroman-4-one通过神经活性配体受体相互作用通路和血清素能突触通路作用于NR3C1、SLC6A4、PTGS2靶点,并介导多种生物学功能。结论 马钱子中的活性成分可能通过多靶点、多通路起到治疗类风湿性关节炎的作用。     

基于淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点的网络药理学与分子对接技术分析

目的：采用网络药理学方法联合分子对接技术分析淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点,并初步阐明其作用机制。方法：采用中药系统药理学（TCMSP）数据库和分析平台结合相关文献资料获取淫羊藿的有效化学成分及其对应的靶点蛋白,采用Uniprot数据库将靶点蛋白信息标准化得到对应的标准基因名,检索GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤的相关靶点基因,采用Cytoscape3.7.1软件绘制淫羊藿有效化学成分和疾病作用靶点关系的网络图,采用STRING数据库绘制药物与疾病的交集靶点的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,采用基迪奥生物信息平台（OmicShare）进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用Pymol软件和Autodock Tools软件进行淫羊藿药材有效化学成分与下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤靶点蛋白的分子模拟对接和可视化。结果：筛选得到27个淫羊藿有效化学成分和217个相对应作用靶点,下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状...     

半夏泻心汤及其拆方改善炎症性肠病肠道免疫的潜在靶点及作用机制的网络药理学分析

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤及其拆方对炎症性肠病肠道免疫的潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出半夏泻心汤及其拆方组(辛开组、苦降组、甘补组)的有效活性成分和作用靶点,利用GeneCards、OMMI数据库筛选炎症性肠病相关的潜在作用靶点,将二者交集后采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图,利用string绘制PPI靶点蛋白作用网络图,利用GO和KEGG富集分析药物与炎症性肠病的信号通路。结果:通过筛选得出半夏泻心汤的有效活性成分129个、辛开组(半夏+干姜)的有效活性成分43个、苦降组(黄芩+黄连)的有效活性成分104个、甘补组(人参+甘草+大枣)的有效活性成分121个。进一步分析后发现半夏泻心汤组中Quercetin(槲皮素)、Beta-sitosterol(β-谷甾醇)、Kaemoferol(山柰酚)、Stigmasterol(豆甾醇)、Baicalein(黄芩素)等药物活性成分与PTGS1、AR、ESR1、PRSS1、PPARG等与IBD疾病靶点关系较为密切,并可能通过参与AGE-RAGE、TNF等信号通路发挥调...     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

基于网络药理学及分子对接探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病的潜在机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease, AD）的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...