2014—2021年青岛地区手足口病患者柯萨奇病毒A10型病原学及临床特征分析

目的分析青岛地区感染柯萨奇病毒A10型(CVA10)手足口病病例的分子特征及其所致轻重症病例的临床特征。方法以2014—2021年青岛市妇女儿童医院常规监测的手足口病病例为研究对象, 共6 677例, 收集其咽拭子标本;采用回顾性研究的方法, 收集研究对象的临床资料。对标本进行病毒核酸提取和肠道病毒分型鉴定;对CVA10病毒毒株进行VP1基因全长扩增, 并进行序列测定;采用MEGA7.0软件对获取VP1基因序列进行系统进化分析, SPSS23.0软件对临床资料进行统计学分析。结果 CVA10阳性病例285例, 其中男性183例, 女性102例, 5岁以下儿童占89.8%, 发病时间集中在4～9月份, 重症患者与轻症患者比较, 白细胞计数(WBC)、中性粒细胞百分比(N%)、血红蛋白浓度(HGB)、谷草转氨酶(AST)、谷丙转氨酶(ALT)显著升高, 重症组胸片、脑CT异常较轻症组多, 心电监护时间长。CVA10重症病例较轻症病例皮疹在发热前且皮疹较多出现在臀部, 差异有统计学意义(P<0.05)。系统进化分析显示, 青岛2014—2021年CVA10毒株大部分位于分支Ⅰ上, 分支...     

2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析

目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果 2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例, 以1～2岁幼儿(28/35)为主, 男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示, 福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型, 即C1和D1基因亚型, 仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型, 其余27株为D1基因亚型。其中, 4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支, 另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7...     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...     

CV-A10手足口病分子病原学特征及流行状况进展

自2008年手足口病(hand, foot, and mouth disease, HFMD)纳入国家法定传染病管理以来, 引起HFMD的优势病原有所改变。2012年以后由柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A10, CV-A10)引起的HFMD发病率处于较高水平。本文就CV-A10病原学特征及其所致HFMD流行情况等展开综述, 为HFMD防控策略制定提供依据。     

柯萨奇病毒A组2型的分离鉴定与遗传进化分析

目的 对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定,并对其基因特征进行分析。方法 对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定,通过与人类肠道病毒比较,对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果 自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2),命名为CoV-A2 SD17-430,系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高,在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论 与原始毒株相比,CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异,其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测,以便进一步了解其病原谱变化,为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。     

4株手足口病相关柯萨奇病毒A4型的全基因组特征

目的:了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法:选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒,通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增,采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析,采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果:进化分析显示：在...     

全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选, 获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值, 并用Datamonkey在线分析平台通过MEME, SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点, 分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测, D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用, 需要加以重视, 并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。     

2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测, 并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析, 为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》, 对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理, 提取病毒RNA后, 先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序, 编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别, 再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序, 通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列, Mega5.2软件构建基因进化树, 分析病毒基因特...     

柯萨奇病毒B组疫苗的研究进展

柯萨奇病毒B组(coxsackievirus group B, CVB)属于人肠道病毒, 包括6种血清型。人体感染CVB后通常症状轻微, 但严重时可以引起心肌炎、胰腺炎、手足口病以及中枢神经系统疾病等, 对婴幼儿危害性极大。CVB在国内外多地均有暴发流行, 不同血清型的流行模式各异, 情况复杂。目前仍缺乏有效治疗和预防CVB的药物与手段。疫苗有望成为解决CVB相关公共卫生问题的一种经济有效的方法, 虽然尚没有CVB疫苗上市, 但是已有多家机构正在进行各种类型CVB疫苗的临床前研究, 包括核酸疫苗、病毒载体疫苗、重组蛋白疫苗、减毒活疫苗和灭活疫苗等。本文对CVB疫苗相关研究进展进行了综述。     

一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况, 为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本, 使用数字PCR方法对病毒载量进行测定, 使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析, 对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×104拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×104拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份, 均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇, 内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。结论该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成, 疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。     

肠道病毒基因重组研究进展

肠道病毒(enterovirus, EV)可引起多种感染性疾病, 临床表现复杂多样。作为RNA病毒, EV的RNA依赖的RNA聚合酶缺乏校对功能, 导致其基因发生高频率的突变和重组, 从而使EV获得进化优势, 进而发生对宿主的免疫逃逸、对抗病毒药物的抗性, 也可使病毒的传播力和致病性增强或组织嗜性发生改变。本文综述了EV的重组机制, 并对部分重要型别和新型别EV的重组情况以及重组对病毒流行、致病性的影响进行了概述。     

两株GI.1型札如病毒全基因组测序及初步分析

目的对GI.1型札如病毒进行全基因组扩增测序尝试并开展初步分析。方法利用本研究设计的GI组札如病毒全基因组5’末端通用引物及杯状病毒3’末端引物, 对本实验室保存的两株GI.1型札如病毒标本进行全基因组扩增, 然后进行文库构建、上机测序及序列组装。通过BioEdit软件进行序列比对分析, 采用MEGA 7.0软件构建进化树进行进化分析。结果两个标本测序质量优异, 测序方法具有可行性;在全基因组(WGS)、NSP基因、VP1基因及VP2基因进化树中, 均归类为GI.1型;位点变异分布于各个基因片段, 但VP1基因的N端保守性较好, 熵值较低;大部分基因的核苷酸突变尤其是NS3、NS5及VP1基因的核苷酸突变以同义突变为主, 未形成相应氨基酸的突变。结论成功地开展了对GI.1型札如病毒全基因组扩增测序及相关进化分析, 为札如病毒的检测提供了新的思路。     

2014—2018年辽宁省柯萨奇病毒A6型分离株VP1区基因特征分析

目的:了解辽宁省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中分离到的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)VP1区基因特征。方法:收集2014—2018年辽宁省14个市送检的HFMD患者非肠道病毒A组71型(enterov...     

全基因组测序用于肾脏异常胎儿的产前诊断

目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测, 以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取, 行全基因组测序检测, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定, 拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对, 致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病, 分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb;2例胎儿为基因变异致病, 分别为PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c.1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南, PKHD1 c.8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.448...     

云南省2株柯萨奇病毒A12型VP1区基因特征分析

目的:了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法:对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养,通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A1...     

2018—2019年济南市人鼻病毒和呼吸道合胞病毒及腺病毒感染分析

目的研究2018年4月至2019年3月济南市急性呼吸道感染病例中人鼻病毒、呼吸道合胞病毒及人腺病毒的感染情况及流行病学特点, 并对分离出的人腺病毒做全基因组序列分析。方法采集2018年4月至2019年3月济南市第四人民医院、山东大学齐鲁儿童医院、章丘区人民医院的急性呼吸道感染住院病例患者的鼻/咽拭子样本共计1 969份, 采用实时荧光定量PCR的方法检测样本中呼吸道相关病原体, 包括人鼻病毒、呼吸道合胞病毒及人腺病毒的阳性率, 并对分离出的7株腺病毒阳性标本进行测序, 以确定腺病毒型别, 并构建基因进化树进行分析。结果在收集的1 969份标本中, 3种呼吸道病毒阳性病例共计242例, 阳性检测率为12.30 %(242/1969), 鼻病毒阳性率为3.00%(59/1969)、呼吸道合胞病毒阳性率为6.30 %(124/1969)、腺病毒阳性率为3.86%(76/1969)。不同年龄段间鼻病毒检出率差异无统计学意义(Fisher精确检验值8.376, P=0.720), 不同年龄段间呼吸道合胞病毒、腺病毒检出率差异均有统计学意义(χ2=19.28、12.16;P=0.001、0.016...     

2017—2019年广州市柯萨奇病毒A6分子流行病学特征分析

目的:了解广州市手足口病的病原谱,对柯萨奇病毒A6 (coxsackievirus A6, CV-A6)型肠道病毒进行分子流行病学特征分析。方法:采用逆转录荧光定量PCR法对2017年5月至2019年12月各哨点医院及区疾病预防控制中心上送的手足口样本进行EV-A71、CV-A16、CV-A6及总肠道病毒检测。挑选CV...     

2018—2020年云南省手足口病病原监测及柯萨奇病毒A组4型VP1基因特征分析

目的阐明2018—2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离, 送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果 2018—2020年共采集手足口病标本21 757份, 其中阳性标本16 457份, 阳性检出率75.64%。共分离阳性标本4 114份, 分离到毒株533份, 其中肠道病毒71型(EVA71)共89例, 占总病原的16.70%;柯萨奇病毒A组16型(CVA16)共180例, 占33.77%;CVA10为76例, 占14.26%;CVA6、CVA4分别占22.14%、4.88%;其他型别共44例, 占8.26%。5岁以下儿童是手足口患者主要人群, 男女性别比1.35∶1, 气温较高的第二、三季度是手足口病高发季。云南省CVA4主要分布在曲靖和昆明等地, 文山、红河零星分布, VP1基因全长915 bp, 26株CVA4毒株均属于C基因型的C2亚型, 与原始株AY421762-HighPoint之间遗传距离较远。VP1基因的18、23、34、102、14...