溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系的建立

目的:建立溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系。方法:根据溶藻弧菌胶原酶基因colH的保守序列设计一对引物和一条TaqMan探针,优化反应体系中的引物浓度和探针浓度,评价此反应体系的特异度,并确定其检测下限。结果:优化的反应体系中,引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L,检测下限为1.0×102拷贝/μl,较普通PCR提高了100倍。特异度为100%。结论:本研究所建立的检测体系能够灵敏和特异地检测溶藻弧菌,可以作为溶藻弧菌的快速检测方法。     

多重PCR快速检测5种重要致病性弧菌

目的建立一种快速检测霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、拟态弧菌和溶藻弧菌5种重要致病性弧菌的多重PCR方法。方法以霍乱弧菌omp W基因、副溶血性弧菌toxR基因、创伤弧菌vvh A基因、拟态弧菌VMH基因和溶藻弧菌gyr B基因为靶基因设计特异性引物,优化建立多重PCR反应体系,系统评价其特异性和检测下限值。结果成功构建致病性弧菌多重PCR检测方法。评价结果显示其特异性为100%,霍乱弧菌、副溶血性弧菌和拟态弧菌的检测下限值为100 CFU/ml,创伤弧菌和溶藻弧菌的检测下限值为1 000 CFU/ml;多重PCR的弧菌检出率明显高于传统分离培养方法(56%vs 17%)。结论该多重PCR方法快速、灵敏、特异性好,可用于海环境和水产品中致病性弧菌的监测。     

Taqman MGB探针实时PCR快速检测副溶血性弧菌

[目的]建立一种对食品中副溶血性弧菌的快速检测方法。[方法]根据GenBank公布的副溶血性弧菌的toxR基因的保守序列,设计1对引物和Taqman MGB探针,建立基于Taqman MGB探针的实时PCR快速检测副溶血性弧菌方法。[结果]通过对20种细菌的DNA进行扩增,结果6株副溶血性弧菌均可产生特异性扩增,与其他细菌无交叉反应;对纯菌而言,菌液灵敏度为23／ml,DNA浓度为130Pg。定量关系式为：y=3．353151Ln（x）＋43．797989,R^2=0．947952。67份冷冻海产品中2份副溶血性弧菌实时PCR检测结果阳性,相对应的有1份样品副溶血性弧菌培养阳性,检测时间仅需2h。[结论]该反应体系具有高度的灵敏度和极高的特异性,可用于食品和食物中毒样品中副溶血性弧菌的快速检测。     

水产品中致病性弧菌PCR快速检测研究

〔目的〕建立一种快速、准确、特异的方法,快速检测和鉴定出食品中的非致病性和致病性霍乱弧菌与副溶血性弧菌。〔方法〕针对霍乱弧菌的种特异性基因ompW、毒力基因tcpA、ctxA和副溶血性弧菌的种特异性基因tl、毒力基因tdh设计引物,建立PCR检测体系。〔结果〕检测结果显示,该方法能够特异性检出副溶血性弧菌或霍乱弧菌,并进一步确定其是否携带tdht、cpA或ctxA毒力基因,检测的灵敏度可达到5×101cfu/ml菌浓度。〔结论〕与传统方法比较,该方法快速、特异、灵敏,能在较短时间内对大量水产品样品进行检测。     

产气荚膜梭菌实时荧光定量PCR方法的应用

目的利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的产气荚膜梭菌检测方法。方法以产气荚膜梭菌基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以产气荚膜梭菌菌株提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的灵敏度、特异性、重复性。结果反应体系在上、下游引物浓度均为1μmol/L,探针浓度为0.1μmol/L时,具有良好的特异性和灵敏度,与创伤弧菌等24种相关细菌均无交叉反应,对纯菌检测的灵敏度为9×102CFU/ml,重复性试验证实该体系重复性好,稳定性高;3例临床样本检测结果与细菌培养结果相符。结论建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对临床气性坏疽做出快速准确的报告,实现对气性坏疽战时高发性疾病安全、快速和定量检测。     

食物中毒中副溶血性弧菌和沙门菌双重荧光PCR检测方法的建立

目的建立双重荧光PCR用于检测食物中毒中副溶血性弧菌和沙门菌。方法设计特异性引物和探针用于扩增副溶血性弧菌tlh基因和沙门菌invA基因(invA),采用倍比稀释法检测方法的DNA灵敏度和菌液灵敏度,采用9株其他肠道致病菌验证方法的特异性。结果两种病原菌DNA检测灵敏度分别为65 fg/PCR和56 fg/PCR体系,菌液检测灵敏度分别为11 cfu/ml和9 cfu/ml,特异度100%。用建立的方法对4起食物中毒进行检测,共检出副溶血性弧菌15株和沙门菌8株。结论该方法高效并具有很高的灵敏性和特异性,在副溶血性弧菌和沙门菌引起的食物中毒的快速检测中具有广阔的应用前景。     

TaqMan探针双重荧光PCR法检测副溶血性弧菌毒力基因

目的建立同时检测副溶血性弧菌毒力基因tdh和trh的双重荧光PCR方法。方法筛选副溶血性弧菌tdh和trh毒力基因的特异性引物和探针,建立基于TaqMan探针双重荧光PCR扩增体系,进行特异性、灵敏度实验,并对本实验室保存的54株副溶血性弧菌进行tdh、trh毒力基因的检测,以了解不同来源的副溶血性弧菌携带毒力基因的状况。结果建立的双重荧光PCR方法特异度强(100%),最低检测浓度达到20 cfu/ml,对本实验室保存的副溶血性弧菌进行毒力基因的检测结果显示,从临床分离的10株副溶血性弧菌和海产品样品中分离的1株副溶血性弧菌均为tdh扩增阳性,trh扩增阴性。结论所建立的方法特异性好,灵敏度高,适用于副溶血性弧菌的毒力基因检测。     

嗜肺军团菌微滴式数字PCR检测方法的建立

目的建立嗜肺军团菌微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(realtime fluorescence quantitative PCR,qPCR)技术进行比较。方法针对嗜肺军团菌mip基因设计引物和探针,验证其特异性后,用于ddPCR和qPCR。优化ddPCR的退火温度、引物、探针浓度后,比较ddPCR和qPCR灵敏度和重复性,并对模拟样品进行检测。结果用5株非嗜肺军团菌测试特异性,结果表明具有良好的特异性。ddPCR与qPCR对DNA模板的检测限一致(42.6 fg),模拟样品检出限为300 cfu/ml,ddPCR的线性相关系数(0.999)略优于qPCR(0.982),ddPCR检测的RSD(0.78%~14.06%)均高于qPCR(0.30%~1.98%)。结论微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于嗜肺军团菌检测,且可以对基因进行绝对定量。     

实时荧光定量PCR联合检测诺如病毒和副溶血性弧菌的方法建立与应用

目的建立实时荧光定量PCR法联合检测诺如病毒和副溶血性弧菌的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒和副溶血性弧菌tlh基因设计特异性引物。通过调整引物浓度和优化反应条件,建立多重荧光定量PCR检测体系,对方法的灵敏度和特异性进行验证。结果多重荧光定量PCR检测方法对诺如病毒、副溶血性弧菌、轮状病毒、沙门菌、志贺菌、大肠杆菌O157等样本进行检测,未发生交叉反应。结论本研究建立的实时荧光定量PCR法同时检测诺如病毒和副溶血性弧菌灵敏度高、特异性好,能用于食品携带病原微生物和感染性腹泻暴发中诺如病毒和副溶血性弧菌的检测。     

实时荧光聚合酶链反应检测副溶血弧菌致病基因

目的建立一种快速、准确、特异、定量检测副溶血弧菌及其致病因子的方法。方法选择副溶血弧菌TLH、TDH和TRH基因作为靶序列,设计并合成引物和探针;收集疑似食物中毒导致腹泻患者粪便标本487份,并对其进行检测分析。结果采用荧光聚合酶链反应检测TLH和TDH基因的灵敏度为1.0×102拷贝,而检测TRH的灵敏度为1.0×103拷贝;487份粪便标本中检出副溶血弧菌TLH基因112例(23.0%),检出携带TDH基因菌株101例(90.2%),未检出TRH基因。结论应用Taqman探针实时荧光PCR技术能够快速、准确检测副溶血弧菌及其致病基因,适合于大样本筛查;临床分离的副溶血弧菌以携带TDH基因为主。     

基于cfb和scpb基因的无乳链球菌PCR检测方法比较及临床应用

目的 比较基于cfb和scpb基因检测无乳链球菌(GBS)的两种PCR方法,建立合理的实时荧光PCR检测体系,实现快速检测生殖道无乳链球菌的目的.方法 通过对60株临床分离的无乳链球菌和15株非无乳链球菌进行PCR扩增,对比和验证cfb和scpb基因的敏感性和特异性,选择检测性能更好的基因为靶标,建立实时荧光定量PCR...     

新型细菌耐药基因NDM-1实时PCR检测方法的建立

目的 建立灵敏、特异、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测新型细菌耐药基因NDM-1.方法 根据NCBI数据库中β-内酰胺酶类相关耐药基因的序列,详细进行比对,选择特异性最高的片段设计引物和TaqMan探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光PCR方法.对所建立的实时荧光PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价.结果 本方法对各种细菌病原体的新型细菌耐药基因NDM-1的检测具有高度特异性和灵敏度.优化后的引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为100 nmol/L,灵敏度和特异度均为100％.该方法的检测下限能达到1.0×102拷贝/μl,远远高于普通PCR1.0×105拷贝/μl的检测下限.结论 所建立的方法能够特异和敏感地检测携带NDM-1基因的超级细菌,能够作为携带有该基因细菌的灵敏快速的检测方法.     

TaqMan探针法荧光定量PCR检测食品中金黄色葡萄球菌

目的:建立食品中金黄色葡萄球菌快速、简便、准确、高效的检测方法。方法:以金黄色葡萄球菌FemB基因中保守序列为目标,设计并合成引物和Taqman探针,构建重组质粒作为标准阳性模板,建立荧光定量检测体系,并考察该方法的灵敏性、特异性和重复性。结果:该法的灵敏度60拷贝/反应体系,能特异区分金黄色葡萄球菌与其它类型的细菌,同时,具有良好的重复性。结论:使用Taqman探针法荧光定量PCR技术能够对金黄色葡萄球菌进行快速准确地定量检测。     

荧光定量RT-PCR快速检测N_2亚型流感病毒的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立快速检测甲型流感病毒N2亚型的方法。方法根据N2亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系后,采用十倍稀释法检验建立体系的灵敏度并建立相对定量标准曲线;采用N1亚型毒株核酸进行方法特异性检验并对临床疑似流感样病例样本进行检测。结果N2亚型流感病毒的检测灵敏度为2.56×10-6,扩增效率为99.9%,标准曲线r=0.997,特异性为100%。临床ILI样本检测结果与HAI鉴定结果相符。结论本研究建立的荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确的检测N2亚型流感病毒。     

复合探针荧光定量PCR法检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的建立用复合探针荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法研究根据鼠疫耶尔森氏菌pla基因的核苷酸序列设计特异引物,通过PCR法的特异性、灵敏度和重复性研究,建立了复合探针荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,用于鼠疫的筛选和诊断。结果该检测方法的特异性为100%,最低可检出10个拷贝的质粒DNA分子,可对1×101~1×106拷贝范围内的模板进行定量,最低可检测至1×102cfu/ml细菌。该方法的精密度好,阳性质控品和阴性质控品不同时间测定3次及同一时间5次重复实验结果Cv值均<5%。结论本研究建立的复合探针实时荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,可对鼠疫耶尔森氏菌进行快速检测、准确辨别和早期诊断,对鼠疫的早期快速诊断具有重要意义。     

实时荧光定量PCR快速检测无菌性体液革兰阳/阴性细菌感染

目的　探讨将实时荧光定量PCR（qPCR）检测细菌16S rRNA基因用于快速判断无菌性体液革兰阳/阴性细菌感染,并评价其分析性能。方法　以细菌16S rRNA基因为目标设计通用引物、通用探针及革兰阴性（GN）菌探针,对14种标准菌株、20种临床菌株、白色念珠菌、乙型肝炎病毒(HBV)、人基因组及阴性对照进行qPCR检测,评价该方法引物和探针的通用性和特异性及检测限。以104 cfu/ml菌悬液、阴性对照的循环域（Ct）值99%置信区间下限分别作为尿路、其他无菌性体液细菌感染判定的分界值。用271例临床无菌性体液标本评价qPCR法的临床效能。结果　通用探针-qPCR,所有实验菌株检测为阳性。GN探针-qPCR,所有实验革兰阴性菌株检测为阳性。通用探针的检测限为1×101～1×102 cfu/ml。GN探针的检测限可低至1.0×101 cfu/ml。判定尿路、其他无菌性体液细菌感染的分界值分别为23.76、29.37。结论　应用细菌16S rRNA基因通用探针和GN探针的qPCR方法通用性好、特异性强、检测限低,可快速检测临床无菌性体液常见细菌感染,为临床提供准确、可靠的病原学诊断依据。     

实时荧光PCR检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的研究

目的建立一种快速、准确检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的实时荧光聚合酶链反应（PCR）方法。方法收集临床诊断或疑似为败血症患者的血标本，直接提取细菌基因组DNA，确定其敏感性；以金黄色葡萄球菌nuc基因和MRSA的mecA基因为靶序列，合成引物，采用实时荧光PCR技术对上述基因进行检测，并将其结果与细菌常规培养结果对比，分析该方法检测MRSA的特异性、灵敏度、阳性预测值和阴性预测值。结果直接从血标本中提取细菌基因组DNA的灵敏度为10’CFU／mL。MRSA阳性血标本实时荧光PCR灵敏度为46．15％，特异性为100．00％，阳性预测值为100．00％，阴性预测值为56．25％。结论使用该方法快速检测临床血标本中MRSA的灵敏度不高，欲应用于临床快速诊断尚有若干问题需解决。     

荧光定量RT-PCR快速检测A型流感病毒

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测A型流感病毒的方法。方法根据A型流感M2基因的相对保守序列分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立、优化反应体系后,利用十倍稀释法检验方法的灵敏度并建立相对定量标准曲线并与普通RT-PCR法进行比较;特异性检验后进行临床标本的检验。结果A型流感病毒检测反应的灵敏度为2·56×10-6TCID50,标准曲线相关系数为0·999,扩增效率为108·5%,5种非A型流感病毒病原体检测均为阴性,说明此方法具有很好的稳定性、重现性和特异性。结论本研究建立荧光定量RT-PCR技术可以准确检测A型流感病毒,不仅灵敏度高、稳定性好,而且可以对病毒滴度进行定量检测。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测N_1、N_2亚型流感病毒的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立快速检测流感病毒N1、N2亚型的方法。方法根据N1、N2亚型流感病毒NA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系后,采用十倍稀释体外转录RNA检验建立体系的灵敏度和重复性并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性。结果 N1、N2亚型流感病毒的检测灵敏度为10拷贝/μl,扩增效率分别为102.21%和101.78%,标准曲线相关系数大于99%,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增。结论双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确的检测N1、N2亚型流感病毒。