391株结核分枝杆菌基因分型研究和耐药性分析

目的探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)用于安徽省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解安徽省结核分枝杆菌的基因型特征。方法连续收集安徽省胸科医院391株结核分枝杆菌临床分离菌株,进行Spoligotyping,采用Bio Numerics软件进行聚类分析。结果北京家族占86.19%(337/391),非北京家族占13.81%(54/391),54株非北京家族基因型中,T家族36株(包括T1 22株、T2 10株、T3 5株、T4 1株),占9.72%;H(Haarlem)家族4株,占1.02%;另有14株(3.58%)为New Found型,北京家族菌株对一线药物总的耐药率为23.14%(78/337),非北京家族菌株为27.78%(15/54),经卡方检验两者间的差异无统计学意义(P0.05)。结论安徽省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族,北京家族与耐药无明显相关性。     

陕西省87株耐药结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型和耐药性分析

目的对陕西87例耐药结核分枝杆菌进行分型研究,了解不同基因型在陕西的流行情况及耐药相关性。方法收集陕西省结核分枝杆菌耐药菌株87株,采用Spoligotyping方法对结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。结果 87株耐药结核分枝杆菌中北京家族占86.21%(75/87),非北京家族占13.79%(12/87);非北京基因型中,T家族(T1、T2、T2-3、T3)占9.20%(8/87),Manu家族占1.15%(1/87),新发现基因型占3.45%(3/87)。北京家族和非北京家族的单耐药、多耐药、耐多药、其他类型耐药比率分别为38.67%(29/75)、13.33%(10/75)、42.67%(32/75)、5.33%(4/75)和66.67%(6/9)、11.11%(1/9)、22.22%(2/9)、0.00(0/3),差异均无统计学意义(P0.05)。结论陕西省结核分枝杆菌呈基因多态性,其主要流行基因型为北京家族;北京家族和非北京家族的耐药性差异无统计学意义。     

河南省结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型技术的应用研究

目的研究间隔区寡核苷酸序列(Spoligotyping)基因分型技术在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,了解河南省基因型种类和分布以及北京家族基因型在河南省的分布特征。方法应用2007年在河南省结核病防治机构实验室分离培养的310株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对结核分枝杆菌进行分型检测分析,基因分型分析经http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站分析,统计学数据经卡方检验。结果对310株结核分枝杆菌临床分离株的Spoligotyping结果显示分为4个基因群(Beijing和Beijing近似群、T群、Manu群、S群),24个基因型,有267株为北京家族基因型,占86.1%,且北京家族基因型与MDR耐药有相关性;河南省较年轻人群(<60岁)感染的结核分枝杆菌中,北京家族基因型所占比例高于年老组(即>60岁组),北京家族基因型与年轻组的联系强于年老组;北京家族基因型的分布在不同的地区间有差异。结论河南省结核分枝杆菌以北京家族基因型为主要流行型,且与耐药及年龄、地域有相关性,重点监测北京家族基因型。     

中国西北部两省区结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型初步分析

目的初步了解新疆和甘肃结核分枝杆菌的基因型、主要流行型及其分布特点,比较两省区之间基因型分布。方法采用随机抽样的方法挑选新疆地区结核分枝杆菌临床分离株179株,甘肃地区结核分枝杆菌临床分离株176株,采用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析我国西北部相邻的两省区结核分枝杆菌的基因型分布、主要流行型及其地区特征。结果新疆地区菌株分为47个基因型,其中28个基因型为新的型别,新疆菌株中北京家族占68.72%(123/179),其次为T家族(6.70%,12/179),H家族(3.91%,7/179)和CAS家族(2.23%,4/179);甘肃地区菌株分为29种基因型,其中10个基因型为新的型别,甘肃菌株中北京家族占86.93%(153/176),其次为T家族(4.55%,8/176),H家族(1.14%,2/176),MANU2(1.14%,2/176)和CAS(0.57%,1/176)。结论北京基因型菌株在新疆和甘肃地区均为主要流行株,但甘肃地区北京基因型菌株比例明显高于新疆地区。     

楚雄彝族自治州103株结核分枝杆菌基因分型及耐药性研究

目的探究楚雄彝族自治州流行的结核分枝杆菌基因分型情况与耐药的相关性。方法收集2014年4月-2015年4月在楚雄分离得到结核分枝杆菌菌株,采用比例法检测6种抗结核药物的敏感性,采用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)进行基因分型。结果本研究共分离获得103株结核分枝杆菌临床分离株,其总体耐药率和耐多药率分别为15.33%、6.80%。Spoligotyping分型可分为北京基因家族(Beijing family)75株(72.82%)及非北京基因家族(NonBeijing family)28株(27.18%)2个大基因群,共包括18个基因型,含6个基因簇及12个独立基因型,4个独立基因型为本研究新发现基因型。北京基因家族中,典型北京基因型70株(93.33%,70/75)为主要的流行株;非北京基因家族中,T1家族13株(46.43%,13/28)为主要的流行株。北京基因家族与非北京基因家族总体耐药率分别为17.33%(13/75)、10.71%(3/28),二者差异无统计学意义(χ~2=0.270,P=0.603);耐多药率分别为8%(6/75)、3.57%(1/28),二者差异无统计学意义(χ~2=0.126,P=0.723)。结论北京基因家族为楚雄彝族自治州流行的优势菌株,与非北京基因家族的耐药性无统计学差异。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

河南省临床分离的553株结核分枝杆菌基因分型研究

目的了解河南省结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群。方法对河南省各地市分离的553株结核分枝杆菌临床分离株采用间隔区寡核苷酸分型方法(spoligotyping)进行基因分型。分型结果与SITVIT数据库进行比对,并用Bionumeric 7.6软件进行基因聚类分析。结果 553株结核分枝杆菌Spoligotyping分型后与SITVIT数据库比对后得到46种不同的基因型,其中33种型别有对应的SIT编号,剩下的13种未在数据库找到与其匹配的型别。553株菌除了14(2.53%)株菌基因型没有对应的家族用"UN"表示外,余下536株菌分别属于4个不同的家族,其中Beijing家族共481株,占总数的86.98%;其次是T家族共53株,占总数的9.58%;MANU家族2株(0.36%)(MANU2);LAM家族1株(0.18%)(T5RUS1)。结论河南省结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族和T家族为主要的流行基因群。     

结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析

目的应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征。方法用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics 4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比。结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株;北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51%(186/215),T4占4.19%(9/215)、H1占1.86%(4/215)、MANU占1.40%(3/215)等基因型;Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联。结论甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视。     

江苏省结核分枝杆菌14个VNTRs位点的基因分型研究

目的了解江苏省结核分枝杆菌的VNTRs基因分型,发现江苏省流行的结核分枝杆菌的优势菌株,及不同地区流行菌株的基因型别差异。方法选择结核分枝杆菌基因组中14个具有明显多态性特征的VNTRs位点,对江苏省13个市的235株结核分枝杆菌进行VNTR-PCR扩增,通过聚类分析对菌株进行VNTRs基因分型。结果235株结核分枝杆菌菌株共分为8个基因型(Ⅰ～Ⅷ),其中以Ⅱ型为主要的基因型,占49.4%,其次是Ⅰ和Ⅴ型,分别占总数的22.6%和18.7%。不同地区结核分支杆菌VNTRs基因型别分布有统计学意义(P<0.001),其中V型主要分布在苏北(占90.9%),而Ⅰ型在苏南的分布明显高于苏北。结论江苏省的结核分枝杆菌具有明显的VNTRs多态性,Ⅱ型为江苏全省流行的优势菌株,约占全部菌株的1/2,但不同地区流行菌株的基因型别存在明显差异。     

应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究

目的 使用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株，应用Spoligotyping方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics软件。结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株，可分为2个基因群，即北京家族（Beijingfamily）或称北京基因型（Bering genotype），非北京家族（non—Beringfamily），分别占89．5％（298／333）和10．5％（35／333），29种基因型。其中22株为独特类型，余311株分为7簇。北京家族菌株中，95．0％（283／298）为典型北京家族，非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为19个基因型，16株为独特的基因型。结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。     

70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况，并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株，常规罗氏培养基培养，应用Spoligotyping进行基因分型研究，聚类分析采用BioNumerics软件，统计学分析采用卡方检验。结果70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群，即北京家族（Beijing family）和非北京家族（Non-Beijing family），分别占70％（49／70）和30％（21／70），18种基因型，其中12株为独特类型，剩余58株分为6簇。北京家族菌株中，89．8％（44／49）为典型北京家族（typical Beijing family），非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为13个基因型，9株为独特的基因型。北京家族菌株中表现为全敏感者71．4％（35／49），表现为耐药者为28．6％（14／49）；而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66．7％，表现为耐药者为33．3％，经卡方检验，两者问的差异无统计学意义（X^2=0．158，P〉0．05）。结论北京家族菌株为浙江的流行优势菌株。北京基因犁与耐药无明显相关性。     

江苏省260株结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究

目的 研究江苏省结核分枝杆菌DNA指纹图谱的分布特征,分析北京家族株与结核分枝杆菌耐药的关联性.方法 江苏省30个耐药监测点收集260株结核分枝杆菌分离株,应用比例法检测分离株对于一线抗结核药物(异烟肼、链霉素、利福平和乙胺丁醇)的耐药性,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法进行基因分型,使用Bio...     

厦门市临床分离的466株结核分枝杆菌基因分型研究

目的 了解厦门市结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群情况,并建立分型数据库。方法 采用实时荧光PCR法对厦门市2013 - 2015年分离到的466株结核分枝杆菌临床分离株进行菌株确认,然后采用间隔区寡核苷酸分型方法（spoligotyping）对其进行基因分型。分型结果与SpolDB4数据库进行比对,并使用Bionumeric6.6.4软件进行基因聚类分析。结果 466株菌均为结核分枝杆菌,基因分型分成96种基因型别,62种数据库中有相应的SIT编号,34种为新的型别。97.64%(455/466)的菌构成了15个基因簇。466株菌属于7个基因家族及未定义家族,排在前三的分别为:Beijing（北京）家族60.09%（280/466）、T家族21.03%(98/466)、H家族5.58%(26/466)。结论 厦门市结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族为主要的流行基因群。     

MIRU-VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型

目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析(MIRU-VNTR)方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用.方法 收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌(MTB)临床分离株,应用上述两种分型方法进行比较分析.结果 采用Spoligotyping分型方法,210株菌可分为2个基因群44种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(北京基因型)含有130株菌(61.90%).采用MIRU-VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大,不同MIRU位点组合(12、15和24位点)的分辨率指数依次升高,后两个组合的差异是由位点ETR-B引起.各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株.结论 重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族.在结核病原学监测中,可先采用Spoligotyping,再对成簇菌株进行15位点与ETR-B组合二次分型的联合分型策略,可提高分子流行病学调查效果.

Abstract：

Objective To evaluate the application of spacer oligonucleotide typing (Spoligotyping) and mycobaeterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat (MIRU-VNTR) analysis in the molecular-epidemiological study of tuberculosis and to discuss the characteristics of pediatric Mycobacterium (M.) tuberculosis strains in Chongqing. Methods M. tuberculosis strains isolated and typed by Spoligotyping and MIRU-VNTR respectively, from the children patients in Chongqing and to compare the results from both methods, epidemiologically. Results By means of Spoligotyping, 210 clinical isolates were divided into 2 gene groups, displaying 44 genotypes. Among them, the biggest group was M. tuberculosis Beijing family, including 130 strains (61.90%) ,using the Spoligotyping. From the results of MIRU-VNTR, 24 loci showed different polymorphism and the HGI of different loci set (12 old loci, 15 basic loci and 24-loci set) increased accordingly. The subtle difference in HGI was originated from one locus ETR-B, which was included in the 24-locus system. The diversity of each loci and MIRU-VNTR set for non-Beijing genotype strains was higher than that of the Beijing genotype strains. Conclusion In this study, it was preliminarily confirmed the existence of high polymorphism of M. tuberculosis while the Beijing Family was the main genotype and main prevalent strain in children of Chongqing area. Spoligotyping prior to 15-locus with ETR-B combination seemed more suitable for the massive epidemiological investigation of pediatric tuberculosis patients.     

RD105基因缺失法鉴定95株结核分枝杆菌北京基因型及其耐药相关性分析

目的鉴定吉林省结核分枝杆菌(MTB)中的北京基因型及其与耐药性的关联。方法 95株结核分枝杆菌分离自2008-2009年吉林省临床肺结核病人的痰液标本,培养方法为改良酸性罗氏(L-J)培养基。分离出的抗酸杆菌经对硝基苯甲酸(PNB)培养基初步鉴定后选出结核分枝杆菌复合群并应用比例法进行药敏试验(DST)。北京基因型的鉴定采用RD105基因缺失法。实验结果应用Epi Info统计软件和卡方检验进行分析。结果 95株结核分枝杆菌中,北京基因型占88.4%(84/95)。北京基因型中,异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、卡那霉素和氧氟沙星的耐药率分别为31.7%、23.2%、15.9%、31.7%、13.4%和18.3%,均位于非北京基因型菌株耐药率的95%置信区间内。北京基因型中的多重耐药(MDR)结核(TB)率占19.5%,通过卡方检验与非北京基因型中的MDRMTB进行比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 RD105基因缺失法是鉴定MTB北京基因型的简便、有效方法;北京基因型为吉林省结核分枝杆菌的优势株;北京基因型与非北京基因型耐药率无统计学意义上的差别。     

不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.     

青海高原237株结核分枝杆菌大片段基因多态性研究

摘要:目的 通过对青海高原结核分枝杆菌基因组大片段的检测,研究不同RDs（Regions of Difference）的多态性及其分型。方法 收集青海地区分离的结核分枝杆菌临床株237株,采用PCR方法对结核分枝杆菌基因组大片段RD105、RD181、RD150、 RD142及RD239基因的缺失进行检测。结果 237株菌中,根据RD105基因缺失鉴定出“北京家族”菌株220株,占92.83%;非“北京家族”菌株17株,占7.17%。根据RD181基因缺失将“北京家族”菌株分为现代“北京家族”结核分枝杆菌198株,占90.00%;RD181未缺失的古老非典型“北京家族”菌株22株,占10.00%。 RD150、RD142进一步又将现代“北京家族”结核分枝杆菌分为RD150、 RD142单缺失型及RD150与RD142共缺失型。首次发现6株菌缺失RD239基因,为印度-大洋洲系菌株。结论 青海地区结核分枝杆菌RD基因型丰富,主要流行菌株以缺失RD105的“北京家族”菌株为主。     

中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型方法标准化操作程序的探讨

目的 探讨中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)的标准化方法,初步评价其应用价值.方法 采用核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、反向线性点杂交等技术,结合BioNumeries(Version 5.0)软件,对224株结核分枝杆菌临床分离株进行分型研究.结果 使用Spoligotyping标准化方法 对224株中国结核分枝杆菌临床分离菌株进行基因分型,将其分为北京家族菌株和非北京家族菌株两大簇.其中北京家族菌株129株,为主要的流行菌株.结论 初步确定中国Spoligotyping标准化技术方案.该方法 快速、简便、重复性好,能同时对结核分枝杆菌进行检测和分型,有利于结核病传染源的追溯和流行趋势的研究,尤其是在鉴定北京家族菌株上具有独特作用.