1耐铬(Ⅵ)沙雷氏菌S2的筛选及铬(Ⅵ)还原特性研究

目的筛选和鉴定能够耐高浓度Cr(Ⅵ)的菌株,并探究该菌株Cr(Ⅵ)还原特性对于微生物治理铬污染环境的意义。方法通过驯化、筛选后得到高耐铬菌株,研究菌落形态、生化特性及16S rDNA比对鉴定细菌种属;再从Cr(Ⅵ)浓度、温度、pH值、外界常见金属、非金属及有机物等方面研究该菌株的生长特性和除Cr(Ⅵ)特性,并用透射电镜定位菌株中发生Cr(Ⅵ)还原的可能部位。结果筛选并鉴定出沙雷氏菌(Serratia sp.)S2,能在含1 000 mg/L Cr(Ⅵ)的LB肉汤中正常生长;当初始Cr(Ⅵ)浓度为50 mg/L、p H值为7.0、温度为37℃时,S2生长能力及Cr(Ⅵ)还原能力最强;Pb~(2+)、Hg~(2+)、Cd~(2+)、Cu~(2+)能抑制S2生长,而酚和氨基氮能促进S2的生长;透射电镜下观察到含铬黑色颗粒位于菌体中。结论沙雷氏菌S2能耐受高浓度的Cr(Ⅵ),有较好的还原Cr(Ⅵ)能力,初步确定其还原Cr(Ⅵ)的场所在胞内。     

耐铬(Ⅵ)粘质沙雷氏菌CM01的筛选鉴定及其铬(Ⅵ)代谢特性研究

目的 从Cr(Ⅵ)污染环境中分离筛选能耐高浓度Cr(Ⅵ)的菌株,并探究其Cr(Ⅵ)耐受和还原特性。方法 通过驯化,分离筛选高耐Cr(Ⅵ)菌株,观察其形态特征,通过16s rDNA鉴定细菌种属,药敏纸片法确定菌株的药敏情况。探究温度、pH、金属等因素对菌株除Cr(Ⅵ)能力的影响。结果 成功筛选并鉴定出一株沙雷菌CM01,其对卡那霉素、四环素、氨苄西林、庆大霉素敏感,对Cr(Ⅵ)有耐受和还原特性;CM01在Cr(Ⅵ)100mg/L的LB肉汤中,35℃~40℃、pH 6.00~7.00条件下除Cr(Ⅵ)能力最好;Hg、Cr3+、Cd、As等重金属可以抑制其生长,Cu2+可以促进其生长。结论 沙雷氏菌CM01可以耐受高浓度Cr(Ⅵ)且有良好的Cr(Ⅵ)还原能力,可运用到生物修复技术中以处理环境中Cr(Ⅵ)污染。     

一株沼泽红假单胞菌VOTO1-G的分离鉴定及应用研究

目的分离、筛选去除富营养化水体营养盐的高效菌株。方法采用富集、培养常规细菌分离方法,经过多次分离纯化,从河流沉积物中筛选出1株光合细菌菌株,命名为VOTO1-G。在研究其生长规律的基础上,采用分子生物学方法对该菌株进行了鉴定。将分离纯化的光合细菌富集培养后进行除污试验,探讨其不同浓度的除污效果。结果通过形态学、革兰染色、并结合16S rDNA序列同源性分析,其鉴定结果为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)。通过对该菌株在培养过程中吸光度的测定,进一步研究了其生长规律:在5～10天,活菌数迅速增加,处于对数生长期,在10～14天,处于稳定期。利用不同投加量的沼泽红假单胞菌对富营养化河流水体进行处理研究,筛选的菌株具有一定的脱氮除磷、去除有机物的能力。COD、TP、TN的去除率分别为12%、25%、13%。结论从河流沉积物中分离出的沼泽红假单胞菌具有一定的脱氮除磷、去除有机物的能力。     

腹泻标本中肺炎克雷伯菌的分离鉴定和16S rDNA系统进化分析

目的 探讨腹泻标本中肺炎克雷伯菌属亚种的分类和鉴定.方法 腹泻标本使用麦康凯和SS培养基划线培养,挑取可疑菌落分纯后使用细菌生化鉴定仪鉴定到亚种;提取菌株的全基因组DNA,以克雷伯菌16S rDNA引物PCR扩增菌株的1500 bp 16S rDNA序列,扩增产物进行测序,测序结果 经截取后,使用Blastn程序在GenBank库中搜索16S rDNA序列的相似性匹配;用PHYLIP程序建立分离菌株及GenBank库中16S rDNA序列的进化发生树并进行分析.结果 113份腹泻标本中,经生化鉴定有25株(分离率22.2%)肺炎克雷伯菌株,其中,肺炎亚种21株(分离率18.6%)、鼻炎亚种4株,未分离到鼻硬结哑种.这些标本中未分离到常见腹泻病原菌.生化鉴定的肺炎亚种菌株均对青霉素G耐药,而对多黏菌素敏感,对呋喃坦叮、头孢噻吩、卡那霉素和妥布霉素有部分耐药.菌株的16S rDNA序列在GenBank库中搜索发现,生化鉴定为鼻炎哑种的4株菌株与沙门菌等肠道致病菌株有最大相似性匹配;16S rDNA序列系统进化树将生化鉴定的肺炎亚种聚为一群,但不能将肺炎克雷伯菌属的3个亚种完全区分开来.结论 16S rDNA序列进化分析在肺炎克雷伯菌的鉴定和分类中有一定意义.     

从实验室孵化的幼蜱中分离到一株玫瑰单胞菌

目的:从实验室孵化的幼蜱中分离到一粉红色菌株XTD622,确定其分类学位置。方法:使用16S rDNA序列分析和同源性检索方法及细菌的形态学鉴定方法。结果:菌株XTD622为革兰氏染色阴性、严格需氧的小球杆菌,在LB平板培养基上形成的菌落较小,圆形、光滑、湿润、有光泽,颜色为浅粉红色。16S rDNA序列分析和同源性检索发现XTD622和Roseomonas(玫瑰单胞菌)一些种的同源性较高,可达99%。结论:XTD622菌株在分类学上属于Roseomonas(玫瑰单胞菌)。     

具六价铬高度耐受和祛除能力菌株的分离

目的从六价（Cr^6＋）铬污染环境中分离具有Cr^6＋高度耐受和祛除能力的菌株,以用于处理含高浓度Cr^6＋的废水。方法从Cr^6＋严重污染的河流中采集河底淤泥样品,采用选择性增菌培养筛选Cr^6＋耐受菌株,并从中进一步筛选Cr^6＋祛除的高效菌株。水中Cr^6＋的含量用二苯碳酰二肼分光光度法测定。结果从淤泥样品中分离出了20株能耐受300mg/LCr^6＋的菌株,其中Cr^6＋祛除能力最强的14号和18号菌株,分别能在144h内,使Cr^6＋浓度为200mg/L的LB培养液中Cr^6＋清除94.0%和100.0%。结论在铬（Ⅵ）污染的环境中分离出了高度耐受和祛除水中铬（Ⅵ）的菌株。     

16S rDNA检测在口腔厌氧菌鉴定中的应用

[目的]探讨厌氧菌16S rDNA保守序列及特异性序列在口腔厌氧菌感染诊断中的应用价值。[方法]采集2007年7月至2008年10月山东大学齐鲁医院口腔科门诊就医的病人临床标本18份,采用PCR技术扩增口腔厌氧菌16S rDNA保守序列和7种口腔感染常见厌氧菌特异性序列,同时采用厌氧菌标准菌株作对照;应用琼脂糖凝胶电泳方法检测PCR扩增产物。[结果]标准菌株和标本中厌氧菌16S rDNA保守序列检出率均为100.0%(标准菌株为7/7,标本为18/18),标准菌株鉴定准确率为7/7,标本厌氧菌16S rDNA特异性序列检出率为66.67%(12/18)。[结论]厌氧菌16S rDNA保守序列及特异性序列在口腔厌氧菌感染检出和鉴定方面具有较高的应用价值。     

一株从酸奶中分离的德氏乳杆菌保加利亚亚种的鉴定和系统发育分析

目的对一株分离自酸奶经表型特征鉴定为德氏乳杆菌保加利亚亚种的菌株(wch9901)进行16S rDNA鉴定和系统发育分析。方法提取wch9901基因组DNA作为模板,以16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物,扩增菌株的16S rDNA序列。在T4连接酶的作用下,将扩增得到的16S rDNA序列插入克隆载体pGEM-T,构建重组质粒pGEM-wch990116S rDNA。重组质粒酶切鉴定合格后,交由测序公司对插入的16S rDNA序列进行测序。测序结果于GenBank中Blastn,并用软件Mega3.1构建系统发育树。结果wch9901 16S rDNA序列与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus中所有菌株的16S rDNA序列同源性均达96%以上;在系统发育树上wch9901单独形成一个分枝,位于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝和Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus DL2所在的独立小遗传簇及Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus JSQ所在的独立小遗传簇构成的分枝之间,并与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝距离最近。结论wch9901属于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus;wch9901与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2具有最近的亲缘关系。     

富产敌敌畏降解酶菌株的筛选及降解性能研究

目的筛选一株富产敌敌畏降解酶的菌株,并对其降解性能进行研究.方法采集广东某地长期受敌敌畏污染的土壤样品,通过平板初筛和摇瓶降解敌敌畏试验分离出筛选菌株.采用气相色谱法检测筛选菌株降解效果,并对其进行了形态学观察和结构特征分析以及16 S rDNA基因全序列分析.结果筛选菌株的菌体呈不规则形状,直径为0.6～1.0μm,菌株的生长温度范围为10～35℃,最适宜的生长温度为25℃,革兰染色可变性,菌株DNA的热变性温度为80.15℃,鸟嘌呤 胞嘧啶摩尔百分比为65.03%;其对敌敌畏的降解率约为70%;通过同源性分析,发现其与食尼古丁节杆菌的16 SrDNA有95%以上的同源性.结论将初筛菌株鉴定为食尼古丁节杆菌DHS-1.     

从食物中毒患者标本中分离鉴定海藻和腐败施万菌

目的 对两起食物中毒调查中分离到的施万菌属(Shewanella spp.)菌株进行生化和分子生物学鉴定.方法 对2007年9月29日至10月3日间,马鞍山市的两起食物中毒患者的肛拭、从业人员手拭和剩余食物标本进行采集,按照国标方法(GB/T4789),对所有标本进行增菌和选择性培养基分离培养,疑似菌落用VITEK-32和AP120E系统鉴定,用辅助生化、生长、溶血和药敏实验分析菌株特性,同时扩增16S rDNA并测序,用MEGA 4.0软件建立进化树并进行分群.结果 所有标本经增菌后接种选择性培养基,共有8份标本在TCBS和BP培养基上长出单一的菌落,在三糖铁琼脂(TSI)斜面上的主要生长特征为:产硫化氢、不产气,氧化酶阳性.8株菌经VITEK-32鉴定仪鉴定为海藻施万菌(S.algae)或腐败施万菌(S.putrefaciens),经AP120E系统鉴定为腐败施万菌.在WS、SS和EMB培养基均未检测到施万菌生长.比较施万菌的16S rDNA序列表明,其中7株为海藻施万菌,1株为腐败施万菌.没有从这8份标本中检测到其他肠道病原菌,包括霍乱弧菌、沙门菌、副溶血性弧菌、变形杆菌和金黄色葡萄球菌.结论 从食物中毒患者中分离到施万菌,为该菌作为可能的食物中毒病原菌提供了线索.     

通用型基因悬浮芯片检测生物恐怖细菌的方法研究

目的 建立快速、高通量的基因悬浮芯片检测方法,用于生物恐怖病原体的快速筛检.方法 选择保守的细菌16 S rDNA序列,并针对炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis,B.a)、鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis,Y.p)、布鲁菌属(Brucella spp.,Bru)、土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis,F.t)和类鼻疽伯克霍尔德菌(Burkholderia pseudomallei,B.p)等5种生物恐怖细菌设计种(属)特异性探针,经16 S rDNA通用引物341A、519B扩增基因组DNA,用基因悬浮芯片方法进行检测,并对方法的灵敏度、特异度、重复性、检测能力进行验证.结果 经16 S rDNA通用引物扩增,特异性探针杂交检测,能将样本细菌鉴定到属水平,同属菌出现交叉反应;检出限分别为类鼻疽伯克霍尔德菌1.5 pg/μl,布鲁菌属20 ps/μl,炭疽芽孢杆菌7 pg/μl,土拉弗朗西斯菌0.1 pg/μl,鼠疫耶尔森菌1.1 pg/μl;15次重复检测各探针变异系数(CV)为5.18%～17.88%,具有较好的重复性;方法可正确检出模拟白色粉末样本中炭疽芽孢杆菌和鼠疫耶尔森菌.结论 建立了通用型基因悬浮芯片检测体系快速高通量筛查生物恐怖细菌的方法.     

软腐白菜根系土壤中香味类香味菌的分离与鉴定

目的 鉴定软腐白菜根系土壤中分离的条件致病菌--香味类香味菌.方法 采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出15株产生芳香气味的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果 软腐白菜根系土壤中分离获得的15株产生芳香气味的...     

16S rDNA序列分析法在国际船舶压载舱沉积物病原微生物检测中的应用

〔目的〕探讨16S rDNA序列分析法在国境口岸监测外来病原微生物的可行性。〔方法〕按照0.5 mg/0.5 ml样品接种10 ml增菌液的比例将压载舱淤泥样品分别接种到营养肉汤和碱性蛋白胨水中,37℃过夜,震荡摇匀。增菌后划线接种在选择培养基上,过夜培养后挑取阳性菌落纯培养,按照试剂盒说明提取细菌基因组,扩增细菌基因组16S rDNA片段,将扩增产物纯化后进行序列分析。〔结果〕从48份样品中共检测12种细菌,其中检测到的霍乱弧菌有1株为B33株。这株霍乱弧菌最早在2004年分离自非洲东南部国家莫桑比克的贝拉港,是O1群霍乱弧菌的经典型与Eltor型杂交后产生的菌株,O139群霍乱弧菌尚未检测到。〔结论〕16S rDNA序列分析法可用作国境口岸外来微生物的监测和分析。     

新疆油污土壤中石油烃降解菌筛选及鉴定

目的 从新疆克拉玛依油田油污土壤中筛选具有降解能力的菌株,为今后构建本源石油降解微生物菌群提供技术支持和菌种储备.方法通过以石油烃为唯一碳源的选择培养基的分离培养,获得能够利用石油烃为碳源的菌株,并通过16S rDNA序列测定方法对菌株进行鉴定.结果分离得到18株能以石油作为唯一碳源和能源的石油降解菌株,通过序列分析,初步鉴定为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、动性球菌属(Planococcus sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、嗜冷杆菌(Psychrobacter sp.)、短杆菌属(Brevibacillus agri sp.)等5类.在不同土壤中分离出的降解菌株不同,含油量较高的土壤中种类较多.结论新疆克拉玛依油田油污土壤中的石油降解菌株以假单胞菌属为主,而且随着污染严重程度的不同降解菌株的种类也不同.     

贵州省死亡病例1型猪链球菌的分离及分子生物学特征分析

目的 对来自贵州省1例疑似人感染猪链球菌患者的血液标本进行细菌分离鉴定,了解该菌株的分子生物学特征,为病例的快速确诊提供病原学依据。方法 采用血培养法对疑似感染猪链球菌患者的血液进行细菌分离培养,对分离菌株采用细菌16S rRNA 基因通用引物进行PCR扩增和DNA序列测定,将测序结果通过GenBank数据库的BLAST程序进行在线比对,再用猪链球菌种特异的16S rRNA 基因进行猪链球菌种的鉴定,进一步分别采用PCR检测常见强致病性血清型1、2、7和9型特异的cps 1j、cps 2j、cps 7h和cps9h基因以鉴定其血清型,并对菌株毒力基因gapdh、mrp、sly和ef进行检测。结果 血培养分离出1株链球菌可疑菌株,序列比对结果显示该分离菌株16S rRNA基因与猪链球菌的同源性最高,进一步的猪链球菌特异性PCR检测显示分离菌株16S rRNA基因为阳性,血清型特异PCR检测结果显示cps 1j基因为阳性,而cps 2j、cps 7h和cps 9h基因为阴性,毒力基因检测结果显示分离菌株gapdh,sly和ef毒力基因为阳性,而mrp为阴性。结论 本次从疑似感染猪链球菌死亡病例分离的菌株为猪链球菌1型,其毒力特征为gapdh、sly和ef基因阳性,mrp基因阴性,该病例为1型猪链球菌感染所致,且菌株毒力较强。     

基于下一代测序技术的献血者血液细菌16S rDNA检测及分析

目的 基于下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术检测献血人群血液16S rDNA宏基因组,用于分析无偿献血者血液中细菌的分布情况.方法 收集20例无偿献血者抗凝全血并制备相应血浆标本,分别作为待测标本.随机选取另1例献血者血液制备成全血和血浆标本后,加入金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌...