阪崎克罗诺杆菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测技术研究

[目的]建立阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光定量聚合酶链反应（RT．PCR）快速检测方法。[方法]在阪崎克罗诺杆菌保守序列设计一对特异性引物和TaqMan—MGB探针,通过对PCR反应条件和扩增体系的优化,建立阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测方法;用已知浓度的阪崎克罗诺杆菌验证其敏感性;用阪崎克罗诺杆菌、大肠埃希菌、鸭沙门菌株、柠檬酸杆菌等菌株验证其特异性;用婴幼儿配方粉等食品开展TaqMan—MGB探针实时荧光PCR技术与常规检测方法符合性比较。[结果]本研究建立的阪崎克罗诺杆菌实时荧光PCR检测技术,反应循环（cyclethreshold,CT）值-9模板浓度的对数值具有良好的对应关系[Y=-3．06×log（X）＋36．63,R^2=0．999],最低检测浓度为100CFU／mL,经36℃增菌8h最低检测限可达1CFU／mL,敏感性较普通TaqMan探针高10倍;11株阪崎克罗诺杆菌CT值均小于30,而大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、柠檬酸杆菌等30株菌株CT值大于30或扩增曲线成一平滑直线;隔天连续5次反应CT值变异系数小于5％;140件不同批次不同婴幼儿配方粉、192件婴幼儿谷物辅助食品检测结果与常规分离培养比较,差异无统计学意义（X^2=0．624,P〉0．05）。[结论]阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测技术具有特异性强、敏感性高、易操作等优点,适用于婴儿配方粉等食品开展阪崎克罗诺杆菌快速检测与监测工作。     

应用Taqman实时PCR法检测猪肉中单核细胞增生李斯特菌

目的建立敏感快速的检测猪肉中单核细胞增生李斯特菌的实时PCR方法。方法以hlyA基因为靶标,建立并验证实时PCR法的特异性。选用单核细胞增生李斯特菌CMCC 54004,制备不同浓度的纯菌液,用实时PCR进行检测,制作标准曲线并计算扩增效率。进行人工染菌实验,染菌量分别为每25g猪肉样本1.3×100、1.3×101、1.3×102、1.3×103、1.3×104、1.3×105和1.3×106CFU。分别在增菌0、4、8、12、18、24、30、36和46 h取1 ml培养液,提取DNA进行实时PCR检测,并用PCR和传统方法进行检测,比较3种方法检测的敏感性和特异性。采集24份市售猪肉样本,用这3种方法进行检测,进一步比较三者的阳性检出率。结果建立的实时PCR法特异性好,对纯菌液的检出限为1.3×103CFU/ml。人工染菌样本增菌24 h后,实时PCR检出限1.3 CFU/25 g,PCR及传统方法达到这一检出限需要增菌46 h。根据增菌24 h的检测结果,建立实时PCR样本标准曲线。24份猪肉样本,实时PCR检出17份阳性,阳性率70.83%(17/24),与PCR和传统方法的阳性率一致。根据所得的样本标准曲线,对检测样本进行定量分析,确定了阳性样本中初始含量菌。结论所建立的实时PCR具有快速简便、敏感特异等优点,整个操作可在27 h内完成,适用于猪肉中单核细胞增生李斯特菌的快速定量检测。     

泰泽氏菌TaqManMGB探针荧光定量PCR方法的—立及应用

目的 建立泰泽氏菌的TaqMan小沟结合物(MGB)探针荧光定量PCR检测方法.方法 针对泰泽氏菌16S rRNA基因的保守区设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,并验证该方法的特异性、敏感性和稳定性.对2008-2011年采集的1156份临床样本进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照.结果 泰泽氏菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肝螺杆菌、幽门螺杆菌、空肠弯曲菌、侵肺巴斯德氏菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌之间无交叉反应,检测灵敏度达2.2 copy/μl.标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.204,PCR效率为100％.对1156份临床样本进行检测,荧光定量PCR检出101份泰泽氏菌阳性样本,而普通PCR则仅检出44份.荧光定量PCR方法从临床样本中检出泰泽氏菌DNA仅需2h.结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有特异、灵敏和稳定性,适于泰泽氏菌的快速检测.     

TaqMan探针实时荧光定量PCR检测聚集性细菌性腹泻病原的初步应用

目的 应用TaqMan探针实时荧光定量PCR,对聚集性细菌性腹泻便标本提取的DNA,进行多项病原初筛检测,结合常规培养以提高工作效率。方法 应用TaqMan探针实时荧光定量PCR对3起聚集性细菌性腹泻便标本提取的DNA进行多项病原检测,初筛阳性者再进行相应阳性病原的常规培养。结果 第1起疫情22件便标本,6件沙门菌核酸阳性中有5件检出鼠伤寒沙门菌;第2起疫情16件便标本,4件肠致泻性大肠杆菌核酸阳性中有1件检出肠致病性大肠杆菌O142∶K86(B)和产耐热肠毒素的肠产毒性大肠杆菌;第3起疫情2件便标本,2件产气荚膜梭状芽胞杆菌核酸阳性中有1件检出产气荚膜梭状芽胞杆菌。TaqMan探针实时荧光定量PCR阳性检出率为30.0%(12/40),常规培养法阳性检出率为17.5.0%(7/40)。结论 TaqMan探针实时荧光定量PCR检测聚集性细菌性腹泻病原,阳性检出率高于常规培养法,有初筛作用,为腹泻疫情的处置提供可靠的病原学检测数据。     

实时荧光PCR对奶粉中坂崎肠杆菌的检测

目的：研究奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法。方法：针对坂崎肠杆菌16s-23s rDNA间区序列（ITS）设计一对SYBRGreenⅠ染料法引物、一对TaqMan探针法引物及探针，建立奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法，并对实时荧光PCR法、传统方法及PCR方法进行比较。结果：用10株坂崎肠杆菌，18株近源菌验证试验表明，本文所建立的两种实时荧光PCR方法特异性强；加菌试验表明，奶粉中坂崎肠杆菌有1．1cfu／100g时就可检出，灵敏度高；检验时间仅需2d。结论：本文提出的奶粉中坂崎肠杆菌实时荧光PCR检验方法可在实际工作推广。     

增菌-PCR法与传统方法检测禽肉中沙门菌的比较研究

目的比较增菌-PCR法与传统方法检测禽肉中沙门菌的敏感性、特异性和时效性。方法以沙门菌invA基因为基础,选择特异性引物,采用30株沙门氏菌和18株非沙门菌建立并验证PCR法的特异性。选用肠炎沙门菌CMCC50041,参照GB4789.4—2010进行人工染菌实验,染菌量分别为每25g样本1、10、102、103、104、105和106 CFU。分别在增菌0、4、8、12和18h取1ml培养液,提取DNA进行PCR检测,并同时划线接种选择性平板,用传统方法进行分离鉴定,比较两种方法检测的敏感性和特异性。采集16份市售整鸡样本,用这两种方法进行检测,进一步比较两者的阳性检出率。结果 30株沙门菌都检出阳性,而非沙门菌都检测为阴性,说明本研究建立的PCR法特异性好。人工染菌的样本在增菌12h后,PCR法检出限可达每25g禽肉样本1CFU,传统方法检出限为每25g禽肉样本10CFU。增菌-PCR法整个流程只需要1天,比传统方法需时提前4～6天。16份市售样本,增菌-PCR法的阳性率为43.75%(7/16),高于传统方法31.25%(5/16)。结论增菌-PCR法具有快速简便、敏感特异等优点,较传统方法大大缩短了检出时限,提高了沙门菌的检出率。     

2012—2014年中国婴儿配方食品和谷基辅食类食品及临床腹泻病例来源的克罗诺杆菌种水平鉴定研究

目的建立一种基于细菌RNA聚合酶β亚基编码基因(rpo B)的克罗诺杆菌种鉴定PCR方法,对不同来源的克罗诺杆菌进行种水平鉴定。方法通过rpo B基因设计针对克罗诺杆菌7个种的引物,以9株参考菌株作为参照,对261株2012—2014年收集的我国婴儿配方食品和谷基辅食类食品及临床腹泻病例来源的克罗诺杆菌进行种水平鉴定。结果 9株参考菌株PCR结果与对应大小一致,261株克罗诺杆菌中的179株为阪崎克罗诺杆菌,56株为丙二酸盐克罗诺杆菌,13株为尤尼沃斯克罗诺杆菌,11株为都柏林克罗诺杆菌,2株为苏黎世克罗诺杆菌,分别占总菌株数的68.58%、21.46%、4.98%、4.21%和0.77%。结论建立的克罗诺杆菌PCR法种水平鉴定具有特异、便捷、灵敏等优势,可为我国食品安全克罗诺杆菌的风险监测和控制提供技术支持。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan-MGB探针,调整引物、探针浓度,优化最佳反应条件,建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系,进行灵敏度、特异性、稳定性试验,以评价反应体系,并与引物P289/P290常规RT-PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测时限短,仅1h就出结果;最低检出下限为100拷贝/mL,比引物P289/P290常规RT-PCR灵敏度高100倍;与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应;4份核酸含量不同的标本重复检测5次,平均Ct值变异系数范围0.96%～2.27%。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好,可应用于突发公共卫生应急检测,提高快速检测能力。     

TaqMan-MGB探针法快速检测脑膜炎奈瑟菌的研究

目的建立TaqMan-MGB探针荧光定量PCR快速检测脑膜炎奈瑟菌（Nm）方法,为流脑的诊断提供更加灵敏、特异、可标准化、自动化的检测方法;评价TaqMan-MGB探针荧光定量PCR法在健康人群带菌调查中的应用价值。方法根据Nm ctrA基因的3端保守序列设计合成引物和TaqMan-MGB探针,建立快速检测脑膜炎奈瑟菌的荧光定量PCR方法,并对反应条件进行优化。结果TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测脑膜炎奈瑟菌的灵敏度为102cfu/ml,TaqMan-MGB探针法检测900份健康人群咽拭子标本,阳性34例,检出率3.8%,高于培养法（1.2%）。结论该方法特异性强、灵敏度高,能实现脑膜炎奈瑟菌的快速检测,适用于健康带菌检查并可作为临床常规诊断方法的补充,有利于流脑的早诊断、早治疗。     

基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中的沙门菌

目的:建立基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中沙门菌的检测体系。方法:根据沙门菌外膜蛋白Ompc基因的保守序列,设计1对引物和TaqMan探针,并对荧光定量PCR反应体系和反应条件进行优化。利用建立的检测方法对舟山水产品加工厂和舟山菜市场采集的120份样本进行检测。结果:该检测方法可以达到1μl 1.0×101拷贝数量级的灵敏度。样品检出率为10.0%,与国标法检测结果一致。结论:本研究建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法可以特异、灵敏、简便快速的实现对水产品中沙门菌的检测。     

TaqMan PCR检测乙型脑炎病毒方法的建立及应用

目的:利用TaqMan PCR技术,建立乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)实时荧光PCR检测方法,探讨其用于临床诊断的可行性.方法:根据GenBank发表的JEV全基因组序列资料分析结果,在其3'端非编码区(UTR)设计JEV特异的引物与探针,验证检测体系的特异性、灵敏性和稳定性,并用于临床乙脑病人样本的检测.结果:引物、探针具有良好的特异性,用该TaqMan PCR法检测JEV减毒株SA14-14-2灵敏度可达1 TCID50/ml.稳定性分析表明,同一样本重复检测5次,Ct值变异系数均小于5%.在此基础上,实时荧光PCR检测了10份临床上确诊为乙脑患者的标本(特异性IgM阳性),6份阳性,阳性率为60%.在7份特异性IgM阴性、临床上疑似乙脑的患者中,2份TaqMan PCR结果为阳性,阳性率为28.6%.此方法从RNA提取到检测结果仅需1.5 h.结论:本研究建立了一种灵敏、特异、简便易行的JEV TaqMan PCR检测方法,为乙型脑炎的鉴别诊断提供了一种技术手段.     

多重荧光PCR检测婴幼儿食品中常见病原菌

目的建立婴幼儿食品中3种常见病原菌的多重荧光PCR检测方法。方法根据阪崎杆菌16S-23SrDNA保守区、金黄色葡萄球菌耐热核酸酶（nuc）基因序列和蜡样芽胞杆菌cerA特异基因,设计合成引物和探针,优化反应条件。结果建立的多重荧光PCR方法只特异性地扩增目标病原菌;用国标法和多重荧光PCR方法同时对194份奶粉和米粉样品进行检测,结果完全一致。多重荧光PCR方法检测过程可在8h内完成。结论建立的多重荧光PCR法敏感性高、特异性强、快速、准确,可同时检测婴幼儿食品中的阪崎杆菌、金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌,适合批量样本检测,有很好的应用前景。     

脑膜炎奈瑟菌荧光定量PCR法检测

目的 评价新型水解探针(TaqMan-MGB探针)荧光定量PCR法在检测脑膜炎奈瑟菌中的应用价值.方法 分别采用TaqMan-MGB探针荧光定量PCR法、常规PCR法和传统分离培养法检测230例元症状者咽拭子标本,比较3种方法 的检出率.结果 3种方法 的阳性检出率分别为10.43%,6.52%和3.48%;TaqMan-MGB探针荧光定量PCR法的检出率高于常规PCR法和传统分离培养法(P<0.001).结论 TaqMan-MGB探针荧光定量PCR法检测脑膜炎奈瑟菌具有灵敏、特异、快速方便的特点,可为流脑流行病学调查提供一种快速、方便的病原学诊断手段,具有实用价值.     

TaqMan实时荧光定量PCR检测肠道细菌Akkermansia Muciniphila

目的 建立Akkermansia muciniphila(A.muciniphila)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,实现粪便中A.muciniphila的定量检测。方法 根据GenBank公布的A.muciniphila 16S rRNA基因高保守序列,设计合成特异引物和TaqMan探针,构建重组质粒作为标准品,通过反应体系和反应条件的优化,绘制标准曲线,同时将建立的方法用于10份成年人粪便标本的检测。结果 TaqMan实时荧光定量PCR检测A.muciniphila,仅需1.5h,该方法线性好,相关系数R²=0.9991,扩增效率E=94.7%;重复性好,组内和组间变异系数均小于3%;灵敏度可达到5×10³拷贝/μl;特异性良好。10份成年人粪便标本共检出9份为阳性,阳性粪便标本中A.muciniphila平均含量为2.70×108cells/g粪便。结论 本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR能够快速、灵敏、特异地定量检测粪便标本中A.muciniphila。     

金黄色葡萄球菌coa基因实时荧光PCR的建立及应用研究

目的建立金黄色葡萄球菌coa基因Taq Man-MGB探针实时荧光PCR,并在食品安全风险监测中应用。方法根据金黄色葡萄球菌coa基因序列设计引物与Taq Man-MGB探针,建立并优化实时荧光PCR反应体系,并在食品安全风险监测中应用,同步进行传统细菌分离,比较2种检测方法的符合性。结果建立金黄色葡萄球菌coa基因Taq Man-MGB探针实时荧光PCR仅需42 min可完成检测,与表皮葡萄球菌、链球菌等非目标细菌无交叉反应,对重组质粒的灵敏度达5 copy/μl;对200份食品安全风险监测标本进行快速筛查,检测出15份阳性,传统方法也从相应样本中分离出15株金黄色葡萄球菌。结论针对金黄色葡萄球菌coa基因建立的Taq Man-MGB探针实时荧光PCR,可提高食品检测速度和灵敏度。     

实时荧光PCR检测沙门菌特异基因

目的：建立一种灵敏、快速检测沙门菌的实时荧光PCR方法.方法：针对沙门菌特异性基因invA设计引物、探针,在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和结果分析.结果：应用该实时荧光PCR方法,30株沙门菌检测结果均为阳性,19株非沙门菌结果均为阴性,96个肛门拭子样本增菌前后的PCR结果一致;检测灵敏度达到4 cfu/test,定量结果与培养计数无显著差异.结论：该方法检测沙门菌具有灵敏度高、快速方便的特点,且可用于定量检测.     

基于TaqMan探针双重荧光PCR检测食品中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌

目的建立基于TaqMan探针双重荧光PCR检测鼠伤寒沙门菌和(Salmonella typhimurium,ST)和肠炎沙门菌(Salmonella enteritidis,SE)的方法。方法根据ST的STM4599序列(GenBank:AERV01000023.1)和SE特异序列(GenBank:AF370707.1),分别设计引物和探针,ST探针的5'端标记FAM、SE探针的5'端标记VIC,建立基于TaqMan探针双重荧光PCR检测方法。结果 ST和SE的引物和探针分别特异性地扩增出16株ST和15株SE,而28种不同血清型沙门菌和17株变形杆菌等扩增结果均为阴性。ST和SE的双重荧光PCR扩增效率均为94.2%,R2分别为0.998和0.995,最低检测浓度分别达到300 CFU/ml、260 CFU/ml。结论建立的方法特异性好、灵敏度高,整个试验可在31h完成,是快速检测ST和SE的有效方法,可用于食品中ST和SE的特异性检测。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

多重实时PCR检测沙门菌、志贺菌和致泻性大肠埃希菌

目的 建立多重实时荧光PCR检测沙门菌侵袭蛋白A基因（invA）、肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）不耐热肠毒素基因（elt）、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌侵袭力基因（ipaH）的方法。方法 优化多重实时荧光PCR的反应条件,检测系列10倍稀释的阳性菌DNA提取物。90份腹泻患者粪便样品经缓冲蛋白胨水（buffered peptone water,BP）增菌6h后进行多重实时荧光PCR检测,并对阳性标本进行菌株分离和鉴定。结果 多重实时PCR方法最低可以检测到10CFU／μl的福氏2aF301株、10。CFU／μl的鼠伤寒沙门菌和ETEC44815株。检测腹泻患者粪便样品,elt基因阳性率为14．4％（13／90）,ipaH基因阳性率为5．6％（5／90）;并从阳性样品中分离到3株elt基因阳性大肠埃希菌和4株ipaH基因阳性大肠埃希菌。整个检测过程可在10h内完成,其中包括BP增菌6h。结论 建立了同时检测invA、elt、ipaH毒力基因的多重实时荧光PCR方法,具有高度的特异性,可用于沙门菌、肠产毒性大肠埃希菌、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌菌株的毒力基因鉴定及临床腹泻粪便标本的快速筛检。     

TaqMan荧光定量PCR技术快速检测霍乱弧菌方法的建立

目的：建立特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测霍乱弧菌。方法：根据GenBank上的霍乱毒素（cholera toxin，CT）基因序列，在其保守区域设计特异性引物与TaqMan探针，并对荧光定量PCR体系与反应条件进行优化，同时验证方法的特异性、敏感性和重复性。结果：本方法对霍乱弧菌的检测具有高度特异性，与副溶血性弧菌、沙门菌、志贺菌、变形杆菌、大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌等均无交叉反应；检测灵敏度达10cfu／ml；反应体系具有很高的稳定性；整个操作过程仅需2h。结论：本研究建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速．适用于霍乱弧菌的日常监测和爆发疫情的应急诊断。