基于网络药理学和验证实验探讨蒲黄治疗脊髓损伤的分子机制

目的 利用网络药理学和实验验证探讨蒲黄治疗脊髓损伤的分子机制。方法 使用TCMSP数据库及文献资料筛选蒲黄的有效成分及其对应靶点,使用DrugBank、OMIM、TTD、GeneCard数据库获得脊髓损伤相关靶点。Cytoscape构建蒲黄抗脊髓损伤靶点蛋白相互作用（PPI）网络图及“药物–化合物–靶点”网络图,根据网络图中各靶点的拓扑学参数筛选出蒲黄抗脊髓损伤关键靶点及关键成分。使用DAVID数据库对蒲黄抗脊髓损伤靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。采用AutodockVina软件对关键化合物与关键靶点蛋白进行分子对接验证。动物实验观察蒲黄对脊髓损伤大鼠后肢运动神经功能的影响及对关键靶点蛋白m RNA表达的影响。结果 共筛选出花生四烯酸、异鼠李素、β谷甾醇、山柰酚、棕榈酸睾酮、山柰酚-3-O-α-L-鼠李糖基（1→2）-β-D-葡萄糖苷、槲皮素、异鼠李素-3-O-新橙皮苷、香蒲新苷等活性成分。PPI网络分析显示,肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素（IL）-6、蛋白激酶B(AKT1)、IL-1B、胱天蛋白酶3(CASP3)等蛋白可能在脊髓损伤的...     

基于网络药理学探讨新止骨增生丸治疗膝骨关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法探索新止骨增生丸治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选新止骨增生丸的活性成分及其作用靶点;利用GeneCards、OMIM和DisGeNet数据库检索KOA疾病的相关靶点;通过Venny 2.1.0在线平台对新止骨增生丸的活性成分作用靶点与KOA疾病相关靶点映射取交集,得到新止骨增生丸治疗KOA的关键靶点(共同靶点);将共同靶点导入String平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,并将结果导入Cytoscape 3.7.1软件进行拓扑分析,提取核心靶点;运用注释、可视化和集成发现(DAVID)数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-关键靶点-通路”网络。结果 共获得活性成分54个,对应靶点262个,疾病靶点2459个,共同靶点142个,经过蛋白互作及拓扑分析,得到核心靶点13个, GO功能富集分析得到821个生物过程(BP), 94个细胞组分(CC), 139个分子功能(MF)和167条通路...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨齿痛消炎灵颗粒治疗牙周炎的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接方法探究齿痛消炎灵颗粒治疗牙周炎的活性成分及潜在靶点，并探讨其可能的作用机制。方法 通过TCMSP数据库、ETCM数据库并结合文献报道筛选齿痛消炎灵颗粒潜在的活性成分及靶点，利用Cytoscape 3.9.1构建"中药-活性成分-靶点"的网络图；在GeneCards、TTD、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取牙周炎疾病相关靶点，利用Cytoscape 3.9.1构建"化合物-靶点-疾病"相互作用网络；采用STRING数据平台构建蛋白相互作用（PPI）网络并使用Cytoscape 3.9.1软件对其进行拓扑学分析；进一步利用Metascape网站对筛选得到的靶点进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析；选取degree值排名前5位的关键靶点和有效成分作为受体蛋白和配体小分子，使用AutoDockTools 1.5.6对配体和受体进行分子对接，并使用Pymol将分子对接结果可视化。结果 共筛选得到齿痛消炎灵颗粒的264个潜在活性成分，得到齿痛消炎灵颗粒治疗牙周炎的作用靶点157个；拓扑学分析发现关键活性成分以槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、柚皮素、木犀草素等为主；PPI网络中关键靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-1β（IL-1β）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、表皮生长因子受体（EGFR）、低氧诱导因子-1（HIF-1A）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）等。GO富集分析筛选出2 137个条目，涉及生物过程1 884条，细胞组成93条，分子功能160条；KEGG富集到基因通路206条；分子对接结果发现核心成分与核心靶点能够较好的结合。结论 首次预测了齿痛消炎灵颗粒多成分、多靶点、多通路治疗牙周炎的作用机制，为齿痛消炎灵颗粒的药效物质基础研究提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子作用机制

目的 通过网络药理学分析和分子对接技术来探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP平台筛选桂枝茯苓丸的有效成分及相关靶点,从GEO数据库中获得子宫肌瘤疾病差异基因,并通过Perl软件获取差异基因;交叉基因经过构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;将筛选出的关键活性成分和靶基因利用AutoDock软件进行分子对接,选择最佳结合靶标进行分子对接。结果 共筛选出92个活性化合物,其中活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩苷、豆甾醇、β谷甾醇被确定为关联靶标最高的活性成分,获得交叉基因41个,其中PTGS2、PGR、NR3C2、GRIA2等为关联活性成分数量最多的靶标基因。通过拓扑分析,发现30个强关联蛋白,有11个靶点为中药的核心预测靶点。细胞组分（CC）共富集17个条目,分子功能（MF）共富集32个条目,生物过程（BP）共富集501个条目;KEGG通路富集共富集52个条信号通路,主要为基因在流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活、脂质与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明,桂枝茯苓丸的关键成分具有与目的基...     

基于网络药理学和分子对接探讨癫痫宁片治疗癫痫的潜在作用机制研究

目的 通过网络药理学和分子对接方法,筛选癫痫宁片治疗癫痫的主要活性成分和分子机制。方法 采用TCMSP、Herb数据库筛选癫痫宁片中的主要活性成分及靶点;GeneCard、OMIM、DisGent筛选癫痫的治疗靶点;使用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物活性成分–靶点”网络;将药物–交集基因上传至相互作用数据库String构建蛋白相互作用（PPI）网络。将药物–疾病交集基因上传至利用生物信息学开源软件Bioconductor,对其进行生物学过程的基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对关键靶点与成分进行分子对接验证。结果 共筛选到癫痫宁片有效成分70个,靶点308个,其中degree前9位的活性成分分别为毛钩藤碱、山柰酚、狼尾草麦角碱、β-谷甾醇;核心靶点共10个,分别为V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A（RELA）、转录因子AP-1（JUN）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、信号传导和转录激活蛋白3（STAT3）、肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、雌激素受体α（ESR1）、肿瘤坏死因子（TNF）、有丝分裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）。共筛选出5 195个GO条目,富集到259条与药物治疗癫痫相关的通路。分子对接结果显示,核心靶点与活性成分间结合良好。结论 基于网络药理学和分子对接方法对癫痫宁片治疗癫痫作用机制有了新的认识,阐明药物活性成分与癫痫的关系,为临床药物治疗提供了科学依据。     

基于网络药理学探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的作用机制

目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库，筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点，利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因，并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点；通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作（PPI）网络，并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点；通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络，获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个，与疾病的交集靶点117个，主要涉及肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、MAPK、核因子-κB（NF-κB）、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路，由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分，能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点，调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路，发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。     

基于网络药理学的逍遥散治疗代谢相关脂肪性肝病作用机制探讨及实验验证

目的 基于网络药理学预测逍遥散治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD，曾用名非酒精性脂肪性肝炎，NASH）相关机制，并观察逍遥散对MAFLD模型小鼠肝损伤的保护作用及机制。方法 通过TCMSP数据库获取逍遥散各组成味药的活性成分及潜在靶点，利用Gencards、OMIM数据库获取MAFLD疾病靶点，构建蛋白质相互作用（PPI）网络，进行基因本体论（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，构建成分-靶点-通路网络，并对核心靶点和主要活性成分进行分子对接验证。通过喂食蛋氨酸及胆碱缺乏（MCD）饲料构建MAFLD小鼠模型，给予多烯磷脂酰胆碱胶囊（178mg·kg^-1·d^-1）或逍遥散低、中、高剂量（1.437、2.874、5.748g·kg^-1·d^-1）进行干预，测定各组小鼠血清天冬氨酸氨基转移酶（AST）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）活性及三酰甘油（TG）、总胆固醇（TC）水平；HE染色考察各组小鼠肝组织病理变化；Western blotting法检测PTGS2、ESR1、NOS2及PPARG的蛋白表达情况。结果 经筛选得到逍遥散治疗MAFLD的作用靶点有133个，核心成分主要有槲皮素、木犀草素、山柰酚、猪苓酸C等，关键靶点为PTGS2、ESR1、NOS2及PPARG等，主要的生物学通路为与肿瘤相关信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL^-17信号通路及非酒精性脂肪肝相关信号通路等，分子对接结果显示槲皮素、木犀草素及山柰酚与PTGS2、ESR1、NOS2及PPARG等均有较强的结合。体内动物实验表明，与模型组比较，逍遥散各组小鼠AST、ALT、TG、TC水平均显著降低（P＜0.05）；肝组织病理损伤均得到改善；与模型组比较，逍遥散中、高剂量组小鼠PTGS2、ESR1及NOS2蛋白表达显著降低（P＜0.01），PPARG蛋白表达显著升高（P＜0.01）。结论 逍遥散可能通过调控PTGS2、ESR1、NOS2及PPARG等靶标，IL^-17信号通路及非酒精性脂肪肝相关信号通路等多种途径治疗MAFLD。     

基于网络药理学的肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭作用机制研究

目的 采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制.方法 通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因...     

基于网络药理学的肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭作用机制研究

目的采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果从TCMSP数据库共筛选得到肾康注射液活性成分96个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点244个。PPI网络涉及93个药物靶点,度值排名前10的核心靶点分别是AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53、MAPK1、CASP3、EGF、MMP9、EGFR。GO功能分析共获得710个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到112条信号通路(P<0.05),包括PI3K-Akt、TNF、HIF-1等信号通路。结论肾康注射液治疗CRF是多成分、多靶点、多通路的综合效应。     

基于网络药理学及分子对接研究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接探究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库搜索有关于消渴清颗粒中中药的有效成分与靶点,在GeneCards数据库、OMIM数据库搜索糖尿病前期的基因靶点,进而获得药物-疾病交集靶点,将交集靶点导入String蛋白质相互作用数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用（PPI）网络图,并筛选核心靶点,再将药物-疾病交集靶点导入DAVID数据库,对其分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选出与疾病相关的通路,通过Cytoscape得出“通路-靶点”网络图,再通过插件分析得出“通路-靶点”网络核心靶点,取二者度值排名前7位的靶点交集作为消渴清颗粒治疗糖尿病前期的关键靶点,最后选择关键靶点与有效成分用AutoDock与Pymol软件进行分子对接及可视化。结果 筛选出消渴清颗粒中药活性成分36种,其中筛选出6种关键活性成分,分别为槲皮素、山柰酚、小檗碱、β-谷甾醇、花生四烯酸、知母皂苷C,靶点基因232个;筛选出糖尿病前期靶点685个,交集靶点93个,关键靶点5个,分别为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环加氧酶2（PTGS2）。GO通路富集主要涉及内容有炎症、药物反应,细胞生长凋亡等;KEGG通路富集分析显示糖尿病并发症中的晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、IL-17信号通路、胰岛素抵抗通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等,分子对接结果显示关键靶点与有效成分具有较稳定的结合能力。结论 消渴清颗粒中各种药物成分通过多靶点、多通路协同治疗糖尿病前期的作用机制,为进一步研究治疗糖尿病提供了线索。     

基于网络药理学的蒙药暖宫七味丸治疗原发性痛经作用机制及实验验证研究

目的 利用网络药理学方法,探究暖宫七味丸治疗痛经的作用机制并采用痛经模型大鼠对其进行实验验证。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和网络药理学在线数据库（TCMID）结合文献报道确定暖宫七味丸的活性成分,通过Swiss Target Prediction在线平台得到活性成分对应的靶点。利用DisGeNET数据库和GeneCard数据库确定原发性痛经的相关靶点,手动筛选化合物-疾病的共同靶点,将潜在共同靶点蛋白上传至Biogrid平台,获取药物-疾病靶蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行网络图优化和拓扑学分析。利用DAVID 6.8数据库对潜在靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析及基因本体论（GO）注释分析。动物实验验证采用缩宫素致痛经大鼠模型观察暖宫七味丸高、中、低剂量（2.0、1.0、0.5 g·kg^-1）的镇痛作用,采用Western blotting方法观察暖宫七味丸高、低剂量（2.0、0.5 g·kg^-1）对痛经模型大鼠子宫组织环氧合酶-2（COX-2）蛋白表达的影响,并测定各组大鼠子宫组织中前列腺素F2α（PGF2α）水平。通过大鼠离体子宫肌张力实验观察暖宫七味丸水溶液（22.5、11.25 mg·mL^-1）对大鼠子宫收缩幅度和收缩频率的影响。结果 网络药理学预测结果显示,暖宫七味丸治疗痛经的潜在靶点有68个,PPI核心靶点有IL-6、PTGS2、TNF和TP53等。涉及到的通路有炎症相关的信号通路、癌症通路和雌激素信号通路等,涉及到的生物功能有炎症反应、一氧化氮的生物调节过程和对激素的反应和对血管的调节功能等。动物实验结果显示,与模型组比较,暖宫七味丸高、中、低剂量组和阳性药组大鼠的扭体反应次数显著减少（P＜0.01、0.001）,同时扭体反应的潜伏期均明显延长（P＜0.01、0.001）;暖宫七味丸高、低剂量组痛经模型大鼠子宫组织中过氧化物合成酶2（PTGS2）相关蛋白COX-2表达显著下调（P＜0.001））,同时子宫组织中PGF2α水平显著降低（P＜0.001）。暖宫七味丸高、低剂量水提液对大鼠子宫收缩幅度和频率均有显著的抑制作用（P＜0.001）。结论 暖宫七味丸可以通过下调PTGS2靶点进而调控子宫肌张力起到治疗痛经的效果。     

基于网络药理学和实验验证探讨养血清脑丸治疗偏头痛的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接的方法探究养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用机制并对其进行实验验证。方法 利用TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选养血清脑丸的活性成分和作用靶点,从NCBI GENE、OMIM、CTD、DisGeNET数据库获取与偏头痛密切相关的靶点,将其与养血清脑丸靶点取交集后获得养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用靶点;利用STRING数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,结合Cytoscape 3.6.0软件筛选关键靶点;采用DAVID数据库对养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并采用Cytoscape 3.6.0软件构建“养血清脑丸–组方中药–活性成分–偏头痛–靶点–通路”网络和筛选关键成分,使用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。采用硝酸甘油诱导的偏头痛大鼠模型,对网络药理学研究结果中的部分关键靶点进行实验验证。结果 筛选获得养血清脑丸活性成分140个、作用靶点279个,其中与偏头痛治疗相关的靶点53个;通过网络分析,筛选获得白细胞介素-6（IL-6）、溶质载体家族6成员4（SLC6A4）、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、内皮型一氧化氮合酶（NOS3）等靶点、异紫堇杷明碱、槲皮素、斯氏紫堇碱、球紫堇碱、山柰酚等成分可能是养血清脑丸治疗偏头痛的关键靶点和关键成分,分子对接结果表明关键成分和关键靶点间具有较好的结合活性;KEGG通路富集结果表明养血清脑丸可能通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触、钙信号通路、cAMP信号通路及肿瘤坏死因子信号通路等途径发挥治疗偏头痛的作用。动物实验结果表明,养血清脑丸能抑制偏头痛大鼠血清中一氧化氮（NO）、IL-6、TNF-α及脑组织中VEGF表达的升高,促进脑组织5-羟色胺（5-HT）水平的升高和5-羟色胺受体1B（5-HT1B）蛋白的表达,抑制SLC6A4和CGRP的表达,对硝酸甘油型大鼠偏头痛症状有明显的改善作用。结论 明确了养血清脑丸治疗偏头痛的潜在成分、靶点和通路,其作用机制可能与升高5-HT水平和5-HT1B蛋白表达、抑制SLC6A4和降钙素基因相关肽（CGRP）表达有关,为深入开展其作用机制的研究提供了科学依据和参考。     

基于网络药理学探究百部止咳作用的机制及实验验证

目的 利用网络药理学探讨百部发挥止咳作用的活性成分、作用靶点及相关通路,探究百部止咳的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取并筛选百部主要活性成分及其对应的作用靶点,利用Uniprot蛋白质数据库将作用靶点标准化,利用Cytoscape构建百部"成分–靶点"网络;利用GeneCards获取...     

网络药理学结合实验验证研究冯了性风湿跌打药酒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的 运用网络药理学结合实验验证研究冯了性风湿跌打药酒治疗类风湿关节炎的作用机制。方法 借助前期研究中超高效液相色谱–四极杆–静电场轨道阱高分辨质谱联用技术分析冯了性风湿跌打药酒的活性成分,通过TCMSP数据库、Swiss Target Prediction数据库筛选活性成分靶点,Drugbank、OMIM、GeneCards、TTD、Disgenet数据库检索类风湿性关节炎的疾病靶点。利用STRING数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络图,分析冯了性风湿跌打药酒治疗类风湿关节炎的核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。利用牛Ⅱ型胶原乳剂诱导建立类风湿关节炎大鼠模型,进行关节炎评分,组织病理学检查,PCR分析关键基因m RNA表达水平,ELISA法检测低氧诱导因子-1α(HIF-1α)和白细胞介素-6(IL-6)水平。结果 冯了性风湿跌打药酒中46个核心化学成分对应靶点661个,搜索收集获得疾病靶点2 604个,两者交集...     

基于网络药理学和实验验证探究左归丸抑制头颈部鳞状细胞癌的作用机制

目的基于网络药理学和体外实验探究左归丸作用于头颈部鳞状细胞癌( HNSCC)的靶点并分析潜在机制。方法自 2022年 11月至 2023年 3月分别通过 TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards、CTD、OMIM数据库筛选左归丸的活性成分并筛选左归丸作用于 HNSCC的潜在靶点;使用 String数据库构建潜在靶点互作网络,并进行多步拓扑分析筛选出核心靶点;使用 DAVID和 Metascape数据库对潜在靶点进行富集分析;最后运用 Auto Dock Vina进行核心成分与靶点的分子对接并通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、蛋白质印迹法验证左归丸对 HNSCC的治疗作用及机制。结果左归丸的 8种活性成分具有 487个药物靶点,其中 440个为 HNSCC相关基因;两步拓扑结构分析得到表皮生长因子( EGFR)、细胞周期蛋白 D1(CCND1)、热休克蛋白 90α家族 A类成员 1(HSP90AA1)、核因子 kappa B激酶亚基 β抑制剂( IKBKB)和螺旋环螺旋结构域扩散激酶( CHUK)5个核心靶点;富集结果提示左归丸通过影响多种生物学功能和信号通路在 HNSCC中发挥作用;分子对接结果显示,左归丸与核心靶点之间结合稳定。体外实验显示,与对照组相比,左归丸处理组显著抑制了 WSU-HN6和 CAL-27细胞增殖能力( P<0.001)并且可以降低 CCND1,IKBKB和 CHUK(P<0.05)的蛋白表达水平。结论左归丸能够靶向多条促癌信号通路从而对 HNSCC起到抑制作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨丹皮酚抑制血管内皮细胞间质转化的作用机制

目的 结合网络药理学与体外实验验证探讨丹皮酚抑制血管内皮细胞间质转化（EndMT）的关键靶点及作用机制。方法 通过PharmMapper、HERB、SymMap、ChEMBL、SwissTargetPredicition数据库获取丹皮酚的作用靶点;从GeneCards数据库中检索与EndMT相关的靶标,将两者进行交集分析与可视化;将交集靶点基因上传至STRING数据库联用Cytoscape3.8.2软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因,并进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Autodock Vina软件对丹皮酚与核心靶点基因进行分子对接验证。体外实验将HUVECs细胞分为空白组、模型[转化生长因子β1(TGF-β1)]组、丹皮酚低、中、高剂量组（30、60、120μmol/L）,通过蛋白质印迹法（Western blotting）筛选TGF-β1诱导EndMT最佳浓度并通过酶联免疫吸附测定（ELISA）检测基质金属蛋白酶2(MMP-2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)的蛋白表达量。结果 共筛选出丹皮酚作用靶点414个...     

基于网络药理学白花蛇舌草治疗胰腺神经内分泌肿瘤作用机制探讨及体外实验验证

目的 采用网络药理学方法探讨白花蛇舌草治疗分化良好的胰腺神经内分泌肿瘤（pNET）的作用机制,并通过体外细胞实验进行验证。方法 应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取白花蛇舌草的活性成分和作用靶点,通过GEO、GeneCards、OMIM、PharmGkb、Drugbank数据库获取pNET的疾病相关靶点,通过R软件对共同靶点进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。以CCK-8法和Western blotting体外实验观察白花蛇舌草提取物对人胰腺神经内分泌肿瘤BON-1、QGP-1细胞的增殖抑制作用及对细胞凋亡相关蛋白Bcl-2表达的影响。结果 筛选得到白花蛇舌草活性成分7个,成分相关靶点158个;获得pNET疾病相关靶点2 870个,成分与疾病共同相关靶点119个。共同靶点的GO功能富集分析共得到2 099个条目,KEGG富集分析共得到162条信号通路,包括细胞凋亡、PI3K/Akt、P53等信号通路。不同质量浓度［0（对照）、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5 mg·mL^-1］白花蛇舌草提取物干预BON-1、QGP-1细胞48 h后,细胞增殖明显受到抑制,且抑制作用具有明显的浓度相关性。与对照组比较,随着白花蛇舌草提取物质量浓度增加,BON-1、QGP-1细胞的增殖受到明显抑制,漂浮死亡细胞数增加;与对照组比较,高质量浓度白花蛇舌草提取物可显著降低BON-1、QGP-1细胞Bcl-2蛋白表达（P < 0.05）。结论 白花蛇舌草提取物能够有效抑制人胰腺神经内分泌肿瘤BON-1、QGP-1细胞增殖,通过抑制Bcl-2蛋白表达促进细胞凋亡;白花蛇舌草能够通过多成分、多靶点、多通路的途径治疗胰腺神经内分泌肿瘤。     

基于网络药理学和实验验证探究白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的 采用网络药理学的方法探讨白藜芦醇在糖尿病视网膜病变治疗中的潜在机制,为白藜芦醇防治糖尿病视网膜病变提供理论依据。方法 使用CTD、DGIdb、Drugbank、Swiss Target Prediction、TCMSP数据库获得白藜芦醇的作用靶点。从GeneCard、DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库获得糖尿病视网膜病变疾病相关靶点。使用Venn图取交集即为白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点。将白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白上传至String数据库,将所得数据导入Cytoscape 3.7.1,构建白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白的蛋白互作（PPI）网络,并筛选出核心作用靶点。使用DAVID数据库对白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。对核心作用靶点与白藜芦醇结合力进行分子对接验证。利用细胞活力实验观察白藜芦醇对高糖作用下的人视网膜血管内皮细胞（HRCECs）细胞增殖的影响;检测不同浓度（40、80、160 μmol/L）白藜芦醇对高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达的影响。结果 共获得白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点130个,并筛选出核心靶基因10个。KEGG途径分析富集的信号通路包括TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。分子对接显示,核心靶基因AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、IL-1B、MAPK3、EGFR、JUN、STAT3及CASP3与白藜芦醇亲和力较好,尤其与STAT3、VEGFA和TNF具有强烈的结合活性。细胞实验显示,与模型组相比,白藜芦醇能明显抑制高糖作用下HRCECs的细胞增殖能力（P＜0.05、0.01）。同时能明显降低高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达（P＜0.05、0.01）。结论 白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变具有多靶点、多途径的特点。白藜芦醇可能通过作用于VEGFA、AKT1、CASP3、IL-6、STAT3、EGFR、TNF、和MAPK3等核心靶点基因,影响TNF信号通路和HIF信号通路等发挥对糖尿病视网膜病变的治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨黄芩调控铁死亡逆转肿瘤耐药的作用机制

目的 利用网络药理学技术和实验研究方法探究黄芩活性成分调控铁死亡逆转肿瘤耐药的药效物质基础、潜在靶标及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,以生物利用度（OB）≥30%且类药性（DL）≥0.18的条件筛选黄芩活性成分,使用UniProt数据库获得黄芩活性成分的对应靶点基因。在GeneCards、OMIM数据库中搜集肿瘤耐药的相关靶点。利用Cytoscape 3.7.0软件将获得的黄芩活性成分与肿瘤耐药的交集靶点,绘制“活性成分–作用靶点”网络,并借助CytoHubba插件获得活性成分度（degree）值排名,并分析关键核心靶点。通过DAVID数据库在线分析功能进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用FerrDb数据库获取铁死亡过程中的调控基因,将其与黄芩活性成分参与逆转肿瘤耐药性的靶点基因取交集,获得黄芩通过调控铁死亡过程逆转肿瘤多药耐药性的靶点基因。利用Discovery Studio软件进行化合物和核心靶点的分子对接。取处于指数生长期的ZR-75-30和HeLa细胞,加入不同终浓度（12.5、25.0、50.0、...     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。