慢性阻塞性肺疾病患者T淋巴细胞氧运输相关基因的初步研究

目的利用基因芯片研究慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者T淋巴细胞氧运输相关基因。方法采集COPD患者和健康人的外周血作为实验血样和对照血样。用Ficoll技术分离外周血淋巴细胞,用分选式流式细胞仪分选并纯化T淋巴细胞,并采用一步法提取总RNA,逆转录合成双链cDNA后,体外转录合成生物素标记的cRNA,片断化后,采用人类全基因表达谱芯片进行芯片杂交,扫描后筛选出差异表达基因。结果初步筛选出COPD／健康人外周血T淋巴细胞氧运输相关高表达差异基因3条。结论基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出COPD患者T淋巴细胞氧运输相关差异表达基因。     

全基因组芯片结合通路分析筛选心力衰竭患者心肌细胞差异基因

目的 利用人全基因组芯片分析心力衰竭(心衰)患者与正常人心肌细胞差异表达基因,结合已知基因功能分类着重对细胞信号通路进行分析.方法 应用华联公司人全基因组芯片,检测4例心衰患者及4例脑死亡的正常人心肌细胞的基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果 进行验证.将心衰差异表达量≥1.2倍或≤-1.2倍的基因经BioCarta通路和KEGG通路进行信号通路分析.结果 4例心衰心肌标本与正常对照比较,表达量变化1.2倍以上的基因有2806条;变化2倍以上的有399条基因.经BioCarta通路分析,心衰时涉及11条通路蛋白.经KEGG通路分析,涉及16条通路.结论 心衰时心肌细胞巾有大量的基因呈现差异表达,并激活了多条促进细胞凋亡通路及涉及转录调控的通路.运用基因芯片和生物学通路相结合的方法 ,分析基因表达谱能准确而且有的放矢地研究与心衰病理生理的相关基因.     

应用TaqMan实时荧光定量PCR技术研究系统性红斑狼疮疾病相关基因的表达

目的验证新发现的4个系统性红斑狼疮(SLE)相关基因与SLE发病的相关性,为SLE发病的分子机制研究提供资料。方法前期基因芯片工作中筛选得到4个在55例SLE患者及正常对照之间表达差异显著的基因,染色体定位发现其位于SLE连锁的染色体区段。应用TaqMan实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测该4种基因在SLE患者和正常对照外周血单核细胞及T、B淋巴细胞的表达。结果SLE患者外周血单核细胞中,TRIM基因ΔCt值显著低于正常人对照(P＜0．05),基因表达水平为正常对照的0．61倍；IL-4R基因与EGR1基因的ΔCt值显著高于正常人对照(P＜0．05),基因表达水平分别为正常对照的2．62、2．03倍；KLRC1基因的ΔCt值显著高于正常人对照(P＜0．01),基因表达水平为正常对照的5．33倍。在SLE患者外周血T细胞,TRIM基因ΔCt值显著低于正常人对照(P＜0．01),基因表达水平为正常对照的0．56倍；IL-4R基因与EGR1基因的ΔCt值显著高于正常人对照(P＜0．05),基因表达水平分别为正常对照的2．55、1．74倍；KLRC1基因的ΔCt值显著高于正常人对照(P＜0．01),基因表达水平为正常对照的5．19倍。在SLE患者外周血B淋巴细胞,由于B细胞淋巴所占淋巴细胞比率过低,基因检测数据不稳定,故未作统计学分析。4种狼疮疾病相关基因与狼疮活动指数SLEDAI无相关性。结论SLE患者TRIM,IL-4R,KLRC1和EGR1基因与正常人相比有明显差异,但与疾病活动程度无关。     

应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌的基因表达

目的　应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌 (PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达。方法　分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因 ,并用RT PCR、免疫组化对其中两条基因进行验证。结果　共有 65条差异表达基因 ,其中表达增加的有 48条 (2 .0倍以上 ) ,表达降低的有 17条 (0 .5倍以下 )。RT PCR、免疫组化结果与芯片扫描结果一致。结论　基因芯片是筛选PTC与正常成人甲状腺组织差异表达基因的有效方法。通过筛选所得差异基因提示 ,PTC的发病涉及细胞外基质、细胞因子、受体信号转导等多个方面。     

重症肌无力患者胸腺自身免疫相关基因表达的研究

目的探讨MG患者和正常对照者的胸腺组织炎症反应与自身免疫性疾病相关基因的表达情况。方法取MG患者（MG组）和正常对照者（对照组）的胸腺组织标本，提取总RNA，反转录合成cDNA后，体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交，通过化学发光法检测基因表达，比较两组胸腺组织基因表达的差异。结果MG组与对照组比较，有61条基因存在显著性差异，其中表达上调33条，下调28条，这些基因包括炎症相关趋化因子基因、细胞因子及其受体基因、与细胞因子产生与代谢有关的基因、细胞因子及其受体相互作用相关的基因、炎症反应相关基因以及体液免疫相关基因等。结论芯片筛选MG患者胸腺自身免疫相关基因表达与正常对照组存在显著差异。     

重型乙型肝炎外周血单核细胞基因表达谱研究

目的 应用基因芯片技术建立慢性重型乙型肝炎外周血单核细胞基因表达谱。方法 应用含8192条人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单核细胞的标记cDNA，分析了10例慢性重型乙型肝炎和10例无症状HBsAg携带者（ASC）基因表达谱。通过应用GenePix 4000B扫描仪和ImaGene3.0分析软件比较Cy5标记的慢性重型肝炎来源cDNA与Cy3标记的ASC来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果 在8192个基因中，初筛出249个（3％）表达差异达2倍以上的基因，其中主要是细胞信号和传递，细胞周期和代谢，凋亡及炎症相关类基因（占79％）。结论 这些结果提示了乙型肝炎病毒感染机体致慢性重型肝炎过程中，全面改变了宿主细胞内基因表达，并为进一步对这些差异表达基因的功能研究提供了一个框架。     

心房颤动患者循环环状RNA表达谱的初步研究

目的:利用基因芯片筛选心房颤动（房颤）患者外周血单核细胞中差异表达的环状RNAs（circRNAs）,初步探讨circRNAs在房颤发生发展中的作用。方法:连续入选2019年10月1日至10日在泰州市人民医院拟消融治疗的4例房颤患者和4例正常对照者,应用芯片技术检测外周血单核细胞circRNAs差异表达,进行基因本体论...     

基因芯片筛选7例患儿哮喘基因的研究

目的 对7例支气管哮喘(简称哮喘)患儿的差异表达基因进行生物信息学分类.方法 实验组7例,对照组8例,抽取外周血并分离出淋巴细胞RNA,进行cDNA合成、标记及杂交,通过聚类分析来揭示标本之间可辨识的基因表达谱,最后用GO分析和Pathway分析测定这些差异表达基因的作用.结果 在29 890个基因中,发现4 725个基因存在差异表达,其中1 660个表达上调,3 065个表达下调.GO分析发现这些基因在生物学过程、细胞组分及分子功能中存在不同的调节.Pathway通路分析发现共有88条通路,其中基因表达上调通路有22条,下调通路有66条,进一步对这些通路的差异表达基因进行分析,发现有不少有3条以上的通路富集.结论 实验组基因表达与对照组相比存在很大差异,这些差异基因涉及多种生物学过程,表明小儿哮喘的发病是一个复杂的病理生理过程.     

烟雾病免疫相关基因研究

目的通过分析烟雾(moyamoya)病患者外周血液淋巴细胞和正常人外周血液淋巴细胞免疫相关基因表达的差异，探讨烟雾病的发病机制。方法分别采集烟雾病患者和正常人血液标本各22份，提取烟雾病患者和正常人外周血液淋巴细胞的总RNA，将mRNA逆转录为cDNA，用Cy5和Cy3标记作为探针，与含有492个基因的自身免疫和炎症反应基因芯片进行杂交，以Scan Array 4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号，用计算机进行处理和分析。结果烟雾病患者外周血液淋巴细胞和正常人血液淋巴细胞比较，差异表达2倍以上的基因共有32个，其中19个基因表达增加，13个基因表达降低。结论烟雾病发生与患者的免疫相关基因异常有关。     

应用基因芯片技术筛选肝硬化相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝硬化相关基因群表达中的作用.方法:按TRIzol法抽提肝硬化及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖18 400个转录本,代表14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较二种组织基因表达谱差异.结果:2例肝硬化组织与正常肝脏组织相比,有1424条基因(9.82%)共同表达差异,其中共同上调基因980条和共同下调基因444条.对1424条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与肝硬化的发病机制存在相关性.结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出肝硬化表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识肝硬化的发病机制.     

新疆维吾尔族、哈萨克族、汉族冠心病差异基因筛选及功能路径分析

目的筛选新疆维吾尔族、哈萨克族、汉族冠心病相关的差异基因。方法选用病例-对照研究按照1∶1匹配原则,选择经冠状动脉造影检查明确诊断为冠心病患者9例,其中包括维吾尔族3例,哈萨克族3例,汉族3例;对照组选择同期住院经冠状动脉造影检查冠状动脉血管完全正常者9例,两组民族、性别、年龄均匹配;利用人类全基因组表达谱芯片筛查与冠心病相关的差异基因。结果筛查出与冠心病相关的差异基因33条,与汉族冠心病相关的差异基因26条,与维吾尔族冠心病相关的差异基因2条,而哈萨克族未筛选出差异基因表达;经GO和Pathway分析后,差异基因多与免疫反应有关。结论基因芯片筛查的结果表明,对生物学进程有影响的差异基因主要与免疫反应有关。     

exoRBase数据库外泌体基因在冠心病中的差异表达及意义

目的通过对exoRBase外泌体数据库中筛选出的冠心病(CHD)患者外周血外泌体差异表达基因的分析和CeRNA网络的构建,挖掘导致冠心病发病和疾病进展中的关键基因和调控机制,通过对差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析,研究冠心病差异表达mRNA参与的分子功能和生物学过程。方法应用R语言筛选出在exoRBase外泌体数据库冠心病患者外周血中差异表达的外泌体基因,通过在线数据库和Cytoscape软件构建CeRNA网络,对关键基因进行可视化分析,并对差异表达的mRNA关键基因进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出冠心病患者外周血中差异表达的外泌体mRNA 312个,lncRNA 43个,circRNA 85个;通过构建CeRNA网络,发现mRNA、lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA,且与miRNA相结合的lncRNA表达均显著上调,而mRNA和circRNA的表达则大多数呈现显著下调的趋势;差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析结果显示,这些关键基因主要与"磷酸酶激活活动"和"磷酸酶调节活动"功能相关。结论由exoRBase数据库筛选出的冠心病患者外周...     

应用基因芯片研究肝细胞癌组织差异基因表达谱

目的：应用基因芯片技术研究原发性肝细胞癌组织中的差异基因表达谱改变，以寻找肝细胞癌相关基因。方法：抽提正常肝组织和肝癌组织中的mRNA来制备探针，经杂交、洗涤后，通过计算机扫描分析正常肝组织和肝癌组织基因表达谱的差异情况。结果：在10000个候选基因中，筛选出102条差异表达基因，表达上调的有42条，表达下调的有60条。未知基因12条。结论：基于DNA微阵矩技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肝癌发生发展相关的基因。     

DNA微阵矩技术研究肝纤维化差异基因表达谱变化

应用DNA微阵矩技术研究乙型肝炎肝硬化组织差异基因表达谱改变,以寻找肝纤维化相关基因,探讨肝纤维化的发病机理。抽提正常肝组织和肝硬化组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析正常肝组织和肝硬化组织基因表达谱的差异情况。在10000个候选基因中,筛选出99条差异表达基因,表达上调的有45条,表达下调的有54条。其中未知基因9条。因此基于DNA微阵矩技术的肝纤维化基因表达谱分析能够高通量筛选与肝纤维化发生发展相关的基因。     

Gene microarray analysis of peripheral blood cells in pulmonary arterial hypertension

The importance of genetic predisposition, inflammation, and autoimmune mechanisms in the development of pulmonary arterial hypertension (PAH) is becoming increasingly clear. We hypothesized that the analysis of gene expression profiles from peripheral blood mononuclear cells would distinguish patients with PAH from normal volunteers. We also hypothesized that a subset of genes would discriminate between patients with idiopathic PAH and pulmonary hypertension related to secondary causes. Mononuclear cells were isolated from 15 patients diagnosed with PAH and 6 normal control subjects. Microarray expression was performed, and the expression profiles were analyzed for consistent and predictive differences in gene expression. We identified a signature set of 106 genes that discriminated with high certainty (p < or = 0.002) between patients with PAH and normal individuals. The results of the microarray analysis were retrospectively and prospectively confirmed by quantitative polymerase chain reaction for 2 of the 106 genes. Supervised clustering analysis generated a list of differentially expressed genes between patients with idiopathic and secondary causes of pulmonary hypertension. Microarray expression profiling of peripheral blood cells can discriminate between patients with PAH and normal volunteers. These findings may have important implications toward diagnosis, screening, and pathogenesis of this disease.     

急性胰腺炎基因表达谱芯片的生物信息学分析及药物筛选

目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146),使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系(PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库(CTD)针对关键基因进行治疗药物的筛选。结果从高通量芯片数据集GSE109227和GSE65146中共筛选到130个上调基因和16个下调基因。DEGs主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、TNF介导的细胞反应、正调控基因表达等生物学过程,且参与细胞外基质受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调控、白细胞内皮迁移、Focal adhesion等信号通路。在PPI网络中,共筛选出12个关键基因和6个子网络模块。miR-199a-5p、miR-1-3p等miRNAs可能作用于关键基因转录后调控。CTD数据库中筛选到染料木黄酮、白藜芦醇、槲皮素可降低关键基因表达水平。结论利用生物信息学方法筛选的相关基因可能在AP发生中具有重要作用,并可作为药物的筛选依据。     

Systematic polymorphism discovery after genome-wide identification of potential susceptibility loci in a hereditary rodent model of human hypertension

Genetic strategies such as linkage analysis and quantitative trait locus (QTL) mapping have identified a multitude of loci implicated in the pathogenesis of hypertension in the spontaneously hypertensive rat (SHR). While several candidate genetic regions have been identified in the SHR and its control, the Wistar-Kyoto rat (WKY), systematic follow-up of candidate identification with polymorphism discovery has not been widespread. In the current report, we develop a data-mining strategy to identify candidate genes for hypertension in the SHR, and then sequence each gene in the SHR and WKY strains. We integrate blood pressure QTL data, microarray data and data-mining methods. First, we determined the set of genes differentially expressed in SHR and WKY adrenal glands. Next, the chromosomal position of all differentially expressed genes was compared with peak marker position of all reported SHR blood pressure QTLs. We also identified the set of differentially expressed genes with the most extreme fold-change. Finally, the QTL positional candidates and the genes with extreme differential expression were proposed as candidate genes if they had biologically plausible roles in hypertensive pathology. We identified seven candidate genes that merit resequencing (catechol-O-methyltransferase [Comt], chromogranin A [Chga], dopamine beta-hydroxylase [Dbh], electron transferring flavoprotein dehydrogenase [Etfdh], endothelin receptor type B [Ednrb], neuropeptide Y [Npy] and phenylethanolamine-N-methyltransferase [Pnmt]), and then discovered polymorphism in four of these seven candidate genes. Chga is proposed as the strongest candidate for additional functional investigation. Our method for candidate gene identification is portable and can be applied to microarray data from any tissue, in any disease model with a QTL database.     

安罗替尼在肝癌中耐药的差异mRNA筛选

目的运用ceRNA芯片筛选可能参与肝癌细胞对安罗替尼耐药过程的mRNA。方法利用大剂量冲击联合低剂量诱导的方法建立对安罗替尼耐药的肝癌细胞,用CCK8实验进行验证耐药细胞在安罗替尼作用下的细胞增殖差异;运用ceRNA芯片检测耐药肝癌细胞与正常肝癌细胞的基因表达差异;运用实时荧光定量PCR(real-time PCR)对部分芯片测出的部分基因差异进行验证。计量资料两组间比较采用独立样本t检验,Kaplan-Meier法对肝癌样本的总生存期进行生存分析,log-rank检验比较生存率差异。芯片筛选结果使用Fisher精确检验。结果耐药肝癌细胞与正常肝癌细胞基因表达差异较大,通过缩减范围筛选出差异最大的10个基因进行分析。与耐药和肿瘤生长相关的基因有4个,分别为BIRC2、BIRC7、ABCC2、MAPK8。其中BIRC2、ABCC2、MAPK8表达水平下降(P值分别为0.0014、0.0012、0.0118),BIRC7的表达水平增多(P<0.001)。real-time PCR的验证结论与芯片一致(t值分别为10.74、32.65、18.34、2.80,P值分别为0.0004、0.0001、0.0001、0.0448)。BIRC7的高表达与MAPK8的低表达对应显著减少的生存期(P值分别0.0220、0.0056)。结论BIRC2、BIRC7、ABCC2、MAPK8在对安罗替尼耐药的肝癌细胞中差异表达,可能参与了肝癌细胞对安罗替尼耐药的过程。