几种线粒体DNA提取方法的比较

目的将提取线粒体DNA的碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法加以比较,以得到最方便快速提取线粒体DNA的方法.方法采用健康成年雄性Wistar大鼠,取回肠上皮细胞样本18份,每份含3×10?6细胞,每6份分别用碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法提取线粒体DNA,紫外分光光度法定量.再用琼脂糖凝胶电泳和线粒体ATPase6亚基基因PCR扩增产物鉴定所提取的线粒体DNA.结果3种方法提取线粒体DNA量差别明显改进高盐沉淀法量最多,为(1.26±0.23)μg;碱变性法次之,为(0.52±0.18)μg;Triton法为(0.31±0.16)μg.A260/A280均大于1.7.说明改进高盐沉淀法提取线粒体DNA具有操作简单,产量多的优点.将改进高盐沉淀法提取线粒体DNA用于PCR扩增,测定出了线粒体DNAATPase8亚基基因序列,说明该法所提取mtDNA可用于mtDNA测序.讨论和结论线粒体在细胞凋亡,衰老及程序化死亡中发挥重要作用.已在多种疾病中发现mtDNA突变.对线粒体疾病的分子遗传机理的研究可以进一步阐明这些疾病的病因,并为治疗提供理论指导.胡义德、Tamura和Palva等用碱变性法提取了人血白细胞、心肌等组织中mtDNA;戴纪刚等建立的Triton法先除去细胞核,再分离提取胞浆中mtDNA.而高盐沉淀法通过SDS(十二烷基硫酸钠)破坏细胞膜、核膜,使蛋白质变性,从而游离出核酸,EDTA抑制细胞中DNA酶的活性,蛋白酶K进一步将蛋白质降解成小肽,加入饱和乙酸钠后,绝大部分线性大分子量DNA和蛋白质在SDS作用下变性形成沉淀,环状mtDNA仍为自然状态,通过高速离心,即可得到mtDNA.3种方法各有优缺点碱变性法操作时间较短,要求条件比较严格,不易重复;Triton法通过核质分离提取mtDNA操作时间短,但产量低,易降解.而高盐沉淀法操作简单,易重复,产量多,可依需用量扩大反应体系,使mtDNA质量得以容易控制.     

石蜡包埋组织中3种DNA提取方法的比较及优化

近年来,分子病理学技术迅速从科研发展到常规的病理诊断.目前常规检测包括:细菌病毒的检测[1-3]、肿瘤相关基因的突变[4,5]、靶向药物的分子检测[6,7]等,存档的福尔马林固定-石蜡包埋组织(formalin fixed and paraffin embedded tissues,FFPET)常常是形态学研究的宝贵资源,回顾性基因的研究与患者的治疗和临床诊断密切相关.因此DNA提取的质量将直接影响所有以DNA为研究对象的分子生物学实验,对复杂的多重PCR如T/B细胞克隆评价[8]、应用Array-CGH[9]、MLAP-based测定[10]等DNA的质量和纯度提出更高的要求.但是从FFPET中提取DNA以及用DNA进行基因研究中存在检测成功率低、重复性差等问题,多数文献描述提取DNA方法成功率为60%～80%[11],因此提取DNA的质量、纯度、片段的长度决定后续实验的成功与否.同时,对石蜡组织提取DNA前样本的量在很多文献中描述不一,针对提取DNA的方法不同,选择最合适的组织样本量,本组研究通过比较不同抽提方法对肿瘤组织不同蜡膜用量所得DNA质量,总结3种提取DNA的方法对应最合适的蜡膜用量,建立标准化操作程序.     

一种新的DNA提取方法TLS法

从不同组织、细胞或外周血中制备高分子ＤＮＡ，是进行分子水平研究的先决条件。ＤＮＡ以核蛋白形式存在于细胞核中，制备ＤＮＡ的原则是既要将蛋白质、脂质、多糖及小分子杂质分离干净，又要得到高分子量ＤＮＡ。近年来采用蛋白酶Ｋ水解的方法，使这一问题得到较好的解决...     

一种碘化钾提取外周血基因组DNA的方法

目的　建立外周血基因组DNA 的快速提取方法。方法　用碘化钾直接从外周血中提取基因组DNA。结果　用该方法提取的DNA 为大分子量DNA;A260/A280为1.85,A260/A230为2.2;提取效率大于90% ;DNA 体外扩增结果良好。结论　该方法简便、快速、经济,可用于大量临床标本的研究。     

3种 DNA 甲基化定量分析方法的比较

目的：比较特定基因区域 DNA 甲基化检测方法的优缺点。方法采用焦磷酸测序、克隆测序和DNA 甲基化芯片等3种 DNA 甲基化检测方法,对7例唐氏综合征和5例正常对照样本的 PRDM8内含子7 CpG 岛中的部分序列进行甲基化检测。从准确度、重复性和精确度(分辨率)等方面来比较3种方法,探讨哪种方法更适合特定基因的 DNA 甲基化水平定量检测。结果①焦磷酸测序可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,结果重复性好,准确度高,而且能发现样本中 CpG 位点甲基化水平变化的规律;②克隆测序也可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平,但结果重复性较差,无法发现 CpG 位点甲基化水平变化的规律;③甲基化芯片可通过所测区域的两个探针来判断样本间甲基化水平的差异,但无法在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平;④上述3种方法检测结果之间存在一定的差异,但是样本间甲基化水平总体趋势基本一致。此外,唐氏综合征样本的甲基化水平高于正常对照样本。结论焦磷酸测序准确度高、重复性好、费用较低、操作较为简单快捷,更为适合在单碱基水平检测特定基因区域的 DNA 甲基化水平。     

探讨两种石蜡包埋组织DNA提取方法

正随着精准医学和个体化医学的快速发展,人们对分子检测的研究越来越广泛、越来越深入;寻找疾病的遗传学发病因素,对不同患者实施适于其病情的治疗及使用不同剂量的药物逐渐成为医学发展的方向[1,2]。新鲜组织、石蜡包埋组织、外周血、胸腹水等样本中核酸的提取,是分子生物学的基本要求。由于患者病程及身体状况等原因,很多情况下短期内获取人体新鲜组织、胸腹水等标本较困难,而甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embeded tissue,FFPET)     

一种改进的质粒DNA提取及回收方法

一种改进的质粒ＤＮＡ提取及回收方法李和伟，王志永，刘彤华（北京协和医院病理科，北京１００７３０）目前已有多种方法从细菌中提取质粒ＤＮＡ￣［１］，其中最常用的是碱裂解法￣［２］，该方法操作简便，所提取质粒ＤＮＡ产量和纯度均较满意。我们在该方法基础上进行...     

四种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

背景:由于在甲醛固定石蜡包埋组织的制作及保存过程中对DNA造成的损害,影响了后续的聚合酶链反应等研究。选择一种简便有效且经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法成为研究者们关注和亟待解决的问题。目的:比较甲醛固定石蜡包埋组织中4种提取DNA的方法对DNA质量的影响,探讨一种操作简便、污染少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法。方法:取手术切除的普通甲醛固定石蜡包埋的非小细胞肺癌组织标本20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法提取其DNA,然后进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280比值及PCR扩增。结果与结论:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法可获得较大的DNA片段,且两种方法与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义(P0.05),4种方法的提取效率差异无显著性意义(P0.1),以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当。结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法。     

DNA病毒与RNA病毒相互作用小鼠模型的建立

用Ｃ型病毒（ＲＮＡ病毒）和／或紫外线灭活的（疱疹病毒）ＨＳＶ－２（Ｗｕ）或ＨＳＶ－２（３３３）接种新生小鼠，结果表明接种了ＨＳＶ－２（Ｗｕ）、ＨＳＶ－２（３３３）和作为对照的小鼠均未发生白血病，在ＨＳＶ－２（Ｗｕ）组中接种了Ｃ型病毒加ＨＳＶ－２（Ｗｕ）的小鼠白血病发生率是７５００％，只接种了Ｃ型病毒的小鼠中有４４．７４％发生白血病，两者之间有高度显著性差异（Ｐ＜０．０１）。另外，在ＨＳＶ－２（３３３）组中用Ｃ型病毒加ＨＳＶ－２（３３３）接种小鼠以后有７９．１６％发生了白血病，只接种了Ｃ型病毒的小鼠中有４１．０２％发生白血病，其差异也有高度显著性（Ｐ＜０．０１）。由此可见Ｃ型病毒分别与ＨＳＶ－２（Ｗｕ）或ＨＳＶ－２（３３３）在诱发小鼠白血病过程中存在相互作用。此动物模型可用于研究两类不同病毒相互作用的致癌原理。     

线粒体DNA提取方法的比较

目的将提取线粒体 DNA的碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法加以比较 ,以得到最方便快速提取线粒体 DNA的方法。方法分离 Wistar大鼠小肠上皮细胞 ,用 3种方法提取线粒体 DNA,紫外分光光度法定量。用琼脂糖凝胶电泳和线粒体 ATPase 8亚基基因 PCR扩增产物鉴定所提取的线粒体 DNA。结果改进高盐沉淀法线粒体 DNA量最多 ,Triton法最少。 OD2 6 0 / OD2 80均在 1.78～ 1.85间。将改进高盐沉淀法提取线粒体 DNA用于PCR扩增 ,测定出了线粒体 DNA ATPase 8亚基基因序列。结论改进高盐沉淀法提取线粒体 DNA具有操作简单 ,产量多的优点 ,该法所提取 mt DNA可用于 mt DNA测序     

基因转移的DNA病毒方法

在基因治疗中,作为基因转移的载体,迄今几乎都用逆转录病毒,但是在某些情况下(例如将外源基因导入非分裂状态的细胞),DNA病毒作为载体具有明显的优越性。本文对腺相关病毒、腺病毒和疱疹病毒作为外源基因载体进行了简要的讨论。     

介绍一种简便,实用的提取滴虫DNA方法

介绍一种简便、实用的提取滴虫ＤＮＡ方法吴杰，陆晓林，刘忠湘本文所报道的方法适用于提取滴虫的ＤＮＡ，经反复试验结果稳定。所获ＤＮＡ的质和量均较高，可用于ＤＮＡ多态性，构建ＤＮＡ文库等研究。方法①离心收集无菌培养４８ｈ的阴道毛滴虫，ＰＢＳ（ＰＨ７．４，４...     

大鼠脑线粒体DNA提取方法

本研究用一种简便方法提取大鼠脑线粒体 DNA(m t DNA) ,所得的线粒体 DNA纯度为 1.8± 0 .0 1,得率为每克脑组织 0 .8～ 1.0 μg线粒体 DNA,以此为模板进行 PCR反应 ,扩增线粒体 DNA编码基因 ,产量丰富、特异性高。该方法操作简便、成本低 ,适用于一般实验室     

不同方法提取基因组DNA的比较

目的通过对不同方法的比较建立一种遗传工程鼠基因组DNA鉴定提取最简单快速的方法。方法以大鼠和小鼠的鼠尾及脚趾为实验材料,采用酚氯仿、煮沸法、涡旋离心法提取基因组DNA;通过琼脂糖凝胶的方法检验DNA质量,通过对时间的统计分析比较3种方法提取DNA的速率。利用PCR技术检测DNA的扩增效果。结果煮沸法、涡旋离心法和酚氯仿提取的DNA比较,电泳条带均较弱。涡旋离心法所耗费的时间最短,煮沸法次之,酚氯仿法耗时最长。除了煮沸法外,涡旋离心法和酚氯仿方法提取的DNA在用于PCR检测时都能得到清晰的目的条带。结论在使用PCR进行基因型初步鉴定时,涡旋离心法是三种方法中最简单快速的首选方法。     

抗O型口蹄疫病毒DNA疫苗的建立

目的 :研制抗“O”型FMDV的DNA疫苗。方法 :以“O”型口蹄疫病毒 (FMDV)Vp1免疫活性肽基因串联片段取代猪IgGH链可变区的CDR3区 ,并与真核表达载体pCDM8相连构建表达载体pCDM FH。用表达载体pCDM FHDNA对豚鼠及猪进行肌肉注射 ,检测该疫苗的免疫效果。结果 :该DNA疫苗可诱导出抗FMDV专一性的中和抗体及效应性T细胞。攻毒试验表明 ,DNA疫苗pCDM FH可使被免疫豚鼠及猪发病推迟 ,症状减轻。结论 :该DNA疫苗可激发明显的免疫应答及保护效果。为进一步改进或探索同类DNA疫苗提供有益启示     

两种检测乙型肝炎病毒DNA定量方法的比较与评价

目的：评价两种检测乙型肝炎病毒(HBV)DNA方法的特点。方法用美国DIGENE公司生产的Hybrid Capture-I HBV DNA试剂(HC-I )和深圳匹基生物工程股份有限公司生产的HBV DNA定量荧光PCR检测试剂(PG),定量检测HBsAg阳性的慢性乙肝患者血清中的HBV DNA。结果 HC-I 试剂的HBV DNA检测阳性率达98.6豫,PG试剂达到94.6豫,两者的符合率为93.2豫。用系列稀释的患者血清,测定两种定量检测方法的灵敏度,PG试剂略高于GC-I 试剂。HC-I 在HBV DNA浓度较高时的定量关系精度较好,而在HBV DNA低滴度时,两者的定量误差均加大。用两种方法检测HBV DNA定量监测抗病毒药物治疗慢性乙型肝炎的疗效,所测定的HBV DNA滴度呈相同变化趋势。结论两种HBV DNA定量检测方法均较高的灵敏度,在抗病毒药物疗效观察方面有较高的应用价值。     

一种从石蜡包埋组织中快速提取DNA的方法

目的建立从甲醛固定石蜡包埋组织中高效、快速提取基因组DNA的方法。方法将一片10μm厚石蜡包埋大肠癌组织切片直接浸入150μl消化液中,56℃孵育0.5h、1h和2h,灭活蛋白酶K后离心取上清即为DNA提取物。琼脂糖凝胶电泳检测所提取DNA的片段分布,紫外分光光度法测定DNA的产量及纯度。以提取的DNA为模板,PCR扩增不同长度产物片段并进行产物的直接测序以评价提取方法。结果该提取方法能够获得较长片段的基因组DNA,从一片10μm厚石蜡切片中即可获得大约60μg的DNA,在0.5h消化条件下获取的模板DNA,即可实现对152bp、293bp、392bp和541bp等4种不同片段的100%扩增,1h消化组的PCR产物可直接用于DNA测序。结论建立了一种简单、快速地从甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,只需一步消化即可获得满足普通PCR及测序需要的基因组DNA。     

石蜡包埋胃癌组织中DNA四种提取方法的探讨

目的探讨提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。方法用蛋白酶K消化氯化钠盐析方法、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法、试剂盒方法及改良试剂盒方法,提取石蜡包埋胃癌组织中DNA,进行PCR扩增,应用凝胶电泳成像检出率(检出率=检出数/总例数)比较4种方法提取DNA质量的情况。结果改良试剂盒方法,凝胶电泳成像检出率95.5%(151/158),分别与蛋白酶K消化氯化钠盐析方法15.3%(4/26)、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法8.3%(1/12)、试剂盒方法19.2%(11/57)凝胶电泳成像检出率比较差异有统计学意义(P0.05)。结论 4种提取DNA方法中改良试剂盒方法,是提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。     

一种快速分离纯化外周血细胞线粒体DNA方法的建立

目的探索快速分离纯化人外周血细胞线粒体DNA(mtDNA)的方法. 方法收集抗凝外周血,首先破红细胞,然后裂解白细胞,去除细胞膜和核DNA后获得mtDNA;再经过去除蛋白和RNA,获得纯mtDNA.用PCR扩增人线粒体ND1基因片段,PCR产物经纯化后测序和核苷酸同源性分析.结果用本研究中建立的方法制备的mtDNA纯度高,每毫升抗凝血可获得100ng左右的mtDNA.经过PCR扩增ND1基因433bp片段,较用细胞总DNA为模板,模板用量少,扩增产物多.测序后经核苷酸同源性分析证实扩增片段为ND1基因.结论本研究中建立的快速分离外周血细胞mtDNA的方法,可制备高纯度的mtDNA用于线粒体相关研究.     

甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的三种提取方法比较

为了寻找最佳的自普通10％甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,取我院2000年手术切除的10％甲醛固定石蜡包埋的食管癌标本10例,分别以蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法和不同pH值下加热提取法提取其DNA,然后进行电泳和PCR扩增分析。结果显示,蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法所得DNA产量和质量均高于不同pH值下加热提取法。从而认为蛋白酶K消化氯化钠盐析法简便快捷,不用接触有毒的化学药品,是理想的DNA提纯方法。