Oncology基因芯片表达谱筛选胃癌演进过程中的差异表达基因

目的 在分子水平研究从正常胃黏膜上皮、中度异型增生（mGED）到胃癌演讲过程中的差异基因表达情况。方法 利用基因芯片技术比较筛选正常胃黏膜上皮、中度异型增生与胃癌各12例胃镜标本的差异基因表达。聚合酶链反应(RT-PCR)验证差异基因表达情况。结果 通过t检验和SAM检验筛选差异基因34个,有24个基因在以往的研究中被证实与各类癌症相关,其中6个基因在以往的胃癌研究中被证实与之相关,有10个基因尚未涉及癌症的研究; GO分析结果显示这些基因功能主要涉及细胞外分子结构、分子运动、细胞结构形成、调节细胞活性、细胞粘附、细胞生长发展和凋亡。RT-PCR验证MMP12、CARD14和CHI3L1的mRNA表达水平变化,结果与基因表达谱数据一致。结论 应用基因芯片技术比较筛选出胃癌演化形成过程中的34个显著表达异常基因。通过对这些基因的进一步研究,有望找到准确预测胃癌发生的基因、蛋白或非编码RNA,对提高早期胃癌的诊断率具有现实意义,同时可能找到治疗胃癌的新靶点。     

大肠癌肝转移相关的间质差异表达基因的筛选

目的联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术,构建伴有肝转移的大肠癌原发灶间质组织和不伴肝转移的大肠癌间质组织基因表达谱,从间质中筛选与大肠癌肝转移相关的基因。方法分别对上海市第六人民医院于2008年7月至2010年7月收集的4例伴有肝转移的大肠癌原发灶组织和4例不伴肝转移的大肠癌组织行激光捕获显微切割,获取各自的间质组织。提取微量RNA,结合安捷伦人全基因组表达谱芯片(4×44 K 2.0)技术,构建8例间质组织标本全基因组表达谱,筛选出大肠癌肝转移间质相关基因;选择显著上调及下调的前2位基因行实时定量PCR验证。结果在4对新鲜标本的芯片杂交检测中共筛选出1948条基因发生差异表达,其中上调的有1266条,下调的有682条。对骨膜蛋白(Periostin)/胰岛素样生长因子2(IGF-2)/过氧化物酶体增殖活化受体γ共激活因子(PGC-1)/趋化因子配体21(CCL21)这4个基因的实时定量PCR检测结果与基因芯片筛选的检测结果基本一致。结论联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术成功筛选出大肠癌肝转移间质相关基因,为寻找大肠癌肝转移临床早期诊断的分子标志物和靶向治疗提供坚实的理论基础。     

胃癌差异表达基因及微RNA的研究

胃癌是我国常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展和转移与很多参与细胞生长、增殖、分化等生物过程的基因有关,其中,微RNA(miRNA)可以通过调控胃癌的相关原癌基因及抑癌基因,从而影响胃癌细胞的生长、代谢和凋亡,并影响胃癌的发生、转移及对化疗药物的耐药性和预后。对这些基因及miRNA的研究有助于为胃癌诊断、治疗、评估预后提供新的生物标志物,进而针对不同患者制订个体的治疗方案。     

激光捕获显微切割技术进展与应用

激光捕获显微切割技术能从复杂的组织样品中精确地分离出纯净的单一类型细胞群或单个细胞,是研究组织或细胞特异性表达及其分子机制的常用工具,是21世纪生命科学领域不可缺少的技术。激光捕获显微切割技术现已广泛应用于缺血性脑血管疾病的研究。本文介绍了激光捕获显微切割的原理、分类、发展、应用及展望,并对激光捕获显微切割在脑缺血中的应用作了简要分析。     

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的 分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法 利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-Time PCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-Time PCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论 胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

用激光捕获显微切割联合蛋白质芯片筛选肺鳞癌和腺癌组织差异蛋白

目的 应用激光捕获显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片及支持向量机(SVM)方法筛选肺鳞癌和腺癌差异表达蛋白质,探讨二者在蛋白水平的差异,为筛选肺癌分型标志物提供依据.方法 将6例新鲜肺鳞癌及7例腺癌组织标本用LCM选择性获取1.4×105个同质鳞癌细胞和1.2×105个同质腺癌细胞.经PBS Ⅱ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析鳞癌及腺癌细胞蛋白质表达谱,比对差异峰;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 比较鳞癌和腺癌细胞的SELDI谱图,共筛选出87个蛋白峰.将差异最明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.与腺癌相比,4种蛋白(相对分子质量分别为2505、4004、4847及11 412)在鳞癌中呈高表达;与鳞癌相比,6种蛋白(相对分子质量分别为3333、3592、3848、5036、5191及5211)在腺癌中呈高表达.其中相对分子质量为4847的蛋白在鳞癌和腺癌中表达差异有统计学意义.用SVM建立分类预测模型并评价各模型效能,筛选出一个由3种蛋白质(相对分子质量分别为4847、11 412和3592)组成的分型标志蛋白组合模式,其敏感度和特异度均为100%.结论 肺鳞癌和腺癌在蛋白水平存在差异;LCM联合SELDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺癌分型标志蛋白组合模式.     

LCM技术筛选胃癌相关蛋白质

目的比较分析胃癌与正常胃黏膜组织间差异,筛选与纯化出胃癌相关蛋白质。方法应用冰冻切片、苏木素-伊红染色、甲基绿染色、激光捕获显微切割（LCM）技术,获取高纯度的胃癌组织与正常胃黏膜的腺体组织,提取LCM纯化后组织细胞总蛋白,测定总蛋白浓度。结果快速制作出正常胃黏膜上皮和胃腺癌组织快速冰冻切片和HE病理切片,高纯度纯化胃腺癌细胞（GAC）和正常胃黏膜上皮细胞（NGEC）,得出蛋白定量标准曲线与直线回归方程。结论运用LCM可高纯度筛选胃腺癌差异表达蛋白质,此结果为寻找胃癌早期诊断及治疗的蛋白质分子标志物提供前期基础。     

基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

目的 基于基因表达数据库（GEO）运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因（DEGs）并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络（PPI）,根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱（TCGA）中胃腺癌（STAD）的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果 共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质（ECM）与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调（P<0.05）;而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调（P<0.05）。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌...     

利用基因表达谱芯片筛选卵巢癌相关差异表达基因的研究

目的:探讨VEGF、HE4、YKL-40、OPN、BRCA1基因在卵巢癌发生发展中的作用.方法:采用cDNA芯片技术分别检测13例卵巢癌和5例正常卵巢组织中上述基因cDNA表达谱差异.结果:VEGF、HE4、YKL-40、OPN基因在卵巢癌组织中表达上调;BRCA1基因在卵巢癌组织中表达下调.结论:上述基因与卵巢癌发生及发展关系密切.CDNA基因芯片技术对于探讨卵巢癌分子机制,寻找卵巢癌分子标志物具有重要意义.     

高密度cDNA微阵列技术检测乳腺癌差异表达基因

目的 描绘乳腺癌的基因差异表达谱，以寻找乳腺癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志。方法 用含14000个cDNA克隆的表达微阵列检测乳腺癌组织、乳腺癌旁组织及乳腺非癌组织的mRNA表达，并分析其表达的差异。结果 乳腺癌组织与乳腺非癌组织比较有80个差异表达基因，乳腺癌组织与乳腺癌旁组织比较有57个差异表达基因，乳腺癌旁组织与乳腺非癌组织比较有29个差异表达基因，在乳腺癌组织与乳腺非癌组织和乳腺癌旁组织比较中有14个差异表达基因是一致的。结论 用微阵列技术对乳腺癌的肿瘤相关基因和分子标志作初步探索，为了解中国女性乳腺癌发生发展的分子机制、发展新的诊断和治疗手段提供了信息。     

基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达

目的：在TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型上，采用了基因芯片技术，比较TA2小鼠低转移MA737模型与高转移BCML模型基因表达的差异。以期从基因水平上揭示乳腺癌的转移机制并为进一步寻找其新的防治手段打下基础。方法：采用上海联合基因公司提供的含2048个小鼠cDNA的C57BL-6的基因芯片，研究对象为TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型。同时设TA2小鼠自发乳腺癌MA737模型为实验对照组。结果：筛选出包括与DNA结合，转录和转录因子，蛋白翻译，细胞周期，转移等相关的表达差异有基因共457个，其中210个表达上调，247个表达下调。结论：乳腺癌在转移过程中存在许多基因表达调控的改变，对于相关基因的研究有助于认识乳腺癌转移的分子机制。为进一步探讨乳腺癌的预防提供新的思路与实验依据。     

基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。     

结肠黑变病相关基因的cDNA芯片筛查分析

目的 应用基因芯片技术研究结肠黑变病(MC)和正常成人结肠组织基因的差异表达. 方法 分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将MC组和对照组结肠组织的mRNA分别标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交.通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因. 结果 MC组和正常对照组之间共筛选出93条差异表达基因,其中表达增加的基因有53条(2.0倍以上),表达降低的基因有40条(0.5倍以下). 结论 基因表达谱芯片筛选MC与正常成人结肠组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性.通过筛选所得差异基因提示MC的发病可能涉及细胞增殖、酯类代谢、能量代谢、细胞毒等多种因素,为进一步阐明MC的发病机制提供了新线索.     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的：应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法：按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总ＤＮＡ并纯化ｍＲＮＡ;将４０９６种人类基因ＰＣＲ产物用ＣａｒｔｅｓｉａｎＰｉｘｓｙｓ７５００点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和喉鳞癌组织ｍＲＮＡ分别逆转录合成荧光分子掺入的ｃＮＤＡ－链做探针,混合后杂交上述基因芯片,经严格洗片后用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描仪扫描芯片     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

基因表达谱芯片发现36条喉鳞癌相关基因

目的：研究探讨喉鳞癌发生、发展中相关基因群的表达和初步功能。方法：按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成BioDoor4096型微矩阵表达谱芯片;采用条件优化的一步法抽提喉鳞癌及正常组织总RNA,用Qiagen公司Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和严格洗片后,用SanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析肿瘤及正常组织中差异表达的基因。对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：在4096种基因中,喉鳞状细胞癌与正常组织间存在差异表达的基因。在所检测的4对临床标本中,发现有差异表达的基因36条（0．88％）。生物信息学分析显示,该36条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论：喉鳞状细胞癌的发生、发展中存在多因素表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。