华支睾吸虫分泌蛋白基因（CsCrSP）的克隆和生物信息学分析

目的 筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因，克隆并构建重组表达载体。 方法 对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选，通过BLASTn程序进行序列比对，识别华支睾吸虫新基因，并应用Motifscan，NCBI Conserved Domain Search等程序对其进行结构域及进化树分析。 结果 筛选出华支睾吸虫未知基因Pcs004f03序列，含689 bp；应用Vecter NTI分析，理论相对分子质量（Mr）为21 000，完整的ORF含561 bp，编码187aa。该基因有潜在的糖激化位点、3个N肉豆蔻酰化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、蛋白激酶Ｃ磷酸化位点、cAMP-and cGMP依赖蛋白激酶磷酸化位点。利用软件在线搜索发现在第1～50aa内有一明显的信号肽，初步推断CsCrSP为一种分泌蛋白。结论 CsCrSP基因为华支睾吸虫富含半胱氨酸分泌蛋白基因。     

华支睾吸虫表膜相关蛋白基因的扩增、序列分析和克隆

目的识别华支睾吸虫新基因,并将所发现的华支睾吸虫表膜相关蛋白(tegumental protein ofClonorchis sinensis,CsTP)的cDNA序列克隆到原核载体中,为进一步的研究奠定基础。方法对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序,用在线生物信息学工具进行序列分析,识别CsTP基因,并对其进行同源性、物理性质及结构分析。设计引物,从华支睾cD-NA质粒文库中扩增目的基因cDNA序列,并构建原核重组质粒,相同引物从华支睾吸虫基因组中扩增出CsTP的DNA序列。结果发现CsTP基因,其cDNA完整阅读框含555个碱基,编码184个氨基酸,理论分子量为20.7kDa;其DNA序列含1393个碱基,含有3个外显子、2个内含子。序列分析表明,CsTP蛋白与其它物种的表皮蛋白或膜相关蛋白有一定的同源性。所构建的重组原核表达质粒PGEX-4T-1-CsTP经PCR、双酶切及测序证实与目的基因相符。结论发现华支睾吸虫表膜相关蛋白基因,成功构建其重组原核表达质粒为进一步研究该基因的功能提供了条件。     

华支睾吸虫溶血磷脂酶基因的识别、克隆和序列分析

目的筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因，并将所发现的华支睾吸虫溶血磷脂酶(csLysoPLAH)基因编码区克隆到原核表达质粒PGEX-4T-1和真核表达质粒pcDNA3上，为进一步研究其功能奠定基础。方法对华支睾吸虫cDNA文库进行随机筛选并测序，在NCBI和ExPasy网站上进行序列分析，识别华支睾吸虫新基因，并应用Motifsan、NCBI Conserved Domain Search等程序对其进行结构域分析。根据PGEX-4T-1和pcDNA3上的克隆位点及所发现的csLysoPLAH cDNA编码序列设计引物，进行PCR扩增，扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体PGEX-4T-1和真核表达载体pcDNA3上。构建的PGEX-4T-1-csLysoPLAH、pcDNA3-csLysoPLAH重组表达质粒经PCR、双酶切及测序证实。结果发现csLysoPLAH基因，完整阅读框含708个碱基，编码235个氨基酸，理论分子质量为25．2628ku，理论pI为6．03。序列分析表明，csLysoPLAH编码氨基酸序列与其它物种有较高的同源性，csLysoPLAH具有磷脂酶／羧酸酯酶保守功能域和完整的脂酶保守功能域，并含有丝氨酸酯酶特征性的标签肽(即GXSXG)。所构建的重组原核和真核表达质粒经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。结论发现华支睾吸虫溶血磷脂酶基因，并成功构建原核和真核重组表达质粒。     

华支睾吸虫溶血磷脂酶基因的识别、克隆和序列分析

目的　筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因 ,并将所发现的华支睾吸虫溶血磷脂酶 (csLysoPLAH)基因编码区克隆到原核表达质粒PGEX 4T 1和真核表达质粒pcDNA3上 ,为进一步研究其功能奠定基础。　方法　对华支睾吸虫cDNA文库进行随机筛选并测序 ,在NCBI和ExPasy网站上进行序列分析 ,识别华支睾吸虫新基因 ,并应用Motifsan、NCBIConservedDomainSearch等程序对其进行结构域分析。根据PGEX 4T 1和 pcDNA3上的克隆位点及所发现的csLysoPLAHcDNA编码序列设计引物 ,进行PCR扩增 ,扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体PGEX 4T 1和真核表达载体 pcDNA3上。构建的PGEX 4T 1 csLysoPLAH、pcDNA3 csLysoPLAH重组表达质粒经PCR、双酶切及测序证实。　结果　发现csLysoPLAH基因 ,完整阅读框含 70 8个碱基 ,编码 2 3 5个氨基酸 ,理论分子质量为 2 5 .2 62 8ku ,理论pI为6.0 3。序列分析表明 ,csLysoPLAH编码氨基酸序列与其它物种有较高的同源性 ,csLysoPLAH具有磷脂酶 /羧酸酯酶保守功能域和完整的脂酶保守功能域 ,并含有丝氨酸酯酶特征性的标签肽 (即GXSXG)。所构建的重组原核和真核表达质粒经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。　结论　发现华支睾吸虫溶血磷脂酶基因 ,并成功构建原核和真核重组表达质粒。     

华支睾吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆、表达和序列分析

目的　通过筛选华支睾吸虫成虫 cDNA质粒文库,寻找、识别新基因,并将其编码区克隆到原核表达质粒pGEX 4T 1中,表达出融合蛋白,为进一步研究其功能奠定基础。　方法　用文库通用引物对华支睾吸虫 cDNA 质粒文库进行PCR扩增,对产物为500 bp以上的质粒进行测序,测序结果在NCBI 和ExPasy 网站上进行序列分析,识别华支睾吸虫新基因,并应用ORFfind、ClustalW、NCBI Conserved Domain Search等程序对其进行开放阅读框、进化树及结构域分析。根据 pGEX 4T 1上的多克隆位点及所发现的新基因cDNA 编码序列设计引物,进行PCR 扩增,扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体 pGEX 4T 1 上。构建的重组表达质粒经 PCR、双酶切及测序鉴定,并对鉴定过的重组体进行诱导表达,表达产物经SDS PAGE电泳鉴定。　结果　发现CsGAPDH基因,完整阅读框含1 017 个碱基对,编码339 个氨基酸,理论分子质量单位为37.024 09 ku ,理论pI为6.66 。序列分析显示,CsGAPDH与曼氏血吸虫GAPDH的同源性为78%,具有GAPDH保守功能域。所构建的重组原核表达质粒经PCR、双酶切及测序鉴定与目标基因相符。SDS PAGE电泳显示表达产物在63 ku处有1条特异性条带。　结论　发现华支睾吸虫 GAPDH基因,成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白。     

华支睾吸虫HMGB1同源分子的识别及其进化研究北大核心CSCD

目的识别华支睾吸虫HMGB1同源分子的CDS及其蛋白序列,并分析其进化特征。方法分别用基于麝猫后睾吸虫HMGB1预测序列的5'和3'RACE以及基于华支睾吸虫HMGB1基因组预测序列的PCR法扩增华支睾吸虫成虫来源的cDNA,对扩增产物进行克隆测序,并进行序列的同源性比较和拼接,分析其ORFs,据此对华支睾吸虫成虫来源的cDNA进行PCR扩增验证其转录;构建进化树,对识别出的HMGB1同源分子进行进化分析。结果识别出两个华支睾吸虫HMGB1同源蛋白CDS,大小分别为381和477 bp,二者均在华支睾吸虫成虫转录,产物均一;推测其编码蛋白分别为127和159个氨基酸,其分子序列与血吸虫同源性较高,而与人及其他脊椎动物同源性低。结论成功识别出华支睾吸虫HMGB1同源蛋白CDS序列,为研究其与肝胆管癌发生的关联性和机制奠定了基础。     

华支睾吸虫3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆、表达和序列分析

目的 通过筛选华支睾吸虫成虫cDNA质粒文库，寻找、识别新基因，并将其编码区克隆到原核表达质粒pGEX-4T-1中，表达出融合蛋白，为进一步研究其功能奠定基础。方法用文库通用引物对华支睾吸虫cDNA质粒文库进行PCR扩增，对产物为500bp以上的质粒进行测序，测序结果在NCBI和ExPasy，网站上进行序列分析，识别华支睾吸虫新基因，并应用ORFfind、ClustalW、NCBI Conserved Domain Search等程序对其进行开放阅读框、进化树及结构域分析。根据pGEX-4T-1上的多克隆位点及所发现的新基因cDNA编码序列设计引物，进行PCR扩增，扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体pGEx-4T-1上。构建的重组表达质粒经PCR、双酶切及测序鉴定，并对鉴定过的重组体进行诱导表达，表达产物经SDS-PAGE电泳鉴定。结果 发现CsGAPDH基因，完整阅读框含1017个碱基对，编码339个氨基酸，理论分子质量单位为37．02409ku，理论pI为6．66。序列分析显示，CsGAPDH与曼氏血吸虫GAPDH的同源性为78％，具有GAPDH保守功能域。所构建的重组原核表达质粒经PCR、双酶切及测序鉴定与目标基因相符。SDS-PAGE电泳显示表达产物在63ku处有1条特异性条带。结论 发现华支睾吸虫GAPDH基因，成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白。     

华支睾吸虫糖基转移酶基因全长序列的克隆和生物信息学分析

目的分析和预测华支睾吸虫囊蚴全长cDNA质粒文库中编号为cs091c06的糖基转移酶基因EST序列结构和功能特征及其编码蛋白的理化性质,预测该基因的生物学意义和应用前景。方法利用NCBI网站和ExPaSy等生物信息学在线分析工具和Vector NTI suite等软件包,分析华支睾吸虫囊蚴全长cDNA质粒文库中cs091c06的EST序列及编码蛋白的理化性质、结构与功能特征。结果 BLASTx工具分析该EST序列是糖基转移酶的同源基因,序列全长为1 402bp,其完整的编码框为37～1 011bp,编码325个氨基酸。Target P和Signal P软件预测该编码氨基酸前30个氨基酸是分泌信号肽,蛋白的理化性质较稳定。蛋白质一级结构扫描发现两个糖基转移酶的保守功能区分别位于67～178aa和69～253aa,且在该基因的N端发现明显的蛋白质糖基化位点,分别位于76～79aa和190～193aa。在该基因的氨基酸序列中,共发现8个B细胞表位和6个T细胞表位。RT-PCR结果显示,该基因在华支睾吸虫成虫阶段高表达,囊蚴和虫卵阶段低表达。结论华支睾吸虫糖基转移酶基因与多个物种同源,编码蛋白可能是华支睾吸虫重要的虫体分泌排泄抗原成分;阶段特异性表达特征提示该基因很可能参与华支睾吸虫重要虫源蛋白糖基化过程,可作为华支睾吸虫病疫苗候选分子和药物靶标。     

华支睾吸虫Rap2B样基因的生物信息学分析及其克隆、表达

目的从华支睾吸虫cDNA文库中筛选Rap2B样基因并分析其结构和功能,初步进行克隆和表达纯化,为进一步研究其功能奠定基础。方法利用多种生物信息学分析软件,分析华支睾吸虫Rap2B蛋白的拓扑学结构、生物学和免疫学功能特征。设计引物,从华支睾cDNA质粒文库中扩增目的基因cDNA序列,构建原核重组质粒并初步表达纯化。结果华支睾吸虫Rap2B样基因长度为847bp,其全长编码序列为426bp,编码141个氨基酸,理论分子量是15851.1。重组的原核表达质粒pET-28a(+)-Rap2B经PCR、双酶切及DNA测序结果均表明重组质粒构建成功。该基因在大肠杆菌中能高效表达。经His亲和层析柱获得了纯化的重组蛋白,Western blotting证实Rap2B重组蛋白能被感染华支睾吸虫的大鼠血清识别。结论华支睾吸虫Rap2B蛋白经生物信息学预测为ras原癌基因家族成员,可能在华支睾吸虫致癌过程中有一定作用。该基因可在原核表达系统中高效表达,并得到了纯化的重组蛋白,为进一步研究该蛋白的功能以及在致病尤其是可能促发肿瘤的作用方面奠定一定基础。     

华支睾吸虫19kDa分泌型蛋白(CsSP19)基因的克隆、表达与免疫学功能研究

目的对一个新发现的华支睾吸虫分泌型蛋白的未知基因,进行克隆表达和重组产物的免疫学鉴定,确定其免疫学功能。方法利用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫全长cDNA质粒文库中发现一个编码分泌型蛋白的新基因（克隆号Cs004f03）,将去除信号肽序列的编码序列克隆到原核表达质粒pET-28a（＋）中,IPTG诱导表达,产物经亲和层析纯化,并制备大鼠免疫血清,Western-blot方法分析其抗原性和分泌性。结果CsSP19开放阅读框（ORF）有564bp,编码188个氨基酸,理论分子量为21.2kDa,成熟肽的理论分子量为19kDa。该基因的成熟肽编码区在大肠杆菌中可获得高表达,重组蛋白能被华支睾吸虫病人血清所识别,同时,重组蛋白免疫血清也能识别华支睾吸虫分泌排泄抗原中分子量约19kDa的蛋白条带。结论CsSP19蛋白是华支睾吸虫分泌排泄抗原中一个有潜在诊断价值的分泌蛋白。     

生物信息学分析亚洲牛带绦虫乳酸脱氢酶基因及其蛋白的结构与特性

目的分析和预测亚洲牛带绦虫(Taeniasaginata asiatica,Ta)乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)基因及其编码蛋白的结构和特性,以指导其生物学功能的实验研究。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NC-BI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白序列、结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如DNAman和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别乳酸脱氢酶(TaLDH)基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象,酶的活性中心在拓扑结构和空间构象中的位置分布等。结果该基因全长1285bp,编码区为92bp-1084bp,编码331个氨基酸,其推导氨基酸序列与其它物种乳酸脱氢酶氨基酸序列一致性达50%左右,具有乳酸脱氢酶保守结构域。其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是35268.9Da和8.03。其编码的蛋白有3个跨膜区、没有其它亚细胞定位序列。α螺旋(H)、β折叠(E)和无规卷曲(L)的比例分别是36.56:22.96:40.48,L-乳酸脱氢酶活化位点,位于189-195aa,TaLDH氨基酸序列中有16个潜在抗原表位,酶催化位点的关键氨基酸在不同物种中保守,在空间结构中3个关键氨基酸相互靠近。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TaLDH的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息。     

日本血吸虫分泌蛋白基因Sjsp16的克隆与表达

目的　克隆和表达日本血吸虫新的分泌蛋白Sjsp16的编码基因。　 方法　根据EST测序的结果设计引物 ,从含有Sjsp16基因的cDNA克隆中扩增得到该编码基因 ,亚克隆入原核表达载体 pET2 8中表达 ,然后用生物信息学的方法对蛋白结构功能进行预测。　结果　成功克隆和表达了日本血吸虫分泌蛋白基因Sjsp16,生物信息学分析提示该基因编码蛋白的N端带有一个信号肽序列 ,是一个分泌蛋白 ,含有一个ML功能结构域 ,具有 4种潜在的功能作用位点 ,即 1个N 糖基化位点、3个蛋白激酶C磷酸化位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和 3个肉豆蔻酰化位点。　结论　Sjsp16基因编码蛋白为具有脂质识别和结合功能的分泌蛋白 ,可能为潜在的血吸虫病药物靶点或疫苗候选分子。     

单核细胞增多性李氏杆菌TA分离株P60基因的克隆与表达

目的对单核细胞增多性李氏杆菌TA分离株入侵相关蛋白P60基因进行克隆、测序和表达。方法利用PCR方法扩增P60基因,克隆入T载体中进行测序,并亚克隆到大肠埃希菌表达载体pET28a中进行诱导表达。结果该基因全长1122bp,编码374个氨基酸,其中前25个氨基酸残基构成信号肽序列。与GenBank已经报道的5个不同分离株P60基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分别在96.4%～99.6%和97.1%～99.8%之间。在推导的P60蛋白氨基酸序列中,存在9个潜在的N-联糖基化位点,5个Thr-Asn重复序列区,Thr占所有氨基酸残基的16.3%。重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE电泳可检测到分子质量单位为45.6ku的重组蛋白,Western blot分析表明重组蛋白为特异的。经凝胶薄层扫描,重组蛋白表达量可占菌体蛋白的31.6%。结论成功克隆和表达了单核细胞增多性李氏杆菌TA分离株P60基因。     

日本血吸虫肌动蛋白轻链基因的获得和分析

目的运用表达序列标签(expressedsequencetag,EST)技术,从日本血吸虫成虫cDNA文库中筛选和鉴定日本血吸虫新基因,为寻找日本血吸虫新的候选疫苗奠定基础。方法转化日本血吸虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,获得EST;用NCBI站点的GenBank对所获得的新基因序列进行同源性检索;利用BLAST程序对同源性高的基因进行核苷酸和氨基酸水平的同源性比较;并利用pcgene软件对其蛋白质结构进行初步分析。结果发现xzw00081克隆的cDNA序列为日本血吸虫新基因并获得GenBank登录号(AY225851)。该cDNA序列与曼氏血吸虫肌动蛋白轻链基因高度同源,核苷酸水平的同源性为84%;氨基酸水平的同源性为86%;编码蛋白的理论相对分子质量为1053888,等电点为696;抗原表位可能位于氨基酸序列158～184处。结论用EST寻找日本血吸虫新基因是一种可行的方法,所筛选到的日本血吸虫新基因长374bp,编码88个氨基酸,与曼氏血吸虫肌动蛋白轻链基因高度同源,为进一步研究该基因的全序列及功能作准备。     

Characterization, mapping, and expression of the human ceruloplasmin gene.

Ceruloplasmin (CP) is a copper-binding protein in vertebrate plasma. It is the product of an intragenic triplication and is composed of three homologous domains. Oligonucleotide probes constructed according to published amino acid sequences were used to identify cDNA clones encoding human CP. Two clones, CP-1 and CP-2, differed from each other by the presence or absence, respectively, of a deduced sequence of four amino acids. The two clones provided 81% of the sequence encoding CP. Comparison of the nucleotides of the three domains of the CP coding sequence revealed internal domain homology with identity of sequences ranging from 50.1% to 56%. The nucleotide sequence of CP-2 cDNa was compared to that of a homologous human protein, clotting factor VIII, and was found to be 48% identical overall. The CP gene was mapped to human chromosome 3 by somatic-cell-hybrid analysis and to 3q25 by in situ hybridization; however, sites of hybridization to DNA on other chromosomal sites suggested additional CP-like DNA sequences in the human genome. A DNA polymorphism was detected with CP cDNA after endonuclease digestion of human DNA by Pst I. CP mRNA was detected in human liver, macrophages, and lymphocytes by in situ histohybridization.     

旋毛虫成虫期特异性基因的筛选与序列分析

目的　获得旋毛虫成虫期特异性基因序列。方法　应用旋毛虫成虫期特异性探针对成虫cDNA文库进行杂交筛选、克隆测序及核苷酸序列数据库 (GenBank)查寻比较 ,采用DNAstar软件进行基因序列分析。结果　利用消减杂交 (subtractedhybridization)获得的旋毛虫成虫期特异性探针筛选成虫cDNA文库 ,获得一个长 16 2 9bp的基因。其开放阅读框架由 146 4个核苷酸组成 ,编码 487个氨基酸。序列分析表明 ,该序列是一个尚未见报道的旋毛虫基因序列 ,在 2 0 7～ 2 70位氨基酸间存在两个锌指结构 ,在 5 2～ 6 4,10 8～ 116 ,137～ 16 3,2 2 6～ 2 6 0位氨基酸处存在预测的抗原表位。结论　获得旋毛虫成虫期特异性基因 ,其编码的蛋白具有一定的抗原表位     

华支睾吸虫CsSCCRO基因的克隆表达和蛋白纯化

目的原核表达华支睾吸虫鳞状上皮癌相关肿瘤基因(SCCRO)全长编码区序列,获得纯化的重组蛋白,为进一步功能研究做好准备。方法用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫全长cDNA文库中识别出与人鳞状上皮癌相关基因的同源序列及其全长编码区,将其编码区序列克隆到原核表达载体PET-30a(+),测序鉴定重组质粒,在大肠杆菌BL-21/DE3中用IPTG诱导表达,重组产物用His-镍蛋白纯化柱纯化。结果华支睾吸虫鳞状上皮癌相关基因长度为1 218bp,其全长编码序列长度为780bp,编码259个氨基酸,1-22位为分泌信号肽,在羧基端有一个高度保守的区域。该基因在大肠杆菌中得到了高效的可溶性表达,重组蛋白达总蛋白的39%,纯化后的重组蛋白纯度可达98%。结论鳞状上皮癌相关基因的PET-30a(+)原核重组质粒在大肠杆菌BL-21/DE3中可以稳定高效地表达可溶性蛋白。