局限性前列腺癌的立体定向放疗

体外放疗是治疗局限性前列腺癌的主要手段之一,目前临床上普遍采用的是常规分割放疗,但有研究表明前列腺癌对超低分割放疗即立体定向放疗(SBRT)也具有高度敏感性,增加放疗剂量可以明显提高肿瘤局部控制率。根据目前的研究来看,在局限性前列腺癌放疗效果方面,SBRT的治疗效果不亚于常规分割放疗;在放射毒性方面,SBRT在治疗后较...     

数据库挖掘法高通量筛选分析前列腺癌相关基因

背景与目的:发现并研究前列腺癌与正常前列腺组织差异表达的基因,不仅可帮助阐明前列腺癌分子病理学机理,而且可提供有价值的诊断及治疗的肿瘤标志物。越来越多的肿瘤基因表达信息被收集在美国癌症基因组解剖计划(CGAP)数据库,给肿瘤研究者提供了一个前所未有的机会去挖掘筛选肿瘤差异表达基因。本研究探讨利用这些公用信息及分析软件去分析挖掘前列腺癌差异表达基因的可行性及具体筛选方法。方法:通过选择合理的数据库及统计参数,利用分析软件SAGEDGED及cDNADGED获得在前列腺癌组织相对正常组织差异表达超过5倍的SAGE标签及cDNA,完成SAGE标签对基因的确认后根据我们制定的筛选原则进行标签筛选;最后通过UniGene、OMIM及Pub/Med等数据库注释候选基因的主要功能及与前列腺癌的关系。结果:通过SAGEDGED得到53条差异表达基因,其中26条为前列腺癌上调表达,27条下调表达。通过cDNADGED得到28条差异表达基因,其中15条前列腺癌上调表达,13条下调表达。结论:合理利用公用生物信息学资源,联合多数据库挖掘肿瘤相关基因是一个简单而可行的方法,可以给进一步的生物学实验以大量的提示。     

术后放疗对前列腺癌根治术患者预后影响的荟萃分析

[目的]对前列腺癌根治术后患者术后放疗的有效性和安全性进行系统评价。[方法]计算机检索PubMed、EMBASE、Cochrane Library、CBM、CNKI、VIP2010年6月份之前发表的有关术后放疗治疗前列腺癌的随机对照试验,有2位研究员独立对纳入文献进行质量评价和数据提取,用RevMan5.0软件统计分析。[结果]共纳入4篇随机对照试验共计1778例患者,Meta分析结果显示:前列腺癌根治术联合术后放疗与单纯的前列腺癌根治术治疗前列腺癌在总生存时间(HR=0.88,95%CI:0.67～1.14)方面差异无统计学意义,但在生化无进展生存时间(HR=0.47,95%CI:0.40～0.56)方面差异有统计学意义。[结论]当前证据表明术后放疗可以提高前列腺癌根治术患者的生化无进展生存时间,但是并不能提高患者的总生存时间。     

放疗敏感性不同宫颈癌组织的蛋白质组学比较研究

目的:比较放疗敏感性不同的早期宫颈癌组织之间蛋白质组的差异,为确定宫颈癌放疗敏感性相关标志物提供依据。方法:收集进行治疗前的早期宫颈癌组织标本。根据放疗后WHO实体瘤疗效判断标准,选择其中对放疗敏感和不敏感的标本分为高敏感组和低敏感组。提取组织总蛋白,进行双向凝胶电泳得到凝胶图谱,采用PD-quest 7.0软件进行匹配和差异分析,识别两组之间表达差异蛋白点。将部分差异蛋白点进行胶内原位切割、酶解后进行MALDI-TOF-MS分析,获取肽质量指纹图,数据库搜索鉴定蛋白质。应用Western印迹技术验证筛选的部分差异表达蛋白的表达。结果:建立了分辨率高、重复性好的宫颈癌放疗高敏感组和低敏感组的双向凝胶电泳图谱。高敏感组蛋白点(754±64)个(n=5),低敏感组蛋白点(777±48)个(n=5),组间平均匹配率为87.6%。选择部分差异在2倍以上的蛋白斑点进行质谱分析,8个差异表达蛋白被成功鉴定,其中5个蛋白质在高敏感组高表达,3个蛋白质在高敏感组低表达。Western印迹结果与蛋白质组筛选结果基本一致。结论:放疗高敏感组和低敏感组宫颈癌组织间存在蛋白表达的差异,这些差异表达的蛋白可能与放疗敏感性有关。     

基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗抵抗差异表达基因

目的 探讨基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗残留癌组织与放疗前宫颈癌组织的差异表达基因。方法 收集接受根治性放疗的宫颈癌患者3例,分别获取放疗至50 Gy残留癌组织和放疗前癌组织,通过基因表达谱芯片筛选出放疗前后的差异表达基因,应用荧光定量PCR对部分基因进行验证。结果 基因表达谱芯片检测显示,放疗后残留癌组织表达上调3倍以上的基因有111个,表达下调3倍以上基因有127个。这些基因主要涉及DNA损伤修复、细胞周期调控、细胞粘附、细胞凋亡及自噬、细胞能量代谢、血管生成以及细胞信号转导等功能。荧光定量PCR证实CXCL12、CD74、FGF7、COL14A1、ATM和CD44基因在放疗后表达明显上调（P＜0.05）,而PRC1、RAD54L基因在放疗后表达明显下调（P＜0.05）。结论 基因表达谱芯片能筛选出宫颈癌放疗抵抗差异表达基因,为放疗敏感性的研究提供参考。     

探索并验证治疗转移性前列腺癌的化学药物

目的:运用生物信息学技术探索转移性前列腺癌的关键基因及作用于关键基因的化学药物,并通过实验验证化学药物的治疗效果。方法:使用生物信息学技术及相关工具对GEO数据集GSE27616、GSE38241、GSE168718中转移性前列腺癌和非转移性前列腺癌的基因表达数据进行差异表达分析,使用STRING数据库、Cytoscape软件和人类蛋白表达图集（HPA）获取较差预后相关的关键基因,使用比较毒理学数据库（CTD）对关键基因的互作化学药物进行集合重叠分析。使用CCK-8法、平板克隆形成实验验证关键化学药物的效果。结果:差异表达分析获得差异表达基因共105个,其中下调基因79个,上调基因26个。 STRING数据库、 Cytoscape软件、人类蛋白表达图集（HPA）生存分析结果显示6个基因在前列腺癌组织中高表达且与较差预后有关（P＜0.05）。 使用CTD数据库分析较差预后相关基因,得出8个关键化学药物,通过CCK-8法、平板克隆形成实验最终证实1,2,4-苯三酸酐、环氧化苯并芘、达沙替尼、曲格列酮和舒尼替尼5种药物具有抑制转移性前列腺癌细胞系增殖的作用。结论:1,2,4-苯三酸酐、环氧化苯并芘、达沙替尼、曲格列酮和舒尼替尼5种化学药物能够抑制转移性前列腺癌细胞的增殖,为临床治疗转移性前列腺癌提供候选药物。     

肿瘤放射敏感性影响因素的研究进展

目的:总结肿瘤放射敏感性影响因素与调节机制及其目前研究进展.方法:应用NCBI的PubMed和CHKD期刊全文数据库检索系统,以“放射敏感性、肿瘤和放疗”等为关键词,检索1999-01-2011-11相关文献1 209篇,纳入标准:1)放射敏感性相关因素;2)放射敏感性调节机制的研究;3)影响放射敏感性的药物、方法与增敏治疗.根据纳入标准符合分析的文献40篇.结果:肿瘤放射敏感性主要与肿瘤细胞固有的内在敏感性及肿瘤细胞微环境相关,目前已知与放射敏感性差异相关的因素包括细胞乏氧、细胞周期、DNA损伤修复和细胞凋亡等.与辐射生物效应过程相关的各种基因变异、基因多态性及袁观修饰,都可造成放射敏感性的差异.结论:研究肿瘤放射敏感性,对临床预测放疗疗效及肿瘤个体化治疗有重要意义.     

前列腺癌患者血清中淀粉样蛋白A的测定及意义

目的:利用质谱技术和生物信息学方法从前列腺癌患者血清中筛选并鉴定血清淀粉样蛋白A(SAA).方法:应用SELDI技术检测前列腺癌差异蛋白的表达变化,筛选11.1～11.9kD的一簇蛋白峰.采用HPLC技术分离该蛋白,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析得到相应的肽质指纹图谱,然后搜索数据库鉴定部分差异蛋白质点.结果:分析显示11.1～11.9kD的一簇蛋白峰在前列腺癌患者血清中明显高于对照组,该蛋白峰的表达水平与前列腺癌患者的临床分期密切相关,随着病情的加重而逐渐升高.HPLC结合MALDI技术鉴定出芯片上该簇蛋白峰为SAA,并得到ELISA方法的验证.结论:质谱技术可作为检测前列腺癌生物标记的方法,具有易操作、敏感性高的特点.本研究发现的这组蛋白标记物可能对前列腺癌的诊断及疗效观察具有潜在的应用价值.     

前列腺癌的放射治疗

放疗是前列腺癌的重要治疗手段之一，早期前列腺癌放疗可达到根治目的；局部晚期前列腺癌的治疗则采取放疗为主结合内分泌手段的治疗方法；已远处转移的前列腺癌放疗也可取得减轻症状、改善生存质量的目的。文章就前列腺癌放疗方面的相关问题进行综述。     

放疗加内分泌治疗前列腺癌的临床病理分析

目的:分析放疗加内分泌治疗对前列腺癌的治疗效果。方法:回顾性分析62例前列腺癌患者放疗加内分泌治疗的临床资料。内分泌治疗采用加抗雄激素治疗联合雄激素阻断治疗,放疗采用IMRT技术。结果:放疗加内分泌治疗前列腺癌的有效率为83.9%,患者的血清PSA降至正常范围,由平均(89.50±59.65)ng/mL降至(2.81±1.09)ng/mL,下降极其明显(P<0.01),不良反应发生率为17.7%,显示出较好的治疗疗效。结论:放疗加内分泌治疗前列腺癌疗效满意,不良反应小,是前列腺癌综合治疗的有效手段,值得在临床推广应用。     

基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。     

长链非编码RNA在喉乳头状瘤中的表达及功能分析

目的:分析喉乳头状瘤（laryngeal papilloma,LP）中长链非编码 RNA(long chain non-coding RNA,lncRNA)的差异表达谱并预测其靶基因,为喉乳头状瘤的治疗及预防提供新的思路及靶点。方法:用RNA-seq技术对喉乳头状瘤组织及瘤旁组织测序,以差异倍数（FC）作为标准筛选差异表达lncRNAs,分析并提取10 kb范围内lncRNA顺式调控靶标基因,并进入基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析其生物学功能及参与信号通路等。结果:共筛选出227个差异表达基因(Log2FC≥2或≤0.5,P<0.05),其中高表达的上调基因76个(33%)、下调基因151个(67%)。满足位置要求和共表达关系的lncRNA顺式调控靶标基因共有44个,并进入GO和KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因GO BP显著富集在信号传导,KEGG通路显著富集在MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。结论:lncRNA差异表达及其靶基因以及相关信号通路可能与喉乳头状瘤复发及其癌变密切相关。     

前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的筛选及其临床意义

目的：基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法：筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌mRNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药mRNA芯片数据GSE33455进行差异表达分析;通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路;比对TCGA数据库,验证差异表达基因在前列腺癌组织及癌旁组织中的表达,并通过Kaplan-Meier分析差异表达基因对前列腺癌患者生存率的影响;用qPCR方法验证差异表达基因在前列腺癌细胞株PC3及多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中的表达情况。结果：共筛选出227个在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞芯片数据中共同差异表达基因。差异表达基因主要富集到了癌症相关通路（Lysosome、Sphingolipid、FoxO、Acute myeloid leukemia）,并主要参与细胞黏附、自噬和胞内蛋白转运等生物学过程。构建PPI网络选取18个连接度最高的基因作为Hub基因。Hub基因和共同差异表达基因中,上调基因CITED2、LRP12和RPL17-C18orf32与前列腺癌患者的不良预后显著相关。qPCR验证显示CITED2在多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中高表达。结论：通过生物信息学方法筛选出在前列腺癌组织和耐药细胞中共同差异表达,且与前列腺癌患者的不良预后密切相关的基因,为前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的研究提供了新的思路。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

miR-218在子宫颈癌组织中的表达及预测的靶基因的生物信息学分析

目的 探讨miR-218在子宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-218在子宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础.方法 利用miRNA芯片技术检测3份子宫颈癌组织及3份正常子宫颈组织中miRNA表达谱,用实时定量聚合酶链反应（PCR）法在55例子宫颈组织中进行验证.通过生物信息学预测miR-218的靶基因,并对其靶基因进行基因本体（G0）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析.结果 芯片结果显示子宫颈癌组织中有15个miRNA表达上调（＞2倍）,10个miRNA表达下调（＜0.5倍）,其中miR-218下调最明显.miR-218预测靶基因集合功能富集于生物学调控、蛋白代谢、细胞迁移和黏附、细胞分化等生物学过程,以及蛋白结合、连接酶活性等分子功能上;KEGG通路分析涉及癌通道、黏附连接、胰岛素信号通路、凋亡等信号转导通路及前列腺癌、急性和慢性髓系白血病等疾病通路.结论 miR-218在子宫颈癌组织中呈低表达,miR-218预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中.     

PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响及其作用机制

目的:探究聚二磷酸腺苷核糖多聚酶1［poly (ADP-ribose) polymerase 1,PARP1］对黑素瘤细胞克隆形成的影响及可能的作用机制。方法:在黑素瘤A2058细胞系中利用小干扰RNA干涉PARP1表达水平,利用平板克隆形成实验观察干涉PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响。提取PARP1干涉片段及对照片段转染细胞的总RNA进行全基因组表达谱芯片检测。Realtime RT-PCR对部分差异性基因进行验证。应用DAVID数据库对差异性基因进行GO及KEGG通路富集分析。Realtime RT-PCR对富集分析结果中可疑靶基因进行验证。结果:干涉PARP1表达可显著抑制黑素瘤细胞克隆形成。全基因组芯片结果显示干涉PARP1表达可引起128个基因表达上调,77个基因表达下调。通过Realtime RT-PCR对部分差异表达基因进行验证,结果表明与芯片筛选结果一致。GO和KEGG富集分析结果显示PARP1调控的差异性表达基因在生物学功能及参与的信号通路中存在部分交集,即MAPK信号通路及其正向调控机制。双特异性磷酸酶5（DUSP5）作为MAPK通路中的抑制分子,Realtime RT-PCR证实干涉PARP1可促进其表达水平升高。结论:干涉PARP1可能通过促进DUSP5表达从而抑制MAPK信号通路活性,进而发挥抑制黑素瘤细胞克隆形成的作用。     

胃癌基因表达谱芯片差异基因的生物信息学分析

目的：筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为寻找有价值的胃癌分子标志物提供依据。方法：从GEO数据库下载5个胃癌基因芯片数据集：GSE35809、GSE54129、GSE79973、GSE66229和GSE51105。合并5个数据集中的样本,去除数据集间的批次效应,对合并后的基因表达数据进行标准化,并通过主成分分析监测数据标准化情况。利用R语言中的limma包筛选胃癌组织和正常组织中表达差异的基因。利用DAVID数据库对胃癌发生发展过程中的差异基因进行功能富集分析,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的相互作用网络并进行可视化。结果：总共筛选出1 205个差异基因,包括480个上调基因,725个下调基因。差异基因的生物学功能主要富集于细胞-细胞信号传导、炎症反应的调节、细胞粘附、细胞凋亡和离子的跨膜转运。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、NF-κB信号通路。通过构建蛋白质相互作用网络筛选出了CENPE、KIF15、MELK、KIF2C、CENPF、KIF11、NUSAP1、UBE2C、TTK、AURKB、DLGAP5、TOP2A等29个Hub基因。结论：通过合并不同数据集,利用生物信息学方法筛选出胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为胃癌的诊疗提供新的候选标志物。     

基于数据挖掘分析KIF14与SSK1在卵巢癌组织中的表达及临床意义

目的:应用生物信息学方法挖掘卵巢癌的相关基因,探讨其表达情况及临床意义,为卵巢癌的诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE23391、GSE18520和GSE54388,利用其在线分析工具GEO2R筛选卵巢癌的差异表达基因（DEGs）。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白互作网络和关键基因模块,挖掘卵巢癌靶基因。利用Oncomine在线分析网站,分析癌症公共数据基因组中卵巢癌KIF14及SSK1 mRNA的表达信息,利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:共筛选出251个DEGs,富集分析显示差异基因在减数分裂、丝氨酸/苏氨酸代谢、启动DNA复制、细胞衰老等方面富集。筛选获得22个DEGs均呈高表达,其中KIF14与SSK1的表达水平与卵巢癌的FIGO分期及总生存率明显相关。结论:本研究通过生物信息学挖掘,发现KIF14与SSK1基因在卵巢癌组织中呈高表达,并且与卵巢癌的预后关系密切,具有指导意义。     

非小细胞肺癌关键基因的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法挖掘非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片数据,筛选并验证与NSCLC发生和预后相关的关键基因.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载芯片数据(GSE101929和GSE27262).采用GEO2R在线工具筛选癌组织和癌旁组织中的差异表达基因(DEGs);...     

基于生物信息学分析的结肠癌枢纽基因筛选及调控网络构建

目的:联合多种生物信息学分析方法筛选结肠癌枢纽基因,进一步对枢纽基因进行分析并构建调控网络,以期探索结肠癌的发病机制。方法:从GEO基因芯片数据库筛选结肠癌组织的基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),对差异基因进行Gene Ontolog(GO)分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建等。结果:共纳入2个结肠癌GEO数据集（GSE41258和GSE44076）,筛选出在这2个数据集中有交集的差异表达2倍以上的基因120个,其中表达上调的基因29个,表达下调的基因91个。对上述120个差异表达基因进行KEGG通路分析发现近端小管碳酸氢钠回收、氮素代谢、胰液分泌、PPAR信号通路等与结肠癌的发生密切相关。利用STRING及Cytoscape软件筛选得到包括趋化因子1（CXCL1）、基质金属蛋白酶1 （MMP1）、MMP7等在内的10个调控结肠癌发生的枢纽基因,进一步在TCGA数据库中验证这些基因的表达。结论:通过生物信息学方法有效地筛选出与结肠癌发生密切相关的枢纽基因,为进一步研究其机制提供了理论依据。