单核苷酸多态性在复杂性状疾病易感基因研究中的应用

大多数常见病都是一些复杂性状的遗传病,致病机制是由多个遗传易感基因与环境因素相互作用所致.目前认为一些常见的遗传变异,主要是指单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与复杂性状疾病的易感有关.本文在以下几个方面对SNPs与复杂性状疾病易感基因研究的策略和方法学问题作了较为详细的综述:(1)SNP特点及其有关网上资源;(2)对直接测序法、单碱基延伸法、TaqMan法、基于实时动态荧光(动力学)PCR的等位基因特异扩增法,变性高效液相色谱(DHPLC)法和OLA/PCR 的SNPs基因分型方法的原理、通量和优缺点进行了比较;(3)SNPs与复杂性状疾病易感基因关联研究的策略.     

单核苷酸多态性与复杂性状疾病

单核苷酸多态性(SNPs)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性,频率大于1%.SNPs在人类基因组中广泛存在,并通常以二等位基因的形式出现,便于进行大规模和高通量分析,因此是继限制性酶切长度多态性(RFLP)和微卫星之后的第三代遗传标记.SNPs在生物学诸多领域具有广阔的应用前景.本文简要叙述了SNPs与复杂性状疾病(如肿瘤、高血压、糖尿病等)的关系,以及SNPs在复杂性状疾病的致病基因定位、发病机制的阐明、个体化用药和药物设计等领域的应用.     

单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态性（ＳＮＰ）是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种ＤＮＡ序列多态性。ＳＮＰ现象在人类基因组中广泛存在,并具有很高的信息含量。目前已发现数万个ＳＮＰ标记,且有多个生物医学网站开辟了专页对其加以介绍。随着对ＳＮＰ检测和分析技术进一步发展,尤其是与ＤＮＡ芯片等技术的结合,它已成为第三代遗传标记,初步满足对疾病相关基因定位研究的需要,尤其是对多基因遗传病高精度基因定位的要求,并将最终     

单核苷酸多态性及其在2型糖尿病易感基因筛选中的应用

2型糖尿病 (type 2diabetesmellitus,T2DM)是一种常见的具有明显异质性的多因素、多基因遗传病。虽然其遗传方式和发病机制十分复杂 ,其发病机制至今还不明确 ,但环境与遗传因素的交织作用共同促成了T2DM的发生已经成为医学界的共识。研究T2DM易感基因有助于它的防治。近年来作     

纳米金检测单核苷酸多态性的应用进展

单核苷酸多态性(single nucleoride polymorphism,SNP)与疾病发生的关系的重要性日益受到重视,探讨SNP与各种疾病发生的相关性研究已见于大量报道。传统的检测SNP的方法操作复杂,费时费力,假阳性高,新的SNP检测方法不断出现并应用。纳米金法是目前较为成熟的检测技术,文中介绍几种常见的SNP检测方法。     

布依族XRCC1基因单核苷酸多态性及其组合型分析

目的 分析布依族人群DNA修复基因XRCC1 C26304T、G27466A与G28152A单核苷酸多态性及其等位基因频率与组合分布特征。方法 获取自然人群个体布依族192例血白细胞基因组DNA，利用PCR扩增限制性酶切法（PCR—RFLP）检测XRCC1 C26304T、G27466A与G28152ASNPs。结果 XRCC1 C26304TSNPs基因型分布CC、CT、TT分别为64．6％、28．6％、6．8％，C、T等位基因频率分别为78．7％、21．3％。XRCC1G27466ASNPs基因型分布GG、GA、从分别为85．9％、12．5％、1．6％，G、A等位基因频率分别为91．7％、8．3％。XRCC1G28152ASNPs基因型分布GG、GA、从分别为55．2％、37．0％、7．8％，G、A等位基因频率分别为73．7％、26．3％。本研究发现XRCC1基因C26304T和G28152A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为CC＋GG60例（31．2％）；C26304T和G27466A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为CC＋GG98例（51．0％）；G28152A和G27466A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为GG＋GG88例（45．8％）。结论 本研究揭示了布依族人群XRCC1基因3位点的单核苷酸多态性、基因型及其组合分布特征，为进一步研究该基因SNPs与其生理功能和疾病的关系提供基础资料。     

单核苷酸多态性分析在近交系大鼠遗传检测中的应用

目的 研究SNP在近交系大鼠遗传检测中的应用.方法 选取大鼠20号染色体MHC所在P12区上的9个SNP位点,应用新建立的高保真酶特异性检测SNP基因分型技术对五种常用近交系大鼠(BN、F344、WKY、LEW 、SHR)和两种新培育近交系大鼠(MIJ和HFJ)进行SNP多态性分析.结果 五种常用近交系的SNP检测结果与Rat Genome Database网站提供的基因型数据一致,并检测确立了新品系的SNP基因型.同时绘制出七种近交系大鼠在该9个SNP位点的遗传扩增图谱.结论 运用所筛选的9个SNP位点进行大鼠多态性分析,能够快速、可靠地对BN、F344、WKY、LEW、SHR及MIJ、HFJ进行遗传监测.     

XPC、XPG基因单核苷酸多态性与肿瘤遗传易感性关系的研究进展

肿瘤的发生是多基因参与、多因素作用的复杂过程,是基因-基因、基因-环境的交互作用导致的结果。XPC、XPG基因是DNA损伤修复系统中核苷酸切除修复途径的核心基因,这2个基因存在单核苷酸多态性,影响个体患肿瘤的遗传易感性,并与相关环境暴露因素存在交互作用,影响肿瘤的患病风险。XPC、XPG基因单核苷酸多态性的研究结果对评价遗传与环境因素对肿瘤的危险性、阐明肿瘤发生的分子遗传学机制、明确肿瘤高危个体以及肿瘤早期诊断和治疗等有重要意义。     

双向等位特异PCR技术及其在单核苷酸多态性研究中的应用

目的：建立双向等位特异PCR体系,并将其应用于单核苷酸多态性（SNP）研究工作。方法：通过美国国家生物信息中心（NCBI）的Genbank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5．0软件设计引物,并经NCBI的B1ast2．0软件检验其特异性。双向等位基因特异性引物PCR（Bi—PASAPCR）,将该技术应用于与张力蛋白在10号染色体上同源缺失的磷酸酶（PTEN）基因SNP的研究。结果：证实该技术具有较高的可靠性和优越性。结论：双向等位特异PCR技术是一种简便、特异性较高、费用低廉和便于推广的SNP检测方法,特别是在群体基因SNP研究中更有优势。     

单核苷酸多态性微阵列技术在颅脑异常胎儿产前诊断中的应用

目的探讨单核苷酸多态性微阵列（SNP-array）技术在颅脑异常胎儿产前诊断中的价值。方法采用G显带核型分析6例胎儿染色体核型,应用SNP-array技术检测6例胎儿全基因组拷贝数变异（CNVs）,分析芯片检出的所有CNVs。结果G显带核型分析提示3例胎儿核型异常。SNP-array技术检测出4例胎儿存在基因片段异常,包括Xp22.33p22.2区域、7q35q36.3区域的微缺失和18p11.32q23、Yq11.221q11.23、9p24.3p21.1片段的增加。结论胎儿的颅脑异常可能与基因CNVs相关。SNP-array可精确定位胎儿基因异常,为产前遗传学诊断提供依据。     

单核苷酸多态性在研究糖尿病微血管病变易感基因中的应用

目的:检测人醛糖还原酶基因启动区(C-106T)单核苷酸多态性及其基因型在重庆汉族人2型糖尿病中的分布,并分析与糖尿病微血管病变易感性的关系.方法:用聚合酶链反应扩增上游启动区,再用限制性内切酶Bfal进行多态性分析2型糖尿病人的(C-106T)基因型分布频率.结果:2型糖尿病微血管病变患者较无微血管病变并发症的糖尿病人的CC基因型频率显著增加TT基因型频率显著减少(x2分别为6.78和4.45,P＜0.01和P＜0.05).结论:AR基因启动区(C-106T)单核苷酸多态性与中国汉族2型糖尿病患者微血管病变的发生有一定的关系,可能是糖尿病微血管病变的功能性多态性和遗传标志之一.     

TET2基因单核苷酸多态性与急性心肌梗死易感性的关系

目的 探讨TET2基因单核苷酸多态性（rs2454206、rs12498609）与急性心肌梗死易感性的相关性。方法 前瞻性选取2022年1月—2022年9月承德医学院附属医院收治的急性心肌梗死患者作为病例组,另选取同期该院健康人群作为对照组,每组150例。比较两组一般资料及血脂相关指标,采用实时荧光定量聚合酶链反应（q RT-PCR）检测TET2基因rs2454206、rs12498609位点基因型,采用多因素Logistic逐步回归分析影响急性心肌梗死发生的危险因素。结果 两组TET2基因rs2454206位点、rs12498609位点基因型频率、等位基因频率比较,差异均有统计学意义（P<0.05）。多因素Logistic逐步回归分析显示,高血压■、rs2454206位点AA基因型■、rs12498609位点CC基因型■是影响急性心肌梗死发生的危险因素（P<0.05),■]是影响急性心肌梗死发生的保护因素（P<0.05）。结论 急性心肌梗死的发生受多种因素影响,其中TET2基因rs2454206位点AA基因型、rs12498609位点CC基因型可能与急性心肌梗死易感...     

人类单核苷酸多态性的研究及应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNPs)是继限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星多态性(STR)之后出现的第三代遗传标记，具有在基因组中数目众多、遗传稳定、适于自动化高通量检测等优点，因此，SNPs在遗传学中的应用日益受到重视。阐明SNPs不仅有助于了解人类基因的功能，而且对人类遗传性疾病的病因诊断、治疗和防治也将产生重大影响，     

纳米磁珠技术在单核苷酸多态性检测中的应用现状

单核苷酸多态性(SNP)是指在进化过程中,由基因组核苷酸的变异引起的DNA序列差异。SNP是导致遗传性疾病和肿瘤的重要原因之一,可以作为遗传性疾病、肿瘤等的早期临床检测指标,对疾病的及时发现和治疗具有重要的意义。纳米磁珠技术是一种新型生物技术,具有固相化试剂特有的优点以及生物免疫反应的特异性,因此在生物医学工程中得到了越来越广泛的应用。     

分子标记在医学蠕虫遗传多态性研究中的应用

医学蠕虫引起的人兽共患寄生虫病严重危害人类健康。对医学蠕虫进行遗传多态性研究,不仅可以了解其种群的生物学特性和遗传结构,而且有助于揭示它们如何适应寄生环境,从而有助于对寄生虫病流行规律的认识,加深对寄生虫病精准防控的理解。随着分子生物学的发展,DNA条形码、简单序列重复、单核苷酸多态性标记等分子标记已被广泛应用于研究寄生虫个体间及群体间的遗传关系,揭示寄生虫种群的遗传变异、物种的起源进化等。本文对目前常用的三类分子标记在医学蠕虫遗传多态性研究中的应用进行系统综述,以期为相关研究奠定基础。     

FTO基因rs9939609单核苷酸多态性与妊娠期糖尿病发病风险的相关性研究

目的 探讨FTO基因rs9939609单核苷酸多态性与妊娠期糖尿病发病风险的相关性。方法 选取2018年3～9月期间我院收治的30例妊娠期糖尿病(Gestational diabetes mellitus,GDM)患者(GDM组,n=30)及30例健康孕妇(对照组,n=30)为研究对象,采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)法测定两组孕妇FTO基因多态性rs9939609位点基因型,计算等位基因频率并进行比较。结果 GDM组孕妇TT基因型频率低于对照组,TA、AA基因型频率高于对照组(P0.05)。GDM组孕妇T等位基因频率低于对照组,A等位基因频率高于对照组(P0.05)。结论 FTO基因rs9939609单核苷酸多态性位点A等位基因与妊娠期糖尿病发病风险增加相关。     

HLA-DRB1单核苷酸多态性与重度子痫前期遗传易感性的关系

目的 探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅱ类基因DRB1 rs3135388、rs2213586及rs2308765位点单核苷酸多态性与孕产妇重度子痫前期遗传易感性的关系.方法 选取重度子痫前期产妇60例(子痫组)、正常足月妊娠产妇100例(对照组)作为研究对象.收集两组研究对象的外周血,提取DNA经聚合酶链式反应(PCR)...     

APEX1单核苷酸多态性与肝癌易感性关系的研究

目的 探讨中国福建人群APEX1单核苷酸多态性(SNP)与肝细胞癌(HCC)易感性的关系. 方法 应用连接酶检测反应(LDR)及直接测序法检测APEX1 rs2307486、rs1130409及rs33956927 3个SNP位点,并进行连锁不平衡及单倍型分析,探讨3个SNP在福建HCC人群中的分布情况,并分析其与该人群HCC易感性的关系. 结果 相对于GG基因型,rs33956927位点的GA基因型增加了患HCC的风险(P=0.002),而rs2307486和rs1130409多态性与HCC易感性无关(P＞0.05). 结论 APEX1 rs33956927多态位点携带GA基因型人群可能对HCC更易感,APEX1 rs33956927多态性可作为筛查HCC好发的危险因素;rs2307486和rs1130409多态性与HCC的发生无关.     

单核苷酸多态性微阵列技术在高龄孕妇产前诊断中的应用

目的 探讨染色体核型与单核苷酸多态性微阵列技术(SNP array)在高龄妊娠孕妇胎儿的产前诊断中联合应用的临床价值及染色体变异位点与相应临床表型的关联性。方法 统计2016年1月—2020年12月来广西壮族自治区妇幼保健院遗传门诊就诊的2 642例因高龄妊娠(≥35岁)而行羊膜腔穿刺抽取羊水的孕妇,采用常规的传代细胞培养,行染色体核型分析,G显带;同时并行SNP array技术检测染色体拷贝数变异(copy number variations, CNVs)。结果 共2 642例高龄孕妇羊水样本进行核型分析,检出44例非整倍体染色体异常,其中21-三体综合征最多(65.9%,29/44),其次为18-三体综合征(9.1%,4/44)、13-三体综合征(4.5%,2/44)、性染色体非整倍体嵌合(20.5%,9/44)。SNP array技术还检出20例染色体微缺失或微重复异常,以及104例临床意义未明病例。检测率方面比较,SNP array检测明显高于核型分析技术(P<0.05)。核型分析在年龄段中的比较：35～37岁年龄段异常检出率与38～40岁年龄段;以及38～40岁年龄段与...