大鼠agrin基因实时定量聚合酶链反应的检测方法

目的:agrin基因对神经肌肉接头的形成、维持起着决定作用,也对神经元轴突的形成、延长、维持有重要作用,其表达产物在机体内分布广泛.设计绝对定量嵌合荧光法检测大鼠agrin基因mRNA的实时定量聚合酶链反应方法,并检测其特异性、敏感性和可重复性.方法:实验于2007-04/11在吉林大学基础医学院三综合实验室和吉林大学第一医院传染科实验室完成.以Primer 3软件设计大鼠agrin基因、ACTB基因mRNA嵌合荧光实时定量聚合酶链反应检测引物,经检索Blast验证特异性,并以Primer 5设计构建agrin基因标准品引物.选择清洁级Wistar大鼠交配,获取3日龄乳鼠,取脑,获取mRNA、cDNA,常规反转录-聚合酶链反应获取agrin 554个碱基DNA片断.PCR填加T7启动子后,T7 RNA Polymerase合成agrin基因标准品,消化模板.分光光度计测定其浓度,1∶5倍比稀释3次;经反转录反应合成agrin基因cDNA标准品,测序验证特异性.以ACTB引物反转录cDNA,1∶5倍稀释3次,构建ACTB基因标准品.常规聚合酶链反应确定、优化反应条件.标准曲线确定实时定量聚合酶链反应标准曲线的相关性,融解曲线验证检测方法的特异性,作重复性检测.结果:①agrin基因有意义链引物序列:GAA GGC CAG GTG CGA ATC A,反义链引物序列:CAC AGG TAG CAG TGG AGC CAA G,内标:ACTB基因有意义链引物序列:GGA GAT TAC TGC CCT GGC TCC TA,反义链引物序列:GAC TCA TCG TAC TCC TGC TTG CTG,优化反应条件:95 ℃变性5 s,60 ℃退火20 s,72 ℃延伸20 s.②agrin基因、ACTB基因标准品所获得的标准曲线确定实时定量聚合酶链反应标准曲线的相关性均＞ 0.95.③聚合酶链反应产物电泳、测序、实时定量聚合酶链反应融解曲线证明特异性高、重复性好、灵敏度达到精确定量要求.结论:绝对定量嵌合荧光法检测大鼠agrin基因mRNA的实时定量聚合酶链反应方法可以作为大鼠agrin基因mRNA检测的标准方法.     

Taqman探针定量检测ICOS/ICOSL基因表达的方法

背景:近年来可诱导共刺激分子(inducible costimulator,ICOS)/可诱导共刺激分子配体(ICOS Ligand,ICOSL)在抗感染、抗移植反应、抗肿瘤、治疗自身免疫性疾病等多方面领域受到了越来越多的关注.目前对ICOS/ICOSL表达量的研究大多基于分子水平,国内外尚鲜见ICOS/ICOSL mRNA定量检测的报道.目的:构建ICOS/ICOSL cDNA质粒标准品,建立Taqman探针检测 ICOSL/ICOSL基因表达量的方法.方法:以胃腺癌组织总RNA为模板、Random 9 mers为引物反转录合成cDNA,用该cDNA为模板聚合酶链反应扩增人ICOS/ICOSL 基因相应的cDNA目的片段,构建PMD-18-ICOS/ICOSL重组质粒,鉴定测序后,用Taqman探针实时荧光定量聚合酶链反应制作标准曲线.结果与结论:组织提取的总 RNA 完整性良好,构建的ICOS/ICOSL质粒测序结果与目的片段一致,质粒的原始浓度为6.10×1013,4.31x1013 copies/mL,倍比稀释后用Taqman探针荧光定量聚合酶链反应检测,在1012～1013 copies/mL线性关系良好(R2=1),提示成功建立了Taqman探针定量检测ICOS/ICOSL基因表达的方法.     

DD3基因实时荧光定量RT—PCR检测前列腺癌特异性方法的建立

目的 建立DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法,为前列腺癌的快速诊断提供分子诊断依据.方法 根据Genebank中的 DD3 mRNA全序列,设计DD3基因的特异引物和探针,采用基因重组技术构建用于DD3基因检测的定量标准品;建立DD3基因的实时荧光定量方法.结果 成功构建了用于DD3基因荧光定量PCR检测的标准重组质粒和DD3基因实时荧光定量PCR方法;经稳定性、特异度、重复性和敏感度实验方法学评价,DD3基因实时荧光定量PCR方法的最低检测限为1.64 copy/ml,线性范围为1.64～1.64×1012copy/ml.结论 DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法的建立,将为前列腺癌特异性诊断及其临床应用奠定方法学基础.     

氨基糖苷类药物耐药基因armA实时荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立

目的建立一种快速、准确检测细菌中arm A耐药基因的Taq Man实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-polymerase chain reaction,real-time PCR)方法。方法根据arm A基因设计特异的引物及探针,在多种常见致病菌中检测其特异性;使用阳性质粒标准品评价该方法的灵敏度;使用粪便模拟标本验证该方法的应用性。结果本方法特异性好,建立的arm A耐药基因real-time PCR方法标准曲线,确定其对质粒标准品的灵敏度为4.07×101拷贝/ml。应用该方法对粪便模拟标本进行检测,其检测下限为1.3×104cfu/ml。结论本研究建立了arm A耐药基因荧光定量PCR检测方法,有望在耐药基因监测中推广使用。     

实时定量RT-PCR检测急性早幼粒细胞白血病PML-RARα融合基因方法的建立

目的 建立用实时定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测急性早幼粒细胞白血病(APL)PML-RARα mRNA的方法.方法 制备目的基因PML-RARα的RNA标准品及管家基因β-actin的RNA标准品.然后将目的基因PML-RARα和管家基因β-actin的标准品梯度稀释作为模板进行实时荧光定量PCR反应,制作标准曲线.利用成功构建的两个标准曲线测定APL患者的目的基因PML-RARα与管家基因β-actin的相对值,分析不同状态患者的微小残留病(MRD)水平是否有差别,从而指导临床的治疗.结果 用本研究建立的实时定量RT-PCR方法可检测出10～5 μg NB4细胞cDNA中的PML-RARα融合基因,其重复性的循环域值(Ct值),管间、批间变异系数(CV)分别为2.2%、4.0%.结论 本研究所建立的实时定量RT-PCR方法灵敏度高、重复性好.应用本法检测急性早幼粒细胞白血病PML-RARα融合基因表达水平的改变,有助于监测白血病微小残留病,评价疗效及判断预后.     

内参基因β-actin质粒标准品的构建

为构建检测内参基因β-actin mRNA表达水平差异的标准品,以成人外周血细胞的总RNA为模板、Random 6 mers为引物反转录合成cDNA,用该cDNA为模板PCR扩增人β-actin基因相应的cDNA片段,构建PMD-18-β-actin重组质粒,鉴定测序后,用荧光定量PCR制作标准曲线。结果外周血提取的总RNA完整性良好,构建的β-actin质粒经PCR扩增后得到一186bp的清晰条带,测序结果与目的片段完全一致,且质粒的原始浓度为2.39×1013 copies/mL,倍比稀释至2.0×104copies/mL均能得到良好的标准曲线(R2=1),提示构建β-actin基因荧光定量PCR标准质粒成功。     

荧光定量PCR检测TCR VγI-Jγ基因重排标准品质粒及标准曲线的构建

目的：构建荧光定量PCR检测TCR VγI-Jγ基因标准品重组质粒和标准曲线，为建立实时荧光定量PCR准确检测淋巴系肿瘤微小残留病奠定基础。方法：对TCR VγI-Jγ基因进行序列分析，利用引物设计软件设计出一对引物和一条荧光探针。提取急性淋巴细胞白血病患者的DNA，经PCR扩增，产物纯化后与pMD 18-T Vector连接，转化到大肠杆菌DH5α，筛选得到标准品的质粒。结果：重组质粒进行荧光定量PCR扩增出现强烈的荧光值增长，表明TCR VγI-Jγ基因已成功克隆。以10^0～10^-5不同稀释水平的标准品进行荧光定量PCR扩增，Ct值分别为21．08、24．34、27．53、30．58和33．25。统计学分析显示Ct值与标准品浓度的对数存在良好线性关系，回归系数为0．998。结论：所构建的TCR VγI-Jγ基因荧光定量PCR检测标准品特异性和线性关系好，准确可靠，利于统一标准。     

叉头转录因子1质粒标准品的构建

背景:研究表明叉头转录因子1是一种新的2型糖尿病易感基因,但2型糖尿病患者与健康人的叉头转录因子1基因在转录水平上差异性的研究不多.由于还没有商品化叉头转录因子1的质粒标准品,因此有必要构建其标准品.目的:构建应用实时荧光定量-聚合酶链反应检测叉头转录因子1 mRNA的质粒标准品.设计、时间及地点:单一样本重复实验,于2007-1 1/2008-03在苏州大学附属第一医院检验科实验室完成.材料:SYBR ExScriptTM反转录-聚合酶链反应Kit试剂盒,SYBR Premix Ex TaqTM试剂盒,凝胶回收纯化DNA试剂盒,质粒DNA小量纯化试剂盒,PMDl8-T Vector试刺盒等.方法:从健康志愿者血标本中提取总RNA,反转录合成cDNA,以cDNA为模板应用聚合酶链反应扩增出目的片段,对其回收纯化连接到PMD18-T载体及转化JMl09,阳性克隆经测序分析,确认重组质粒正确.抽提重组质粒,用紫外分光光度仪测定其浓度,再根据公式换算成拷贝浓度,最后稀释成梯度标准品.主要观察指标:重组质粒聚合酶链反应和基因测序结果,标准品标准曲线的相关系数及标准品的重复性.结果:成功构建了叉头转录因子1质粒标准品,通过聚合酶链反应及基因测序鉴定其目的片段已成功插入载体.各稀释度的标准品经荧光定量-聚合酶链反应扩增后,其循环阈值与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系,线性范围是2.39×(105-1012)copies/mL.各稀释度标准品的批内重复性好,其变异系数范围为0.29%～1.16%.结论:实验成功构建了具有较好灵敏度和重复性的叉头转录因子1质粒标准品.     

大鼠脊髓Ⅰ型白细胞介素1受体mRNA定量检测方法的建立

目的：建立一种方便可靠的方法定量检测大鼠脊髓Ⅰ型白细胞介素1受体mRNA.方法：实验于2004-09/2005-01在南通大学基因诊断实验室和上海第二医科大学神经生物学实验室完成.雌性SD大鼠15只.随机分为5组,正常对照组3只,脊髓损伤4 h组3只,脊髓损伤4 h假手术组3只,脊髓损伤24h组3只,脊髓损伤24h假手术组3只.利用LightcCycler荧光定量聚合酶链反应仪和荧光染料SYBR green Ⅰ对聚合酶链反应条件进行优化后,对用重物坠落诱导的脊髓损伤模型大鼠的脊髓组织中Ⅰ型白细胞介素1受体mRNA进行实时荧光聚合酶链反应,通过标准曲线法进行绝对定量分析或通过比较Ct（△△Ct）法进行相对定量分析.结果：15只大鼠均进入结果分析.①聚合酶链反应特异性：熔点曲线分析和琼脂糖凝胶电泳表明每个聚合酶链反应都获得了特异性的扩增产物.②聚合酶链反应扩增线形与效率：该方法能够检测到最低100个拷贝的模板,对含有1 000或更多拷贝模板的常规检测可获得较好的定量数据.Ⅰ型白细胞介素1受体和次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶的扩增效率分别是0.962,0.973.③定量计算公式的有效性：以cDNA稀释倍数对数值为X轴,以相应目的基因和看家基因的△Ct为Y轴得到直线的斜率为0.084,可以应用公式2-△△Ct.④初步应用：脊髓损伤4 h,24 h后其Ⅰ型白细胞介素1受体mRNA表达水平分别有2.6倍（P＜0.05）和7.8倍的增加（P＜0.01）.结论：应用SYBRgreen Ⅰ实时荧光定量方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等优点,非常适合于对表达低水平Ⅰ型白细胞介素1受体mRNA的组织进行定量分析.