基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制

目的 使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况，并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法 对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序，筛选出差异表达基因。通过KEGG Pathway、GO cellular和GSEA富集分析，分析ADAR1在Hela细胞株中参与的相关信号通路和生物学过程。结果 差异表达基因主要富集在免疫和炎症相关信号通路（如TNF-α/NF-κB、NIK/NF-κB、Jak/Stat-IL-6）、Hippo信号通路、TGF-β等信号通路上，参与了干扰素应答、细胞氨基酸代谢调控、蛋白质泛素化/去泛素化、病毒转录等生物过程；对NF-κB信号通路的相关基因进行深入分析后发现，ADAR1敲低后，NF-κB1和TRAF5的mRNA表达水平明显升高（P <0.05）。结论 ADAR1可能通过调控NF-κB信号通路相关因子的表达，进而调控宫颈癌的发生和发展。     

基于全转录组测序分析多形性胶质母细胞瘤增殖及侵袭的相关机制

目的 通过对多形性胶质母细胞瘤(GBM)组织及癌旁组织的转录组测序及生物信息数据进行分析,挖掘导致GBM发生的关键基因并明确其功能,深入探讨GBM细胞增殖、侵袭及迁移的分子调控机制。方法 收集4例GBM患者的癌组织及癌旁组织进行全转录组测序分析,筛选差异表达的mRNA、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行生物信息学分析[基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析和转录本富集分析等]。构建mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA的关联网络,寻找与脑胶质瘤发生、迁移和侵袭密切相关的目标分子。结果 筛选出3 088个癌组织与癌旁组织差异表达的mRNA,其中表达上调1 375个、表达下调1 713个;差异表达的lncRNA 106个,其中表达上调52个、表达下调54个;差异表达的circRNA 82个,其中表达上调32个、表达下调50个;差异表达的miRNA 15个,其中表达上调8个、表达下调7个。差异表达的mRNA转录本富集共得到显著性通路19条,涉及Shh(Sonic hedgehog)信号...     

一例AML-M2患者初发和缓解期转录组测序SNV结果比较分析

本研究旨在进一步阐明急性髓系白血病的发病机制,筛选新的肿瘤特异性突变。利用高通量测序的方法对1例初诊的部分分化型急性髓系白血病（AML-M2）患者发病期及缓解期外周血样本进行转录组测序,通过对初诊时和缓解后表达基因的比较,筛选可能与白血病发生相关的单核苷酸变异（SNV）。结果表明：Reads在基因上分布均匀,覆盖完整,检测到大部分基因的表达。通过对SNV的筛选,共检测到29881个基因突变,包括28113个种系突变和752个体突变,其中编码区获得性突变11个（P〈0．05）,包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3。结论：高通量测序作为一种无偏的检测基因突变的新方法,可以发现肿瘤相关新突变。MLXIP可能是AMLM2新的分子标志物。     

单细胞转录组测序的方法原理及应用

常规的转录组分析方法通常需要103个细胞,所以无法揭示单个细胞之间基因表达的异质性,也难以对诸如早期胚胎及异质性的组织干细胞和肿瘤干细胞等极少量细胞进行分析,而单细胞转录组测序技术的出现为此提供了有效的研究工具.单细胞转录组测序技术是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术.本文主要就单细胞转录组测序技术的操作方法、应用成果以及进展作一综述.     

全转录组测序在儿童急性B淋巴细胞白血病中的应用

目的:探索儿童急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的分子遗传学特点及全转录组测序(RNA-seq)在儿童B-ALL中的应用价值。方法:收集并分析2015年5月-2020年4月重庆医科大学附属儿童医院血液肿瘤中心收治的初诊B-ALL患儿的临床及实验室检查资料,所有患儿均经骨髓形态学及组织化学染色、流式细胞术确诊,且完善染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及RNA-seq检测。结果:129例初诊B-ALL患儿中男71例,女58例,中位年龄50(8-190)个月,99例患儿检出融合基因阳性,阳性率76.7%,86例检测出白血病相关及可能相关基因突变阳性,阳性率约为66.7%。ETV6-RUNX1、BCR-ABL1、TCF3-PBX1、KMT2A重排检出率在FISH、RT-PCR、RNA-seq中无明显差异,此外RNA-seq检出较多罕见的融合,包括KMT2A-USP2 1例、Ph样相关融合基因4例、MEF2D重排5例、PAX5重排5例、ZNF384重排3例等,以及意义暂不明确或尚未在白血病患儿中报道的融合基因若干。其中ETV6-RUNX1融合基因阳性患儿...     

基于转录组测序技术分析补骨脂素对HepG2细胞的作用机制

目的 利用转录组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)技术分析补骨脂素对肝癌HepG2细胞的作用机制。方法利用CCK-8法检测不同浓度的补骨脂素(0、62.5、125、250、500CM)作用HepG2细胞12 h和24 h后存活率的变化;流式细胞术检测250×M补骨脂素对HepG2细胞处理24 h后细胞周期的变化;RNA-seq测序获得对照组和补骨脂素组差异表达基因并进行GO富集分析和KEGG通路分析;实时荧光定量PCR技术验证差异基因表达水平。结果 与对照组相比,补骨脂素作用HepG2细胞后,其存活率明显下降(P<0.01),细胞周期在G0/G1期比例提高(P<0.05);RNA-seq测序分析共有286个差异显著基因,其中包括130个上调基因和156个下调基因;GO功能富集和KEGG信号通路主要集中在细胞周期相关生物学过程及信号通路;qPCR结果显示HepG2细胞经补骨脂素处理后p53和GADD45B基因上调(P<0.05,P<0.01),CDK2、RRM2和CCND1基因下调(P<0.05,P<0.01)。结论 补骨脂素对Hep...     

利用转录组测序生物信息学初步探讨热射病预后关键基因

目的分析热射病患者外周血单个核细胞转录组测序生物信息学结果,寻找影响热射病预后的关键基因。方法选取2019-06-01~2020-08-30空军军医大学附属西京医院急诊科收治的热射病患者,按照预后分为生存组和死亡组。随机数字法在两组中分别选取患者进行外周血单个核细胞转录组测序,生物信息学分析寻找差异基因;RT-PCR验证筛选出的差异基因在生存组和死亡组中的表达。结果29例诊断为热射病患者入选,按照预后分为生存组和死亡组,其中生存组18例,死亡组11例。随机数字法选取6例生存患者和4例死亡患者,外周血单个核细胞进行转录组测序,两组患者有693个基因表达有明显差异,通过生物信息学分析筛选出趋化因子(C-C基元)配体5(CCL5)、基质金属蛋白酶8(MMP8)、MMP9基因可能与预后相关。将两组外周血单个核细胞的目标基因表达情况通过RT-PCR法表达检测,与生存组比较,死亡组MMP8基因(P=0.8955)和MMP9基因(P=0.0597)表达无明显变化,CCL5基因表达明显上升(t=7.056,P<0.05)。结论CCL5基因可能是影响热射病预后的关键基因,需要进一步深入研究。     

单细胞转录组测序分析揭示腹膜透析患者透析流出液T淋巴细胞的改变

目的 揭示腹膜透析（PD）患者透析流出液中T淋巴细胞随PD时间延长的改变轨迹,探究其与PD相关腹膜纤维化的关系。方法 对笔者前期研究获取的10例PD患者（短期PD组6例,长期PD组4例）透析流出液细胞的单细胞转录组数据进行细胞分类,提取出T淋巴细胞的数据进行2组间的差异分析、通路富集分析;同时收集23例患者PD治疗前及开始后随访的血常规数据,比较PD开始前后免疫细胞组成的差异。结果 PD患者透析流出液中T淋巴细胞在免疫细胞总数中的占比随PD时间延长增加（P < 0.05）。差异分析显示转化生长因子-β1（TGF-β1）和其他纤维化相关的信号通路在长期PD组的腹腔T淋巴细胞中富集。与开始透析前全血细胞计数结果比较,短期及长期PD组患者的淋巴细胞计数均升高,但在比例上呈现为先上升后下降的趋势。结论 长期PD治疗导致的腹膜纤维化与T淋巴细胞密切相关,PD流出液中T淋巴细胞的变化可能是腹腔环境等多因素共同作用的结果。     

高通量测序技术对中国肺癌患者JAK基因表达的研究

目的 研究发现JAK通路与肺癌患者对表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor,EGFR-TKI）的耐药有关,但JAK基因在中国肺癌患者中的突变情况尚不清楚,本研究旨在通过高通量测序技术了解中国肺癌患者JAK基因的表达情况,为肺癌的精准治疗提供依据。方法 本研究收集来自北京泛生子基因科技有限公司在2017—2020年病理学明确诊断肺癌的14 429例中国患者,其组织和/或液体标本采用高通量测序技术捕获测序JAK1、JAK2、JAK3和EGFR基因在标本中的突变模式。结果 JAK家族基因JAK1、JAK2和JAK3在中国肺癌患者中的突变频率分别为0.55%(79/14429)、5.27%(760/14429)和1.67%(241/14429)。其中,JAK1最常见的突变为N339K(5例);JAK3的突变包括I688F(19例)和A573V(11例)。肺癌患者中JAK2基因最常见的热点突变是V617F(87例)。与EGFR共同发生突变的JAK1和JAK2突变频率分别为0.15%(2...     

基于全外显子组测序技术的遗传性血液病分子诊断技术体系

目的 探讨通过全外显子组测序技术建立遗传性血液病的分子诊断技术体系.方法 选择2013年6月至2014年3月于上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心就诊的临床表现不典型,但高度怀疑为遗传性血液病的3例患者为研究对象.通过全外显子组测序技术筛选3例患者的候选致病基因的突变位点,并采用基于毛细管电泳技术的Sanger法测序和家系分析对其突变位点进行验证.结果 通过全外显子组测序技术发现了3例患者相应的遗传学损伤,并采用Sanger法对患者及其父母的致病基因位点的测序进行验证,验证结果与患者的遗传学损伤相符,每例患儿均获得了明确的分子诊断结果.结论 在遗传性血液病的分子诊断中,全外显子组测序是候选基因靶向测序的重要补充,且在一定程度上可提高疾病的诊断符合率.     

肝细胞新生脂肪生成过程的全转录组表达谱分析

目的 探讨体外非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)模型脂肪变性过程全转录组基因表达谱的变化。方法 以人肝细胞株LO2(HL-7702)为实验材料,油酸(50μg/mL)作用48 h诱导建立肝细胞脂肪变性模型。围绕lncRNA、circRNA、mRNA进行真核生物全转录组测序分析。结果 测序结果显示,脂肪变过程中大量的基因转录组水平发生显著变化,上调的基因包括1 884个mRNA、351个lncRNA、564个circRNA;下调的基因包括1 975个mRNA、297个lncRNA、540个circRNA。针对具有表达差异的mRNA进行GO及Pathway富集分析,发现脂肪酸代谢、脂肪酸降解及炎症等多个信号通路被富集。结论 lncRNA、circRNA、mRNA作为人类基因转录组的重要组成部分在NAFLD的发生与发展中发挥重要作用,该研究为肝脏新生脂肪生成过程的基因调控机制提供理论指导。     

消化道肿瘤单细胞转录组测序研究中生物样本前处理改良的探索

目的：探索在消化道上皮源性肿瘤单细胞转录组测序(简称单细胞测序)中提高组织单细胞悬液中上皮细胞占比的方法,以改善检测样本质量。方法：分析GEO公共数据库内常见消化道上皮源性肿瘤（胃癌、结肠直肠癌及胰腺癌）单细胞转录组测序数据集中的上皮细胞组分占比。比较传统酶消化法以及酶消化后辅以上机前机械性物理吹打法（改良法）处理后单细胞悬液中上皮细胞占比和细胞活力差异。结果：分析公共数据库内数据显示,4份正常胃上皮及胃癌样本的上皮细胞占比为17.05%、6.11%、8.93%和14.66%; 2份结肠直肠癌上皮细胞占比为3.86%和16.60%;2份胰腺癌上皮细胞占比为3.22%和21.37%。对2份新鲜采集的胃癌样本,采用传统酶消化法制备单细胞悬液的细胞结团率为56.26%±1.98%和38.34%±1.26%,细胞活力检测提示活细胞占比分别为98.43%±0.56%和97.24%±0.48%;而对传统酶消化法处理后的单细胞悬液在上机前用0.33 mm规格的胰岛素注射器施以机械性吹打操作30 s,可使单细胞悬液的上皮结团率降至22.78%±1.38%和14.46%±0.92%(P均<0.00...     

宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值

目的：评估宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值。方法：回顾性收集2017年9月至2019年9月在复旦大学附属中山医院感染病科住院的疑似慢性肺曲霉病患者,并同步采集标本进行传统培养、血清烟曲霉特异性抗体IgG检测及mNGS检测,分析mNGS在慢性肺曲霉病诊断中的价值。 结果：共有78例疑似慢性肺曲霉病的患者纳入分析,根据诊断标准,最终诊断CPA 35例,non-CPA 43例。送检的的78例样本中,痰标本55例、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本17例、肺组织标本6例。与最终诊断相比,mNGS诊断CPA的敏感度和特异度分别为65.7%和86.0%,烟曲霉特异性抗体IgG的敏感度和特异度分别为48.6%和90.7%,传统培养的敏感度和特异度分别为28.6%和93.0%,其中mNGS的敏感度显著高于传统培养方法(P=0.001)。对于临床诊断的CPA患者,mNGS检测的阳性率为50.0%。mNGS、烟曲霉特异性抗体IgG和传统培养方法的ROC曲线下面积(Area Under Curve, AUC)分别为0.759、0.696和0.608。在所有最终诊断为CPA的35例患者的样本中,痰标本、BALF标本和肺组织标本的mNGS阳性率分别为56.5%(13/23)、77.8%(7/9)和100%(3/3),但三组之间的差异无统计学意义。结论：在CPA的诊断中,mNGS的敏感度显著高于传统培养方法,在传统诊断方法无法确诊的患者中,mNGS仍有较高的阳性率,同时在检测时间上具有明显优势。     

新型宏基因组/宏转录组学技术在反向病原学研究中的应用

以微生物组学和宏基因组学为基础的新技术的飞跃式发展为新微生物的发现提供了无可比拟的优势。反向病原学理念公开提出后，在指导新发突发传染病的主动防控实践方面也正在发挥越来越多的作用，在公共卫生和疾病防控领域应用越来越广。新型宏基因组/宏转录组学技术进一步支撑和促进反向病原学研究，在发展评估新微生物致病潜力的理论、策略和方法方面有了一定的进展。在此，本综述梳理了新型宏基因组/宏转录组学技术在反向病原学研究中的作用实践、以及面临的挑战，期望促进人们对病原体的认识和理论技术创新。     

基于转录组测序探究C-MET表达在非小细胞肺癌中的免疫调控机制

目的 通过转录组测序技术分析C-MET表达在非小细胞肺癌中的免疫调控机制。方法使用siRNA分子干扰技术将C-MET高表达肺腺癌细胞株（H1993）、肺鳞癌细胞株（EBC-1）的C-MET表达沉默,利用转录组测序技术检测C-MET沉默前后细胞差异表达的基因（DEGs）,通过生物信息学分析挖掘出C-MET可能参与调控的免疫微环境信号通路及相关基因。最后使用人免疫细胞与H1993、EBC-1共培养技术验证C-MET对免疫因子（INF-γ、INF-β、CXCL-10）的影响。结果 通过转录组测序技术共检测到505个DEGs,其中H1993的C-MET调控前后表达差异组的表达差异基因共有38个,上调的差异表达基因有24个,下调的差异表达基因有14个。EBC-1的C-MET调控前后表达差异组的表达差异基因共有467个,上调的差异表达基因有347个,下调的差异表达基因121个。差异基因的KEGG分析表明,C-MET表达可能通过白细胞介素（IL-17）信号通路、白细胞分化、细胞因子受体活性、细胞周期、细胞因子-细胞因子受体相互作用参与免疫细胞调节因子的调控。使用肺癌细胞与人免疫细胞共同培养技术验证C...     

外周血宏基因组二代测序技术在脓毒症患者中的临床诊断价值

目的 探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在脓毒症患者中的临床诊断价值。方法 回顾性分析首都医科大学大兴医院ICU 2021年10月至2023年2月采用mNGS技术对脓毒症患者感染灶和外周血样本配对进行检测的病例资料42例，同时进行感染灶和外周血样本常规培养，评价配对感染灶和外周血样本mNGS检测在脓毒症患者中的诊断效能。结果 脓毒症患者感染灶和外周血样本常规培养检出率分别为61.90%(26/42)和23.81%(10/42),感染灶和外周血样本mNGS检出率分别为95.24%(40/42)和76.19%(32/42)。感染灶和外周血mNGS结果与感染灶培养结果一致性较高(84.62%vs.57.69%)。如以感染灶培养结果为金标准，外周血标本mNGS较感染灶标本mNGS而言，仍表现出了较高的敏感度(84.62%vs. 100%),且二者有相似的阳性预测能力(68.75%vs. 65.00%);外周血mNGS较外周血培养有更高的敏感度(84.62%vs. 11.54%)和阳性预测值(68.75%vs. 30.00%),差异均有统计学意义(χ²=27.810...     

脉冲电磁场对去卵巢大鼠Runt相关转录因子2表达的影响

目的 观察脉冲电磁场(PEMFs)对去卵巢大鼠骨细胞Runt相关转录因子2(Runx2)表达的影响,并探讨PEMFs治疗骨质疏松可能的作用机制。 方法 将60只Sprague Dawley（SD）雌性大鼠按随机数字表法分成假手术对照组（Sham组）、去卵巢组（OVX组）、去卵巢+阿伦磷酸钠药物治疗组（ALN组）、去卵巢+脉冲电磁场治疗组（PEMFs组）,每组15只大鼠,按文献方法,Sham组切除双侧卵巢周围脂肪组织,其余各组大鼠切除双侧卵巢制成骨质疏松模型。手术结束后第30天,ALN组大鼠开始给予阿伦磷酸钠灌胃,PEMFs治疗组大鼠予以PEMFs治疗,Sham组和OVX组不干预。各组动物均于干预30d后采用腹腔注射戊巴比妥钠处死,取股骨行骨密度检测;采用Western bloting检测Runx2蛋白表达量;采用q-PCR检测Runx2 mRNA表达量。 结果 干预30d后,PEMFs组的骨密度值、Runx2蛋白表达水平和Runx2 mRNA表达水平较OVX组均有明显升高,差异有统计学意义（P<0.05）;但PEMFs组的骨密度值、Runx2蛋白表达水平和Runx2 mRNA表达水平与ALN组比较,组间差异均无统计学意义(P>0.05)。 结论 PEMFs可上调去卵巢SD雌性大鼠的Runx2蛋白和mRNA表达水平,可能是PEMFs治疗骨质疏松的机制之一。     

宏基因组二代测序技术在临床病原学诊断中的应用

感染性疾病是威胁人类生命健康的主要疾病,病原学诊断是感染性疾病诊治的关键环节.近年来,宏基因组二代测序技术(mNGS)迅速发展.与传统病原学检测技术相比,mNGS能无偏倚性直接分析出标本中的病原体谱、丰度和分布情况,改变传统病原学诊断模式,具有良好的应用前景.该文对mNGS在病原体检测、感染性疾病诊断、检测影响因素和结...     

骨癌痛大鼠背根神经节中信使RNA表达谱的转录组学分析

目的 基于RNA测序结果分析骨癌痛大鼠背根神经节中信使RNA(messenger RNA,mRNA)表达差异以及相关信号通路的改变。方法 根据随机数表法将12只150～180g雌性SD大鼠随机分为假手术组和骨癌痛组,每组6只。骨癌痛组大鼠胫骨骨髓腔内注射MRMT-1乳腺癌细胞建立骨癌痛模型,假手术组注射等体积的D-hank’s液作为对照。用Von Frey纤维丝测量两组大鼠50%机械缩足反射阈值(mechanical withdrawal threshold,MWT),采用影像学检测骨组织破坏情况,苏木精-伊红染色检测骨组织病理学改变,定量聚合酶链反应(quantitative PCR,qPCR)检测电压门控钠通道亚型1.6(voltage-gated sodium channels subtype 1.6,Nav1.6)mRNA的表达量。结果 ①与假手术组相比,骨癌痛组大鼠50%MWT显著下降(F=20.50,P=0.006)。以差异倍数大于1.5倍且错误发现率小于0.05为条件,RNA测序筛查到149个表达显著差异的mRNA(上调124个,下调25个),其中Nav1.6与假手术组相...