利用MALDI-TOF MS特异质量峰对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性的快速分型

目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP 76株,52株用于方法的建立,24株用于方法的验证。设置5个不同的特异峰挑选标准,按照不同的标准筛选各ST型特异质量峰,依据筛选的特异质量峰对CRKP进行分型,将与MLST结果符合率最高的标准确定为最佳标准。依据最佳标准筛选出的特异峰对24株CRKP进行分型,验证特异峰质量分型方法的准确性,并与质谱仪软件中的主成分分析(PCA)和核心图谱(MSP)聚类分析进行比较。结果按照标准2[(1)信噪比(S/N)≥4,(2)S/N比值≥1.5,(3)变异系数(CV)≤40%],52株CRKP中共筛选出45个特异质量峰,利用特异质量峰对29株CRKP进行分型,与MLST符合率最高,达82.8%,确定为最佳标准。按照此标准筛选出的特异质量峰对另外24株CRKP进行分型,与MLST符合率达83.3%。而PCA聚类分析与MLST的符合率仅为66.7%,MSP聚类分析与MLST一致性较差,没有明显符合ST型的分组趋势。结论利用MALDI-TOF MS筛选出不同ST型别CRKP的特异质量峰,可用于CRKP的快速同源性分析,为暴发流行的监测和医院感染的控制提供依据。     

MALDI-TOF MS用于沙门菌食源性疾病暴发同源性分析初步研究

目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)技术用于沙门菌食源性疾病暴发同源性分析的效果,为沙门菌暴发疫情处置提供技术支持。方法 收集长沙市近年5起食源性疾病暴发事件相关的42株沙门菌,进行生化鉴定和血清学分型并对其进行脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)分型分析。应用MALDI-TOF MS技术采集42株沙门菌质谱数据构建主要谱图后进行质谱鉴定,并对42株沙门菌进行相关距离聚类同源分析,再对不同事件的相关沙门菌分4次分别进行不加参考菌株和加入参考菌株的聚类同源分析,并与PFGE聚类分析结果进行比较。结果 29份食品中分离出5株沙门菌,62份病人标本中分离出37株沙门菌,42株沙门菌的质谱鉴定结果和生化鉴定结果符合率为100%,血清学鉴定分为3个血清型,肠炎沙门菌22株,布伦登卢普沙门菌17株,鼠伤寒沙门菌3株。PFGE将5次事件的沙门菌分成了4个内...     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱快速检测产KPC型肺炎克雷伯菌

目的 采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选产KPC型肺炎克雷伯菌(KPC-Kp)的特征峰,建立快速检测KPC-Kp的方法。方法 收集耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)共37株,PCR方法检测常见碳青霉烯酶耐药基因(bla_KPC、bla_NDM、bla_VIM、bla_IMP和bla_OXA-48-like);全基因组测序分析CRKP菌株的相关遗传特性,包括多位点序列分型(MLST)和bla_KPC-2基因周围环境;用布鲁克ClinproTools 3.0软件以及Flexanalysis 3.0图谱分析软件筛选出KPC-Kp的特征峰,分析特征峰与KPC-Kp的MLST分型和bla_KPC-2基因周围环境的关系。结果 PCR结果显示,35株CRKP携带bla_KPC-2基因,2株CRKP携带bla_NDM-1基因。MLST分析结果显示,37株CRKP共有5个ST型,其中35株KP...     

两种菌体前处理方法对MALDI-TOF MS鉴定临床分离菌效果的影响

目的评价2种不同前处理方法对基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鉴定临床分离菌效果的影响。 方法收集临床菌株43株,划线传代后,分别使用提取法和抹板法对微生物样本进行前处理,然后用MALDI-TOF MS鉴定比较两种处理方法的准确率和蛋白指纹图谱特征。 结果以16S rRNA/ITS RNA测序结果为参考标准,待测菌株经提取法处理后,MALDI-TOF MS鉴定革兰阳性菌、革兰阴性菌和真菌的种水平准确率分别为93.8%、100.0%和30.8%,待测菌株经抹板法处理后,MALDI-TOF MS鉴定革兰阳性菌、革兰阴性菌和真菌的种水平准确率分别为75.0%、100%和7.7%。提取法处理菌株后得到的蛋白指纹图谱中特征峰更多,信噪比更高,蛋白指纹图谱重现性更好。 结论推荐采用提取法为MALDI-TOF MS鉴定的常规前处理方法,其对建立标准的微生物检测流程,提高质谱鉴定的正确率,有重要价值。     

MALDI-TOF MS在新生儿血流感染恶臭假单胞菌同源性分析中的应用

目的 探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)技术在新生儿血流感染恶臭假单胞菌同源性分析中的应用。方法 收集湖南省儿童医院新生儿病区7株新生儿血流感染恶臭假单胞菌株,利用VITEK-Compact 2检测药敏结果;运用MALDI-TOF MS及SARAMIS软件检测及分析该批恶臭假单胞菌的同源性;同时运用全基因测序(whole genome sequencing, WGS)的方法来验证MALDI-TOF MS分析结果。结果 7株恶臭假单胞菌对头孢三代以上抗生素及碳青酶烯类抗生素均不敏感,对阿米卡星及左氧氟沙星都敏感。通过运用MALDI-TOF MS及SARAMIS软件发现该7株恶臭假单胞菌为同一型的相对相似度在80%～90%之间。WGS分析发现：该7株恶臭假单胞菌多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)均为128型,平均核苷酸相似度(average nucleotid...     

基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

目的 评价基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱仪（MAL-TOF-MS）鉴定铜绿假单胞菌的效果。 方法 使用MALDI-TOF-MS对15株铜绿假单胞菌和8株干扰菌进行质谱采集,应用BioTyper和FlexAnalysis对图谱进行离子分析和比对鉴定,并将比对结果与全自动微生物生化鉴定仪（VITEK）进行比较。 结果 MALDI-TOF-MS对15株铜绿假单胞菌鉴定结果和VITEK完全一致。 结论 MALDI-TOF-MS可用作铜绿假单胞菌的准确快速的鉴定方法。     

MALDI-TOF MS鉴定一株小菌落变异型金黄色葡萄球菌

目的探讨运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术对金黄色葡萄球菌小菌落变异型的特征性蛋白指纹图谱进行深度研究的价值。 方法分别采用传统生化鉴定、16S rRNA测序技术和MALDI-TOF MS技术对1株小菌落变异型金黄色葡萄球菌进行鉴定,通过质谱鉴定系统VITEK MS的质谱科研模式获取金黄色葡萄球菌小菌落突变株(small colony variants, SCV)的质谱图,分析代表金黄色葡萄球菌agr和sigB系统的m/z表达强度,并用SARAMIS软件构建基于质谱峰谱特征的系统发育树。 结果使用MALDI-TOF MS技术鉴定该菌株为金黄色葡萄球菌,与传统生化鉴定、16S rRNA测序技术的鉴定结果一致。其菌落形态符合典型SCV菌株的特征,预示生物膜形成的PSMα3 (m/z 2634.4)、PSMα1(m/z 2286.8)和PSMα4(m/z 2198.6)的表达强度分别为100%、76.1%和32.3%,反映急性早期感染状态的agr调控系统的delta毒素强度只有10%;反映慢性、复发性感染的sigB调控系统的峰谱相对强度均<25%,该菌株和科研菌种库SCV的系统发育树近似度>70%。 结论MALDI-TOF MS技术不仅能够快速准确鉴定不典型金黄色葡萄球菌,且生成的质谱图能够初步提示菌株在宿主体内的感染状态,表明该技术具有极大的应用前景。     

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱在沙门菌检测和鉴定分型中的应用研究

目的利用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对从门诊腹泻病人粪便分离的88株沙门菌进行检测分型。方法利用优化的MALDI-TOF-MS实验条件对沙门菌进行检测和鉴定分型,并与血清学分型、耐药分型和PFGE分型结果进行比较。结果在反映亲缘关系的差异水平值为100时,88株沙门菌被分为15个MALDI-TOF-MS型别。MALDI-TOF-MS分型结合耐药表型分型,可以将88株沙门菌分成44个亚型;MALDI-TOF-MS分型结合血清学分型,可以将88株菌分成46个亚型。MALDI-TOF-MS分型结合PFGE分型,可以将88株菌分成64个亚型。说明MALDI-TOF-MS在沙门菌分型中具有很好的分型能力。结论MALDI-TOF-MS方法在检测与鉴定食源性病原菌中具有稳定、重复性好的特点,可成为食源性致病细菌分析鉴定的重要工具。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性分析及blaKPC-2基因的检测

目的对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌进行同源性分析及blaKPC-2基因检测。方法采用最低抑菌浓度琼脂稀释法检测30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对17种抗菌药物的敏感性,以WHONET 5.4软件分析细菌耐药表型,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌株的基因型,以聚合酶链反应检测blaKPC-2基因、并进行基因测序。结果 30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药表型模式有6种,其中泛耐药及仅对妥布霉素敏感的菌株共22株,占73.3%;PFGE图谱分析有5种类型,其中Ⅰ型菌株流行为主,占80.0%;从7号试验菌株检测出blaKPC-2基因,其他试验菌株均未检测出blaKPC-2基因。结论 30株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌存在高度同源性的菌株流行,并有一株细菌检测出blaKPC-2基因,临床科室及医院感染部门应采取措施控制这些菌株在医院内的传播。     

MALDI-TOF MS对临床常见真菌鉴定准确性的Meta分析

目的评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定临床常见真菌的准确性,为临床真菌感染的诊断及治疗提供依据。方法计算机检索各据库,查找MALDI-TOF MS检测真菌准确性的文献,对纳入的文献进行质量评价和数据提取,采用QUADAS-2工具对纳入文献的偏倚风险进行评价,运用Meta-Disc1.4软件进行Meta分析,比较不同菌株来源、菌种、参考方法、使用仪器各亚组的诊断效能。结果共纳入文献26篇,9 708株真菌,基本涵盖了临床常见酵母菌属及丝状真菌属。Meta分析结果显示,MALDI-TOF MS鉴定真菌合并灵敏度[95%置信区间(95%CI)]为0.97(0.97～0.97),合并特异度(95%CI)为0.85(0.81～0.88),合并阳性似然比(95%CI)为5.60(4.55～6.90),合并阴性似然比(95%CI)为0.02(0.01～0.04),诊断比值比(95%CI)为282.40(149.50～533.46),汇总受试者工作特征曲线下面积为0.9078。亚组分析结果显示,MALDI-TOF MS技术对临床酵母菌属及丝状真菌属的鉴定,不受菌株来源、仪器品牌等因素影响,均具有很好的鉴定效果。结论MALDI-TOF MS对临床常见真菌鉴定的准确性高,适合在临床广泛推广应用。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在鉴定儿童血流感染少见苍白杆菌的应用及耐药情况分析

目的 快速鉴定和分析儿童血流感染少见苍白杆菌及其耐药情况分析.方法 收集某儿童医院儿童血流感染的临床标本中分离的苍白杆菌26株,运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,...     

Actinotignum schaalii血流感染1例及病原体鉴定报告

 Actinotignum schaalii是一种新型致病菌,可导致尿路感染和侵袭性感染。2022年贵黔国际总医院收治1例急性尿潴留患者血培养标本,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）技术鉴定结果为Actinotignum schaalii,为兼性厌氧的革兰阳性球杆菌。该病例为国内首次血培养检出Actinotignum schaalii,该患者使用头孢他啶5 d后,感染症状明显减轻,感染指标恢复正常,患者未诉发热等不适,遂出院。结合国内外相关文献,探讨Actinotignum schaalii的临床特征、鉴定及治疗。     

MALDI-TOF MS在液体培养分枝杆菌菌种鉴定中的研究

目的研究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对液体培养分枝杆菌菌种鉴定的能力。方法回顾性收集本院2017年10月-2018年10月液体培养分离到的结核分枝杆菌40株,非结核分枝杆菌85株,采用MALDI-TOF MS菌种鉴定,与传统生化鉴定方法和16S r DNA测序结果进行比较,以测序结果为金标准分析MALDITOF MS对分枝杆菌菌种鉴定的准确性,评价其应用价值。结果测序结果46株为结核分枝杆菌,40株符合初筛结果,另有6株初筛非结核菌株鉴定为结核分枝杆菌,78株为非结核分枝杆菌,1株奴卡菌。MALDI-TOF MS从46株结核分枝杆菌中正确鉴定出44株,正确鉴定率为95.65%;78株非结核分枝杆菌中,69株正确鉴定,1株奴卡菌正确鉴定,NTM正确鉴定率为88.46%(69/78);奴卡菌鉴定率为100.00%(1/1),另对常见堪萨斯分枝杆菌、脓肿分枝杆菌等非结核分枝杆菌均能正确鉴定。结论MALDI-TOF MS对液体培养分枝杆菌具有较高鉴定率,是一种快速、简便准确的鉴定方法,在临床应用中具有重要价值。     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱检测细菌耐药性的初步研究

目的研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)用于检测鉴定细菌耐药性的可行性。方法对临床分离的耐药谱明确的8属11株细菌及相应的标准菌株,经相同条件培养后,应用MALDI-TOF-MS进行检测,并分析其耐药株和标准株质谱图的差异。另外,对临床分离的30株金黄色葡萄球菌同时进行药物敏感性实验和MALDI-TOF-MS检测。结果应用MALDI-TOF-MS检测细菌耐药性时,对葡萄球菌检测结果较好,尤其是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,而对其它细菌耐药性检测效果较差。结论MALDI-TOF-MS检测细菌耐药性适用于部分细菌。     

建立MALDI-TOF MS鉴定的海洋致病性弧菌数据库样本前处理的适宜条件

目的探讨建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鉴定海洋致病性弧菌数据库前样本处理的适宜条件,为完善MALDI-TOF MS鉴定该菌入数据库提供参考。 方法将32株海洋致病性弧菌培养至24、48、72 h时,分别用直接转移法、扩展的直接转移法、甲酸提取法得到上机样品,然后用MALDI-TOF MS进行采图鉴定,用SPSS20.0软件进行统计学分析,对样本不同培养时间及3种处理方法的鉴定结果进行比较评价。 结果培养24 h鉴定分数平均值为2.321,属水平鉴定正确率为96.88%,种水平鉴定正确率为90.63%;培养48 h鉴定分数平均值为2.315,属水平鉴定正确率为93.75%,种水平鉴定正确率为90.63%;培养72 h鉴定分数平均值为2.316,属水平鉴定正确率为93.75%,种水平鉴定正确率为87.50%,3种不同培养时间的前处理方法鉴定至属(P=0.129)、鉴定到种(P=0.078),差异均无统计学意义。直接转移法鉴定分数平均值为1.986,属水平鉴定正确率为78.13%,种水平鉴定分数为59.38%;扩展的直接转移法鉴定分数平均值为2.135,属水平鉴定正确率为90.63%,种水平鉴定正确率为78.13%;甲酸提取法鉴定分数平均值为2.306,属水平鉴定正确率为96.88%,种水平鉴定分数为90.63%,3种不同上机前样本处理方法鉴定到属时差异有统计学意义(P=0.006);鉴定到种时差异有统计学意义(χ²=8.691,P=0.013)。 结论建立MALDI-TOF MS海洋致病性弧菌数据库时,选择培养时间24 h的甲酸法提取菌体蛋白的前处理方法较适宜,可得到高质量的蛋白指纹图谱和鉴定正确率。     

Misidentification of Burkholderia pseudomallei,China

We report a case of melioidosis in China and offer a comparison of 5 commercial detection systems for Burkholderia pseudomallei. The organism was misidentified by the VITEK 2 Compact, Phoenix, VITEK mass spectrometry, and API 20NE systems but was eventually identified by the Bruker Biotyper system and 16S rRNA sequencing.