2005年中国El Tor霍乱弧菌流行优势菌株分子特征分析

目的研究2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的分子特征。方法使用脉冲场凝胶电泳对菌株进行聚类分析,使用PCR和序列测定的方法对特异片段进行扩增和序列分析的研究。 结果2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的脉冲场凝胶电泳图谱高度一致并且不同于以往分离的菌株;这些菌株的VSPⅡ（IVibrio/I seventh pandemic island-Ⅱ）区域有相同的由插入序列的插入导致的基因缺失。 结论2005年霍乱弧菌流行优势菌株是一种首次报道的、由VSP-Ⅱ突变菌株引起流行的菌型,其扩散能力较强,应该在今后霍乱的监测中引起注意。     

115例献血者ABH分泌型与非分泌型分布及基因多态性分析

目的探讨115例汉族献血者ABH分泌型与非分泌型血清学分布及基因多态性。方法用凝集抑制试验检测115例标本ABH血型物质,聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)对选取标本作ABH基因定型,直接测序技术对46例血清学检测为分泌型标本进行分析。结果 115例献血者中分泌型95例,非分泌型20例;分泌型献血者A物质效价均高于B物质效价和H物质效价(P0.05);115例献血者中,无A385T基因突变的48例均为分泌型;A385T基因突变者中,杂合子基因385A/385T 39例,为分泌型,纯合子385T/385T基因28例,8例为分泌型,20例为非分泌型;1例分泌型标本出现178C/T新的突变位点。结论 ABH血型A物质效价高于B、H物质,115例汉族人群中存在不同于高加索人群及非洲人群的A385T基因突变。     

中国汉族人血小板反应素蛋白1基因单核苷酸多态性与冠心病的关联研究

目的 探讨血小板反应素蛋白1(TSP-1)基因第13外显子单核苷酸多态性(SNPs),致TSP-1蛋白第700位氨基酸丝氨酸转换为天冬氨酸(700N→S)与中国汉族人冠心病有无相关性.方法 应用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性技术(PCR-RFLP),筛查南京医科大学第一附属医院和上海中医药大学附属岳阳医院2003年11月至2007年5月437例汉族冠心病患者和对照组423例TSP-1基因第13外显子钙,结合活性片段8831A→G,对筛查到含有突变的片段进行序列测定,并与正常序列进行对照分析.结果 2组均以AA型为主,测序仅检测到AG杂合型19例,未检测到GG纯合子.在2组中AG杂合型所占比例比较差异无统计学意义(2.5%比1.9%,P＞0.05).TSP-1基因8831A→G在中国汉族人中发生频率低,与汉族人冠心病发生无相关性(AG对AA:OR=1.699;95%CI 0.309～9.348,P＞0.05).结论 TSP-1基因8831A→G不是中国汉族人冠心痛发生的独立危险因素.     

中国人群脂联素基因+45位点基因多态性与2型糖尿病相关性的Meta分析

目的通过Meta分析评估中国人群脂联素基因外显子二+45位点单核苷酸多态性与2型糖尿病的相关性。方法计算机检索PubMed、Ovid、CBM、VIP、CNKI和WanFang Data中关于中国人群脂联素基因SNP45与2型糖尿病相关性的病例-对照研究,并辅以文献追溯。检索时限均从建库至2012年6月。由2名评价者按纳入排除标准独立选择文献、提取资料、评价质量后采用Stata 11.0软件进行Meta分析,采用分层和敏感性分析评估结果稳定性,并用Begg’s漏斗图和Egger’s法评估文献的发表偏倚。结果共纳入21篇文献(含22个研究),其中2型糖尿病患者3 273例,对照人群2 597例。Meta分析结果显示,无论在显性、隐性或加性遗传模式下,两组差异均有统计学意义[OR(95%CI)分别为1.36(1.04,1.78)、2.07(1.55,2.75)、2.44(1.59,3.75)]。结论脂联素基因外显子二+45位点基因多态性与中国人群的2型糖尿病具有相关性。不论是在显性、隐性还是在加性遗传模式下,G等位基因均为2型糖尿病的危险因素。     

血管紧张素Ⅱ1型受体A1166C基因多态性与中国人原发性高血压相关性的Meta分析

目的 探讨血管紧张素Ⅱ1型受体(AT1R) A1166C基因多态性与中国人原发性高血压的相关性。方法 系统检索PubMed、Web ofscience、Embase、Cochrane Library、中国知网(CNKI)、万方数据库、中国生物医学文献数据库(SinoMed)中关于AT1R A1166C基因多态性与中国人原发性高血压相关性的文献。两名研究者按照纳入与排除标准独立筛选文献、提取资料并进行文献质量评价后,采用RevMan5.3软件进行Meta分析。结果 最终纳入39篇文献,其中病例组12,638例,对照组8,494例。Meta分析结果显示AT1R A1166C的C等位基因(OR:1.80,95%CI:1.51～2.15,P<0.0001)和AC/CC基因型(OR:1.81,95%CI:1.49～2.20,P<0.0001)可增加患高血压的风险。通过亚组分析发现,在汉族、彝族人群和东部、中部人群中,C等位基因、AC/CC基因型增加原发性高血压的易感性,在西部人群中只有AC/CC基因型展现这种相关性,而年龄可能不是影响A1166C与高血压相关性的因素。结论 AT1R ...     

中国人群脂联素基因启动子区-11377C/G位点多态性与2型糖尿病易感性的Meta 分析

目的 探讨中国人群脂联素基因启动子区-11377C/G位点多态性与2型糖尿病易感的相关性.方法 检索2011年11月前中国生物医学文献数据库(CBM)、中国期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库、维普中文科技期刊数据库(VIP)及Medline、Cochrane Library、Embase、Springer、Ovid等数据库,收集有关中国人群脂联素基因-11377C/G多态性与2型糖尿病的相关性研究;评价纳入研究质量,提取有效数据,采用Review Manager5.0软件进行Meta分析.结果 共纳入12组研究中国人群脂联素基因启动子区-11377C/G位点多态性与2型糖尿病的相关性的病例-对照研究,2型糖尿病病例2 598例,对照4 508例.Meta分析发现,脂联素基因启动子区-11377C/G位点C/G多态性与2型糖尿病相关性中G等位基因与C等位基因[OR=1.14,95%CI(1.03,1.25),P=0.009]、基因型(CG+GG)与CC[OR=1.19,95%CI(1.06,1.35),P=0.004]、基因型CG与CC[OR=1.14,95%CI(1.00,1.29),P=0.05]、基因型GG与CC[OR=1.34,95%CI(1.06,1.71),P=0.02]均具有统计学意义差异.结论 中国人群脂联素基因启动子区-11377C/G位点多态性与2型糖尿病易感性存在相关性.     

2015－2017年北京市顺义区食源性疾病监测腹泻病例霍乱弧菌感染及病原学特征分析

目的研究食源性疾病监测腹泻患者霍乱弧菌感染特点及病原学特征，为科学防控和临床治疗提供依据。方法从2015－2017年北京市顺义区腹泻监测病例的粪便标本中分离培养霍乱弧菌，针对分离菌株进行毒力基因聚合酶链式反应（PCR）检测、脉冲场凝胶电泳（PFGE）、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）图谱分析以及抗生素敏感性分析。结果2015－2017年，共收集1 105例腹泻患者，霍乱弧菌的检出率为0.54%（6/1 105），霍乱毒素基因ctxAB均为阴性，血清学分型为非O1/O139型，其中5株霍乱弧菌携带Ⅲ型分泌系统毒力基因。 菌株PFGE聚类分析结果和MALDI-TOF MS图谱聚类结果具有较好的一致性。结论霍乱弧菌流行强度不高，但其感染和病原学监测工作应在食源性疾病监测体系中得到重视。     

霍乱弧菌O1血清群产毒株重复基因分析

目的对霍乱弧菌O1血清群产毒株基因组中重复基因数量分布、多样性及两种生物型中重复基因的差异进行分析。方法选择300株引起第6次和第7次大流行的O1群古典型和埃尔托型生物型菌株,使用BLAST和MCL等软件分析重复基因数量分布及两种生物型差异的重复基因;使用序列两两平均距离作为多样性的度量方法分析重复基因的遗传多样性以及在两种生物型之间存在遗传多样性差异的重复基因。结果每株菌平均包含242.63个同源基因簇,其中每株埃尔托型和古典型菌株分别平均包含244.85和209.74个。 筛选到13个在埃尔托生物型与古典生物型之间拷贝数存在显著差异同源基因簇,功能主要包括阴离子、氨基酸等物质的转运、定位、跨膜转运等。 对存在重复基因的同源基因簇的遗传多样性分析,发现在两种生物型之间多样性存在差异的同源基因簇50个,这些基因簇的功能主要包括阴离子、氨基酸、有机底物等转运、定植、底物特异的跨膜转运活性等。结论霍乱弧菌重复基因的进化有一定的功能倾向性,其特征解析对于理解其基因组适应性进化、菌株多样性及两种生物型基因组差异进化提供了新依据。     

2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征分析

目的了解2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征。方法2018年收集北京市霍乱患者和外环境分离的29株霍乱弧菌,应用常规鉴定方法进行血清分型,荧光定量PCR检测霍乱弧菌ctxAB基因,应用96孔微量肉汤稀释法进行药物敏感试验（11类21种试验药物）,应用NotⅠ及ShifⅠ酶切进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型。结果29株O1群霍乱弧菌中小川型非产毒株、稻叶型非产毒株和小川型产毒株构成比分别为62.07%（18/29）、24.14%（7/29）和13.79%（4/29）;29株菌头孢唑林耐药率最高82.76%,美罗培南敏感率100.00%;28株菌耐药;有9种耐药型别,最多耐13种药;有13种耐药类别,最多耐7类药;29株菌株PFGE分子分型为16个型别（BJ1801 ~ 1816）。结论北京市O1群霍乱弧菌以非产毒株为主,多重耐药严重;PFGE分子分型结果提示应注意食品安全问题,特别要加强水产品的监测。     

我国脑膜炎奈瑟菌中nalP基因的分布特征

目的 了解我国脑膜炎奈瑟菌（Nm）菌株的nalP基因分布特征,为其功能和作用机制研究提供依据。 方法 采用多位点序列分型方法对187株分离自我国的Nm菌株进行分子分型。利用菌株全基因组框架图获得nalP基因及其两侧序列,对基因序列进行同源性比对及聚类分析。 结果 178株Nm携带nalP基因;Nm中nalP基因与淋病奈瑟菌（Ng）中nalP基因的同源性为95% ~ 96%,但系统进化分析明显分为两支,两侧间隔区同源性＞85%。9株无nalP基因菌株中6株为?nalP2型,新发现3种排布方式。C群患者和健康携带者来源phase on菌株数差异有统计学意义。 结论 Nm中nalP基因可能由Ng获得后各自独立进化,无nalP基因菌株可能是nalP基因丢失,能够表达NalP的C群患者来源菌株可能缺失NalP的补偿机制。      

中国脑膜炎奈瑟菌ST-4821克隆群荚膜基因簇分布特征

目的了解中国脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis,Nm）高致病性ST-4821克隆群（CC4821）荚膜基因簇分布特征,为流行性脑脊髓膜炎的传播扩散机制研究提供依据。方法使用Artemis、MEGA 6、SimPlot和RDP等软件分析41株Nm全基因组序列,分析荚膜基因簇序列差异性、序列重组和基因排布等特征。结果荚膜基因簇ACE区差异较大,重组现象多集中在AC区。 D和D′区有明显差异序列,表明这2个区并非精准复制。 荚膜基因簇存在基因反转现象。结论Nm高致病性CC4821荚膜基因簇呈现多态性、重组和基因反转等多种荚膜调节机制,可能有助于该克隆群菌株的传播扩散。     

2015-2017年北京市顺义区腹泻病例副溶血弧菌流行特征与分子分型特征分析

目的 了解2015-2017年北京市顺义区副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）的流行特征和分子分型特征,为进一步防控工作提供依据。方法 分离2015-2017年顺义区腹泻病例标本中的副溶血弧菌,对分离株进行血清型和毒力基因检测,结合流行病学和临床资料进行分析。并将所得的O3:K6型副溶血弧菌菌株的脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱作聚类分析。结果 3年间,副溶血弧菌阳性检出率为8.68%（96/1 106）,2份标本各检出2株副溶血弧菌,共获98株菌株;菌株分为9个血清型,O3:K6型最多（73.47%,72/98）;菌株均为tlh+trh-,仅1株tdh-,其余为tdh+;副溶血弧菌夏季检出率高,3年检出高峰均在8月;男女性副溶血弧菌阳性检出率差异无统计学意义（χ2=0.19,P=0.66）;副溶血弧菌阳性病例以16~45岁的青壮年居多,职业以其他职业、商业服务和工人居多;可疑感染食品多为水产类、蛋、肉及其制品;副溶血弧菌阳性病例症状以腹泻、脱水、腹痛为主,且多为水样便;大部分O3:K6型菌株的PFGE图谱聚集成簇,相似度较高,个别菌株相似度较低。结论 北京市顺义区副溶血弧菌感染引起的腹泻夏季高发,青壮年发病较多,水产及其制品为重要的可疑感染食品。O3:K6型为主要流行血清型,其PFGE图谱多聚集成簇。应加强夏季的防控工作。     

我国施万菌分布及其分子特征分析

目的 探索中国施万菌的种群分布、分子流行病学特征及遗传进化关系,为施万菌的流行病学监测和进化研究提供依据。方法 利用基质辅助激光解吸电离–飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）联合gyrB基因测序进行施万菌种水平鉴定;利用7个管家基因（16S rRNA、gyrA、gyrB、infB、recN、rpoA和topA）进行多位点序列分型（MLST）,利用BioNumerics 7.1软件对各个序列类型（ST）构建最小生成树。结果 本研究共收集全国201株施万菌,鉴定到10个不同的菌种,其中海藻施万菌所占数量最多。不同分离来源中的施万菌种分布有所差异,临床和食品来源的施万菌种分布相似。MLST将施万菌实验室分离株划分成136个ST型和15个克隆复合体（CCs）,其中CC12为海藻施万菌优势克隆群。结论 我国分布的施万菌病原谱丰富多样,提示这些菌株具有高度的遗传多样性。     

河弧菌可移动遗传元件的预测与分析

  目的  研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布,探究其对河弧菌适应性进化的意义。  方法  从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据,使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件,并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究。  结果  170株河弧菌基因组中共识别到1 227个可移动遗传元件。 这些元件可归类为完整噬菌体、不完整噬菌体、插入序列、含有第二类内含子的元件、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件、只含有编码基因的元件以及不含任何开放读码框的元件共8类。 317个代表性元件序列簇中有307个转座活性都较低,但高转座活性的可移动遗传元件在河弧菌中分布更广泛。 可移动遗传元件携带的编码基因的功能主要涉及基因复制、重组、修复,以及基因转录等。 可移动遗传元件在环境分离株和临床分离株的分布没有差异。 在插入序列、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件以及只含有编码基因的元件这4种可移动遗传元件中识别到多种毒力因子,且不同的可移动遗传元件携带的毒力因子不同。  结论  河弧菌含有多种类型、多种功能的可移动遗传元件,表现出以高转座活性可移动遗传元件为主导的适应性进化特征。