实验用鹌鹑遗传检测方法的初步建立

目的 建立封闭群实验用鹌鹑微卫星DNA遗传检测方法。方法 通过文献检索,筛选鹌鹑微卫星位点,利用种间转移法,在鹌鹑近缘物种—鸡和鸭筛选适合鹌鹑的微卫星DNA位点。提取鹌鹑肝组织DNA作为模板,并通过PCR扩增以及琼脂糖凝胶电泳技术,对相应的位点进行筛选。最后根据所选微卫星位点扩增情况、等位基因数目和多态性等,筛选出适用于鹌鹑遗传质量检测的微卫星位点组合并建立检测方法。结果 初步确定适用于封闭群实验用鹌鹑遗传检测的23个微卫星位点组合。结论 初步建立了实验用鹌鹑的遗传质量检测方法。     

封闭群实验用鸽微卫星DNA遗传检测方法的初步建立

目的建立封闭群实验用鸽微卫星DNA遗传检测方法。方法通过文献检索和SSR Hunter软件筛选,选取和设计了鸽微卫星位点共61个。利用鸽基因组样本进行PCR扩增及条件优化。利用琼脂糖凝胶电泳结果进行初筛,获得等位基因丰富、扩增条带清晰的20个微卫星位点。通过STR扫描比较分析,选取适用于实验用鸽遗传质量检测的位点共16个并应用于两个封闭群鸽群体。结果利用筛选出的16个微卫星DNA位点,初步建立封闭群实验用鸽的遗传检测方法。结论初步建立了基于微卫星DNA的封闭群实验用鸽遗传检测方法,为封闭群实验用鸽种群遗传质量控制奠定基础。     

用于实验用猫群体遗传分析的微卫星位点筛选

目的筛选适用于猫遗传质量检测的微卫星位点。方法从相关文献和Gen Bank中备选了74个微卫星位点,摸索了最佳退火温度优化PCR反应条件,以琼脂糖凝胶电泳以及STR扫描结果为依据,选取条带清晰稳定、等位基因丰富、均匀分布于猫18对常染色体上的一组微卫星位点用于实验用猫遗传质量检测。结果从74个备选的微卫星位点中筛选到55个具有多态性且稳定扩增的STR位点。并在猫的每条常染色体(除了A1、B1染色体)适当选择1～2个多态性较高的STR位点,最终得到31个分布于18对常染色体且等位基因多的微卫星位点。结论成功筛选到一组适用于猫群体遗传结构分析的微卫星位点。     

西藏小型猪群体遗传结构分析

目的 了解西藏小型猪的群体遗传结构.方法 针对所优选出的40个微卫星位点设计引物,对35头南方医科大学饲养的西藏小型猪样本进行PCR扩增,扩增产物采用STR扫描技术进行测定,分析西藏小型猪的群体遗传结构.结果 西藏小型猪群体平均有效等位基因数为4.6187,平均杂合度为0.7576,平均多态性信息含量0.7463.结论 西藏小型猪群体具有丰富的遗传多样性,符合封闭群动物遗传特性.     

实验用鸡的遗传检测方法的初步建立

目的建立实验用鸡微卫星DNA遗传检测方法。方法通过文献检索分析初步筛选出72个微卫星位点,利用PCR和STR扫描确定扩增效果好、稳定性强的位点。初步确定适合封闭群和单倍型实验用鸡遗传检测的位点组合,并在3个封闭群实验用鸡和3个单倍型实验用鸡的群体进行应用。结果初步确定适用于封闭群实验用鸡遗传检测的28个微卫星位点组合和适用于单倍型实验用鸡遗传检测的14个微卫星位点组合。结论初步建立了实验用鸡的遗传检测方法。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化

目的利用基因组数据筛选更多有效的长爪沙鼠微卫星位点用于近交系和封闭群遗传质量分析,丰富长爪沙鼠遗传数据。方法通过对长爪沙鼠全基因组测序结果分析,选出符合微卫星标准的重复序列357个,根据每个位点的侧翼序列设计并合成相应引物。提取长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增,经引物序列和PCR条件优化以及凝胶电泳实验分析,对成功扩增的位点通过不同近交系和封闭群长爪沙鼠进行验证和优化,筛选出适于遗传质量分析的位点。结果在357个微卫星位点引物中,135个位点引物成功扩增PCR产物。分析结果显示,其中10个位点可以将长爪沙鼠脑缺血和糖尿病模型近交系区分开。在12只封闭群长爪沙鼠中,23个位点呈现出多态性。结论成功筛选出了135个长爪沙鼠微卫星位点,部分位点可用于近交系和封闭群长爪沙鼠遗传质量分析。     

应用微卫星标记研究Dunkin Hartley豚鼠封闭群的遗传背景

目的 检测我国现有Dunkin Hartley 豚鼠封闭的遗传背景,分析评估其遗传多样性水平和遗传分离情况,为建立标准化的豚鼠封闭群监测方法提供基础资料.方法 应用筛选获得的8个微卫星位点,从一个数量为1000的豚鼠封闭群中随机选择72个个体,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法,进行等位基因检测.并根据检测结果分析评估了该豚鼠封闭群的遗传现状.结果 共检测到28个等位基因,每个座位的等位基因数为2～5个,有效等位基因数为1.5191～3.4422,平均2.3093.平均期望杂合度为0.5294.各位点多态信息含量在0.3154～0.6545之间,平均值为0.4687.有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡.结论 豚鼠封闭群的遗传多态性处于中等水平,遗传平衡检测结果提示种群的繁殖过程未能实现完全随机交配,近交现象一定程度上存在.本研究的结果将为豚鼠封闭群遗传监测方法和标准的建立提供基础.     

房山封闭群小型猪微卫星位点的测定

目的依据北京市地方标准DB11／T828．3-2011,在DNA水平上对房山封闭群小型猪进行种群遗传质量评价与分析。方法按照北京市地方标准DB11／T828．3-2011规定,利用25对微卫星引物,对22头房山封闭群小型猪进行PCR检测,利用群体遗传分析软件Popgen32对所得结果进行处理。结果25对引物中,4对引物经反复调整PCR反应条件不能得到稳定扩增结果,其余21对引物得以稳定扩增;共得到91个有效等位基因型,平均多态性信息含量（PIC）为0．4630,平均杂合度为0．5331。同时,SWr1008位点上的产物与DB11／T828．3-2011标准有所差异;标准对SW271位点所在染色体报道也与美国农业部官网等数据库不同。结论房山封闭群小型猪群体具有一定的遗传稳定性,符合封闭群动物的遗传结构特征。     

微卫星标记对封闭群和近交第五代WHBE兔的遗传分析

目的分析比较封闭群白毛黑眼（WHBE）兔和近交第五代（F5）WHBE兔的微卫星结构的变化,寻找针对WHBE兔品系的遗传监测基因位点并应用于实际监测。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对封闭群和近交F5代WHBE兔进行遗传多样性检测和对比。结果在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对微卫星引物。封闭群WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3－8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．0344个,平均杂合度为0．4956,平均多态信息含量（PIC）为0．6130,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9683,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9980;近交F5代WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3-9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为1．8132个,平均杂合度为0．3808,平均多态信息含量（PIC）为0．5241,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9264,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9933。在10个封闭群WHBE特有的等位基因中（与日本大耳白兔、新西兰兔DNA多态性比较）,其中7个微卫星位点的8个等位基因为封闭群与近交F5代WHBE兔所共同特有。近交F5代WHBE兔的平均有效等位基因数和平均杂合度均比封闭群低,说明经过5代培育,近交F5代的基因纯合度高于封闭群,具有更优的遗传稳定性。结论本研究选取的21个微卫星位点中的11个适用于WHBE兔近交系培育的遗传监测。