广西狂犬病病毒与狂犬病疫苗株N基因序列分析

目的了解广西狂犬病病毒（RABV）街毒株与疫苗株N基因序列的差异,为疫苗使用提供理论依据。方法采用直接免疫荧光法（DFA）和巢式RT—PCR法检测,测定病毒N基因序列全长,同时根据N基因序列同源性及系统进化树比较,分析广西近年流行的RABV与国内外10株疫苗代表株N基因序列之间的差异。结果DFA法阳性率为8．84％（350／3961）,RT—PCR法检测阳性率1．29％（51／3961）,获得N基因全序15份;15份N基因核苷酸与氨基酸序列同源性为89．40％。100％和98．40％~99．80％;广西15份（RABV）与国内外10株疫苗代表株N基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85．70％～99．70％和94．90％～99．80％,与中国CTN疫苗株N基因的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为89．60％,99．70％和98．40％。99．80％。N基因系统发生树分为两大分支,15份（RABV）与中国人用CTN株构成第一分支,其余的疫苗毒株构成第二分支。结论广西犬间流行的RABV与中国人用CTN疫苗株N基因序列同源性最高、亲缘关系最近,在广西地区使用CTN疫苗株效果可能较好。     

浙江省不同宿主来源狂犬病病毒N基因分子特征分析

目的 测定浙江省不同宿主（人、鼬獾、犬）来源的狂犬病病毒街毒株N基因序列, 分析病毒遗传变异特征及其与流行的关系。方法 采用直接免疫荧光试验和反转录聚合酶链式反应检测狂犬病病毒阳性标本N基因核苷酸序列, 利用生物信息学软件分析基因序列和编码蛋白。结果 共获得浙江省2 个人源、5 个鼬獾源和11 个犬源狂犬病病毒街毒株N基因核苷酸序列, 18 个核苷酸和氨基酸序列同源性在89.7%～100.0%和98.4%～100.0%, N蛋白一级结构上绝大部分为稳定区域, 编码基因的核苷酸变异多为无义突变, 系统发育分析显示18 个街毒株均属于传统的基因1 型。结论 浙江省不同宿主来源狂犬病病毒的流行具有地域性特征, 同类宿主动物病毒株或来自同一县域/相邻县域的毒株在地理位置上最为近缘, 但人源株病毒更具有复杂性。浙江省狂犬病病毒街毒株的流行具有通过犬向鼬獾和人传播, 并在犬、鼬獾中跨区域循环传播的特点。     

沪191麻疹病毒疫苗株的核蛋白基因分析

目的研究沪191(S191)麻疹病毒疫苗株的核蛋白(N)基因.方法将S191株主代病毒(HK33HAM39CEC20)在实验室连续传递11代,从原代鸡胚细胞(CEC)20代连续传至CEC31代.除观察每代病毒培养特性外,还选其中的21、22、25、26、29、30、31代病毒及S191强毒株(HK33HAM45)、Edmonston(Ed)强毒株(HK28HAM40MRC-55),以逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术对这些病毒标本的N基因编码区的全长以及羧基末端的450个核苷酸区域进行片段扩增.结果通过N基因的序列分析发现,S191疫苗株与强毒株在N基因上有10～13个核苷酸差异,差异率为0.63%～0.82%.S191株主代病毒在CEC上连续传递11代的过程中,有2个代次病毒的个别核苷酸出现有义突变,分别导致第22代病毒的278位氨基酸Glu→Lys,第26代病毒的341位氨基酸Val→Lys,但这一变化不存在重复性,随着继续传代又恢复到21代的序列水平.结论S191麻疹病毒疫苗株在CEC长期传代过程中,各代次之间的N基因高变区序列一致,包括N基因中与免疫功能有关的3个B细胞表位区域的序列在传代中也无改变,故不可能影响到疫苗的免疫效果.     

广西玉林市2005—2012年狂犬病病原学监测及病毒N基因特征分析

目的分析2005—2012年广西玉林市狂犬病病原学监测结果及病毒N基因遗传变异特征,为狂犬病防控提供科学依据。方法 2005—2012年在广西玉林市采集犬脑组织及临床诊断人狂犬病病例的唾液进行病原学检测,检测阳性标本进行N基因核苷酸序列测定、同源性比较和种系发生分析。结果共采集、检测外观健康犬脑组织728份、临床诊断人狂犬病病例唾液33份,RT-PCR检测阳性率分别为0.96%(7/728)和51.52%(17/33)。获得5条犬源、6条人源狂犬病病毒株N基因全序列。该11条序列之间的核苷酸同源性为94.7%~100.0%,与广西以往分离株GX01的核苷酸序列的同源性为94.5%~98.4%,与疫苗株CTN株的同源性为94.6%~99.7%。进化树分析显示,犬源株和人源株病毒N基因亲缘进化关系很近,处于同一分支,都属于基因Ⅰ型狂犬病病毒。结论从病原学和病毒分子水平证实玉林市外观健康犬携带狂犬病毒及17例临床诊断病例为确诊病例,其病原为狂犬病病毒基因I型,阳性带毒犬的流动是造成本病传播和扩散的主要因素,也是造成该地区疫情高发的重要原因之一。     

HEP-Flury株病毒辅助质粒包装CTN株病毒基因组拯救狂犬病病毒

目的 以CTN株狂犬病病毒全长基因组cDNA重组质粒(pCTN-GFP)和HEP-Flury株病毒N、P、L辅助质粒共转染拯救具有活性的CTN株重组狂犬病病毒(CTN-GFP).方法 将CTN株狂犬病病毒全长基因组分4段进行扩增,体外连接扩增片段并克隆入表达载体中,构建CTN株狂犬病病毒全长基因组cDNA重组质粒,基因组ψ基因被标识基因GFP取代,通过与HEP-Flury株病毒N、P、L3个辅助质粒共转染BHK-21细胞,拯救能够稳定表达GFP的重组病毒CTN-GFP.结果 成功扩增全长基因组的4个基因片段,并将其克隆入表达载体,构建了CTN株狂犬病病毒全长基因组cDNA重组质粒pCTN-GFP,经酶切鉴定和序列测定证明pCTN-GFP为正确克隆,可直接用于病毒拯救.将pCTN-GFP与HEP-Flury株病毒辅助质粒共转染BHK-21细胞4d后,成功拯救出CTN株重组狂犬病病毒,重组病毒能够表达标识基因GFP,荧光显微镜下可直接观察到标识基因GFP的表达,设计跨GFP和L基因的特性引物对重组病毒进行RT-PCR检测,结果证明此病毒是从克隆的质粒中拯救的重组病毒.结论 HEP-Flury株病毒的结构蛋白能够包装并转录CTN株病毒的基因组RNA.     

中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。     

深圳地区麻疹病毒流行株血凝素蛋白H基因及核蛋白N基因序列分析

目的探讨深圳地区目前流行的麻疹病毒的基因型别和特征。方法采用B95a细胞分离培养麻疹病毒,通过RT-PCR方法扩增麻疹病毒核蛋白基因C末端450bp片段和血凝素H基因全序列并测序,其序列与Genebank中国内外流行的麻疹病毒8个基因组的代表毒株的序列进行同源性分析。结果分离到1株麻疹病毒,N基因与H1基因型代表毒株相比同源性为98.4%,H基因与H1基因型代表毒株相比同源性为99.5%。结论深圳市麻疹流行毒株属于H1基因型。     

狂犬病病毒G蛋白基因重组研究

目的探讨狂犬病病毒G蛋白基因重组及其对病毒属性的影响。方法收集GenBank狂犬病病毒G蛋白基因全序列,经过MEGA4.1对齐、去除空位处理后,运用RDP 2.0软件进行筛查,然后利用SimPlot 3.5.1软件进行相似性分析和BOOTSCAN分析,对基因重组加以验证,并构建最大似然进化树,观察重组片断拓扑结构的改变。结果利用RDP 2.0软件共检测到3个重组序列,分别是DQ849069、AF334789与AY009100。相似性分析和BOOTSCAN分析确认重组序列DQ849069重组特征明显,重组片段为746～1 566nt,重组片断最大似然进化树的拓扑结构也发生了相应改变。而AF334789与AY009100未发现有意义重组信号;地缘分析表明DQ849069是基因重组的产物。结论狂犬病病毒G蛋白在进化过程中存在重组,重组事件对未来病毒毒力的影响有待于深入研究。     

广东省流行麻疹野病毒的核蛋白基因序列分析

广东省 2 0 0 0～ 2 0 0 1年分离到 7株麻疹病毒 ,通过逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增出该 7株麻疹病毒核蛋白 (N)基因碳末端 5 90个核苷酸。其中碳末端 45 0个核苷酸的序列测定和分析提示 ,该 7株病毒为麻疹野病毒H1基因型。 7株病毒之间核苷酸同源性为 96 .7%～ 10 0 0 %,和其它基因型相比 ,碳末端 45 0个核苷酸水平变异可达 12 0 %,提示氨基酸水平上的变异在 12 .4%。     

广西狂犬病病毒M基因序列分析

目的 探讨广西13株狂犬病病毒M基因遗传变异特征及其与狂犬病在广西流行的关系.方法 用直接免疫荧光法(DFA)检测2006～2008年广西地区收集到的3961份犬脑组织标本,将榆测结果为阳性的脑组织标本进行RT-PCR扩增,双向测序M基因核苷酸序列,进行生物信息学分析.结果 DFA法检测阳性率为8.84%(350/39...     

2006年长春市儿童野生型麻疹病毒基因序列分析

目的:研究吉林省长春市0~12周岁儿童野生型麻疹病毒的基因型别及核蛋白(N)基因序列特征,探讨控制麻疹发生的措施。方法:采用Vero/SLAM细胞分离培养麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法从分离的麻疹病毒中扩增核蛋白(N)基因羧基端450个核苷酸片段(bp)并进行核苷酸测序分析,对基因库中麻疹病毒的22个代表株基因序列的同源性进行比较。结果:分离得到9株野生型麻疹病毒,N基因与H1基因型代表株相比同源性为98.3%。结论:吉林省长春市麻疹流行株属于H1基因型。     

2006年吉林省野生型麻疹病毒分离鉴定及核蛋白基因序列分析

目的：研究吉林省麻疹病毒的基因型别及核蛋白（N）基因序列特征,探讨控制麻疹发生的措施.方法：采用B95a和Vero/SLAM细胞分离培养麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法从分离的麻疹病毒中扩增核蛋白（N）基因羧基端450个核苷酸（bp）片段,进行核苷酸测序分析并与基因库GenBank中麻疹病毒的各代表株基因序列的同源性比较.结果：分离到8株麻疹病毒,N基因与H1基因型代表株[1]相比同源性为98.8%.结论：吉林省麻疹流行株属于H1基因型.     

宁波市麻疹病毒血凝素基因的序列分析

目的：探讨现阶段在宁波市流行的麻疹野病毒的基因型别和特征。方法：在2004年和2005年医院住院麻疹病人中采集含漱液分离麻疹病毒，获得8株麻疹野病毒。通过RT-PCR方法扩增其中两株麻疹病毒血凝素（H）基凼全序列并对其进行序列测定和分析。比较这两株麻疹病毒和Genbank中麻疹病毒的各基因型代表株的同源性。结果：两株宁波麻疹毒株ningbo04-2和ningbo05-2的H基因之间核苷酸同源性为97．7％，与川基因型代表株China93-7之间核苷酸同源性分别为98．3％，97．7％。与它们在核苷酸水平上同源性最高的毒株分别是zhejiang05-2，china94-7，其同源性分别达到99，7％，99．4％。ningbo04-2在氨基酸240位由丝氨酸（S）突变成天冬酰胺（N），造成一个潜在的N型糖基化位点丢失。结论：宁波市麻疹流行株属于H1型，至少存在H1a，HIb两组。     

登革2型病毒深圳分离株的鉴定及E基因序列分析

分支上,核苷酸同源性最高,达99.8%,氨基酸同源性为100%,与Indonesia-76、Somalia-84和Sri Lanka-90同属基因Ⅳ亚型.结论 首次从深圳市登革热患者血清中分离到1株登革2型病毒,证实该毒株可能来源于马来西亚.     

北海道型汉坦病毒核蛋白基因的克隆表达及其免疫原性

目的 构建北海道型汉坦病毒(HOKV)核蛋白(NP)基因的重组杆状病毒表达载体,在昆虫细胞中表达出具有免疫原性的抗原,用于HOKV的检测及诊断.方法 应用RT-PCR方法扩增HOKVFusong-Cr-247株的NP基因,并将该基因片段克隆到PCR[R]2.1TA载体,转化到One ShortTM TOP10感受态细胞构建TA克隆载体,并与pFastBacTM1转座质粒载体分别用Kpn I和Not I双酶切,用T4连接酶连接,构建pFast PUUV-S重组转座质粒,经双酶切、PCR扩增及插入序列方向鉴定后.转化到DH10BacTM E.coli 感受态细胞,经三抗培养基筛选和PCR扩增鉴定后获得重组Bacmid质粒,将重组Baemid质粒转染Sf9昆虫细胞制备重组杆状病毒毒液,并继续扩增重组杆状病毒,以第三代毒液感染Sf9昆虫细胞,96h后收获细胞.用间接免疫荧光(IFA)、SDS-PAGE和Western blot对表达产物进行鉴定和分析.结果 实验应用Bac-to-BacTM杆状病毒表达系统,成功构建了含普马拉类汉坦病毒核蛋白基因的重组杆状病毒表达载体.并在昆虫细胞中获得表达.IFA结果显示,感染细胞的胞浆中有亮绿色荧光颗粒,SDS-PAGE和Western blot检测细胞表达产物的50×103(M)的蛋白条带,证实重组病毒感染昆虫细胞后表达了相应的重组核蛋白,与预计的结果相符.并能与抗汉坦病毒抗体结合.结论 成功表达具有HOKV免疫原性及反应性的重组核蛋白,为研制HOKV的诊断试剂奠定了基础.     

广西16株狂犬病毒P基因序列分析

目的分析广西16株狂犬病毒P基因序列特点,探讨广西狂犬病高发的可能原因。方法 2005-2008年在广西14个市采集健康犬脑标本3 961份,用直接免疫荧光法（DFA）和RT-PCR法检测狂犬病毒,P基因PCR扩增阳性者进行序列测定和分析。结果 16株狂犬病毒完成P基因序列测定,核苷酸及氨基酸同源性分别为86%-100%和93%-100%,属于基因Ⅰ型狂犬病毒;广西境内至少存在3条狂犬病毒传播链;16株狂犬病毒P基因序列推导的氨基酸序列多个位点发生变异。结论广西存在多个Ⅰ型狂犬病毒株系的流行,可能是近几年广西狂犬病持续高发的原因之一。     

麻疹病毒血凝蛋白基因的序列分析

目的 探讨深圳市麻疹病毒的基因型别和特征。方法 对深圳市专科医院2000～2002年的19例临床诊断为麻疹病例的咽拭子和尿液提取RNA，通过 RT-PCR方法扩增麻疹病毒血凝索(H)基因序列，并克隆到PMD18-Tvector进行序列测定；分析麻疹病毒和Genebank中麻病毒的各基因型代表株序列的同源性。结果 19株麻疹病毒H基因之间的同源性为96．2％～100％，和H1基因型代表株相比同源性为96．4％～99．3％。结论 深圳市麻疹流行株属于H1基因型。     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株<i>UL142</i>基因的序列特征分析

目的探讨广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL142基因的序列特征。 方法选取2014年3月至2015年12月在广州医科大学附属广东省妇儿医院儿科就诊的10例HCMV症状性感染患儿的尿液标本为研究对象。将从HCMV症状性感染患儿尿液标本中分离出的病毒株进行多重PCR鉴定,对UL142基因全序列克隆到pMD18-T载体上扩增并将产物进行测序,将测序结果提交GenBank并与GenBank收录的其他10株HCMV病毒株的UL142基因进行比对分析。 结果从广州地区HCMV症状性感染患儿尿液中成功分离2株HCMV临床病毒株,分别命名为HCMV D2和D3;克隆测序后由GenBank收录,收录号分别为DQ180384和DQ180370。各HCMV病毒株的UL142基因同源性比对分析发现：UL142基因序列较保守,有69处碱基发生变异,且均为点突变,无插入及缺失突变;编码蛋白的氨基酸残基为306个,序列也较保守,其中28处点突变导致编码氨基酸的改变,其余点突变均未导致编码氨基酸改变。不同HCMV病毒株中UL142基因所编码的氨基酸变异率为0.9%～6.5%。各HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的二级结构的氨基酸数目不同,但所有HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的等电点均在6.48～8.27。 结论广州地区HCMV临床低传代病毒株ULl42基因序列及其编码产物的氨基酸序列均较为保守,但仍存在一定的多态性,这提示UL142基因在HCMV感染与致病机制的研究中可能具有重要作用。     

广东省麻疹病毒血凝素基因的序列分析

目的 探讨广东省麻疹病毒的基因型别和特征。方法 对2000年和2001年分别在广东省中山和韶关地区分离的两株麻疹病毒，通过RT－PCR方法扩增麻疹病毒血凝素（H）基因全序列，并克隆pMD18-T Vector进行序列测定；并分析这两株麻疹病毒和Genbank中麻疹病毒的各基因型代表株序列的同源性。结果 两株广东麻疹流行株H基因之间同源性为97％，和它们在核苷酸水平上同源性最高的毒株分别是China93-4和China94-7，达到99％。和其它已知麻疹病毒的21个基因代表株相比，广东省麻疹毒株在核苷酸水平上最大变异为7．0％，其中广东省2000年流行株在氨基酸240位由丝氨酸（S）突变成天门酰胺（N），造成一个N型糖基化位点丢失。结论 广东省麻疹流行株属于H1基因型。