中国人TFPI-2基因的克隆及测序分析

目的对中国人的组织因子途径抑制物-2(TFPI-2)基因进行克隆并测序。方法从人新鲜肝组织提取总RNA,经逆转录PCR(RT-PCR)扩增出TFPI-2的全长cDNA,经亚克隆、筛选、鉴定后,进行正反测序。结果中国人TFPI-2基因cDNA全长1222bp,除258bp、585bp和884bp处与目前GenBank中收录的国外学者克隆的TFPI-2基因序列不同外,其他完全一致。其序列Gen-Bank登记号TFPI AY691946。结论中国人TFPI-2基因序列与已经报道的西方人的TFPI-2基因序列基本相同,但三处单核苷酸多态性的意义何在,目前尚不清楚。     

组织因子途径抑制物2基因真核表达载体的构建及鉴定

目的:构建人组织因子途径抑制物2(tissuefactorpathwayinhibitor2,TFPI-2)基因的真核表达载体pEGFP-C1-TFPI-2,并对其进行酶切鉴定。方法:实验于2006-09/12在安徽省立医院中心实验室完成。实验方法:①从人胎盘组织中提取总RNA,反转录合成cDNA,以特异性引物扩增TFPI-2基因全长mRNA。②扩增产物回收纯化后用限制性内切酶酶切,与经同样处理的载体pEGFP-C1进行连接反应,连接产物转化感受态大肠杆菌DH5α。③碱变性法提取质粒进行限制性内切酶酶切分析,并进行DNA序列测定。结果:①成功克隆了708bp的TFPI-2基因片段。②构建了人TFPI-2基因的真核表达载体pEGFP-C1-TFPI-2,经限制性内切酶酶切,电泳分析后得到了大小分别为708bp的目的基因片段和4.6kb的载体片段,测序结果与TFPI-2mRNA的cDNA序列吻合。结论:通过基因重组技术,构建了稳定表达TFPI-2的人TFPI-2的真核表达载体pEGFP-C1-TFPI-2。     

核干细胞因子基因在人肝癌组织及细胞中转录特征及临床意义

目的 研究核干细胞因子(nucleostemin,NS)基因在肝癌组织和细胞中的表达特性,探讨其在肝癌发生中的意义.方法 用PCR方法从人肝癌cDNA中分别进行NS片段和全长基因的扩增,并将扩增产物连接到pMD18-T载体进行测序验证;在40例肝癌和癌旁组织,以及3种肝癌细胞系cDNA中进行NS片段的PCR扩增及分析.结果 分别从肝癌cDNA克隆到了NS基因的部分片段(450 bp)及全长(1 650 bp);发现在肝癌组织中NS的表达高于癌旁组织,临床病例分析表明3期和4期病例NS基因上调表达显著高于下调表达;肝癌细胞株分析结果提示,NS基因随肝癌细胞转移能力的增加表达量增加.结论 NS基因参与肝癌细胞的增殖过程,对肝癌的发生起促进作用.     

体外促进血管内皮细胞分化的实验观察：人血管生成素相关蛋白2全长编码基因的克隆

目的：克隆人血管生成素相关蛋白2(angiopoietin-related protein2．ARP2)全长编码基因，使其以体外方式促进血管内皮细胞分化，拟构建PET32a载体。方法：采用反转录多聚酶链反应(RT-PCR)从人脾脏组织中扩增ARP2cDNA，构建PET32a载体，采用EcoRⅠ，HindⅢ双酶切以及DNA测序进行鉴定。结果：RT-PCR扩增长度为1492bp的基因片段。EcoRⅠ，HindⅢ双酶切结果显示重组T载体中含有目的基因片段，测序结果显示编码区无基因突变。结论：顺利构建PET32a载体，人ARF2全长cDNA基因克隆成功。ARP2有非常明显的促进血管内皮细胞生长的作用，可能对缺血性心脏病的促血管形成治疗有较大帮助。     

与人体肥胖相关的神经肽Y基因克隆及序列分析

目的 克隆与肥胖相关的人神经肽Y(NPY)基因,并鉴定该克隆基因序列的正确性.方法 根据GeneBank中收录的NPY基因序列,设计该基因上下游序列,经过PCR反应合成NPY的cDNA.然后与pET28a+载体重组,筛选阳性克隆和DNA序列分析鉴定,测序后与GeneBank中NPY基因进行同源性比较和序列分析.结果 PCR扩增出一个100 bp左右的DNA片段,与载体重组后和DNA序列分析鉴定,DNA序列分析显示克隆的DNA片段是人NPY基因.且所克隆的基因共编码36个氨基酸,分子量为4.2 kD,与GeneBank中NPY基因序列同源性达100%.结论 克隆的人NPY基因与Genebank中NPY序列完全一致,为进一步应用分子生物学技术深人研究NPY与人体肥胖发生、发展及转化等相关作用机制及应用该基因进行其基因蛋白表达奠定了基础.     

扇贝防御素基因改良5′cDNA末端快速扩增聚合酶链反应筛选方法的研究

目的应用改良5′cDNA末端快速扩增聚合酶链反应(RACE)筛选扇贝抗菌肽基因,寻找基于基因序列同源性的双壳类抗菌肽(AMP)的筛选方法。方法 TRIzol法提取扇贝血淋巴中总RNA。根据贻贝抗菌肽的保守序列设计基因特异性简并引物,进行改良5′RACE钓取可能防御素基因cDNA的5′端序列、AT克隆、DNA测序和同源性分析。结果采用改良5′RACE从扇贝血淋巴RNA中得到多个未知基因的cDNA 5′端序列,挑选600bp以下的基因片段进行AT克隆和DNA测序后得到3个插入片段序列,其长度分别为257、275和511bp。通过BLAST程序搜索GenBank核酸数据库,未发现与之高度同源的基因。结论从扇贝血淋巴中获得的3个5′端cDNA序列可能属于新的基因。应用改良5′RACE能钓取含防御素保守序列的新基因片段,由此表明此方案具有可行性。     

日本血吸虫微管蛋白基因的获得和分析

目的从日本血吸虫(schistosoma japonicum，Sj)成虫cDNA文库中获得并分析日本血吸虫新的表达基因，为日本血吸虫病的防治提供药物靶标或侯选疫苗。方法构建日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行测序，对部分序列进行步移法测序获取全长cDNA，并进行生物信息学分析和登录。结果获得了1个日本血吸虫新基因，全长1439bp，编码443个氨基酸，与肝片形吸虫微管蛋白基因具有79％的同源性。结论表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术三者相结合，有利于发现日本血吸虫新基因。     

骨形成发生蛋白-7成熟肽基因克隆及序列测定

目的：克隆人骨形态发生蛋白-7成熟肽基因。方法：根据Genebank人骨形态发生蛋白-7基因序列合成两条引物，从培养的人胎儿软骨细胞中提取mRNA，利用bnestep RT—PCR技术扩增出人骨形态发生蛋白-7成熟肽的基因序列，将PCR扩增产物基因片段连接克隆载体质粒中转化大肠杆菌DH5a进行克隆筛选鉴定及测序。结果：琼脂糖凝胶电泳检测RT—PCR产物显示-长约456bp的条带，阳性克隆质粒经双酶切可切出约456bp的片段，DNA测序结果与Genebank中的序列相符。结论：利用RT—PCR技术可成功的从人胎儿软骨细胞中克隆出人BMP-7成熟肽基因。     

人乙酰肝素酶全长编码cDNA的克隆

目的 克隆乙酰肝素酶(HPA)全长编码cDNA并构建其真核表达载体.方法 培养HepG2细胞后,收集细胞,提取HepG2细胞总mRNA,反转录合成cDNA.以cDNA作为模板通过PCR法扩增HPA蛋白全长编码cDNA;构建真核表达载体.结果 所获得的乙酰肝素酶cDNA序列共1632 bp,与已报道的人乙酰肝素酶编码基因全长cDNA序列一致,并构建了以pcDNA3.1(+)为载体的真核表达质粒.结论 本实验克隆出了人乙酰肝素酶编码cDNA序列,并成功构建了真核表达载体.     

低密度脂蛋白受体基因全长cDNA 序列分析法检测1例家族性高胆固醇血症患儿基因突变

目的建立低密度脂蛋白受体(LDLR)基因全长cDNA序列分析方法并对1例家族性高胆固醇血症(FH)患儿进行基因检测。方法设计7对LDLR基因cDNA引物并验证;对1例临床诊断为FH的患儿进行家系调查和临床体检,提取外周血DNA和RNA,DNA扩增结合测序分析LDLR基因并找出其突变位点;RNA经PCR反转录为cDNA后扩增LDLR基因,将扩增产物进行正、反双向核苷酸序列分析,并与GenBank中LDLR基因的正常序列对比找出突变位点后与传统DNA测序方法结果比对。结果 LDLR基因全长cDNA序列分析方法检测LDLR基因为2 583个碱基,与标准序列完全一致;本例患儿确诊为"FH纯合子",cDNA测序结果与传统DNA测序结果相符,均为第2外显子终止突变和第6外显子点突变及框移突变。结论 LDLR基因全长cDNA序列分析法检测FH患儿突变,与传统DNA方法检测结果相符,可为FH的基因诊断提供新的方法依据。     

巢式逆转录-聚合酶链反应扩增人骨形成蛋白2全长cDNA及其真核表达载体的构建

目的:利用巢式逆转录-聚合酶链反应扩增的方法,从肌肉组织中扩增人骨形成蛋白2全长cDNA并构建真核表达载体系统。方法:实验于2003-10/2005-10在苏州大学基因工程教研室和北京大学第三医院骨科实验室完成。提取成人肌肉组织内的总RNA,设计内外两对引物以巢式逆转录-聚合酶链反应扩增方法分两次扩增出人骨形成蛋白2全长1188bp基因,经T-A克隆装入pUCM-T质粒载体内,测序验证后,将克隆质粒以Hind Ⅲ和Xba Ⅰ双酶切后与pcDNA3.0载体相连接,构建真核表达载体系统。结果:利用巢式逆转录-聚合酶链反应扩增方法能从成人肌肉组织内扩增出1188bp的人骨形成蛋白2全长cDNA基因,其测序结果显示与Genebank报道序列完全相符。将扩增序列双酶切后与pcDNA3.0载体相连接,经电泳验证,能构建人骨形成蛋白2全长基因的真核表达系统。结论:巢式逆转录-聚合酶链反应扩增方法能从成人肌肉组织内扩增出人骨形成蛋白2全长cDNA基因,并克隆构建真核表达载体系统,为下一步基因组织工程人工骨实验奠定基础。     

体外促进血管内皮细胞分化的实验观察:人血管生成素相关蛋白2全长编码基因的克隆

目的:克隆人血管生成素相关蛋白2(angiopoietin-relatedprotein2,ARP2)全长编码基因,使其以体外方式促进血管内皮细胞分化,拟构建PET32a载体。方法:采用反转录多聚酶链反应(RT-PCR)从人脾脏组织中扩增ARP2cDNA,构建PET32a载体,采用EcoRI,HindIII双酶切以及DNA测序进行鉴定。结果:RT-PCR扩增长度为1492bp的基因片段。EcoRI,HindIII双酶切结果显示重组T载体中含有目的基因片段,测序结果显示编码区无基因突变。结论:顺利构建PET32a载体,人ARP2全长cDNA基因克隆成功。ARP2有非常明显的促进血管内皮细胞生长的作用,可能对缺血性心脏病的促血管形成治疗有较大帮助。     

与人体肥胖相关的神经肽Y受体Y5基因的克隆及序列分析

目的 克隆与肥胖相关的人神经肽Y受体Y5(NPY5R)基因,并鉴定该克隆基因序列的正确性.方法 从人的脂肪组织中提取总RNA并进行反转录,以此为模板用PCR扩增NPY5R基因的cDNA,然后与pET28a+载体重组,筛选阳性克隆和DNA序列分析鉴定,测序后与CeneBank中NPY5R基因进行同源性比较和序列分析.结果 PCR扩增出-个1 300 bp左右的DNA片段,与载体重组和DNA序列分析鉴定,DNA序列分析显示克隆的DNA片段是人NPY5R基因,且所克隆的基因共编码445个氨基酸,分子量为50KD,与CeneBank中NPY5R基因序列同源性达100%.结论 克隆的人NPY5R基因与CeneBank中NPY5R序列完全一致,通过对其相关生物学信息的明确分析,为进一步应用分子生物学技术深入研究NPY5R与人体肥胖发生、发展及转化等相关作用机制及应用该基因进行其基因蛋白表达奠定了基础.     

与人体肥胖相关的神经肽Y受体Y1基因的克隆及序列分析

目的 克隆与肥胖相关的人神经肽Y受体Y1(NPYlR)基因,并鉴定该克隆基因序列的正确性.方法 从人的脂肪组织中提取总RNA并进行反转录,以此为模板用PCR扩增NPY1R基因的cDNA,然后与pET 28a+载体重组,筛选阳性克隆和DNA序列分析鉴定,测序后与GeneBank中NPY1R基因进行同源性比较和序列分析.结果 PER扩增出一个1100 bp左右的DNA片段,与载体重组后DNA序列分析鉴定,DNA序列分析显示克隆的DNA片段是人NPY1R基因,且所克隆的基因共编码384个氨基酸,分子量为44 KD,与GeneBank中NPY1R基因序列同源性达100%.结论 克隆的人NPY1R基因与GeneBank中NPY1R序列完全一致,为进一步应用分子生物学技术深入研究NPY1R与人体肥胖发生、发展及转化等相关作用机制及应用该基因进行其基因蛋白表达奠定了基础.     

高原藏羚羊胱硫醚-γ-裂解酶基因克隆与全序列测定

目的探讨克隆高原藏羚羊胱硫醚-γ-裂解酶（CSE）基因编码区并检测其在成年高原藏羚羊组织中的表达,同时探讨高原藏羚羊低氧适应的分子生物学机制。方法从高原藏羚羊组织中提取总RNA,通过逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）获得高原藏羚羊cDNA,并进行鉴定和测序。结果将含有目的片段克隆后经测序和Blast分析,结果显示其部分编码序列与GenBank中牛CSE蛋白基因序列同源性96．47％,表明本实验所克隆的序列为CSE蛋白基因。根据已知人、褐家鼠、小鼠、野猪、食蟹猴、家牛CSEcDNA序列和Pnaman软件设计高原藏羚羊cse基因的引物。结论CSEmRNA可能在高原藏羚羊机体较为广泛的区域中发挥着作用,同时为高原低氧适应相关基因的研究提供了实验依据。     

人YPEL5基因真核表达载体的构建及在食管癌细胞中的表达

目的构建人YPEL5基因真核表达重组质粒并在食管癌细胞EC9706中表达。方法以人正常组织的cDNA为模板,扩增得到长366bp的YPEL5基因编码序列,将此序列插入到真核表达载体pCDHCD513B的多克隆位点区域中,得到真核表达载体pCDH-CD513B-Flag-YPEL5,经菌落聚合酶链反应(PCR)鉴定后送公司测序。将构建成功的重组质粒转染到人食管癌细胞系EC9706中,利用实时荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹(Western Blot)检测YPEL5基因的表达情况。结果成功扩增出YPEL5基因片段,大小为366bp,经双酶切、连接、转化和筛选得到pCDH-CD513B-Flag-YPEL5重组质粒,通过基因测序鉴定显示重组质粒中插入的基因序列与GenBank中的序列一致,转染EC9706细胞2d后,荧光定量PCR和Western Blot显示YPEL5基因的表达明显上调。结论成功构建了pCDH-CD513B-Flag-YPEL5真核表达载体并在食管癌细胞株EC9706中得到表达,从而为进一步研究其在食管癌进展中的功能奠定了基础。     

RHD基因第7内含子全长序列分析

目的 通过对"亚洲型"DEL基因第7内含子全长序列测序分析,探讨其Mrna含有来自第7内含子170 bp片段的分子机制.方法 根据美国国家生物信息中心(NCBI)GenBank BN000065的RHD基因序列,设计4对特异性寡核苷酸引物,分四段分别扩增RHD基因第7内含子.测序分析1名正常Rh阳性个体和2名RhDel表型个体(携带RHD1227A等位基因)的RHD第7内含子全长序列,然后通过NCBI Basic BLAST与参考序列(GenBank BN000065)进行比对,并作相互比对.结果 发现3名个体第7内含子共观察到33处碱基变异(GenBank EU372940～2),其中8处变异相同;另有2处碱基变异仅在DEL样本中检出,在正常Rh阳性个体中未发现.结论 这些变异不足以解释以往发现的DEL Mrna存在170 bp来自第7内含子序列而正常D阳性个体却不存在的现象,但测序结果 提示该片段二侧的AG-GT可能参与这一分子事件的形成,因其正好与第7内含子二侧的GT-AG拼接位点协同将内含子一分为二,但具体机制可能十分复杂.     

HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的建立可靠的HLA-DRB1等位基因全长序列的分子克隆和测序方法。方法设计、合成HLA-DRB1基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,对10份经PCR产物直接测序、基因型已知的标本,扩增HLA-DRB1基因5'-UTR区、6个外显子、5个内含子和3'-UTR区,全长约11 kb。PCR产物纯化后作长片段分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物测序。结果 PCR扩增获得了特异性目的片段,克隆测序后获得了全部10种等位基因的全长序列。将HLA-DRB1等位基因全长序列划分为9个亚区,群体遗传学分析发现第2外显子的平均核苷酸变异率(π)8.653%,高于其他外显子,并且非同义突变率(dn)9.029%大于同义突变率(ds)7.846%。第5内含子的平均核苷酸变异率高达13.690%,DRB1*09∶01∶02和DRB1*07∶01∶01∶02这2个等位基因第5内含子的序列与其他等位基因序列差别较大。结论采用HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法获得了HLA-DRB1基因各亚区多态性分布特点等基础资料。     

深圳献血人群隐匿性乙型肝炎病毒全基因序列系统进化树分析

目的了解深圳献血人群隐匿性乙型肝炎B和C基因型及亚型的分布规律,研究不同毒株全基因序列进化关系。方法对30例HBsAg(-)/HBV DNA(+)标本进行基本核心启动子/前C区(BCP/PC,295 bp)、HBV全基因(3 162 bp)巢式PCR扩增,PCR产物克隆后测序。2者均为阳性的5份标本合成3 215 bp长的全基因序列,与GenBank中已发表的HBV A～H基因型23株的全序列进行系统进化树分析确定基因型,将所属基因型B和C亚型再作系统进化树分析,以确定基因亚型。结果获得5例全基因序列,4例为C型,1例为B型。分属于C2,C2,C2,C1和B2亚型。3例C2亚型与日本、马来西亚基因亚型的进化距离最近,C1株与马来西亚和泰国2例携带者的病毒株进化距离最近。B2株与印度尼西亚华裔基因亚型的病毒株进化距离最近。结论深圳献血人群隐匿性乙型肝炎感染病毒基因亚型有C2,C1,B2,以C2亚型为主。