日本血吸虫精氨酸酶编码基因cDNA的分离和序列分析

【目的】分离和鉴定日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,S .j)新基因。【方法】应用免疫学方法筛选S .jcDNA文库获得阳性克隆 ;通过PCR直接序列测定技术 ,表达序列标签 (EST)同源性检索对阳性克隆插入片段进行鉴定 ;采用亚克隆技术及生物信息学等技术 ,对获得的日本血吸虫精氨酸酶编码基因序列进行结构与功能的分析。【结果】获得了一个含10 6 1bp外源插入片段的阳性克隆 ,其cDNA序列含有一个 840bp的阅读框 ,编码 2 79个氨基酸 ,属精氨酸酶家族 ,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为 44 % ,5 0 % ,5 1% ,5 3%和 5 4%。【结论】获得了编码日本血吸虫精氨酸酶编码基因全长cDNA ,为日本血吸虫精氨酸酶基因功能的研究奠定了基础。     

日本血吸虫精氨酸酶编码基因cDNA的分离和序列分析

目的：分离和鉴定日本血吸虫（Schistosoma japonicum,S.j)新基因。方法：应用免疫学方法筛选S.j.cDNA库获得阳性克隆;通过PCR直接序列测定技术,表达序列标答（EST）同源性检索对阳性克隆插入片段进行鉴定／采用亚克隆技术及生物信息学等技术,对获的日本血吸虫精氨酸酶编码基因序列进行结构与功能的分析。结果：获得了一个含1061bp外源插入片段的阳性克隆,其cDNA序列含有一个804bp的阅读框,编码279个氨基酸,属精氨酶家族,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为44％,50％,51％,53％和54％,结论获得了编码日本血吸虫精氨酸酶编码基因全长cDNA,为日本血吸虫精氨酸酶基因功能的研究奠定了.     

两个日本血吸虫成虫新基因的克隆和分析

目的 克隆并分析日本血吸虫（Sj)新的抗原基因，为血吸虫病疫苗研制提供有效的侯选抗原分析。方法 用日本吸虫肝门型童虫表膜抗原（SjHmAg)免疫兔血清筛选日本血吸虫成虫cDNA库，并对阳性克隆的插入片段进行PCR扩增及测序，通过互联网对测序获得的核苷酸序列进行同源性比较分析，并预测蛋白质结构与功能。结果 经3轮筛选，获10个阳性克隆，其插入的Sj成虫cDNA片段大小自0.6-3.0kb不等。对其中3个阳性克隆测序的结果显示，两个为新基因片段，SjHm1、SjHm2的Genbank登录号分别为AY118085，AY124772，分别编码79、66个氨基酸。SjHm1蛋白为跨膜蛋白，含1个跨膜区，1个N－肉豆蔻酰化位点。SjHm2蛋白为一个非跨膜蛋白，含1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。结论 获得的阳性克隆插入基因片段可能为编码具有保护性作用的日本血吸虫抗原的基因片段。     

青蒿鲨烯合酶基因及其cDNA的克隆与测序

【目的】克隆青蒿鲨烯合酶基因,为基因工程改造青蒿打下基础。【方法】采用聚合酶链反应(PCR)扩增、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、扩增片段与T-载体连接和克隆片段的序列分析等方法。【结果】通过PCR扩增和RT-PCR扩增,分别获得3590bp及1257bp片段,克隆后经PCR和酶切反应进行了鉴定。初步测序结果与GenBank上已登录的青蒿鲨烯合酶基因序列同源性为99％,氨基酸序列同源性为100％。【结论】成功克隆了青蒿鲨烯合酶基因及其cDNA。     

日本血吸虫文库筛选、Tetraspanin 2的抗体检测及其单抗的制备

目的筛选新的可能具有诊断意义的血吸虫蛋白分子,并对其进行生物信息学分析。方法以血吸虫病人血清筛选日本血吸虫15 d肝期童虫cDNA文库,对阳性克隆插入片段的核苷酸进行序列分析,将结果通过Internet送入NCBI GenBank进行同源性比较并利用蛋白质分析软件进行生物信息学分析。结果经3轮筛选,共获15个阳性克隆,对其进行测序,获得11个基因,其中5个为编码日本血吸虫线粒体的基因,1个为编码日本血吸虫肌球蛋白的基因,其他5个分别为编码SjCHGC05315、SjCHGC01371、SjCH-GC04782、SjCHGC05166、SjCHGC09769的基因。结论从日本血吸虫肝期童虫cDNA文库中筛选到一批日本血吸虫基因,为血吸虫病新的诊断候选分子的研究提供了材料。     

日本血吸虫磷酸丙糖异构酶编码基因的克隆与序列测定

目的克隆和鉴定日本血吸虫磷酸丙糖异构酶(SjTPI)编码基因,为寻找血吸虫病的候选疫苗联合应用打基础.方法设计合成引物,抽提日本血吸虫成虫总RNA,用RT-PCR法从中扩增出SjTPI基因编码序列,将其克隆入pGEM-T载体,用双酶切、以重组质粒为模板进行PCR扩增和测序进行鉴定.结果 RT-PCR法从成虫总RNA中扩增出大小为759 bp SjTPI基因编码序列,重组质粒pGEM-SjTPI经双酶切、PCR扩增,均可获得一条与RT-PCR产物一致的DNA片段,序列测定结果表明具有一个长度为759 bp的完整开放阅读框,与日本血吸虫(菲律宾株)和曼氏血吸虫磷酸丙糖异构酶核苷酸序列有高度同源性(分别为99%和88%).结论该实验成功地克隆了SjTPI编码基因,为进一步研究提供了条件.     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosomajaponicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法将插入于pTriplEx2 质粒上的cDNA进行测序,测序结果经BLASTn程序搜索,发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit, eIF2α) 基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2 质粒上的5'端测序引物相匹配的PCR下游引物,从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上,并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI 站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索;用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因,核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87%和79%,编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因,编码eIF2α亚基,全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

日本血吸虫亲免素基因的扩增及序列分析

【目的】研究日本血吸虫亲免素基因编码序列的结构及进行初步的功能预测。【方法】用5’端和3’端锚定PCR从尾蚴库中扩增，以获取日本血吸虫中国大陆株亲免素基因完整的开放阅读框(open reading frame，ORF)；用生物信息学技术确认其是否为亲免素编码基因并进行结构功能的初步分析和预测。【结果】用5’端和3’端锚定PCR从尾蚴库中获得了亲免素基因5’端和3’端所缺序列，得到的亲免素基因cDNA的总序列长为1438bp，其ORF长1296bp，编码431个氨基酸。利用生物信息学技术鉴定其为日本血吸虫亲免素基因的完整cDNA序列。并用RT-PCR从日本血吸虫尾蚴mRNA扩增出亲免素基因的ORF。【结论】成功获得了日本血吸虫亲免素编码基因的全长cDNA，为进一步的功能研究打下了基础。     

日本血吸虫尾蚴66~68 kD单特异性血清对尾蚴cDNA文库的免疫学筛选

目的：获得日本血吸虫（Schistosoma japonicum，Sj）尾蚴66～68kD抗原的编码基因，为日本血吸虫疫苗和诊断研究提供材料。方法：以Sj尾蚴66～68kD抗原免疫家免获得的单特异性血清为探针，对Sj尾蚴cDNA文库进行免疫筛选，将所获阳性克隆的插入片断进行PCR扩增、琼脂糖电泳初步鉴定，并挑选出4个强阳性克隆进行测序，通过互联网NCBI／BLAST进行核苷酸序列分析。结果：共获得21个持续阳性克隆，其中10个阳性克隆初步鉴定显示为单一扩增条带，且插入的cDNA片段大小分布于0．5—3．0kb之间；4个强阳性克隆分别与日本血吸虫SJCHGC05187，SJCHGC05173，SJCHGC06989，SJCHGC01894显著同源。结论：获得了4种日本血吸虫相关的编码基因。     

Characterization of cDNA from the miracidial antigen family of Schistosoma japonicum (Chinese strain)

Objective To identify the egg antigens related to the formation of hepatic granulomas and fibrosis of Schistosomiasis japonica.Methods The egg cDNA library of Schistosoma japonicum (S. japonicum) was constructed and screened by immunological methods with the pooled sera of advanced schistosomiasis patients. The inserted foreign DNA fragments of positive clones were sequenced. The sequence data were analyzed using Wdnasis 2.5 and compared with Genebank data using blast software.Results Eighty-one clones containing recombinant DNA fragments were obtained from the egg cDNA library of S. japonicum by immunological screening. The DNA sequences of all clones belonged to the miracidial antigen family. The longest cDNA fragment was 1604 bp, which contained an open reading frame of 351 bp, which encoded a protein of 1 2913.35 daltons.Conclusion The cDNA sequence of the miracidial antigen of S. japonicum (Chinese strain) was obtained for the first time.     

申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白的结构分析与功能预测

【目的】从cDNA文库中识别申克孢子丝菌翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的基因并分析预测其结构功能和应用前景.【方法】 利用NCBI和ExPASy网站中的各种基因和蛋白的序列结构信息分析工具,结合DNAstar和VectorNTI suite生物信息学分析软件包,从申克孢子丝菌全长cDNA质粒文库中识别TCTP的基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白结构特征和功能.【结果】 TCTP基因全长621 bp,编码区具有207个氨基酸,在GenBank同源序列中,其与蓝菌属真菌(Grosmannia clavigera) TCTP氨基酸序列一致性达到78%,理论预测分子质量为64581.4 ku,无质体和线粒体定位序列,预测结果显示编码蛋白含有1个跨膜区,7个亲水性部位和5个主要B细胞表位?与蓝菌属真菌及球毛壳霉(C.globosum)的TCTP进化关系最近.【结论】 应用生物信息方法筛选出申克孢子丝菌TCTP的cDNA全长序列并预测其结构与功能?潜在抗原表位,为进一步实验研究该蛋白生物学特性提供了依据.     

日本血吸虫精氨酸酶基因启动子序列的扩增及序列分析

目的获取日本血吸虫(Sj)精氨酸酶(ARG)新基因的DNA编码序列及其启动子序列,实验验证ARG基因编码序列的完整性。方法以日本血吸虫成虫DNA做模板,PCR扩增ARG基因编码区的DNA序列并测序;根据Sj ARG基因已扩增的DNA序列设计2条巢式引物,用BaKaRa LA Taq PCR Cloning in vitro Kit,扩增Sj ARG基因的启动子序列;对已扩增得到的序列进行TATA盒的寻找以分析启动子序列的位置,实验验证我们曾获取的SjARG新基因编码序列的完整性。结果扩增得到长约1000bp ARG基因DNA序列,SjARG基因DNA序列内没有内含子,与cDNA序列完全一致。对启动子序列扩增后,得到一略大于250bp的序列,测序后分析发现其中有36bp与ARG基因DNA序列的5’端重叠。因此,将精氨酸酶基因的DNA序列又向前延伸了221bp,与前面得到的序列拼接后得到一条1486bp的总序列,将该序列在NCBI上进行ORF的寻找发现其最长的ORF达1164bp,起始密码子在第156位,终止密码子在第1319位,该起始密码子前32位为TATA盒的位置。因此,确定该SjARG基因全长cDNA编码序列长应为1164bp。结论成功扩增获得了日本血吸虫精氨酸酶基因编码区的DNA序列,其不舍有内含子;并扩增得到了该基因的启动子序列,从而获得了SiARC基因真正的全长cDNA序列,为进一步的功能鉴定奠定了基础。     

日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的获得和序列分析

目的 从日本血吸虫(Schistosorna japonicum,Sj)成虫cDNA文库中筛选日本血吸虫新基因，为日本血吸虫病的防治提供药物靶标或候选疫苗。方法 筛选日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行DNA测序，再对新基因序列进行步移法测序获取全长cDNA，并利用生物信息学技术对其进行分析。结果 获得了1个编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶新基因的cDNA序列(AY226980)，全长594bp，编码157个氨基酸，编码蛋白与人类或鸽、鸡、鼠及果蝇的核苷二磷酸激酶高度同源。结论 利用表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术三者相结合，成功获得了编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的cDNA序列。     

日本血吸虫中国大陆株琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白的克隆与表达

目的：克隆日本血吸虫琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白（sjSDISP）全长编码基因,并对所获基因在大肠杆菌中进行表达。方法：根据基因库中SjSDISP对应的EST（BU804141）以及日本血吸虫成虫cDNA文库载体λgtl1多克隆位点邻近核苷酸序列设计引物,以日本血吸虫成虫cDNA文库为模板,采用锚式PCR对SjSDISP基因不完整的3′端和5′端进行扩增、测序,用电子软件拼接成全长cDNA,将其克隆到表达载体pGEX-4T-1上,经琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶消化、PCR和测序鉴定后,选择阳性克隆进行表达及Western印迹分析。结果：获得1071bp全长cDNA,其理论推导为编码278个氨基酸残基的蛋白质。SjSDISP基因在大肠杆菌BL2．中获得良好表达。该融合表达产物相对分子质量约为56kD,且能被日本血吸虫成虫抗原免疫血清特异识别。结论：编码日本血吸虫琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白全长cDNA克隆及其在大肠杆菌中的表达获得成功。     

Generation and analysis of 113 adult stage Schistosoma japonic um (Chinese strain) expressed sequence tags

目的：运用表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）技术快速、节约、有效地获得有关日本血吸虫（中国大陆株）成早表达基因的知识。方法：随机挑取日本血吸虫（中男大陆株）成虫cDNA库单个重组克隆进行部分测序以获得EST,获得的EST通过BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GeneBank数据库进行比较及同源性分析。结果：本研究共随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA库单个重组克隆314个,获得了132个有EST价值的序列,其中113个成功在GeneBank dbEST中登录。7.6％有EST价值的序列为日本血吸虫已知序列,4.5％为日本血吸虫同源序列。曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占有EST价值的序列的23.5％,未知序列占57.6％。通过同源性分析,发现了几个令人感兴趣的基因,另外,大多数同源序列具有看家基因功能。结论：EST方法具有快速、有效地获得有关日本血吸虫（中国大陆株）成虫表达基因的知识的价值。     

Cloning and expression in Escherichia coli of a new gene of Schistosoma japonicum encoding casein kinase Ⅱ beta subunit

Background Nowadays it is now a focus topic in schistosomiasis research to find ideal vaccinecandidates and new drug targets for developing anti-schistosomiasis vaccine. We cloned a new gene, casein kinase Ⅱ beta subunit, of Schistosoma japonicum (S. japonicum) and express it in Escherichia coli (E. coli). Methods The ESTs obtained in our laboratory were analyzed by homologous searching, and a new gene was recognized. The full-length cDNA of the new gene was obtained by joining the 3‘ RACE PCR fragment and the EST clone. To express the new gene, the cDNA was cloned into pGEX-4T-1 vector and then transformed into E. coli JM109. The recombinant protein was analyzed by SDS-PAGE and Western-blot. Results A 908 bp cDNA was isolated from S. japonicum and identified to be casein kinase Ⅱ beta subunit gene by sequence analysis. The open reading frame of the gene encodes a protein of 217 amino acids exhibiting 75.8%, 75.8%, 73.9%, 68.2%, 51.6% identity to the amino acids sequence of the corresponding genes of Homo sapiens (H. sapiens), Xenopus laevi (X. laevi) , Drosophila melanogaster (D.melanogaster), Caenorhabditis elegan (C. elegan), and Schizosaccharomyces pombe (S. promber) respectively. The predicted molecular weight of the protein was 24. 921 kDa. The new cDNA sequence had been submitted to GenBank, and its accession number is AY241391. This cDNA was subcloned into the pGEX-4T-1 vector and expressed in E coil JM109. The recombinant protein could be recognized by the S. japonicum infected rabbit serum. Conclusion The full-length cDNA sequences encoding S. japonicum casein kinase Ⅱ beta subunitwere firstly sequenced, cloned, and expressed in E coil.     

日本血吸虫(中国大陆株)成虫表达序列标签的获取及分析

随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库单个重组克隆进行部分测序以获得EST（ex-pressed　sequence　tag）,获得的EST通过 BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GeneBank数据库进行比较及同源性分析。结果在随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库150个单个重组克隆中,获得了56个有价值的EST序列,其中47个在GeneBank dbEST中登录。7.1％EST序列为日本血吸虫已知序列,3.6％为日本血吸虫同源序列,曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占25％,未知序列占55.6％。通过同源性分析可知,大多数同源序列具有看家基因功能。另外,也发现了几个有价值的基因。     

日本血吸虫细菌人工染色体文库的初步构建(英文)

初步构建了一个日本血吸虫细菌人工染色体（BAC）文库,该文库已包含1000多个含基因组DNA插入片段的重组pEcBAC1克隆,平均插入片段为120kb。BAC文库将为日本血吸虫基因的结构与功能研究提供新的资源。     

日本血吸虫尾蚴(中国大陆株)表达序列标签的获取及同源性分析

目的 了解日本血吸虫尾蚴ｃＤＮＡ文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法 日本血吸虫尾 蜘ｃＤＡＮ文库中的噬菌体侵入大肠杆菌ＢＭ２５．８后环化成质粒。筛选出已转入质粒的菌株。提取质粒ＤＮＡ,用质粒上 的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（ＥＳＴ）。通过ＢＬＡＳＴｘ及ＢＬＡＳＴｎ公共数据库经编辑分 析的ＥＳＴ序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新ＥＳＴ序列,以编写好的程序和Ｅ－ｍａｉｌ方式递交,以获得ＧｅｎＢａｎｋ 登录号。通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论 在测出的５８个ＥＳＴ中有３个核 苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有２个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有７个ＥＳＴ的蛋白质序列与 其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有２７个ＥＳＴ的蛋白质及核苷酸序列同源性都很低。