基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学独活寄生汤治疗膝骨关节炎的分子机制

目的运用网络药理学分析独活寄生汤治疗膝骨关节炎的可能的作用机制。方法在TCMSP平台内检索独活寄生汤的生物活性成分并根据研究需要进行筛选,同时在GeneCards数据库中检索膝骨关节炎的靶点;运用Cytoscape软件构建“药物—成分—靶点—疾病”复杂网络关系图;同时构建韦恩图,得到独活寄生汤治疗膝骨关节炎的作用靶点;构建PPI网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共探索出独活寄生汤中的有效活性成分154种,潜在靶点130个,膝骨关节炎疾病靶点1878个,得到共同靶点63个。这些共同作用靶点主要富集于68个生物过程和117条信号通路上。结论独活寄生汤可能是通过调节IL6、VEGFA、ALB、EGFR、CASP3、MAPK8、MYC等靶点,调控AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、TNF signaling pathway及Apoptosis来抑制炎症反应、调控细胞凋亡来治疗膝骨关节炎。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学探讨加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法 获取药物活性成分及关键靶点,然后运用相应数据库预测支气管哮喘的相关靶点,两者取交集后,运用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白相互作用网络及药物-靶点网络,进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 筛选出核心药物的活性成分404个,交集靶点202个。GO功能分析得到180条分子功能,KEGG通路富集分析得到179条通路。结论 通过网络药理学分析,预测了加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制,为临床研究提供了参考。     

基于网络药理学的肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭作用机制研究

目的采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果从TCMSP数据库共筛选得到肾康注射液活性成分96个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点244个。PPI网络涉及93个药物靶点,度值排名前10的核心靶点分别是AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53、MAPK1、CASP3、EGF、MMP9、EGFR。GO功能分析共获得710个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到112条信号通路(P<0.05),包括PI3K-Akt、TNF、HIF-1等信号通路。结论肾康注射液治疗CRF是多成分、多靶点、多通路的综合效应。     

基于网络药理学及分子对接探讨生姜治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎（RA）的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分，利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名，经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图；在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”，获取RA疾病靶点，制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点，并进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论（GO）功能富集及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点，RA疾病4 836个相关靶点，生姜与RA共同靶点26个，PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2（PTGS2）、转录因子AP-1（JUN）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3），GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应，并涉及多条信号通路，这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

双丹颗粒联合瑞舒伐他汀治疗冠心病心绞痛的临床研究

目的 采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中发挥的作用。方法 基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用Swiss Target Prediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个（P<0.05）,其中包括生物过程（BP）条目325个、细胞组成（CC）条目44个、分子功能（MF）条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示异绿原酸B（3,4-dicaffeoylquinic acid）和异绿原酸C（4,5-dicaffeoylquinic acid）与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论 款冬花中主要化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体（GO）条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接探究桂枝汤治疗新冠肺炎合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点

目的探究桂枝汤治疗COVID-19合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点。方法从TCMSP、GeneCards数据库中筛选与桂枝汤、变应性鼻炎、COVID-19相关的潜在靶点。通过Draw Venn Diagram网站、String数据库、Cytoscape软件得到药物和疾病的共有靶点,生成PPI网络及“中药-活性成分-靶点”网络,并根据度值筛选核心靶点及关键成分。运用Metascape、KEGG数据库进行GO和KEGG富集分析。利用分子对接证实核心靶点与关键成分之间的亲和力。结果共筛选出127个桂枝汤的有效成分,其中有108个成分可与52个共有靶点结合并发挥治疗作用。共有靶点主要富集在1523个GO条目及145条KEGG通路中。分子对接证实核心靶点能自发地与关键成分结合。结论桂枝汤主要通过黄酮类、植物甾醇类、酚类等活性成分与共有靶点(IL-6、TNF、MAPK3等)的结合,来参与病毒、免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终达到治疗COVID-19与变应性鼻炎的目的。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学及分子对接探讨香连片对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的机制研究

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨香连片对新型冠状病毒肺炎（Corona Virus Disease 2019,COVID-19）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、PubChem数据库、生物信息学分析工具（a bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM）及SwissTarget Prediction平台查询香连片活性成分及其对应的靶点基因;根据大于2倍中位数的节点度值（degree）为条件,筛选香连片关键活性成分,并运用Cytoscape 3.6.1软件绘制关键活性成分-对应靶点网络;通过GeneCards及PHARMGKB疾病数据库,以"coronavirus pneumonia"、"COVID-19"及"SARS-CoV-2"为关键词进行检索疾病靶点基因。运用Cytoscape 3.6.1软件进行交集,得到共同靶点并构建成分-靶点-疾病网络图;通过STRING网站对共同靶点构建蛋白相互作用（Protein Protein interaction,PPI）网络,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本位（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析;利用CB-Dock网站对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ （angiotensin converting enzyme Ⅱ,ACE2）进行分子对接。结果：香连片共得到41个活性成分,其中16个关键活性成分,并与疾病靶点相交得到24个共同靶点;GO功能富集得到分子功能（molecular function,MF）、细胞组分（cellular component,CC）及其所参与的生物过程（biological process,BP）分别为125条、16条及24条;KEGG富集得到94条通路,其通路多与免疫反应和炎症反应有关,主要有PI3K-Akt、Ras、HIF-1、MAPK、NF-kB以及TNF等信号通路;分子对接得出黄柏酮、氧化小檗碱、吴茱萸碱、吴茱萸次碱及豆甾醇等多种成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的对接亲和力均强于2种临床化学药物（阿比多尔及利巴韦林）。结论：香连片多是通过作用于MAPK家族、IL1B、NFKB1、CASP3、CCL5、TNF等靶点因子来调节PI3K-Akt、MAPK、NF-kB及TNF等炎症免疫通路,以多成分、多靶点、多途径参与COVID-19的多种生理过程,从而对COVID-19有一定治疗作用;在中药成分上,黄柏酮、氧化小檗碱、吴茱萸碱、吴茱萸次碱、豆甾醇、吴茱萸酰胺类成分等可以很好作用于COVID-19治疗中涉及到的2种关键酶（SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2）,故这几种中药单体成分有作为治疗COVID-19的新药潜能。     

基于网络药理学的中药鸦胆子治疗肺癌的分子机制研究

目的 运用网络药理学的方法构建中药鸦胆子活性成分-靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,探讨中药鸦胆子治疗肺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库结合文献挖掘筛选鸦胆子主要活性成分,利用TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards和OMIM数据库结合文献挖掘筛选活性成分靶点。采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络,String数据库构建蛋白相互作用网络,DAVID 6.8数据库进行GO和KEGG通路分析。结果 共筛选出鸦胆子活性成分19个,作用于81个靶点,得到基因本体GO条目53个,肺癌相关通路105条。根据网络拓扑学分析结果,推测木犀草素、鸦胆子素D、β-谷甾醇、鸦胆亭、鸦胆子苦醇和鸦胆醇为鸦胆子治疗肺癌的主要活性成分,作用于mTOR、FGF2、BCL2、AR、CASP3、MMP1、MMP2、AKT1、ALB、EGFR和IL6等关键靶点。通过调节PI3K-Akt、apoptosis、small cell lung can-er、non-small cell lung cancer和microRNAs in cancer等信号通路发挥治疗肺癌的作用。结论 本研究应用网络药理学方法部分证实和预测了鸦胆子治疗肺癌的分子机制,为鸦胆子的进一步实验研究和临床应用奠定了基础。