非侵袭性产前胎儿RHD基因型检定平台的建立

目的探讨Ras相关区域家族1A(RASSF1A)基因作为通用胎儿DNA标记的可行性,建立Real-time PCR为基础的非侵袭性产前胎儿RHD基因型定型平台。方法抽取未孕自愿者7名(男2名,女5名)和43例Rh D阴性孕妇的EDTA抗凝血5 ml,分离血浆抽提其中的游离细胞DNA。联合使用5种甲基化敏感性限制性内切酶对未/低甲基化的母源性RASSF1A基因进行酶切以保留高度甲基化的胎源性RASSF1A基因;同时酶切未甲基化的β-actin基因作为对照,以检测酶切的彻底性;通过Real-time PCR扩增酶切前的RASSF1A基因和β-actin基因、酶切后的RASSF1A基因,分别检测血浆总游离细胞DNA和胎儿游离细胞DNA;对确认存在胎儿DNA的标本,扩增RHD基因的外显子5和7,以检定胎儿的RHD基因型。结果 7例未孕自愿者和43例孕妇酶切处理前的RASSF1A基因和β-actin基因扩增均阳性。酶切处理后,7例未孕自愿者和2例孕妇未检测到RASSF1A基因和β-actin基因,41例孕妇检测到RASSF1A基因、未检出β-actin基因,其中39例检出RHD基因外显子5和7。结论RASSF1A基因可作为通用的胎儿DNA标记,荧光定量PCR扩增RHD基因外显子5和7的平台可用于非侵袭性胎儿RHD基因型别检定。     

胃癌p53基因甲基化及其表达情况的研究

目的检测胃癌组织中p53基因甲基化状态和p53蛋白表达情况。方法选择p53基因第5外显子,应用限制性内切酶HpaII和MspI酶切胃癌组织及正常胃组织DNA,经PCR扩增和免疫组化等方法对100例胃癌患者的癌组织和癌旁组织进行检测。结果有71%的患者p53蛋白表达阳性,54%的患者具有p53蛋白基因的高甲基化,50%同时有p53蛋白表达阳性和p53基因的高甲基化。结论提示p53基因高甲基化状态引起的突变或失活是胃癌发生发展的重要因素之一。     

限制性内切酶结合半巢式PCR法检测人肝癌P16抑癌基因启动子区甲基化研究

目的 建立甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法,研究原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态.方法 针对P16基因启动子区富含CpG的序列,设计3条引物,进行半巢式降落PCR扩增,检测原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态;并将P16基因启动子区340 bp片段克隆到pMD18-T载体,E.coli JM109扩增此质粒后经CpG甲基化酶M.Sss Ⅰ处理,再用Hpa Ⅱ酶切验证获得P16基因启动子区甲基化阳性的质粒P16Pm 并进行特异性和灵敏度实验.以此甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法检测40例人原发性肝癌和3例正常人肝组织DNA样品的P16基因启动子区甲基化状态.结果 所采用的Hpa Ⅱ酶切后半巢式PCR方法的特异性强,灵敏度达100 fg;对40例人原发性肝癌组织DNA样品P16基因的启动子区甲基化状态检测显示甲基化阳性率为30%(12/40),3例正常人肝组织均为阴性(0/3).结论 P16抑癌基因启动子区甲基化可能与肝癌发生发展有关.本实验方法简便、成本低廉,并有高度的特异性与灵敏度,在大规模检查中有实际应用价值.     

DNA甲基化PCR引物的设计

DNA甲基化是哺乳类动物一个重要的基因外遗传信号。有研究表明,DNA甲基化与大多数肿瘤的发生相关,抑癌基因启动子CpG岛的高甲基化可引起抑癌基因表达沉默,细胞出现无节制生长,导致肿瘤的发生[1]。目前,甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS-PCR)是研究DNA甲基化最为常用且准确度较高的方法之一,而理想的引物设计则是其成功的关键因素之一。国外互联网上有1个提供免费在线引物设计程序“MethPrimer”,它能够预测CpG岛,根据实验者要求设计硫化测序PCR(bisulfate-sequencing PCR,BSP)和甲基化特异性PCR(methylation-sp…     

神经母细胞瘤p16基因甲基化研究

目的　明确在神经母细胞瘤中p16基因是否发生甲基化及其频率,阐明p16基因在神经母细胞瘤中的作用机制。方法　应用PCR技术结合限制性内切酶FnuDⅡ、SacⅡ、HpaⅡ为工具,对14例神经母细胞瘤患者的14个原发灶及其中5例肿瘤周围正常组织p16基因第1外显子CpG岛进行了甲基化修饰的研究。结果　5例正常组织的p16基因第1外显子CpG岛未发生甲基化,而4例原发灶在Ⅱ(1例)、Ⅲ(2例)、Ⅳ(1例)期有甲基化发生。结论　神经母细胞瘤瘤组织DNA中不存在p16基因的纯合性缺失,p16基因甲基化可能为其失活的一种形式,Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期均有发生,可能是肿瘤发生的早期事件。同一患者的原发灶和转移灶,可有不同的甲基化模式,反映了肿瘤的异质性。     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA,并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体,挑选阳性克隆,用PCR扩增,以纯化的PCR产物做探针,制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头,用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3,与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果芯片杂交结果经扫描分析,发现42个K562细胞肿瘤特异性基因,进一步用序列分析证实,其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因,为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

DNA甲基化与肿瘤

DNA甲基化是一种重要的基因调控方式，DNA甲基化水平的改变在肿瘤的发生、发展中有重要的作用，DNA甲基化改变引起细胞中C→T突变、癌基因的低甲基化、抑癌基因的高甲基化、错配修复基因异常以及诱导染色体不稳定从而导致肿瘤的发生，利用肿瘤发生中DNA甲基化特征可对其进行有效的治疗。     

BLU和ARF基因在鼻NK/T细胞淋巴瘤中的甲基化状态比较

目的:检测BLU与ARF基因启动子在鼻NK/T细胞淋巴瘤中的甲基化状态,探讨其在肿瘤发生中的作用与分子病理诊断中的应用价值. 方法:选用12例已经确诊的鼻NK/T细胞淋巴瘤的冰冻组织标本和35例石蜡组织标本. 将提取的DNA经亚硫酸盐处理后,用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)方法检测BLU和ARF基因启动子的甲基化状态. 结果:在12例鼻NK/T细胞淋巴瘤冰冻组织病例中,12例均有BLU基因高度甲基化,仅1例有ARF基因高度甲基化;35例石蜡组织病例中,BLU基因高度甲基化8例,ARF基因高度甲基化3例. BLU基因高度甲基化阳性率明显高于ARF基因. 结论:BLU基因高度甲基化可能在鼻NK/T细胞淋巴瘤发生发展有重要作用,基因甲基化检测可作为分子标记物用于临床病理诊断.     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的 应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法 提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA，并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体，挑选阳性克隆，用PCR扩增．以纯化的PCR产物做探针，制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头，用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3，与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果 芯片杂交结果经扫描分析，发现42个K562细胞肿瘤特异性基因，进一步用序列分析证实．其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论 我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因．为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

神经母细胞瘤p16基因甲基化研究

目的：明确在神经母细胞瘤中p16基因是否发生甲基化及其频率，阐明p16基因在神经母细胞瘤的作用机制，方法：应用PCR技术结合限制性内切酶FnuDII,SacII,HpaII为工具，对14例神经母细胞癌患者的14个原发灶及其中5例肿瘤周围正常组织p16基因第1外显子CpG岛进行了甲基化修饰的研究。结果：5例正常组织的p16基因第1外显子CpG岛未发生甲基化，而4例原发灶在II（1例），III（2例），IV（1例）期有甲基化发生。结论：神经母细胞瘤组织DNA中不存在p16基因的纯合性缺失，p16基因甲基化不可能为期失活的一种形式，II、III、IV期均有发生，可能是肿瘤发生的早期事件，同一患者的原发灶和转移灶，可有不同的甲基化模式，反映了肿瘤的异质性。     

非小细胞肺癌中TMS1基因甲基化检测

目的检测非小细胞肺癌(NSCLC)中TMS1(taget of methylation-induced silencing)基因启动子区域的甲基化及TMS1蛋白表达状况,并研究其临床意义。方法应用甲基化特异性聚合酶链反应和免疫组化的方法检测50例肺癌组织和50例对应癌旁组织中TMS1基因启动子区域甲基化的发生率及TMS1蛋白的表达情况。结果50例NSCLC肿瘤组织中有20例检测到了TMS1基因启动子的甲基化,检出率为40%,相应的癌旁正常组织没有检测到其甲基化(P<0.05)。TMS1蛋白在72%(36/50)的肺癌组织中表达下降,相应的癌旁正常组织均完全表达,没有1例表达下降(P<0.05)。TMS1基因甲基化与TMS1蛋白表达之间有着密切的关系(P<0.05)。结论TMS1基因启动子区域的甲基化是NSCLC的一个常见事件,并且与TMS1蛋白表达下降相关,在NSCLC的发生过程中起着重要的作用。     

人DNA MTase反义基因转染诱导E-Cadherin基因启动子区域去甲基化

目的：观察人DNA MTase反义基因转染对肝癌细胞系SMMC－7721E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的影响。方法：采用脂质体法将已构建的包含正，反义DNA MTase基因片段的真核表达载体转染入肝癌细胞系SMMC－7721；用甲基化特异的PCR法检测E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的改变，结果：PCR法扩增外源性NeoR基因证实用脂体法成功将重组载体转染入细胞，甲基化特异的PCR法检测显示转染反义DNA MTase基因片段的SMMC－7721细胞中的E－Cadherin基因启动子区域呈现去甲基化状态。结论：人DNA MTase反义基因片段可诱导E－Cadherin基因启动子区域去甲基化，实验结果有助于进一步了解DNA MTase在肝癌发展中的作用。     

DNA错配修复基因甲基化在H446细胞获得性耐药中的作用

目的 探讨DNA错配修复基因MLH1（human MutL homolog 1）、MSH2（human MutS homolog2）甲基化在人小细胞肺癌H446细胞获得性耐药中的作用。方法 RT—PCR及Western blot法检测H446细胞及其多药耐药细胞H446／DDP中MLH1、MSH2基因的mRNA表达和蛋白表达,甲基化特异性PCR（MSP）法检测MLH1、MSH2基因启动子CpG岛甲基化状态。结果 H446／DDP细胞中MLH1、MSH2基因的mRNA及蛋白水平均较H446细胞显著降低（P〈0．01）,且其启动子甲基化程度明显增强。结论 DNA错配修复基因MLH1、MSH2启动子甲基化诱导其表达下调可能是人小细胞肺癌获得性耐药的重要机制之一。     

胃癌细胞系中组蛋白H3-K9甲基化与错配修复基因hMLH1表达及DNA甲基化的关系

目的 探讨胃癌细胞系中组蛋白H3-K9甲基化与DNA甲基化及错配修复基因hMLHI表达的关系.方法 应用去甲基化制剂5-氮杂-2'-脱氧胞苷(5-Aza-dC)作用于2个胃癌细胞系,MGC-803和BGC-823.应用染色质免疫沉淀(CHIP)、甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分析药物作用前后hMLH1基因启动子区域组蛋白H3-K9甲基化、DNA甲基化和hMLH1基因表达.结果 MGC-803细胞系中,沉默的hMLH1基因启动子区域表现为DNA甲基化和组蛋白H3-K9高甲基化,5-Aza-dC不但能使DNA发生去甲基化,使沉默的hMLH1基因重新表达,而且能降低沉默位点的H3-K9甲基化水平.BC,C-823细胞不表达hMLH1基因,其DNA非甲基化,与MGC-803细胞相比较,其组蛋白H3-K9甲基化水平低.5-Aza-dC对BGC-823细胞中的基因表达、DNA甲基化和H3-K9甲基化没有影响.结论 在胃癌中,hMLH1基因启动子区组蛋白H3-K9的甲基化与DNA甲基化及基因沉默相关,去甲基化制剂可调控DNA甲基化、基因表达和组蛋白1-13-K9甲基化.     

DNA甲基化在热休克诱导细胞周期素D1表达水平降低中的转录调控机制

目的研究DNA甲基化在热休克诱导的人细胞周期素D1基因启动子活性下降调控中的作用。方法 DNA甲基化通过甲基化特异性PCR方法检测。甲基化位点突变采用Stratagene公司定点突变试剂盒。甲基化位点的作用通过报告基因技术分析启动子活性确认。结果热休克处理可能造成细胞周期素D1基因启动子+65/67位点发生DNA甲基化,而突变该位点逆转了由报告基因活性分析研究的热休克效应。结论启动子+65/67位点的DNA甲基化可能调控细胞周期素D1的热休克效应。     

胰岛素样生长因子结合蛋白7基因在胃癌细胞中的表达及甲基化调控

目的 研究胰岛素样生长因子结合蛋白7（IGFBP7）mRNA在胃癌细胞中的表达及其甲基化调控。方法 分别培养胃癌细胞株高分化MKN-28、中分化SGC-7901和AGS、低分化MKN-45以及胃黏膜正常上皮细胞（GES-1）。提取细胞RNA,采用RT-PCR法检测IGFBP7 mRNA在各细胞株中的表达。提取细胞基因组DNA,甲基化修饰后采用甲基特异性PCR（MSP）分析其CpG岛甲基化状态。采用不同浓度去甲基化药物5'-杂氮-2'-脱氧胞嘧啶（5-aza-dc）处理细胞株后,经Real-time PCR定量药物处理前后各细胞株IGFBP7 mRNA的相对表达量。结果 各肿瘤细胞株中IGFBP7 mRNA表达较GES-1降低或消失。MSP检测IGFBP7 mRNA表达降低和消失的细胞株均有CpG岛不同程度的甲基化。不同浓度5-aza-dc处理细胞后,IGFBP7 mRNA的表达量呈剂量依赖性增高。结论 IGFBP7 mRNA在胃癌细胞株中低表达或不表达,其表达下调与其CpG岛甲基化有关。5-aza-dc可使IGFBP7 mRNA表达降低的胃癌细胞株重新表达IGFBP7 mRNA,提示IGFBP7基因CpG岛甲基化可能是IGFBP7在胃癌细胞系中表达缺失的分子机制。     

同源异形盒A10基因启动子区甲基化及蛋白表达与子宫内膜异位症的关系

目的DNA甲基化在子宫内膜异位症发病机制研究中倍受到学者们关注。文中检测子宫内膜异位症（endometriosis,EM）患者在位和异位内膜组织中同源异形盒A10（homeobox-A10,HOXA10）基因启动子区CpG岛甲基化程度及HOXA10蛋白表达水平,探讨EM与HOXA10基因异常甲基化和蛋白表达的关系及其临床意义。方法采用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）和免疫组织化学法（SP法）检测36例EM患者中异位内膜组织（异位内膜组）、在位内膜组织（在位内膜组）及12例正常对照者子宫内膜组织（对照组）中HOXA10基因启动子区CpG岛甲基化状况和HOXA10蛋白表达情况。结果0）36例EM患者的异位、在位内膜组织中HOXA10基因启动子区CpG岛甲基化率分别为38．9％、25．0％;其甲基化均发生在临床Ⅲ、Ⅳ期;12例正常子宫内膜组织中HOXAIO基因均未发生甲基化;三组间比较差异有统计学意义（P〈0．05）。②EM患者在位、异位内膜HOXA10的表达下降,无明显的分泌中、晚期峰;异位内膜基质HOXA10的表达显著降低,低于对照组正常内膜表达,其差异有统计学意义（P〈0．05）。③异位内膜组织HOXA10的蛋白表达与HOXA10基因启动子甲基化呈负相关,相关系数rs=-0．368。结论EM患者异位内膜组织中存在HOXA10基因启动子区异常甲基化导致基因失活,在EM发生发展过程中起重要作用。     

氯乙烯致DNA损伤与DNA修复基因甲基化

目的探讨氯乙烯职业接触的早期效应DNA损伤与O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶基因MG-MT、错配修复基因hMLH1启动子甲基化的关系。方法氯乙烯接触工人按淋巴细胞双核微核数分为DNA损伤组(72例)和非损伤组(43例),采用甲基化特异的PCR法检测修复基因的甲基化。结果hMLH1基因在DNA损伤组和非损伤组均未检测到甲基化,MGMT基因在DNA非损伤组未检测到甲基化,在DNA损伤组MGMT发生甲基化频率为6.9%(5/72)。结论在氯乙烯致DNA损伤阶段,可检出MGMT基因甲基化异常。