鼻咽癌核酸适配子的筛选及鉴定

目的利用指数富集的配套系统进化技术(SELEX)筛选人类疱疹病毒(EB病毒)阳性鼻咽癌细胞核酸适配子。方法体外合成长度为78个核苷酸的随机DNA文库,通过SELEX技术,以正常鼻咽上皮细胞为靶标进行消减筛选,以EB病毒阳性低分化鼻咽癌细胞为靶标进行10轮的筛选,克隆、测序,并对适配子进行鉴定。结果流式细胞仪检测亚文库与靶细胞的结合能力随着筛选轮数的增加荧光强度增强。聚类分析显示,适配子可以分为3个家族,1、2家族具有保守序列。结论初步建立EB病毒阳性鼻咽癌细胞适配子库,筛选到具有亲和力和特异性的核酸适配子。     

核酸适配子在疾病诊断研究中的应用

核酸适配子是通过指数富集的配体系统进化(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)
技术从单链随机寡核苷酸文库中筛选得到的单链寡核苷酸配体,其与靶标的结合具有高特异性及高亲和力等优点,
使其能广泛地应用于疾病诊断研究。适配子在生化检测、新肿瘤标志物发现、分子成像、病原微生物检测等领域的
研究应用中均有报道,并显示出良好的应用前景。     

SELEX筛选LPS寡核苷酸适配子方法的建立

目的 建立SELEX筛选LPS的适配子方法,为后续大规模筛选奠定基础.方法 在成功构建含40个随机序列的单链DNA(ssDNA)文库的基础上,优化了扩增为双链DNA(dsDNA)文库的PCR反应条件;同时对液相筛选与固液相筛选两种方法进行比较,确定最优的筛选方法并进行4轮筛选.结果 确定了扩增为双链DNA(dsDNA)文库的PCR反应的最佳条件,采用液相筛选方法经过4轮筛选,随机单链DNA(ssDNA)文库与内毒素(LPS)的结合率明显上升,CPM值与初始库相比差异有统计学意义.结论 建立了SELEX筛选LPS寡核苷酸适配子的筛选方法.     

癌胚抗原特异性寡核苷酸适配子的体外筛选及其意义

目的:通过体外筛选获得癌胚抗原(CEA)特异性适配子,为高表达CEA肿瘤的靶向奠定基础。方法:构建长度为81 bp的随机ssDNA文库,体外筛选、富集CEA特异性适配子,通过配体介导的靶蛋白纯化实验检测经筛选的适配子与纯化蛋白结合;提取LS174T细胞总蛋白,免疫共沉淀检测经筛选的适配子与细胞总蛋白的结合。结果:经体外7轮筛选富集及筛选条件的优化,配体介导的靶标分离实验证实了筛选出的适配子与纯化CEA蛋白的结合;免疫沉淀及Westem blot证实了其识别并特异性结合天然状态的CEA。结论:经过体外7轮筛选,证实了所获得的CEA适配子可特异性地与纯化CEA和天然状态的CEA蛋白结合,为后续高表达的CEA肿瘤的靶向诊断和治疗奠定了初步的实验基础。     

SELEX技术及寡核苷酸适配体的近期研究进展

指数富集的配体系统进化（SELEX）技术是一类具备蓬勃发展前景的体外筛选技术,在生物学、药学及化学领域已引起广泛关注。本文即针对2004年以来SELEX技术的发展特点,主要介绍两类新型SELEX策略,即毛细管电泳-SELEX和针对复杂靶标的SELEX方法,并简要总结了寡核苷酸适配体在生物医学和药学相关方面的最新应用进展。     

SELEX技术筛选HCV非结构蛋白NS3的DNA适配子

目的 用配基指数富集的系统进化技术(SELEX)技术筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS3的DNA适配子.方法 构建随机ssDNA文库,两端为固定序列,中间为39 nt的随机序列,总长度为85 nt,将NS3蛋白包被在96孔板上,ssDNA与NS3蛋白进行亲和反应,洗去未结合的ssDNA,洗脱回收与NS3蛋白结合的DNA,PCR扩增后,磁珠法分离成单链.重复以上筛选步骤,直至筛选出高特异性和亲和力的核酸适配子.将核酸适配子连接质粒载体克隆转人大肠杆菌,挑选阳性克隆提取质粒外送到公司进行测序.结果 通过8轮筛选,成功筛选出DNA适配子,并获得其中6条克隆的DNA一级序列.6条适配子序列长度相同,均为85 nt,两端固定序列与设计相符,中间为随机序列,随机序列无共同保守系列.所有寡核苷酸适配子的二级结构以茎环和凸环为主.结论 以NS3蛋白作为药物研究的靶点,结合SELEX筛选技术研究其核酸适配子,具有巨大的潜力和研究价值.     

急性髓系白血病细胞单链DNA适体的体外筛选

目的:筛选识别急性髓系白血病M2型(acute myeloblastic leukemia M2 subtype,AML-M2)CD33+/CD34-细胞的核酸适体(aptamers)。方法:以AML-M2型白血病CD33+/CD34-细胞为靶细胞,正常人CD33+/CD34-细胞为反筛选细胞,采用细胞-指数富集配体系统进化(cell-systematic evolution of ligands by exponential enrichment,C-SELEX)技术,体外反复筛选单链DNA(single strand deoxyribonucleic acid,ssDNA)文库的适体,经聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)扩增产生次级文库。然后将最终轮次的次级ssDNA文库克隆、测序并分析各适体的一级和二级结构。结果:琼脂糖凝胶电泳结果显示:每轮筛选出来的次级ssDNA文库PCR扩增产物均可见到清晰的DNA条带。经过13轮的反复筛选,次级ssDNA文库与细胞结合的荧光强度从2.14%上升到51.12%,至第13轮趋于稳定状态。对30个克隆子序列测定结果显示:22个适体一级结构分别含有AAGTA,TATCT,AGATG和AAATT 4个保守序列,另8个适体无此保守序列。二级结构模拟结果显示:30个适体含有4种不同的茎环、凸环模拟结构。结论:C-SELEX技术可用于急性髓系白血病原代细胞适体的筛选,筛选到的AML-M2型白血病CD33+/CD34-细胞适体有望用于白血病的诊断与治疗。     

靶向乳腺癌的核酸适配体应用研究进展

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,实现乳腺癌的早期诊断和早期治疗意义重大.核酸适配体是经过指数富集配体系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment, SELEX)筛选得到的寡核苷酸序列,在肿瘤诊断及治疗方面拥有良好的应用前景.本文对靶向乳腺癌的核酸适配体及适配体作为载体和探针在乳腺癌诊疗中的作用进行综述.     

治疗前系统免疫-炎症指数、纤维蛋白原对非小细胞肺癌预后的评估价值

目的 探讨治疗前系统免疫-炎症指数(system immune-inflammation index,SII)、纤维蛋白原(fibrinogen,FIB)对非小细胞肺癌患者预后的评估价值.方法 收集经病理确诊的非小细胞肺癌患者84例的临床资料,通过受试者工作特征(receiver operating character...     

炎症相关疾病中髓样细胞表达的激发受体-1研究进展

髓样细胞表达的激发受体-1(triggering receptors expressed by myeloid cells-1,TREM-1)是新近发现的参与单核细胞作用和炎症反应的分子,是自然杀伤细胞受体家族成员,表达于中性粒细胞、成熟单核细胞及巨噬细胞,能增强由Toll样受体(TLR)-2和-4启动的炎症反应,扩大急、慢炎症反应.细菌或真菌感染患者体液中可检测到可溶性TREM-1(sTREM-1),提示其可作为感染的诊断指标;针对TREM-1的靶标治疗是值得深入探讨的抗炎治疗新方法.本文就炎症相关疾病中TREM-1的研究进展作一综述.     

SELEX实验中核酸-蛋白复合物分离方法对富集库亲和力的影响

目的 比较SELEX实验中，核酸—蛋白复合物分离技术的差异对筛选富集库亲和力的影响。方法以β—转化生长因子Ⅱ型受体为靶目标，采用不同技术路线从ssDNA随机库中获取亲和富集库：技术路线1，靶目标预先被吸附到96孔微量滴定板后，再进行筛选，从滴定板上洗脱结合核酸；技术路线2，溶液中筛选、硝酸纤维膜截留核酸—蛋白复合物，从膜上回收结合核酸；通过膜结合测定、凝胶阻滞测定实验检测筛选富集库对靶目标的亲和力。结果 经4轮筛选后，技术路线1来源的富集库与初始随机库相似，对靶目标无亲和力；而技术路线2来源富集库对靶目标的亲和力较初始随机库有显著提高。结论 SELEX实验中，溶液中筛选、膜截留结合核酸的技术路线与固—液相筛选、固相中直接获取结合核酸的途径相比较，前一种方法更容易富集到与靶目标结合的目的序列。     

SELEX技术的靶标范围拓展

靶标范围的不断拓展是指数式富集的配体系统进化(SELEX)技术和其他随机文库技术(如噬菌体表面展示技术等)的显著特征之一.经过20多年的发展,SELEX的靶标已经拓展到包括金属离子、各种有机小分子、药物、蛋白质等生物大分子、致病微生物、活细胞和组织等在内的多种形式,以细胞和组织为靶标的SELEX筛选策略在肿瘤靶向诊断和治疗的研究中也得到了初步应用,本文综述了SELEX技术的靶标拓展情况.