嗜肺军团菌环介导等温扩增检测法的建立

目的:建立一种快速简便的嗜肺军团菌分子检测方法.方法:运用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),设计一套引物特异性识别嗜肺军团菌毒力基因--mip基因的6个特殊区域,在恒温条件下,对8株嗜肺军团菌和5株其它细菌进行检测,并与普通PCR方法进行比对,验证该方法的特异性和灵敏度.结果:所有嗜肺军团菌扩增产物均产生肉眼可见的白色沉淀,而其它不同菌株均不产生沉淀;加入荧光染料smart green后,嗜肺军团菌扩增产物均产生强绿色荧光,其它菌株呈弱荧光.与普通PCR(检出限约为57.6 pg,)比,LAMP扩增反应的灵敏度大100倍左右,基因组DNA检出限为576 fg,阳性水样检出限为8 cfu/ml.结论:LAMP技术可在简易的实验环境中快速、特异、灵敏地检测嗜肺军团菌.     

聚合酶链法检测环境水体中嗜肺军团菌

目的建立检测环境水体中嗜肺军团菌聚合酶链(PCR)法。方法以嗜肺军团菌特异性保守基因Mip为靶基因,采用Godkex软件设计引物,聚合酶链反应测定。结果该方法检测军团菌的灵敏度为5.8×102cfu/ml,6株标准军团菌均扩增出996 bp的条带,4株非嗜肺军团菌和4株非军团菌无条带出现;检测71份环境水样,5份阳性,阳性率为7.0%。结论该方法快速、灵敏、特异,是检测水体中嗜肺军团菌的有效方法。     

环介导等温扩增技术检测铜绿假单胞菌的研究

用环介导等温扩增技术(LAMP)快速、灵敏地检测铜绿假单胞菌.利用铜绿假单胞菌gbca基因,特异性设计3对LAMP引物,在反应体系中添加羟基萘酚蓝(HNB)荧光染料,通过反应前后颜色的变化肉眼观察结果,并用琼脂糖凝胶电泳加以验证.对临床标本利用LAMP和PCR法平行检测,验证该法灵敏度、特异性.针对铜绿假单胞菌DNA特异性引物的LAMP法可以扩增,其他无扩增产物.本实验建立的LAMP法具备简便、快速、特异性强和灵敏度高的特点,适于实际应用.     

基因扩增法检测军团杆菌DNA的研究

采用聚合酶链式反应建立检测军团菌 DNA 的实验诊断方法。结果显示,采用军团菌属5 SrRNA 编码区特异性引物进行扩增,11种军团菌(包括八种嗜肺军团菌)均可见104bp 的阳性扩增带;采用嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强(mip)基因编码区特异性引物扩增,所有八种嗜肺军团菌均可见650 bp 的特异性扩增带,所有三种非嗜肺军团菌扩增结果为阴性。检测敏感性为60 fg 左右。     

树鼩粪便中沙门氏菌LAMP检测方法建立及应用

目的建立树鼩粪便沙门氏菌的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对此方法进行初步应用。方法根据沙门氏菌种属特异性基因inv A(侵袭蛋白基因A)的保守序列,设计合成特异性LAMP引物。分别设定十个反应温度即57℃~66℃和十个反应时间即24~42 min进行优化,并测定本方法的特异性和灵敏度;同时进行普通PCR实验,作为本方法的验证和比较。用建立的LAMP法对91份野生来源的树鼩稀便样品进行检测。结果优化反应条件选出反应温度为62℃,反应时间34 min;该方法对沙门氏菌的灵敏度可达3.36×101CFU/m L,比普通PCR方法高10~100倍;对10种树鼩来源的肠道细菌进行LAMP检测,只有沙门氏菌属的肠炎沙门氏菌和乙型副伤寒沙门氏菌检测为阳性,其余为阴性;对91份野生树鼩粪便样品进行LAMP检测,阳性检出率为20.88%;LAMP法的所有反应可在40 min内完成。结果可通过肉眼观察颜色变化直接判定。结论所建立的LAMP方法具有便捷、快速、灵敏、特异等特点,可用于树鼩粪便中沙门氏菌的大规模快速检测。     

基于颜色判定的环介导恒温扩增技术快速检测铜绿假单胞菌的研究

目的建立了一种基于颜色判定的,能够快速准确地检测铜绿假单胞菌的LAMP方法。方法针对铜绿假单胞菌OprL基因设计3对LAMP引物,通过引物特异性识别OprL的8个独立区域来快速检测铜绿假单胞菌。如果在反应前添加荧光染料羟基萘酚蓝(HNB)或钙黄绿素(Calcein),其结果可以通过肉眼观察反应前后颜色变化来判定并经琼脂糖凝胶电泳验证。对该技术进行特异性、灵敏度分析,利用LAMP和PCR同时检测临床标本。结果设计出针对铜绿假单胞菌OprL基因的恒温扩增检测方法。本恒温扩增检测法只扩增铜绿假单胞菌DNA,对其他菌不扩增,显示出良好的特异性。其最低检测限为17.414 pg/μl,PCR方法最低检出限为174.414 pg/μl,LAMP方法检测灵敏度是PCR方法检测灵敏度的10倍,灵敏度高。LAMP法对临床阳性标本检出率与PCR法相当(27/27)。结论 LAMP方法用于快速检测铜绿假单胞菌具有检测过程简单、实验装置简便、反应结果肉眼可辨别、灵敏度高和特异性强的特点,适合用于现场和基层检疫及医疗单位的快速诊断。     

LAMP技术在肺部非典型感染病原体检测中的应用

目的探讨利用现代生物技术开发一套可以快速、准确而且高通量检测肺部3种常见非典型感染病原体的检测方法。方法采用环介导等温核酸扩增技术(LAMP)对导致肺部非典型感染的肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种常见病原体的特异性DNA片段进行扩增,结合基因芯片杂交技术鉴定这3种肺部非典型感染的病原体。结果采用LAMP技术对目的核酸进行扩增,肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种致病菌特异性核苷酸片段同时布阵在一张芯片上,证明该鉴定系统可检测出的DNA浓度为104拷贝大小,特异性高,芯片质量稳定。结论 LAMP技术结合基因芯片杂交技术可发挥独特的检测优势,能为常见的肺部非典型感染病原体最终鉴定提供进一步佐证,可提高检验鉴定结果的准确性,具有简便快速、灵敏度高、特异性好等优势。     

LAMP技术对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的快速鉴定

目的建立基于环介导等温扩增(LAMP)技术进行快速鉴定耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的方法。方法采集自鼻拭子样品的MRSA菌株,针对MRSA耐药因子mec A所在基因组岛SCCmec,挑选具有高保守性的边界末端开放阅读框,设计特异性引物,进行LAMP快速检测,优化和确定LAMP反应体系和条件。结果以PCR法作为对照,LAMP检测MRSA的灵敏度为8×10~3 CFU/ml,PCR的灵敏度为8×10~5 CFU/ml。同时,LAMP快速检测法的检出率与特异性分别达92.7%与100.0%。结论 LAMP是可应用于MRSA检测的灵敏和特异性方法。     

检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7的环介导等温扩增和PCR法比较

目的建立基于环介导等温扩增(LAMP)技术的肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7快速简便检测方法,并与PCR进行比较。方法针对EHEC O157:H7保守的rfbE基因序列,设计特异性引物,建立LAMP和PCR检测技术并优化其反应条件,比较这两种检测方法的灵敏度、特异性和对实际样品的检测结果。结果成功建立了LAMP和PCR检测体系,灵敏度检测结果显示,LAMP检测限低至10 cfu/ml,PCR检测限为102cfu/ml,LAMP检测灵敏度高于PCR;对39株近源菌进行检测,结果显示,LAMP法仅7株EHEC O157:H7得到阳性结果,非EHEC O157:H7菌株均为阴性,PCR产物则出现非特异性条带,LAMP法特异性比PCR法高。对于32份猪肉样品的检测,LAMP和PCR与常规检测结果一致,3份样品检测阳性。结论 LAMP检测技术的特异性和灵敏度较PCR高,并且操作简便、检测成本低,耗时短,更有望发展成为快速准确检测EHEC O157:H7的有效手段。     

用Nested聚合酶链反应检测嗜肺军团菌的实验研究

用Nested聚合酶链反应(Nested PCR)法检测嗜肺军团菌种。Nested PCR法所用的两对寡核苷酸引物按编码24 kDa嗜肺军团菌表面抗原的基团片段序列设计的。用此两对引物对实验的军团菌种和非军团菌种细菌DNA进行扩增,只有嗜肺军团菌种DNA被扩增,而其他军团菌种和非军团菌属细菌没有被扩增。第1步和第2步PCR分别检测到最小量为10pg和10 fg的靶DNA。对不同量的嗜肺军团菌配制成的痰标本进行检测,能检测到0.1cfu/ml的嗜肺军团菌,只需12h。这些结果显示Nested PCR法检测嗜肺军团菌特异性强,敏感性高。此方法为从临床标本和环境材料中早期、快速检测到嗜肺军团菌提供了有效的工具。     

建立环介导等温扩增方法检测腹泻患者中小肠结肠炎耶尔森菌

目的建立快速的检测方法对腹泻患者中的小肠结肠炎耶尔森菌进行快速检测。方法利用析因设计试验方法建立并优化检测小肠结肠炎耶尔森菌的环介导等温扩增技术（LAMP）,并与普通PCR法对临床腹泻标本进行检测比较。结果析因设计试验确定LAMP最佳反应体系：Mg2＋＋为2．0mmol,内引物FIP／BIP为1．6umol,dNTPs为1．6mmol,时间为60rain,反应温度为63℃。对12种细菌进行LAMP扩增,仅小肠结肠炎耶尔森菌获得阳性扩增结果,小肠结肠炎耶尔森菌基因组DNA和纯培养物的检测灵敏度分别为38．05fg和15CFU／ml。对腹泻样本进行直接检测,检测限为150CFU／g。539例腹泻患者粪便标本中,LAMP成功检出13例样本中含有小肠结肠炎耶尔森菌,普通PCR检出11例,灵敏度为100％,特异度为99．62％。结论本方法检测小肠结肠炎耶尔森菌特异性强、灵敏度高．且操作简单、快速、检测成本低．适合基层单位及现场廊用．     

产肠毒素大肠杆菌快速检测方法的建立和评价

目的 利用环介导等温扩增（LAMP）技术,建立产肠毒素大肠杆菌（ETEC）的快速、便捷、敏感、特异的检测方法,并对该方法的特异性和敏感性进行评价,为实验动物检测和细菌性腹泻的诊断提供技术支持。方法 根据GenBank公布的产肠毒素大肠杆菌的LT毒素基因序列（S60731.1）设计外引物和内引物进行LAMP扩增,对LAMP特异性和敏感性与PCR方法做比较。结果 建立的LAMP方法检测限为100pg,灵敏度是PCR的10倍以上并具有较高的特异性,利用该方法对27份猴腹泻样品进行LAMP和PCR方法检测, LAMP（60min内）检测结果与PCR符合率为100%,而LAMP（90分钟内）检测敏感性高于PCR。结论 建立了一种用于检测肠毒性大肠杆菌（ETEC）的LAMP检测方法,该方法特异性强,灵敏度高,方便快捷,适合于ETEC临床快速检测。     

快速检测单核细胞增生李斯特菌LAMP方法的建立

目的:建立一种检测单核细胞增生李斯特菌核酸的快速、特异的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermalamplification,LAMP)方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌的李斯特菌溶血素hlyA基因设计4条LAMP引物,在水浴箱内65℃保温约60 min,完成对单核细胞增生李斯特菌的扩增,扩增产物经肉眼、SYBR Green I染色和电泳鉴定。利用LAMP和PCR方法同时检测1株单核细胞增生李斯特菌和10株非单核细胞增生李斯特菌(对照组)来验证LAMP方法的特异性。用LAMP和PCR方法分别检测一系列稀释后的单核细胞增生李斯特菌菌液,比较两者的敏感性。结果:经肉眼、加染料和电泳均能观察到1株单核细胞增生李斯特菌LAMP扩增阳性反应,10株非单核细胞增生李斯特菌没有出现LAMP扩增。LAMP敏感度比PCR高,LAMP检测单核细胞增生李斯特菌的检测下限为3 cfu/ml,PCR检测下限>300 cfu/ml。LAMP检测速度比PCR更快,只需要60 min。结论:建立了一种检测单核细胞增生李斯特菌的快速、特异的LAMP方法。     

改良环介导等温扩增技术在疟原虫耐药基因SNP检测中的价值及可行性

目的 探讨改良环介导等温扩增技术(LAMP)对常见药物抗性基因SNP的检测价值及可能性.方法 采集非洲赤道几内亚马拉博地区医院提供的500例当地疟疾患者的外周血液样本,以巢式PCR为金标准,比较改良环介导等温扩增技术与其在恶性疟原虫耐药基因SNP检测中的反应效率、敏感性及特异性.结果 对照金标准巢式PCR方法,对500例患者进行检测,两种方法的检测符合率为96.4%,差异无统计学意义(P>0.05).检测效率比较显示,通过与金标准进行比较,改良LAMP的初反应时间较快,在10 min内即起跳并迅速达到阳性反应阈值,而巢式PCR扩增效率相对较低,明显落后于改良LAMP(q浑浊度=6.492,P<0.001;q反应速率=0.931,P=0.079);敏感性比较显示,改良LAMP扩增的阳性反应阈值较巢式PCR出现得早,并且随着时间推移,反应扩增量逐渐增加,在反应的20 min内,改良LAMP反应起跳时间较早(q浑浊度=20.171,P<0.001;q反应速率=0.326,P=0.674);特异性比较显示,改良LAMP对四种疟原虫均有较好的特异性,无论是起跳时间、扩增产物速率均优于巢式PCR(q浑浊度=18.619,P<0.001;q反应速率=1.927,P=0.073).结论 改良环介导等温扩增技术具有较好的反应速率、特异性及敏感性,操作简便、诊断效率高,值得推广.     

LAMP和PCR法检测痢疾志贺菌的特异性和灵敏性比较

目的建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测痢疾志贺菌,并对其特异性、灵敏度与传统PCR进行比较。方法以痢疾志贺菌侵袭性质粒抗原H基因(ipaH)为靶序列,设计6条特异性引物(内引物、外引物和环引物各2条),优化LAMP反应体系及反应条件,检测LAMP反应的灵敏度、特异性及模拟样品,同步与PCR进行比较。结果 LAMP法和PCR均能特异性地扩增出志贺菌靶DNA,而其他非志贺菌均未扩增出特有条带。检测细菌纯培养物和模拟食品的灵敏度LAMP法分别为5.3×101cfu/ml、6.8×101cfu/ml,PCR法分别为5.3×102cfu/ml和6.8×102cfu/ml。结论利用LAMP技术,可快速、灵敏、简便地检测痢疾志贺菌,与PCR方法比较,特异性强、操作简便、检测成本低、耗时短,有望发展成为快速检测痢疾志贺菌的有效手段。     

LAMP技术检测弓形虫感染方法的建立

目的建立一种快速、简便的检测弓形虫感染的环介导等温扩增方法(LAMP)。方法根据弓形虫RH株SAG1基因序列合成2对特异性LAMP引物,优化扩增体系与参数。通过与常规PCR方法的比较,评估优化后的LAMP反应的特异性和灵敏性。利用建立的LAMP初步检测人工感染弓形虫4 d后白兔与大鼠的肌肉组织。结果 LAMP法检测弓形虫基因组DNA的灵敏度是传统PCR方法的100倍。LAMP法检测与其他常见寄生原虫、寄生虫无非特异性阳性结果。LAMP法检测人工接种动物的肌肉组织,阳性率达到100%,对照组为0,差异有统计学意义(P0.01)。结论 LAMP法检测弓形虫感染快速简便、敏感性高、设备要求低,具有较好的应用前景。     

16 SrRNA基因聚合酶链反应检测细菌感染的研究

目的：探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法：通过自行设计合成的细菌１６ＳｒＲＮＡ基因高度保守区引物,对２０ 种标准菌株、１２ 种２７ 株临床分离的细菌株、人基因组ＤＮＡ及巨细胞病毒进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增。结果：对所测细菌株均获得３７１ ｂｐ 扩增产物,而与人基因组ＤＮＡ、巨细胞病毒无交叉阳性反应,ＰＣＲ最低能检测ｌｐｇ 大肠杆菌ＤＮＡ。结论：建立了用共同引物ＰＣＲ扩增以判断是否存在细菌感染的方法,该方法检测快速,敏感性和特异性高。     

环介导等温扩增技术检测间日疟原虫方法的建立及应用分析

目的建立一种快速、简便的检测间日疟原虫的环介导等温扩增方法(LAMP)并与常规PCR方法作比较。方法根据间日疟原虫环子孢子蛋白(CSP)基因序列合成2对特异性LAMP引物,优化Mg2+浓度、dNTPs浓度、BstDNA聚合酶添加量、反应温度、时间以及设计引物缺省试验。评估优化后的LAMP反应的特异性和灵敏性。检测133份患者血样,以显微镜检方法为金标准,比较LAMP和多重PCR法检测间日疟原虫的敏感性和特异性。结果 LAMP法检测重组质粒DNA(Pv-rDNA)的灵敏度达到10-10,为传统PCR方法的100倍。镜检确诊的68例间日疟、43例恶性疟和22例非疟疾患者中,LAMP法和多重PCR检测间日疟原虫的敏感性为98.53%和97.06%,两法基本相当(χ2=0.34,P>0.05);特异性为86.15%和100%,LAMP法低于多重PCR法,差异有统计学意义(χ2=9.67,P<0.05)。LAMP法的阳性预测值和阴性预测值分别为88.16%和98.25%,多重PCR的阳性预测值和阴性预测值分别为100%和97.01%。结论 LAMP法检测间日疟原虫具有快速简便、敏感性高、设备要求低的特点,具有较好的应用前景。