1株2019年云南省西双版纳流行登革热1型病毒全基因组序列分析

目的 了解2019年西双版纳暴发登革热主要流行血清型登革热1型病毒（Dengue virus-1, DENV-1）分子特征，为当地登革热流行的预防控制提供依据。方法 在C6/36细胞上对1株从2019年西双版纳发热患者血液中分离到的DENV-1病毒（JHS45）进行复壮，采用二代测序的方法对该株病毒进行测序，采用CLC Genomics workbench 8.0生物信息学软件对测序数据组装，使用Lasergene软件、MEGA6.1等进行序列比对、系统进化树构建及氨基酸位点分析。结果 JHS45株病毒在C6/36细胞上6 d出现细胞病变。测序组装后获得JHS45株病毒1条10 687个核苷酸（nt）长序列（GeneBank登录号：OR593353）。遗传进化分析结果 JHS45株病毒与我国2019年西双版纳、广州、河南、浙江流行的以及2013年泰国流行的DENV-1基因型Ⅰ病毒形成一个进化分枝，核苷酸同源性为97.6%～99.9%，氨基酸同源性为99.1%～100%；分析发现与2019年云南西双版纳（MW386863）和广州（MW261839）流行的DENV-1基因型Ⅰ病毒位于同一个...     

广州市2011年登革热疫情流行病学特征分析

目的分析广州市2011年登革热疫情流行病学特征,为登革热预防控制工作提供参考依据。方法对广州市疫情监测与报告信息系统和实验室监测信息系统,以及相关的现场调查报告、疫情简报等进行统计与分析。结果广州市2011年报告登革热病例51例,本地感染33例,输入性病例18例,累计发病率0．4／10万,无死亡病例,输人性病例占全年报告病例的35．29％。除1、2、7月外,其余月份均有病例;共报告突发公共卫生事件1起,为海珠区龙凤街登革热暴发疫情（16例）。实验室监测表明,2011年广州市病毒流行株为登革I型病毒。结论2011年广州市登革热流行处于散发流行状态,输人性病例或异地来广州就诊的登革热病例对广州市登革热流行存在潜在风险。     

广东省东莞市2017-2018年登革病毒E基因进化分析

目的 测定广东省东莞市2017—2018年Ⅰ~Ⅳ型登革病毒（DENV-1~DENV-4）的E基因序列,分析其系统进化情况及流行基因亚型,从分子水平探讨病毒来源。方法 收集东莞市2017—2018年140例可疑登革热患者急性期血清,用实时荧光PCR方法检测病毒核酸,阳性血清用C6/36细胞分离培养登革病毒,测定分离株E基因序列,绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果 140份急性期血清中DENV核酸阳性54份,阳性率38.6%,DENV-1阳性占53.7%。分离得到17株毒株。序列比对和系统进化分析显示,10株DENV-1分离株间核苷酸同源性为90.0%~99.9%,氨基酸同源性为96.6%~99.8%,分属基因Ⅰ型和基因Ⅴ型。7株基因Ⅰ型分离株与泰国2015年、缅甸2015年、中山2015年及越南2016年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.9%),其中2018年本地株D2018078与2017年输入株D2017008核苷酸同源性达99.8%;3株基因Ⅴ型分离株与印度2014年、2017年株及新加坡2014年流行株核苷酸同源性较高(97.7%~99.1%)。4株DENV-2分离株间核苷酸同源性为91.0%~98.6%,推导氨基酸同源性为97.6%~99.8%,分属混合型和亚洲Ⅰ型,2株混合型分离株与马来西亚2014年、台湾2015年流行株核苷酸同源性较高(99.6%~99.7%);2株亚洲Ⅰ型分离株分别与越南2015年、泰国2011年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.5%)。2株DENV-3分离株间核苷酸同源性为98.4%,氨基酸同源性为99.4%,均属基因Ⅰ型,与缅甸2017年、马来西亚2015年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.7%)。1株DENV-4分离株与越南2013、2016年流行株同源性较高(99.3%~99.5%),属基因Ⅰ型。结论 2017—2018年东莞市登革热的病原体主要为DENV-1,其次是DENV-2,各至少有2种基因亚型同时在流行;DENV-3和DENV-4各至少有1种基因亚型在流行。流行方式主要为南亚和东南亚国家及我国中山、台湾等地输入病例引起的本地暴发流行,存在输入引起本地感染的风险。     

云南省瑞丽市2013年登革热暴发的分子流行病学研究

目的调查云南省德宏州瑞丽市2013年登革热（denguefever,DF）暴发疫情的情况,掌握其分子流行病学特点。方法收集登革热病例资料,采集急性期患者血清标本,用RT-PCR法检测登革病毒（dengue virus,DENV）核酸,并进行登革病毒C/PreM区核苷酸序列测定和分析。结果 2013年8~11月,瑞丽市共确诊登革热232例,其中本地感染病例145例（62.50%）,缅甸输入性病例87例（37.50%）。2013年瑞丽市登革热本地感染病例发病率为77.69/10万。主要流行地区为瑞丽市城区（53.45%,124/232）、姐告镇（16.81%,39/232）和勐卯镇（8.19%,19/232）。经序列测定,获得17株病毒的C/PreM区基因核苷酸序列,系统进化分析表明,5株为登革Ⅰ型病毒,12株为登革Ⅱ型病毒,均与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系。结论瑞丽市在2013年发生了输入性和本地感染并存的登革热流行,并存在登革Ⅰ型和Ⅱ型病毒共同流行,来自缅甸的登革热输入性病例是引起本次登革热本地流行的主要原因。加强输入性病例的监测和管理是防止该病再次流行的关键措施。     

2014-2019年揭阳市登革病毒E基因序列分析

目的探讨揭阳市登革病毒(DENV)的分子特征并进行生物学溯源。方法收集2014-2019年揭阳市登革热流行期间登革热疑似和临床诊断病例的急性期血清,用实时荧光定量RT-PCR方法检测病毒核酸及分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,用生物学软件进行序列比对分析并构建系统进化树。结果 896份急性期血清中DENV核酸阳性556份,阳性率为62.05%;血清型以DENV-Ⅰ为主(534例,占96.04%),其次为DENV-Ⅱ(18例,占3.24%)。序列分析显示,DENV-Ⅰ分离株基因型分属Ⅰ型和Ⅴ型,以Ⅰ型为主;DENV-Ⅱ分离株基因型均属于Cosmopolitan型。DENV-Ⅰ、DENV-Ⅱ分离株与周边地市、珠三角城市及东南亚国家流行株同源性较高。DENV-Ⅰ、DENV-Ⅱ分离株均属于弱毒株。结论 2014-2019年揭阳市登革病毒以血清Ⅰ型基因Ⅰ型为主,其次是血清Ⅱ型基因Cosmopolitan型;推测揭阳市登革热流行毒株多来源于周边地市、珠三角城市及东南亚国家。     

2008-2016年湖南省登革热病例及病原学监测结果

目的分析2008-2016年湖南省登革热病例及病原学监测结果,阐明近年湖南省登革热流行病学和病原学特征。方法对湖南省2008-2016年报告的输入性登革热病例信息进行流行病学三间分析,对蚊媒监测中采集的蚊虫开展登革热等虫媒病毒分离和检测,对2 802例健康人群开展IgG抗体水平检测和分析,对实验室确诊病例开展登革热病毒血清型分型,对部分毒株E基因进行序列测定,构建系统发生树。结果 2008-2016年湖南省累计报告输入性登革热病例156例,20～50岁占病例总数的71.37%,14个市州均有病例分布;327 600只白蚊伊蚊登革热等虫媒病毒检测均为阴性,未分离到登革热病毒;2 802例健康人群登革热病毒IgG抗体阳性率为6.71%,不同年龄组之间差异有统计学意义(χ~2=13.81,P=0.001);36例输入性病例存在4个血清型,DENV-1占63.89%,系统发生树提示DENV-1病毒主要来源于广东。结论湖南省无本地登革热感染病例,输入性病例以DENV-1血清型为主,健康人群抗体阳性率较高,存在输入性病例引起本地流行的风险。     

204例登革热患者病原学特征分析

目的 分析204例登革病毒感染者的病毒血清型别分布及抗体产生特征,为研究登革热流行动态特征及临床诊治策略提供实验依据.方法 采集登革热患者急性期血清,应用实时荧光PCR检测登革病毒核酸及分型,ELISA法检测登革病毒特异性抗体IgG和IgM.结果 共检测204例标本,其中179例登革病毒核酸阳性,DENV-1型、DENV-2型及DENV-3型分别占97.2％ (174/179)、1.1％(2/174)及0.6％(1/174);DENV-1合并DENV-2型感染和DENV-1合并DENV-3型感染各1例.ELISA法结果显示IgM、IgG抗体阳性者分别为193例和47例,且IgG抗体阳性者的IgM抗体同为阳性,表明初次感染和二次感染分别为146例(75.6％,146/193)和47例(24.4％,47/193).结论 广州存在多种血清型流行及二次感染患者,提示今后广东省重症登革热的发生几率可能会有所增加,应引起重视.     

深圳市2015年首例输入性登革热病毒溯源分析

目的 对2015年深圳市报告的首例输入性登革热病例进行溯源分析。方法 收集该病例流行病学资料及血清样本,并通过免疫层析法和实时荧光RT-PCR对该病例血清中的特异性IgM抗体、IgG抗体、NS1抗原及病毒核酸进行检测。用C6/36细胞对血清进行病毒分离。对分离株的E基因进行序列测定,与不同型别的标准株及不同地区的分离株进行同源性分析并构建系统发生树。同时对糖基化位点、毒力位点上的序列进行比较。结果 从该病例血清中检测出IgM抗体、NS1抗原和2型登革病毒RNA,并成功从血清样本中分离出登革病毒DEN2-SZ1503。 SZ1503与标准2型登革病毒NGC株E基因的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.8％和97.8％。系统发生树表明SZ1503与SG（EHI）D2 / 06572Y13株（Malaysia 2013）,具有最高相似性,且位于系统发育树的同一分支中。该分离株同1051株（Indonesia 76）、10株（Somalia 84）和271-206株（Sri Lanka 90）一起属于基因型Ⅳ。SZ1503株E基因的糖基化位点与其他登革热2型毒株相同,毒力位点也与之前报道的毒株一致。结论 病毒学、血清学和流行病学结果表明,该输入登革热病例是由2型登革热病毒引起的,SZ1503病毒株的遗传特征与马来西亚流行的登革热病毒一致。     

东莞市2014—2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析

目的 研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒（DENV-1）流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法 采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0%。以9月、10月为发病高峰期,占86.7%;男女比例为0.92∶1,20~<70岁年龄组发病例数最多,占75.1%;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街最多,占76.4%。序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2%~99.6%,氨基酸同源性为96.4%~100.0%,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2%~100.0%和90.2%~100.0%。系统进化树分析显示,2014—2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型 ,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主。所有8株分离株与原型株进化距离较远。结论 2014—2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行。     

广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株E基因序列分析

目的测定广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株的E基因序列并进行分析。方法收集广州市2006年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发生树,进行生物信息学分析。结果59份标本中38份病毒分离培养阳性,获得广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2006/1707的E基因序列,其同源性与东南亚缅甸、泰国、柬埔寨等地的流行株接近,但与广州市2002年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2002/281较远。结论广州市2006年流行的登革病毒属输入性,但与2002年流行的登革病毒有不同的输入源。     

登革病毒HLA-A*0201限制性T细胞表位诱导免疫反应的研究

目的：探讨登革病毒（DENV）HLA-A*0201限制性T细胞表位诱导DENV血清型间交叉反应性T细胞的效应。方法：基于已鉴定DENV-1中HLA-A*0201限制性CD8+ T细胞表位（NS4b40-48TLYAVATTI）序列,合成在其他血清型中相似的候选表位,采用MHC-肽复合物稳定性实验检测候选表位与HLA-A*0201结合力。采用酶联免疫斑点（ELISPOT）实验研究已鉴定表位及候选表位免疫HLA-A*0201转基因小鼠产生的CD8+ T细胞识别相同及相似表位能力;采用ELISPOT实验研究不同DENV血清型感染HLA-A*0201转基因小鼠是否产生能识别已鉴定表位及候选表位的T细胞反应。结果：DENV-3中NS4b39-47TLYAVATTV与HLA-A*0201具高结合力,但DENV-2中NS4b39-47TLYAVATTF与HLA-A*0201结合力弱。DENV-1-NS4b40-48和DENV-3-NS4b39-47免疫的转基因小鼠脾、淋巴结和外周血中存在可识别DENV-1-NS4b40-48、DENV-2-NS4b39-47和DENV-3-NS4b39-47的交叉反应性CD8+ T细胞。在DENV-1,-2,-3感染的转基因小鼠体内也存在类似的T细胞反应。结论：DENV-3中NS4b39-47TLYAVATTV为新的CD8+ T细胞表位,该表位及已报道表位NS4b40-48TLYAVATTI均可诱导DENV血清型间交叉反应性CD8+ T细胞反应,二者有助于我们研究DENV血清型间交叉反应性CD8+ T细胞的功能以及用于评估DENV候选疫苗的T细胞免疫效应。     

登革病毒非结构蛋白1 氨基端抗原性分析及其检测登革病毒感染动物血清

目的    精确分析登革病毒(dengue virus,DENV)非结构蛋白1（non-structural protein 1, NS1)氨基(N)端抗原性和免疫原性,探讨NS1 N端多肽用于分型检测DENV感染可行性。方法    合成4型DENV 标准株NS1蛋白 N端1-15氨基酸残基序列多肽（D-1 P1、D-2 P1、D-3 P1和D-4 P1）,采用ELISA方法检测多肽同DENV NS1 血清型特异性单抗和各型DENV分别免疫小鼠血清的反应性,竞争抑制法进一步验证单抗和对应多肽反应特异性。分析4型DENV 标准株NS1 N端1-15氨基酸残基序列多肽在Pubmed中已报道的各型DENV分离株中的保守性。结果     6株DENV 1型特异性单抗（5A48A3, 5A65A2, 5B29A1, 5B71A8, 5C29A3和5E68A17）特异性的同D-1 P1;6株DENV-2 NS1型特异性单抗（5D21A1、5E19A5、 5A62A12、5A70A4、5E30A5和5E48A15）特异性的同D 2 P1反应。D-1 P1仅识别DENV 1免疫小鼠血清, 其他多肽同各型DENV 1免疫小鼠血清反应无差异。DENV-1、2、3、4 NS1 N端保守性依次为98.96%、89.09%、83.58%和57.81%。结论     DENV-1 NS1 N端是DENV-1血清型特异性优势线性表位,该多肽可用于研制诊断DENV-1感染试剂盒;DENV-2 NS1 N端是DENV-2血清型特异性表位,以上研究有助于DENV亚单位疫苗和DENV感染分型诊断试剂盒的研制。     

云南省西双版纳州蚊虫自然感染乙型脑炎病毒的研究

在西双版纳州景洪、勐海和勐腊县（市）捕获成年雌性蚊虫8属34种34508只。夜晚在农村畜圈及其周围采获蚊虫21种,优势蚊种为棕头库蚊和三带喙库蚊;白天在野外竹林采获蚊虫25种,优势蚊种为圆斑伊蚊和白纹伊蚊。从三带喙库蚊（8株）、霜背库蚊（4株）、伪杂鳞库蚊（3株）、环带库蚊（1株）、棕头库蚊（1株）、中华按蚊（3株）、刺扰伊蚊（2株）、白纹伊蚊（1株）、窄翅伊蚊（1株）和常型曼蚊（1株）中分离到乙型脑炎病毒25株。分析认为,三带喙库蚊是当地乙型脑炎病毒的主要传播媒介,伪杂鳞库蚊和霜背库蚊亦是该病毒的重要传播媒介。白纹伊蚊等带毒蚊种亦参与该病毒的传播。     

Molecular epidemiology of dengue in Jamaica dengue virus genotypes in Jamaica, 2007

The genotypes of dengue viruses (DENV) isolated from patients with dengue in Jamaica during 2007 were determined using DNA sequencing and phylogenetic analysis of the C-prM gene junction. The 17 DENV analysed included strains of DENVserotypes 1 (DENV-1, n = 3), DENV-2 (n = 7) and DENV-4 (n = 7). All strains ofDENV-1 were classified as genotype III, while 1 of 7 strains of DENV-2 belonged to the Asian American/Asian genotype, genotype I/III (Jamaica genotype), 2 were genotype V, the American genotype and 4 strains clustered with reference strains belonging to genotype IV. The 6 DENV-4 strains from Jamaica and the control strain clustered together in a separate clade from Caribbean/American reference strains, which belong to genotype II and Asian strains, classified as genotypes I and III. There has been little evolution in the DENV-1 strains circulating in Jamaica over the years and this might reduce the risk of outbreaks due to this serotype. In contrast, the high genetic diversity in strains of DENV-2 viruses in circulation, the presence of more recently introduced genotypes and a new clade of DENV-4 might contribute to the epidemic potential of these DENV serotypes. These preliminary data clearly indicate the need to maintain laboratory surveillance, and other control measures against hyperendemicity of dengue in Jamaica.     

Frequent Import and Multiple Sources of Dengue Fever have Changed the Epidemic Situation of the Disease in Fujian Province,China

Objective The aim of this study was to update the epidemic situation of dengue fever(DF) and provide new insights for the consideration of disease control in Fujian province,China.Methods Details about DF cases in Fujian reported during 2004–2017 were collected and analyzed.The envelope(E) genes of isolates of dengue virus(DENV) were sequenced for phylogenetic analysis.Results The number of imported DF cases had increased dramatically since 2013,and the source regions expanded from Southeast Asia to South Asia,America,Oceania,and Africa,as well as the surrounding provinces.This resulted in local outbreaks and indigenous cases of DF that occurred more frequently,with 10 of 13 local outbreaks and 85.9%(1,252/1,458) of indigenous cases reported in2013–2017.Compared with only two coastal cities before 2013,four coastal and one inland city in 2013–2017 experienced the local DF outbreaks.The phylogenetic analysis of E genes confirmed that the import of DENV,not only from abroad but also from the surrounding provinces,played an important role in dissemination and local outbreaks of DF in Fujian.Conclusions The frequent import of DF cases from not only abroad but also the surrounding provinces resulted in increased incidence,frequent local outbreaks,and expansion of distribution in Fujian in recent years.There is a need for urgent measures to improve disease control in this province.     

海南省2019年9例登革病毒的鉴定及E基因序列分析

目的 对2019年海南省暴发的16例疑似登革热（dengue fever, DF）患者血清标本进行调查研究,从分子水平对登革病毒（Dengue virus, DENV）的E基因进行分析,对此次登革病毒进行鉴定,并对登革热的防控给出可行性意见。方法 对患者血清进行核酸检测、分型,将登革病毒阳性标本进行分离及核酸检测,利用实时荧光定量PCR技术对病毒进行分型,通过RT-PCR扩增E基因片段RT-PCR产物经过琼脂凝胶电泳成像系统观察条带结果,根据条带的有无判断阴性或阳性,根据条带的大小判断登革病毒的型别,得到9条DENV-1型E基因序列,基因测序之后与2019年中国其他省、国外选取的共11条DENV-1型E基因序列进行比较中,通过MEGA7.0.26软件从分子水平进行同源性比较以及系统进化树构建。结果 通过血清学鉴定结果以及实时荧光定量PCR技术检测得出的Ct值,可知研究的16份患者血清中,有9份经过鉴定为DENV-1型,7例为阴性结果。系统进化树表明,2019年海南9例DENV-1病例与参考序列MK517727 Guangzhou 2019、MK517719 Guangzhou 2019、MK517720 Guangzhou 2019同源性最高为99.73%~99.80%,与3株作为参考序列的外源株,序列相似度都相对较低,结果可靠。结论 得到的E基因长度为1 485 bp,2019年海南省9株DENV-1型为输入型流行株,根据进化树亲缘性分析,此次海南DENV-1病例与广州省的登革病例同源性最高。     

登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。