中国HCV5''-非编码区复合酶切分型及其3b基因型序列分析

目的研究中国丙型肝炎病毒(HCV)不同基因型感染分布情况,并对3b序列进行分析。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增HCV5’NCR 1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a不同基因型的cDNA及187份HCV RNA阳性样品中cDNA。A应用BHH(BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ)复合内切酶消化5‘-NCR cDNA,B应用BstUⅠ消化,C应用HaeⅢ消化,电泳检测片段大小。结果187例HCV RNA阳性患者A B C分型结果表明,1b型感染率占67．38％,2a型12．30％,1b/2a型为5．88％,3b型5．35％,2b型3．21％,2a/2b、1b/2b型各为2．14％,1a型1．07,6a型0．54％。3份3b基因型5’-NCR A-T克隆测序结果表明,3株3b型之间同源性为99．54％～100％。其中chiKQ50与G1514395 3a株为96．28％与G1676877 3b株同源性为98．6％,与1a型为93．49％,与1b型为94．88％,与2a型为91．63％,与2b型为89．30％,与4a型为95．35％,与6a型为93．4％,结论研究结果表明该项分型技术既保证了RT-PCR检测灵敏度,又具有良好的分型效果。提示：该分型方法不仅适合中国HCV基因型检测,对亚洲及欧洲和非洲HCV分型研究也具有一定的参考价值。     

云南省丙型肝炎病毒基因型及3b型遗传进化树分析

目的了解云南省丙型肝炎患者HCV基因型分布,对3b型进行遗传进化树分析。方法应用丙型肝炎非编码区ABC程序酶切分型法对云南省46例HCVRNA阳性血清标本进行HCV基因分型研究。从根据5′端非编码区(5′NCR)ABC分型结果判断为3b基因型10例标本中随机选择2例(A18、A32)进行HCV5′NCRcDNA双向测序。结果通过46例HCV5′NCRRNA阳性标本分型研究,云南省HCV感染基因型依次为1b型、3b型、3a、1a和2b型、2a/2b等混合型,各型所占比例分别为34.78%、21.74%、10.88%、6.52%、17.39%。2例(A18、A32)3b型进行HCV5′NCRcDNA双向测序,根据测序结果进行基因进化树分析,云南省HCV3b型与GenBank号中国HCV5′NCR3b株的同源性为99%~100%。结论云南省HCV主要流行基因型为1b型,其次为3b型;应用5′NCRABC分型法可得到准确分型结果。     

中国丙型肝炎病毒基因型的进化树分析

目的了解丙型肝炎病毒的基因型在中国的分布,对各基因型做遗传进化树分析。方法分型方法按5′端非编码区(5′NCR)ABC程序酶切分型技术进行。应用BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ、BstUⅠ、HaeⅢ等5种限制性内切酶,对HCV阳性血清进行分型研究。对1a、3b基因型进行HCVNS5bPCR,测序。对5′NCR和NS5b进行遗传进化树分析。结果测序结果证实中国存在HCV3b和1a型;进化树分析结果表明第86、98、123株样品与3bD49374相关,获美国NCBI的GenBank认证;第61株与HC J1D107491a型相关;5′NCR测序结果证实第16、62株与HC J82b型相关。结果表明中国存在着HCV1a、2b、3b型的感染。结论经过遗传进化树分析证实了ABC程序酶切分型技术可准确地检测1a～6aHCV基因型。     

原发性肝细胞癌与HCV分型的关系

了解原发性肝细胞癌 (HCC)患者HCV基因型分布现状及其关系。选择山西省肿瘤医院 1996年间住院的HCVRNA阳性、临床上确诊的HCC患者血清标本 13份 ,非肝癌癌症患者血清标本 15份 ,1996 - 1997年HCVRNA阳性的公共场所从业人员血清标本 15份 ,用特异性引物进行RT -PCR基因分型。结果表明 ,13例HCVRNA阳性的HCC患者 ,除 1例未能分型外 ,其余 12例均为HCV 1b型 (100% )。 15例非肝癌癌症患者 ,除 13例 (86.67% )为 1b型感染者外 ,其余均为 2a型 (13.33% )。 15例从业人员中 ,不仅检出了 1b型感染 (86.6 7% ) ,还检出 2a型、1/2混合型各 1例。所有标本中 1b型、2a型、1b/2a混合型的构成分别为 38/42 (90.48% )、3/42(7.14 % )、1/42 (2.38% ) ,以 1b型的比例最高 ,未检出 1a、2b和 3a型。证明HCVRNA 1b型与HCC的关系较为密切 ,同时也是山西地区HCV感染的优势株.     

NS5B区核酸序列测定的丙型肝炎病毒基因分型研究

目的了解昆明市丙型肝炎感染者HCV基因型分布特征。方法用RT-PCR法扩增40例HCVRNA阳性的患者血清样本丙型肝炎病毒NS5B区段,PCR产物纯化后进行测序分析,测序结果与参考序列共同构建系统进化树,得到丙型肝炎病毒基因型和基因亚型。结果丙型肝炎病毒NS5B区段基因序列的系统进化树分析能对丙型肝炎病毒感染者样本进行很好的分型;分型结果显示,昆明地区丙型肝炎病毒主要的基因型是3b型占45.0%,其次2a型占22.5%,1b型占20.0%,3a型占7.5%,6n型及6a型各占2.5%。结论构建丙型肝炎病毒NS5B区系统进化树分析能得到准确的HCV基因型和亚型;昆明地区的丙型肝炎病毒基因型以3型为主,其次2a、1b型,同时发现6型;昆明丙型肝炎感染者中HCV基因型分布更接近于中国香港和东南亚国家的丙型肝炎病毒基因分布。     

丙型肝炎病毒型特异性聚合酶链反应基因分型的临床应用

目的　探索丙型肝炎病毒 (HCV)基因型在不同人群中的分布规律及流行优势型。方法　分别对健康体检者、住院患者和血液透析患者抗HCVIgG阳性标本 ,用自行设计的 5’非编码区 (5’ NCR) 1、2、3、1b型特异性引物进行扩增和基因分型。结果　 3组人群中血液透析患者HCV感染率最高 ,抗HCVIgG和HCVRNA阳性率分别为 5 5 .37%和 38.84%。基因型以 1b亚型为主 ,1b及 1b的相关型占 91.6 7%。结论　本地区HCV流行优势型为 1b亚型。     

102例丙型肝炎病毒基因分型结果分析

目的分析了解萍乡地区慢性丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因分型情况,为HCV诊断和治疗提供有力的依据。方法利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCVRNA阳性的102例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b、6型、2a、1b+2a、1b+3a、3a和3b,其中1b占72.6%,6型占8.8%,2a占7.8%,1b+2a占5.9%,1b+3a占2.9%,3a占1.0%,3b占1.0%。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例,占3.9%,20～30岁33例,占32.4%,30～40岁39例,占38.2%,40～50岁11例,占10.8%,50～60岁4例,占3.9%,60岁以上11例,占10.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。     

武汉市区169例丙型肝炎患者HCV基因型状况分析

目的探讨武汉市丙型肝炎病毒基因型分布特点。方法采用巢式PCR扩增c DNA、基因测序法检测武汉市区169份抗-HCV阳性和HCV RNA增高患者的HCV基因型,目标检测基因型为1a、1b、2a、2b、3a、3b、4、5a、5b、6a共10个型。结果武汉市区169例HCV感染者血清中,基因1型115例(68.04%)、基因2型32例(18.93%)、基因3型16例(9.47%)、基因6型6例(3.55%),各基因亚型例数和其所占比例依次为1 b型113例(66.86%)、2 a型31例(18.34%)、3b型12例(7.10%)、6a型6例(3.55%)、3a型4例(2.37%)、1a型2例(1.18%)、2b型1例(0.59%),未检出4型、5a、5b和混合基因型,169例患者HCV以基因1b型为主。结论武汉市区丙型肝炎感染HCV主要基因型为1b型,其次为2a、3b、6a,而3a、1a、2b比例极低。     

山东烟台地区丙型病毒性肝炎患者的基因分型及临床意义

目的：探讨山东烟台地区丙型肝炎病毒常见的HCV基因型、HCV RNA含量,HCV不同基因型与转氨酶相关性及干扰素治疗的应答关系。方法：筛选HCV-Ab及HCV RNA阳性患者作为研究对象,采用特异性PCR引物对HCVRNA5’UTR区和／或NS5B区进行扩增,PCR产物进行序列分析,通过与GenBank中参考序列的比对,对样本予以分型。同时,对其使用干扰素治疗前后分别测定HCV RNA含量、谷丙转氨酶、谷草转氨酶。结果：70份HCV—RNA阳性标本有42例可明确分型,可分型率为60．0％;检出1b、2a、3a、6a五种基因亚型,分别为30（71．4％）、10（23．8％）、1（2．4％）、1（2．4％）例。1b亚型是烟台地区HCV携带者的优势流行基因亚型,2a型携带者的ALT、AST均值明显高于1h型,使用干扰素治疗HCV RNA含量明显降低,但转氨酶高的2a患者在丙肝病毒含量降低的同时转氨酶也明显降低,而转氨酶升高不明显的1b患者经干扰素治疗后其转氨酶也无明显变化。结论：山东烟台地区HCV常见基因型为1b、2a、3a、6a,以1b亚型为主。HCV基因型别与转氨酶指标相关,丙肝病毒含量与干扰素治疗相关。     

河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒基因型分布研究

目的调查河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型的分布特点。方法 106例慢性丙型肝炎患者的血清标本,采用反转录PCR扩增HCV NS5B区,产物直接测序,并构建进化树进行HCV基因分型。结果 106例患者中HCV分型阳性95例(89.6%),共检出7种基因型:1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a,其中1a亚型1例(1.1%)、1b亚型56例(58.9%)、2a亚型18例(18.9%)、2b亚型1例(1.1%)、3a亚型6例(6.3%)、3b亚型2例(2.1%)、6a亚型11例(11.6%)。结论河南地区慢性丙型肝炎患者HCV基因型以1b型为主,其次为2a和6a型,基因型的分布呈现多样化。     

山东地区448例丙型肝炎患者HCV基因分型状况分析

目的研究丙型肝炎病毒(HCV)基因分型,了解山东地区丙型肝炎的基因分型情况。方法收集448例丙型肝炎患者的血清标本,采用焦磷酸测序法对HCV感染标本进行分型。结果 448例丙型肝炎患者共检出7种基因亚型,分别为1b型288例(64.28%)、2a型137例(30.57%)、1a型13例(2.90%)、3b型4例(0.90%)、3a型2例(0.45%)、6a型2例(0.45%)、1a1b型2例(0.45%);对HCV基因型与性别、年龄的关系进行分析显示无明显相关性;2013-2016年各基因型患病率分析结果显示无明显的变化趋势。结论山东地区HCV感染基因型以1b型为主,其次为2a型;HCV基因型分布与性别、年龄差异无统计学意义(P0.05),且近4年山东地区各基因型年患病率无明显变化趋势。     

武汉地区丙型肝炎病毒基因型分布及其少见基因亚型系统进化树分析

目的研究武汉地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,构建HCV少见基因亚型系统进化树。方法收集武汉地区258例慢性丙型肝炎患者血浆样本,采用基于HCV非结构蛋白5B(NS5B)区的Sanger测序法对患者HCV进行基因分型,将HCV NS5B区测序结果与NCBI Genotyping tool中HCV基因型数据库进行比对,得到受检患者的HCV基因亚型,采用MEGA5.0软件对武汉地区HCV少见基因亚型进行系统进化树分析。结果 258例丙型肝炎患者样本均被成功分型,共检出6种基因亚型:1b型(71.32%)、2a型(20.16%)、6a型(3.49%)、3b型(2.71%)、3a型(1.16%)、1a型(1.16%)。武汉地区HCV少见基因亚型系统进化树被成功构建。结论武汉地区HCV优势基因亚型为1b型和2a型,6a型、3a型、3b型、1a型较少见。武汉地区3例3a型HCV可能由日本传入;大部分3b型HCV可能由越南传入,NO.379样本出现较大变异;6a型HCV可能由越南传入。     

型别特异性丙型肝炎病毒嵌合抗原在血清分型中的应用

目的克隆表达型别特异性丙型肝炎病毒HCV 1b、2a嵌合抗原,并用于HCV血清分型检测。方法分别对HCV 1b、2a的C区和NS4区进行表位预测,选取优势表位序列连接后,于PGEX-4T-2载体中克隆表达嵌合的HCV 1b、2a抗原,应用竞争抑制酶联法对44份HCV 1b和18份2a血清进行血清分型检测。结果 62例血清样品中50例能分型,其中1b型34例,2a型16例,其分型率为80.6%(50/62),与基因型的符合率为90.0%(45/50)。结论丙型肝炎病毒HCV 1b、2a嵌合抗原用于HCV的血清分型检测,具有较高的准确率和分型率,可用于HCV血清分型检测。     

丙型肝炎基因型分布特点及流行分析

目的分析萍乡地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型,了解本地区丙型肝炎分布及流行情况,为慢性丙型肝炎的诊断、治疗及预防提供有力的依据。方法利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCVRNA阳性标本102例,用基因芯片进行基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b、6型、2a、1b+2a、1b+3a、3a和3b,其中1b占72.6,6型占8.8,2a占7.8,1b+2a占5.9,1b+3a占2.9,3a占1.0,3b占1.0。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b,6型为第2常见亚型,混合基因型感染较多;有吸毒史、外伤史、输血史三者合计76例,占74.5。安源区和湘东区所占比例较大。     

黑龙江地区丙型肝炎病毒基因分型研究

目的了解黑龙江地区丙型肝炎病毒(HCV)的基因分型情况,为合理选择治疗方案及疗效预测提供理论依据。方法采用聚合酶链反应荧光探针法对235例HCV-RNA阳性标本进行基因分型,并分析年龄、性别与HCV基因型分布相关性。结果 235例HCV感染标本共检出4种基因型,分别为1b、2a、(1b+2a)和3a型,其中1b型占50.21%,2a型占41.28%,(1b+2a)型占1.28%,3a型占2.13%,基因型分布与年龄、性别的相关性差异无统计学意义(P0.05)。结论黑龙江地区丙型肝炎主要为1b型,其次是2a型,混合型及其他基因型相对少见。     

萍乡地区丙型肝炎基因分型

目的了解萍乡地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型情况,为丙型肝炎病毒的诊断和治疗提供有力的依据。方法利用门诊及住院病人血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCV-RNA阳性的102例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b,6,2a,1b+2a,1b+3a,3a和3b型,其中1b占72.6%,6型占8.8%,2a占7.8%,1b+2a占5.9%,1b+3a占2.9%,3a占1.0%,3b占1.0%。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b与中国其它地区HCV基因型分布比较一致。     

丙型肝炎病毒基因型与慢性丙型肝炎患者病情严重程度之间关系的研究

目的分析丙型肝炎病毒(HCV)基因型与慢性丙型肝炎患者病情严重程度之间关系,为慢性丙型肝炎患者的临床诊断和治疗提供依据。方法采用直接测序法对HCV进行基因分型,并测量患者未治疗前HCVRNA水平、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、清蛋白(ALB)、血红蛋白(Hb)、血小板计数(PLT)水平。结果共对321株HCV进行基因分型,其中1a型占1.2%,1b型占78.5%,2a型占8.7%,3a型占2.2%,3b型占4.7%,6a型占2.8%,6b型占1.9%。HCV1型患者ALT、HCV-RNA、AST/PLT比值指数(APRI)水平明显高于非1型患者,差异有统计学意义(P值分别为0.009,0.01,0.036);而AST、ALB、Hb、PLT、AST/ALT水平两者并无明显差异。结论 HCV1型患者HCV-RNA水平高于非1型患者,肝脏功能损害较非1型患者严重。     

慢性丙型肝炎患者病毒基因分型及HCV RNA相关性研究

目的：探讨江苏地区慢性丙型肝炎患者病毒基因分型特点及其与患者年龄、性别和丙型肝炎病毒（HCV）RNA水平的关系。方法收集抗 HCV 阳性血清1032份,采用荧光定量 PCR（Q‐PCR）法检测患者血清HCV RNA水平,HCV基因分型芯片进行基因分型检测,应用SPSS19．0软件对数据进行统计分析。结果检测出HCV RNA阳性样本704份,其中 HCV 单基因型674份,1b、2a、3b、3a、1a 和6型分别占75．71％、7．95％、7．95％、1．99％、0．99％和1．14％;混合基因型30份,1b／2a、1b／3b、1b／3a和2a／3b型分别占2．27％、1．56％、0．28％和0．14％。不同基因型均以男性和青壮年居多,且病毒载量差异有统计学意义：1b和3a相近,都高于2a和1b／2a病毒载量。结论江苏地区 HCV基因型以1b型为主,其次是2a、3b型。慢性丙型肝炎患者以中青年男性居多,而且不同 HCV基因型间病毒载量有差异。     

HCV基因分型检测芯片的临床应用及意义

目的评价HCV基因分型检测芯片在HCV基因分型中的初步应用及意义。方法对117例抗HCV阳性和33例抗HCV阴性的血清标本同时进行基因芯片分型检测,并与测序结果进行比较。结果HCV基因分型芯片共检测出阳性92例,其中1b型71例(77.2％),2a型8例(8.7％),其它1a型3例(3.2％),3b型6例(6.5％),6型1例(1.1％),1a 1b型2例(2.2％),1b 2a型1例(1.1％)。结论HCV基因分型检测芯片可以用于血清HCVRNA的检测并进行基因分型,拥有较高的灵敏度和特异性,可以为临床诊断、治疗提供有效帮助。     

丙型肝炎病毒基因分型芯片的研制和临床应用

目的　研制丙型肝炎病毒 (HCV)基因分型的寡核苷酸探针芯片 ,并用此方法对 76例HCVRNA阳性的肝炎患者进行检测。方法　根据HCV 5′ 非编码区和核心抗原区序列设计聚合酶链反应 (PCR)引物和寡核苷酸探针 ,探针经一定修饰后固定到尼龙膜上 ,即成为HCV基因芯片。采用PCR参入法标记地高辛分子 ,其中 6份标本PCR产物同时进行测序分析。结果　此芯片可分析HCV 11个基因型的 15种亚型。 76例HCV肝炎患者芯片杂交结果均阳性 ,而 2 0名健康对照血清均阴性。 76例患者阳性标本的分型结果 :1b型 6 4例 ,2a型 11例 ,3a型 1例 ,未见混合型感染。 6份标本的序列分析表明 ,芯片杂交和测序的分型结果完全一致。结论　此芯片可初步用于检测血清HCVRNA ,并对HCV基因 (亚 )型进行准确分析