Uncv无毛小鼠无毛基因的分子克隆及序列分析

目的 探讨Unev无毛小鼠的无毛性状与无毛基因(hairless gene,hr)的相关性.方法 参照Gen-Bank上公布的小鼠的hr序列,设计5对引物,用RT-PCR方法对本单位培育的Unev无毛小鼠hr的编码区序列进行了克隆与分析.结果 获得了Unev无毛小鼠及野生型hr的全部编码区序列(3546 bp).Unev无毛小鼠hr基因与野生型小鼠hr基因的长度及序列完全一致,同源性为100%.与GenBank上发表的国外小鼠hr基因序列(Z32675)相比,同源性为99.7%,共10个碱基发生了突变,其中2个碱基突变导致了相应的氨基酸突变;和昆明小鼠的hr(AY547391)相比,同源性为99.6%,共12个碱基发生了突变,其中3个碱基突变导致了相应的氨基酸突变;但这些突变是由种属差异造成的.结论 Uncv无毛小鼠的无毛性状产生与hr基因无关.     

大熊猫核糖体蛋白L10亚基基因的cDNA克隆及序列分析

目的 了解大熊猫(ailuropoda melanoleuca) 核糖体蛋白L10亚基基因(RPL10)的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPL10基因的异同. 方法根据已报道的部分哺乳动物RPL10基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA 中对核糖体蛋白亚基RPL10 基因的进行克隆、测序;采用Genescan 软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA 序列的开放阅读框查找;采用DNAMAN Version 6软件,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server 软件,进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析;采用http://www.imtech.res.in/raghava/apssp2/对蛋白质二级结构进行模拟分析.结果 大熊猫RPL10基因的表达序列长为685 bp,开放阅读框(ORF)为645 bp,编码214个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为24.599 7×103,等电点为10.74,含有4个功能位点,分别为:2个蛋白激酶C磷酸化位点,2个N化位点,2个酰胺化位点,1个核糖体蛋白L10e信号位点.进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的人、牛、家犬、褐家鼠、小家鼠有很高的相似性,其表达序列同源性分别为92.4%、92.4%、97.21%、88.84%与89.61%;其编码的氨基酸序列除与牛的同源性为99.07%外,与其他哺乳动物同源性为100%.而且,其蛋白质的高级结构除牛外其他物种也具有一致性.结论 无论是从RPL10基因的序列、结构、功能位点,还是从其编码的氨基酸的序列和二级结构进行分析,都表明大熊猫的RPL10基因和已报道的哺乳动物的RPL10基因具有高度的遗传稳定性和功能一致性.     

中国狂犬病毒疫苗株(3aG)糖蛋白基因的核酸和氨基酸序列的测定和分析

本文报告了中国狂犬病疫苗株(3aG)糖蛋白基因的核酸序列和氨基酸推导序列.完整的糖蛋白基因从起始密码 ATG 到终止密码 TGA 共有1575个核苷酸碱基,编码形成524个氨基酸碱基的多肽链.四种核苷酸的组成分别为:腺嘌呤(A)占27%,胸腺嘧啶(T)占26%,胞嘧啶(C)占22%,鸟嘌呤(G) 占25%.3aG 株的糖蛋白全基因的核酸序列与巴斯德株(PV)和国际标准攻击毒株(CVS)的糖蛋白基因序列的同源性分别为91.17%和89.44%.其氨基酸推导序列与 PV 株和 CVS 株相比,同源性分别为89.89%和86.83%.3aG 株有三个糖基化位点,分别位于第37,247和319位的氨基酸碱基上.糖蛋白膜外区部分特点抗原位点比较显示3aG 和 PV 株及 CVS 株有高度同源性.     

四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的克隆及序列分析

目的 探讨四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的特征.方法 根据已经报道的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit Ⅰ, COXⅠ)基因设计引物、PCR扩增和直接测序,并用软件对四川黑熊及其他几个物种的COXⅠ基因序列及COXⅠ蛋白的氨基酸序列进行了分析.结果 四川黑熊COXⅠ基因长1605 bp,编码含514个氨基酸残基的前体蛋白.碱基的含量分别为:A: 26.9%, C: 23.1%, G: 18.3 %, T: 31.8 %.起始密码子为"ATG",终止密码子为"TAA".蛋白质等电点为6.29,分子质量为57.2×103.以四川黑熊和已报道的其他6种动物的COXⅠ基因序列为数据构建的分子系统发育树表明在所比较的其他3种熊类中,四川黑熊和美洲黑熊的亲缘关系最近;在牛,狗和大鼠中,四川黑熊与狗的亲缘关系最近.结论 四川黑熊COXⅠ基因的DNA序列和蛋白的氨基酸序列和其他动物的相应序列有很高相似性,表明COX基因在所比较的几个物种中具有高度保守性.     

四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的克隆及序列分析

目的探讨四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的特征。方法根据已经报道的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidase subunitⅠ,COXⅠ）基因设计引物、PCR扩增和直接测序,并用软件对四川黑熊及其他几个物种的COXⅠ基因序列及COXⅠ蛋白的氨基酸序列进行了分析。结果四川黑熊COXⅠ基因长1605bp,编码含514个氨基酸残基的前体蛋白。碱基的含量分别为A26.9%,C23.1%,G18.3%,T31.8%。起始密码子为“ATG”,终止密码子为“TAA”。蛋白质等电点为6.29,分子质量为57.2×10^3。以四川黑熊和已报道的其他6种动物的COXⅠ基因序列为数据构建的分子系统发育树表明在所比较的其他3种熊类中,四川黑熊和美洲黑熊的亲缘关系最近；在牛,狗和大鼠中,四川黑熊与狗的亲缘关系最近。结论四川黑熊COXⅠ基因的DNA序列和蛋白的氨基酸序列和其他动物的相应序列有很高相似性,表明COX基因在所比较的几个物种中具有高度保守性。     

大熊猫核糖体蛋白亚基RPS7基因的克隆及序列分析

目的 了解大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)核糖体蛋白亚基RPS7基因的结构及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RP57基因的同源性.方法 运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS7基因的表达序列进行克隆、测序;采用Gnescan软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA序列的开放阅读框(ORF)查找;采用DNAMAN Version 6,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server软件进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析.结果 大熊猫RP57基凶的表达序列全长为589 bp,ORF为585 bp,编码194个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为22.126 85 × 103,等电点为10.09,含有1个N-糖基化位点,2个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,2个十四(烷)酰化位点,2个酰胺化位点及1个RPS7蛋白signature位点.进一步分析结果 显示,大熊猫RPS7基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物具有很高的相似性.结论 运用分子生物学原理与相应的技术手段,成功地扩增出大熊猫RPS7基因的表达序列,并对其编码的蛋白进行了初步分析,丰富和完善了哺乳动物RPS7基因资料库.     

小鼠整合素α4基因克隆、序列分析及突变修复

目的 克隆小鼠整合素α4基因cDNA,进行分析整合素α4基因序列,对造成氨基酸突变的碱基进行定点突变修复.方法 从小鼠小肠peyer's结获得α4基因cDNA,采用RT-PCR方法,克隆到pMD18-T载体,选择阳性克隆进行酶切鉴定和序列测定,对造成氨基酸突变的碱基进行定点突变修复.结果 扩增得到的α4基因cDNA为3 099 bp,编码1 032个氨基酸,与GenBank中公布的序列比较,有12个碱基发生突变,其中6个碱基造成6个氨基酸发生改变,对发生突变的6个碱基进行定点突变修复.结论 获得小鼠整合素α4基因的克隆.     

Channel catfish重组激活基因克隆与鉴定

目的尝试用简并引物扩增序列未知的channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段并测序,为ragl基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据.方法基于ragl基因的高度保守设计简并引物,PCR扩增channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段,TA克隆并双向测序.将所得序列资料拼接,用多种生物信息学方法分析其ORF、内含子、与其它物种ragI基因及Ragl蛋白的相似性,并做多序列比较和系统进化树分析.结果扩增出3条chan-nel catfish ragl基因的DNA片段.从拼接后的序列中找到一2 235bp的ORF和一293bp的内含子,所得序列与其它物种ragl基因的相似程度高(多大于70%),去除内含子后的channel catfish ragl基因序列与zebrafish、rainbow trout、bull shark的ragl基因cDNA全序列碱基一致的位点占43.9%,自第1 352位碱基至2 925位碱基为53.1%,而自第1位碱基至1 351位碱基为33.2%,有非常显著的差异(P＜0.01).结论用简并引物成功扩增出channel catfish ragl基因的DNA片段.序列在GenBank中的登记号是:AY423858(去除内含子序列),AY423859.ragl基因进化缓慢,高度保守,不同物种ragI基因的变异相对集中在氨基末端的区域.系统进化树分析显示了13种硬骨鱼在进化上关系的亲疏.     

小鼠整合素β7基因克隆、序列分析及突变修复

目的:克隆小鼠整合素β7基因cDNA,同时对其序列进行分析,对造成氨基酸突变的碱基进行定点突变修复.方法:采用RT-PCR的方法,从小鼠小肠PP结获得β7基因cDNA,克隆到pMD19-T载体,选择阳性克隆进行酶切鉴定和序列测定,对造成氨基酸突变的碱基进行定点突变修复.结果:扩增得到的β7基因cDNA为2418bp,编码806个氨基酸,与GenBank中公布的序列比较,有10个碱基发生突变,其中造成氨基酸发生改变的有5个碱基,涉及3个氨基酸,对发生突变的5个碱基进行定点突变修复.结论:获得小鼠整合素β7基因的克隆,为进一步研究其生物学功能奠定了良好基础.     

广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究

目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL143基因的多态性.方法 对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序,并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析.结果 D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白:Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成,编码蛋白由92个氨基酸残基组成;其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成,DNA序列比较保守,变异均为碱基替换,编码蛋白由83个氨基酸残基组成,氨基酸序列也很保守,不同临床分离株氨基酸变异率为1.2%～2.4%;HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守,没有缺失或新增;不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同;除Toledo株外,其余分离株UL143蛋白的等电点均为8.75.结论 临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.     

人BAFF cDNA的克隆及原核表达载体的构建

目的 克隆人BAFF（B cell activating factor belonging to the TNF family)全长及128－285片段的cDNA并构建其原核表达载体，为表达和检测其生物学活性做准备。方法 提取HL－60细胞总RNA，经RT－PCR扩增编码人BAFF全长及128－285氨基酸残基的cDNA序列，并将其克隆至载体pUC18和pUC19进行序列测定，然后构建于新型原核表达载体pQE-80L中。结果 RT－PCR扩增得到了858bp和477bp的DNA片段，序列分析与GenBank中报道的编码BAFF全长及128－285氨基酸残基的cDNA序列完全一致。结论 BAFF cDNA的克隆及其原核表达载体的构建，为进一步表达和检测其生物学活性奠定了基础。     

北京鸭载脂蛋白AI cDNA的克隆及其组织表达

目的:克隆不易感动脉粥样硬化动物北京鸭载脂蛋白AI的基因。方法:分离提取北京鸭肝组织mRNA,以此为模板,反转录构建了鸭肝组织cDNA文库。利用制备的兔抗鸭载脂蛋白AI(apoAI)多抗血清为探针筛选该文库,获得10个阳性克隆,测序及序列分析。结果:包括18bp、240bp组成的5’和3’非翻译区,792bp组成的一个完整开放阅读框架,编码264个氨基酸的鸭apoAI前体,含18个氨基酸构成的信号肽、6个氨基酸的原肽片段和240肽的成熟蛋白。推译出的成熟肽与鸭apoAI氨基酸的直接测序结果完全一致。该新基因已被GenBank接受。Northern blot显示鸭apoAI mRNA不仅主要在肝和小肠组织表达;而且不同于人和哺乳类动物,亦可少量在脑、肾、肌肉组织分布。结论:结果为进一步研究不易感动脉粥样硬化动物北京鸭apoAI基因组结构、功能及其抗动脉硬化机制奠定了基础。     

人Hrs cDNA的克隆与序列分析

以小鼠ＨｒｓｃＤＮＡ为探针从人胎盘ｃＤＮＡ文库中克隆出人ＨｒｓｃＤＮＡ，其全长为２９１０ｂｐ，所编码的蛋白质含７７７个氨基酸。人ＨｒｓｃＤＮＡ与小鼠ＨｒｓｃＤＮＡ间高度保守。推定的氨基酸序列含有锌指样结构域、脯氨酸丰富区及脯氨酸、谷氨酰胺丰富区。     

细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因的克隆和序列分析

目的获得细粒棘球蚴（E.granulosus）诊断抗原（diagnostic antigen）P-29基因并进行序列分析。方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据GenBank公共数据库检索出细粒棘球蚴诊断抗原P-29基因的已知序列设计一对引物,通过RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因,将其重组到pGEM-T载体后进行序列测定和分析。结果成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因,测序表明该片段由717bp组成,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为100％,推导编码氨基酸序列同源性为100％。结论成功克隆细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因序列,可做为包虫病重组抗原的候选基因。     

人临床株幽门螺旋杆菌热休克蛋白A亚单位基因克隆及序列分析

目的获取人临床株幽门螺旋杆菌(Hp)热休克蛋白A(HspA)亚单位基因。方法用聚合酶链反应(PCR)技术从Hp的染色体DNA扩增HspA基因,将其定向插入pMD18-T克隆载体中进行核苷酸序列分析。结果经酶切鉴定及基因序列证实Hp HspA基因克隆成功。克隆载体pMD-HspA测序结果显示HspA DNA片段长度为357 bp。利用生物软件Om iga 2.0对临床分离的Hp和NCTC11637 HspA基因序列进行同源性比较,发现有14个核苷酸差异,基因序列同源性96.08%;对编码氨基酸进行比较,发现有1个氨基酸差异,氨基酸同源性99.15%。同时将Hp HspA序列与GenBank中公布的多株国外Hp HspA序列进行比较,结果显示基因序列同源性在95.20%~96.36%之间,氨基酸序列同源性在98.31%~100%之间。结论成功地获得人临床株Hp保守的HspA基因,为Hp HspA相关疫苗的研究奠定了实验基础。     

猪脑硫氧还蛋白还原酶基因片断的序列分析

目的 :在猪脑细胞中分离并克隆硫氧还蛋白还原酶 (TR)基因片段 ,以人脑TR基因片段为参照比较分析 ,探讨选择猪作为研究TR基因功能实验动物模型的可能性。方法 :(1)进行逆转录 -聚合酶链式反应 (RT PCR) ,获得TR基因cDNA ;(2 )插入pGEM T载体 ,转化至大肠杆菌 ;(3)筛选并鉴定阳性克隆 ,纯化重组子并测序 ;(4 )将测序结果与人脑TR基因序列比较。结果 :(1)获得了一个 6 0 6bp大小的猪脑细胞TR基因片段 ,含有 196个氨基酸。(2 )猪脑TR基因片段序列与基因库中的人脑TR基因序列有 88%同源性 ;(3)猪脑TR氨基酸序列中有 18个氨基酸与人脑TR不同 ,同源性为 90 %。结论 :猪与人TR基因的同源性较大 ,选择猪作为研究TR功能的实验动物有一定的可能性。     

罗汉果法呢基焦磷酸合成酶基因的克隆及其序列分析

目的 对罗汉果甜苷V生物合成途径的关键酶法呢基焦磷酸合成酶（Farnesyl pyrophosphate synthase,FPPS）基因的全长cDNA序列进行克隆,为研究罗汉果甜苷V生物合成与基因调控奠定基础。方法 根据植物FPPS基因保守功能域设计简并引物,通过PCR和RACE方法克隆罗汉果FPPS基因的全长cDNA。结果 获得罗汉果FPPS（SgFPPS）基因的全长cDNA序列共1 354个核苷酸,包含一个1 026核苷酸的开放阅读框架（open reading frame, ORF）,cDNA编码的蛋白包含342个氨基酸,推断蛋白质相对分子质量为3.92×10⁴。NCBI Blastx结果显示,SgFPPS基因编码的蛋白与苹果树来源FPPS具有最高同源性,氨基酸一致度达85.1%。SgFPPS具有异戊烯基转移酶的5个典型保守功能域。进化树分析结果显示,SgFPPS基因与苹果树的FPPS具有较近的亲缘关系。结论 首次克隆SgFPPS基因的全长cDNA序列,为分析SgFPPS基因表达特性及其在罗汉果甜苷V生物合成中的功能奠定基础。     

桂北五步蛇金属蛋白酶原基因800bp片段的克隆和序列分析

目的：扩增桂北五步蛇金属蛋白酶原基因,并对其进行序列分析,方法：从广西桂北山区五步蛇毒腺中抽提蛇毒总RNA,采用一步法（RT－PCR和PCR在同一试管内进行）扩增金属蛋白酶原基因,对其进行电泳检测,得到3条特异的DNA条带,大小分别为1．5kb,1.3kb,和800bp,利用平端连接方法将800bp克隆至pGEM-T载体,挑选白色菌落,用酶切和PCR法对其进行鉴定,提取阳性菌落进行测序并推导编码的氨基酸序列。结果：信号肽和前肽和已报道的皖南五步蛇金属蛋白酶很相似。同源性为97．9％,但仅含有部分金属蛋白酶成熟肽的氨基酸序列。结论：推测此800bp片段为广西五步蛇金属蛋白酶原基因的一部分。     

猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.