食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的变化特征分析

目的 应用SNP芯片检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的DNA拷贝数异常和杂合性缺失(LOH),探讨它们的变化特征.方法 应用Affymetrix GeneChip Human Mapping250K NspArray芯片检测1例原发性食管重度不典型增生和4例原发性早期食管鳞癌病变组织和配对正常食管组织的DNA拷贝数的变化和LOH.结果 食管重度不典型增生只有极少数的DNA片段发生扩增,未发生缺失或LOH.早期食管鳞癌发生DNA扩增的染色体有1p、1q、2p、2q、3q、4q、5p、6p、6q、7q、8q、11p、11q、12p、12q、14q、17q、18p、19q、20q、22q和X;发生DNA缺失的染色体有1p、2q、3p、3q、4p、4q、8p、9p、9q、10q、11p、13q、16p、18q、19p、19q和22q;发生LOH的染色体有3q和9q.其中1p、19q、4q、11p等染色体发生扩增和3q、11p、2q、16p等染色体发生缺失罕见报道.结论 食管重度不典型增生DNA的变异不明显;早期食管鳞癌DNA发生明显的扩增和缺失,但很少发生LOH.250K SNP芯片能够有效地检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组范围DNA拷贝数的变化及LOH,分辨率高,定位精确,这些结果为进一步定位筛选和克隆与早期食管鳞癌相关的基因提供了重要的理论信息.     

贲门癌家族史阳性患者比较基因组杂交变化特征

目的 探讨河南食管贲门癌高发区贲门癌肿瘤家族史阳性/阴性患者基因组变化特征.方法 应用比较基冈组杂交技术分析14例贲门癌家族史阳性和28例贲门癌肿瘤家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数扩增高于阴性(>20%)者的染色体部位为20p(FH+50%与FH-21%),5p(FH+50%与FH-18%),6q(FH+43%与FH-18%),16q(FH+36%与FH-14%);贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数丢失高于阴性(>20%)者为4q(FH+43%与FH-14%)(P>0.05).1q、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p染色体部位DNA拷贝数扩增和1p、17q/p、19p染色体部位DNA拷贝数丢失在贲门癌家族史阳性和阴性患者中均超过20%(P>0.05).结论 20p、5p、6q、16q、4q、17q、18q、9p、22q可能存在与贲门癌遗传高易感性相关的关键基因;而1q/p、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p、17q/p、19p可能存在与环境因素相关的贲门癌关键基因.     

胆管癌染色体DNA拷贝数的变化研究

目的探讨胆管癌全基因组DNA拷贝数的变化特征,寻找与胆管癌相关的癌基因和抑癌基因的染色体候选区域。方法采用比较基因组杂交方法分析18例胆管癌组织基因组的不平衡,即DNA拷贝数的扩增和丢失。结果胆管癌常见的染色体DNA扩增区域是8q、20q、5p、17q;染色体DNA缺失区域为3p、18q、17p、8p、9p。结论胆管癌中存在多条染色体拷贝数的改变,3p、5p、8p、8q、9p、17p、17q、18q、20q等部位可能分别存在与胆管癌密切相关的癌基因和抑癌基因。     

应用比较基因组杂交技术对卵巢癌耐药机制的研究

目的探讨卵巢癌化疗耐药患者组织中染色体的变化特征,寻找或定位与卵巢癌化疗耐药密切相关的基因,以便对其耐药机制进一步研究。方法采用比较基因组杂交技术分析卵巢癌化疗耐药组（浆液性卵巢癌6例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌1例,共12例）和化疗敏感组（浆液性卵巢癌5例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌2例,共12例）两组癌细胞基因组的不平衡,即DNA丢失或扩增。结果化疗耐药患者组织中最常见的染色体DNA拷贝数增加的部位是3q,8q,20q,11q,17q,2p,1q;常见的染色体DNA拷贝数缺失的部位是9p,5q,10q,3p。其中17q的增加,耐药组为66．7％,敏感组为16．7％;1q的增加,耐药组为66、7％,敏感组为16．7％;3p的丢失,耐药组为50．0％,敏感组为8．3％,在化疗耐药患者组织中表现更加明显。结论卵巢癌耐药患者组织中细胞染色体基因组最明显的改变为17q,1q的增加以及3p的丢失,这些部位可能存在与卵巢癌化疗耐药密切相关的癌基因及抑癌基因。     

河南林州食管癌家族史阳性患者比较基因组杂交特征

目的 探讨河南食管癌高发区食管癌家族史阳性患者基因组变化特征.方法 应用比较基因组杂交技术分析13例食管癌家族史阳性和32例食管癌家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 10q染色体部位DNA拷贝数扩增在食管癌家族史阳性患者为23%(3/13)而食管癌家族史阴性患者中无发生(P<0.05).15q染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性为38%(5/13),明显高于食管癌家族史阴性的6%(2/32)(P<0.05).3q、8q、7p、5p等染色体部位DNA拷贝数增加和3p、19q、9q等染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性和阴性患者中发生率均超过20%(P>0.05).结论 10q、15q可能存在与食管癌遗传高易感性相关的关键基因,而3q、8q、7p、5p、3p、19q、9q等可能存在与环境因素相关的食管癌关键基因.     

通过比较基因组杂交研究肝癌中非随机染色体畸变

目的:研究肝癌发生和发展过程中非随机染色体畸变情况。方法:采用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)分析25例肝癌标本。结果:4q、8p、16q、17p、13q和6q区域的缺失以及8q、1q、6p和17q区域的扩增为肝癌的特征性变化。结论:非随机改变区域存在的相关基因与肝癌发生有关。     

河南林州市居民贲门癌组织的比较基因组杂交分析

目的：探讨贲门癌高发区河南林州市贲门癌组织中的基因组变化，寻找相关未知基因。方法：采用比较基因组杂交的方法（comparative genomic hybridization,CGH)分析10例原发性贲门癌组织基因组变化。结果；CGH分析显示1q(4/10),11q(3/10),3q(2/10),8q(3/10),8p(2/10)为出现频率较高的扩增区，9q(3/10)的缺失可能是贲门癌的特征性变化。结论：1q,11q,3q,8q,8p,9q可能存在与贲门癌相关的未知基因。     

利用传统和微阵列式比较基因组杂交确定与子宫颈内腺癌发生及转移相关的假想基因位点

目的:本研究旨在评估与子宫颈内腺癌(EA)发生及转移相关的基因位点。研究设计:16例EA患者纳入本研究,其中6例有结节性转移。从EA组织中提取DNA,并分别利用传统和微阵列式比较基因组杂交(CGH)进行检测。对伴和不伴结节性转移病例的异常基因拷贝数进行比较。结果:所有EA患者的LR P1B(位于2q21.2)、D AB2(5p13)、D CC(18q21.3)以及3p、16q和22q中基因拷贝丢失频率较高,而在N R AS基因(1p13.2),TO P2A(17q21～q22),NCO A3(A IB1)(20q12)和A RSA(22q端粒)中有拷贝数量的扩增。结节性转移与高频率的PG RM L2和LA M A3基因拷…     

广泛标记系统在石蜡包埋膀胱癌组织比较基因组杂交中的应用

目的 探讨广泛标记系统（ULS）在石蜡包埋组织比较基因组杂交（CGH）中的应用价值,研究膀胱癌石蜡包埋组织中染色体基因组非平衡性情况.方法 对比实验：正常膀胱黏膜组织基因组DNA,用DNA酶进行酶切至适当大小的片段作为探针,用广泛标记系统直接标记DNA探针,并按1：1的量与经缺口平移标记的同一个组织的DNA探针进行CGH.提取膀胱移行细胞癌石蜡包埋组织中基因组DNA,经测定浓度、纯度,并经琼脂糖电泳筛选出20例适合于CGH的标本.同法进行ULS标记,并与缺口平移法标记的正常参照DNA进行CGH.结果 对比实验中,同一个正常膀胱黏膜组织应用2种标记方法进行CGH后,荧光强度相同,不需要调整探针的量.在所有膀胱癌组织中均检测到基因组DNA的畸变,其中发生频率较高的染色体增益区段或位点位于1q、3q、5p、8q、17q;缺失区段或位点位于8p、9q、11q、11p、17p.结论 膀胱癌中存在染色体基因组的不平衡.应用石蜡包埋的组织进行间接法CGH时,ULS标记系统是一种非常有价值的标记方法.这为充分利用石蜡档案进行CGH的研究提供了良好的方法.     

中国卵巢早衰妇女全基因组染色体拷贝数变异分析

目的:探讨卵巢早衰(premature ovarian failure,POF)患者染色体拷贝数的变异。方法:采用病例-对照研究方法对全基因组染色体拷贝数变异进行分析,用Affymetrix SNP6.0芯片对30例POF患者和30例对照者进行对比研究。用定量PCR对芯片结果进行了验证,并在另外40例POF患者中进一步确证。结果:芯片共发现101个片段大小在0.1~5.6 MB的微缺失和扩增,包括8个新扩增和12个新的微缺失。实时定量PCR证实了位于染色体10q26.12,10q26.3,2p16.3和6p26的4个微缺失和位于染色体20p12.3和7p22.2的2个扩增。结论:本研究揭示了中国妇女POF患者基因组拷贝数变异(copy number variants,CNV)的变化,在这些编码区发现有5个基因SYCE1,CYP2E1,NRXN1,PARK2和CARD11可能与POF有关。