等位基因测序的简便快速方法

[目的]探索一种简便快速的等位基因测序方法.[方法]用银染方法对待检个体的血样本进行简短串联重复(shorttandemrepeat,STR)基因分型,将需测序的等位基因条带从凝胶图上切下,PCR扩增,产物经纯化作为测序模板.采用循环测序法测序.[结果]对D12S391、D11S554STR基因座的等位基因Ladder及STR基因座(FGA、D12S391、D11S554)等位基因发生突变的19个家系的等位基因进行了测序.STR分型表现为杂合子或纯合子的等位基因用此方法测序都得到了清晰的信号.[结论]此方法不仅给等位基因测序提供了一种有效手段,而且对于只要能利用电泳分离的混合的DNA片段,就能用此方法将各DNA片段分别测序.     

分子克隆技术制备4个STR基因座等位基因阶梯及法医学应用研究

目的用分子克隆技术制备D5S818、D19S253、DYS447、DYS448等4个STR基因座等位基因阶梯，解决STR分型的准确性和标准化问题，建立制备STR基因座等位基因阶梯的新方法，并且应用自制的D19S253基因座等位基因阶梯，进行该基因座在所选样本中的群体遗传学调查，探讨等位基因阶梯的法医学应用价值．方法用一种改进的酚、氯仿、异戊醇方法提取DNA，采用PCR扩增，聚丙烯酰氨凝胶电泳，银染显带分析技术，分子克隆技术和DNA测序技术，对352例男性样本，135例女性样本，PCR扩增筛选出的4个STR基因座的等位基因片段，将其插入PGEM-T载体中，导入大肠杆菌，使其随大肠杆菌的无性繁殖而复制，获得每一个等位基因片段的大量拷贝，PCR扩增鉴定，测序分析，制备出4个STR基因座的等位基因阶梯．[第一段]     

D13S317基因座“off—ladder”等位基因分析

目的：确证在DNA数据库构建过程中一样本D13S317基因座出现的稀有分型标准物外off-ladder（OL）等位基因。方法：AGCU17＋1STR荧光检测试剂盒进行STR分型时,D13S317基因座检出OL等位基因;利用Chelex-100法提取血样DNA进行荧光PCR,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳和ABI3130电泳检测并由上海生工进行测序。结果：OL等位基因只含有6个[TATC]重复,不在D13S317基因座AllelicLadder范围之内,是一个新的等位基因。结论：新的等位基因的出现,对扩大DNA数据库的覆盖范围及全面性和提高基因座个体识别能力等具有重要的借鉴意义。     

分子克隆技术制备D5S2845基因座的等位基因分型标准物及其法科学应用研究

目的:调查D5S2845基因座在华东汉族人群的群体遗传学数据,解决长期困扰短串联重复序列(shorttandem repeat,STR)分型上存在的准确性和标准化问题。方法:首先利用PCR结合聚丙烯凝胶电泳技术调查华东汉族群体的等位基因频率及基因型分布,再用PCR扩增出D5S2845基因座的8个等位基因片段,将其插入pUC重组质粒中,经DNA测序分析证实插入片段的结构及大小,用国际标准将插入的等位基因片段进行命名,最后经转染、扩大培养、扩增及再鉴定后,制备出标准的D5S2845等位基因分型标准物。结果:D5S2845基因座在华东汉族群体中均有较高的多态性,其非父排除概率及个人识别能力分别为0.558和0.896,应用分子克隆技术制备出大量的D5S2845基因座等位基因分型标准物。结论:D5S2845基因座是一个适合于群体遗传学研究和法科学应用的遗传标记。分子克隆方法制备的STR基因座等位基因分型标准物在法科学实践中应用价值较高。     

河南汉族人群D19S253、D12S391、D7S820基因座遗传多态性研究

目的 探讨D19S253、D12S391、D7S820基因座在河南汉族人群的法医学应用价值。方法应用PCR扩增、PAG垂直板电泳分离、银染技术,对河南汉族211例无关个体进行D19S253、D12S391、D7S820基因座分型。结果D19S253检出10个等位基因31种基因型,D12S391检出11个等位基因42种基因型,D7S820检出8个等位基因23种基因型。3个基因座的基因型分布与Hardy．Weinberg平衡吻合良好。3基因座的杂合度(H)观察值分别为0．7678、0．8323、0．7455。个人识别能力(DP)分别为0．9348、0．9566、0．9188。三联体非父排除率(PEt)分别为0．6229、0．6607、0．57460结论D19S253、D12S391、D7S820基因座在河南汉族人群具有很高法医学应用价值。     

D4S2364基因座在山西汉族人群中的遗传多态性研究

目的：通过对D4S2364基因座在山西汉族人群中的研究,获得此STR基因座的群体遗传数据,对其法医学意义进行探讨。方法：应用PCR扩增技术,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对D4S2364基因座进行分型。结果：120例个体中D4S2364共检出5个等位基因,11种基因型,基因型频率分布符合Hardy—Weinberg平衡。此STR基因座在中国山西汉族人群中的非父排除率为0．362,个人识别率为0．804。结论：D4S2364基因座在法医学及人类遗传学方面有较高的应用价值：     

D7S817、D10S1432、D10S1213及D18S865分型标准物的制备及其遗传多态性研究

目的 利用重组质粒制备四个新的STR基因座(D7S817、DIOS1432、D10S1213及D18S865)的分型标准物，并进行群体遗传学研究。方法 从聚丙烯酰胺凝胶中分离出经PCR扩增后的等位基因片段，二次扩增后纯化的等位基因片段被分别插入到PUC质粒载体中。利用DNA测序证实插入片段大小及结构的正确性后，用国际标准将插入的等位基因片段进行命名。再转染到适当的E．coli DH5α^TM细胞内选择培养，以纯化质粒为模板，扩增出各基因座的等位基因片段后混合。结果 得到四个STR基因座(D7S817、DIOS1432、DIOS1213及D18S865)分型标准物，应用所制备的分型标准物研究汉族和东乡族群体中的基因型分布频率．结论 制备出的四个STR基因座的分型标准物在法科学领域中有很高的应用价值，非常适合于群体遗传学的分析。     

慢性阻塞性肺疾病与DNA短串联重复序列的关联

目的探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）与DNA短串联重复序列的关联性。方法应用第二代DNA遗传标记-短串联重复序列测定患者15个STR基因座,分析慢性阻塞性肺疾病基因座等位基因频率分布情况以及与正常对照组的差异。结果 COPD组与对照组15个基因座等位基因的频率分布有显著差异：D2S1338-25、FGA26频率比对照组明显降低;D12S391-19.3、FGA20.2频率比对照组明显升高。两组比较,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 FGA20.2和D12S391-19.3附近可能存在COPD危险STR,而D2S1338-25、FGA26附近可能存在COPD保护STR。     

15个STR基因座的种属特异性研究

目的研究15个STR基因座对常见9种动物的种属特异性，探讨其在法医学中的应用价值。方法对9种常见动物肌肉组织的DNA进行PCR扩增，ABI310遗传分析仪进行DNA分型，测定15个STR基因座的种属特异性。结果用15对SIR基因座引物分别对9种常见动物肌肉组织的DNA进行PCR扩增检测CSFIPO，B8S1179，D19S433基因座时，9种动物均有PCR扩增产物；检测1321S11，197S820，D13S317，D16S539，TPOX，D18S51，D5s818，FGA，D3S1358基因座时，部分动物有PCR扩增产物，其中TPOX，D21S11基因座扩增产物片段长度明显与人的不同。这9种动物在D2S1338、vWA、TH01基因座均没有扩增产物。结论在15个STR基因座中，3个基因座只对人DNA有扩增产物，有较好的种属特异性；9个基因座对人和部分动物均有扩增产物，但产物的片段大小与人不同，在进行个人识别时，可以用其分析DNA的种属来源；3个基因座对人和动物均有扩增产物，且片段长度相近，在进行个人识别时，应先作DNA种属来源检查。     

基于二代测序平台的法医STR分型

目的探究二代测序(NGS)技术平台在法医短串联重复(STR)分型中的应用。方法采集402个广东汉族无关个体样本,基于Ion PGM测序平台,对15个STR基因座(D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、CSF1PO、FGA、TH01、TPOX、v WA、D2S1338和D19S433)进行序列测定和基因分型。分析基于STR重复序列多态性检出的STR等位基因,计算其等位基因频率,评估法医学应用效能。结果在15个STR基因座中共检测到202种不同重复序列的等位基因。在D3S1358、D5S818、D13S317、D21S11、FGA、v WA、TH01等7个基因座中检测到54种长度相同而重复序列不同的等位基因亚型,基于重复序列多态性分析的STR分型技术的杂合度、个体识别力、多态信息含量、非父排除率等法医学参数均大于基于片段长度检测的STR分型技术,随机匹配概率小于基于片段长度检测的STR分型技术。结论基于NGS技术平台的STR分型技术提高了STR基因座的多态性和检测效能,具有很好的法医学应用价值。     

Powerplex(R) 16TM System在中国人群中OL等位基因的研究

[目的]分析Powerplex(R) 16TM System中各基凼座的OL等位基因,探讨OL等位基因在中国人群中的分型及意义.[方法]用Powerplex(R) 16TM System试剂盒中15 STR基因座检测23 980个中国群体样本,通过STR分型数据对体系中各基因座的OL等位基因进行统计分析,找出频率较高的OL等位基因测序.[结果]在Powerplex(R) 16TM System中的15个基因座有11个基因座发现OL等位基因,以PentaE、PentaD和D7S820基因座中发现最多,分别有11、9和7个.D7S820的等位基因9.1、9.2、10.1;PentaE中的等位基因18.4,19.4,26;PentaD中的等位基因6;D21S11的等位基因30.3的频率均大于1‰.[结论]大样本基因频率调查能更好的发现STR基因座中的OL等位基因,OL等位基因正确分型对法医学中的个体识别和亲权鉴定有重要意义.     

温州汉族人群9个STR基因座的遗传多态性

目的:分析温州汉族人群9个STR基因座（D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1172、D11S2368、D22-GATA198B05、D8S1132、D7S3048）的等位基因及基因型频率分布。方法:从无血缘关系的355例温州汉族个体的抗凝血中提取DNA,用STR_Typer₁0_v1试剂盒对9个STR基因座进行复合PCR扩增,用AB公司310遗传分析仪和Gene Mapper ID 3.2v软件作STR分型,用Power State V12.xls分析软件进行等位基因频率和法医学常用参数统计分析。结果:该9个基因座检出15、12、9、17、15、13、11、10、12个等位基因,9个基因座基因型频率分布均符合Hardy-Weignberg平衡（P>0.05）;观测杂合度大于0.7831,多态信息含量均大于0.7666,个体识别能力（Dp）均大于0.9266。结论:温州汉族人群的9个基因座均具有较高的遗传多态性,是较理想的遗传标记系统,本研究所得数据可为温州汉族人群法医个体识别、亲权鉴定及遗传学研究提供依据。     

潮汕地区汉族人群6个短串联重复序列基因座的遗传多态性研究

目的：获得6个（D1S2142、D12S391、D13S1492、D14S306、D15S659和D10S2325）短串联重复序列（STR）基因座在中国潮汕地区汉族人群中的基因型及等位基因频率数据，探讨其法医学应用价值。方法：对126名无血缘关系潮汕汉族个体的EDTA抗凝血样用Chexlex．100法提取DNA，应用聚合酶链反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术。对以上6个基因座在潮汕地区汉族人群中的基因型分布进行分析。结果：126份样本中，6个STR基因座分别检出9、12、14、7、11、12个等位基因和25、36、54、22、32、33种基因型．基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。各基因座的个人识别机率分别为：0．935、0．953、0．972、0．932、0．942和0．958，非父排除概率分别为：0．476、0．662、0，782、0．587、0．647和0．768。30个家系样品调查证实上述基因座均遵循孟德尔遗传规律，未观察到突变。结论：6个SIR基因座在潮汕地区汉族人群中具有较高的多态性。在法医学和群体遗传学研究中具有一定的应用价值。     

江苏汉族群体D12S391和D6S1043基因座遗传多态性研究

目的：调查D12S391和D6S1043基因座在江苏汉族人群的群体遗传学数据,为亲子鉴定和个人识别工作提供数据基础。方法：利用AmpF1STR Sinofiler试剂盒进行多重PCR扩增,3130型遗传分析仪进行毛细管电泳,Gen-eMapper软件自动分析各基因座的基因型。PowerStats软件计算两个基因座的等位基因频率、杂合度、个人识别机率、非父排除率及多态信息含量等群体遗传学参数,χ2检验验证Hardy-Weinberg平衡。结果：D12S391和D6S1043基因座在江苏汉族群体中均有较高的多态性,其非父排除概率和个人识别率分别为0.616、0.638、0.946和0.964。两个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。结论：本研究获得了D12S391和D6S1043两个基因座在江苏汉族群体的群体遗传学数据,分析结果显示这两个基因座适合江苏汉族群体法医学应用。     

中国康巴地区藏族群体5个STR基因座的遗传多态性研究

目的　获取 D1S5 4 9,D3S175 4 ,D12 S391,D12 S375和 D18S86 5基因座在中国康巴藏族群体中基因型及等位基因频率数据 ,初步探讨其在遗传学研究及法医学应用中的意义。方法　抽取 10 0名地区藏族群体无血缘关系个体的静脉血滴于滤纸上 ,干燥后剪取少许血痕 ,chelex法提取 DNA。应用 PCR技术 ,扩增产物用非变性聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳分型。结果　中国康巴地区藏族群体 D1S5 4 9基因座发现 7个等位基因 ;D3S175 4基因座发现 6个等位基因 ;D12 S391基因座发现 10个等位基因 ;D12 S375基因座发现 6个等位基因 ;D18S86 5基因座发现 6个等位基因 ;5个基因座的基因型分布均符合 Hardy- Weinberg平衡 (P>0 .0 5 )。各基因座的杂合度分别为 0 .86 ,0 .77,0 .81,0 .6 9和 0 .80 ;个人识别率分别为 0 .92 9,0 .838,0 .934,0 .886和 0 .890 ;非父排除率分别为 0 .715 ,0 .5 4 5 ,0 .6 18,0 .4 13和 0 .5 99。结论　 5个基因座在中国康巴藏族群体中具有较高的非父排除率与个人识别率 ,在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。     

河南部分人群D16S539、D7S820、D13S317基因座遗传多态性分析

目的：了解河南地区人群中D16S539、D7S820、D13S317基因座的遗传多态性,获得群体遗传数据。方法：对230份无血缘关系个体的抗凝血提取DNA,应用多位点复合PCR扩增技术结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法调查D16S539、D7S820、D13S317基因座在河南地区群体中的基因型分布。结果：D16S539基因座在河南地区人群中存在9个等位基因,28种基因型;D7S820基因座存在9个等位基因,29种基因型;D13S317存在8个等位基因,31种基因型。基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论：D16S539、D7S820、D13S317基因座是进行人类群体遗传学和法医遗传学研究十分有用的遗传标记。     

微卫星序列不稳定性与食管癌发病风险的相关性研究

目的食管癌的发生、发展与个体的遗传背景关系密切。文中旨在研究食管癌发病风险与STR基因座多态性的相关性,为深入探索食管癌的发生机制提供一种新的研究途径。方法采用PCR方法结合毛细管电泳对南京地区246例食管癌患者作为病例组(包括高分化鳞癌组52例、中分化鳞癌组138例、低分化鳞癌组56例)和对照组(156例健康个体)的静脉血样进行15个STR基因座的多态性分析,并根据2组在15个STR基因座的等位基因频率分布的差异性来推断与食管癌发生相关的易感因素或抗性因素。结果高分化鳞癌组与对照组在D19S433、D8S1179基因座的等位基因分布差异有统计学意义(P<0.05),中分化鳞癌组与对照组在15个STR基因座的等位基因分布差异无统计学意义(P>0.05),低分化鳞癌组与对照组在D3S1358基因座的等位基因分布差异有统计学意义(P<0.05)。高分化鳞癌组与对照组在D19S433、D8S1179基因座的等位基因14、11之间差异有统计学意义(P<0.05),OR均>1,在D19S433、D8S1179基因座的等位基因14.2、10之间差异有统计学意义(P<0.05),OR均<1。低分化鳞癌组与对照组在D3S1358基因座的等位基因15之间差异有统计学意义(P<0.05),OR<1。结论 D8S1179、D19S433、D3S1358基因座可能与食管癌相关联。D8S1179、D19S433基因座的等位基因11、14是与食管癌发生相关的易感因素。D8S1179、D19S433、D3S1358基因座的等位基因10、14.2、15是与食管癌发生相关的抗性因素。     

中国海南黎族人群15个STR位点的遗传多态性

【目的】研究海南黎族族人群15个STR位点D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、VWA、CSFlPO、D8S1179、TPOX、FGA、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433、D2S1338的遗传多态性。【方法】通过人类短串联重复序列（short tandem repeat，STR）复合扩增、基因扫描、基因分型调查了110名黎族无关个体15个STR位点等位基因分布情况。【结果】15个STR位点均符合Hardy—Weinberg平衡，共检出149个STR等位基因，其频率分布在0．0045-0．5045之间，杂合度（heterozygosity，H）为0．6716～0．8754，个体识别力（discrimination power，DP）为0．8770～0．9673，非父排除率（probabilities of pakmity exclusion，EPP）为0．4383～0．7396，多态信息含量（polymorphic information content，PIC）为0．6265～0．8574。【结论】选用的15个STR位点均能检出等位基因遗传多态性。并具有较丰富的信息含量，为进一步研究中华民族STR遗传结构提供了基础资料。     

重庆土家族群体15个STR基因座的遗传多态性

目的:研究重庆土家族人群无关个体的15个STR基因座(CSF1PO、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11、D2S1338、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、FGA、TH01、TPOX、vWA)的遗传多态性.方法:应用AmpFlSTR Identifiler荧光标记复合扩增系统对115名重庆土家族无关个体血样DNA进行15个STR基因座的复合扩增,用ABI310遗传分析仪对扩增产物进行检测,用GeneScan、GenoTyper软件进行基因分型,统计计算15个STR基因座的群体遗传学参数.结果:15个STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡,杂合度在0.634 8～0.887 0之间,累积匹配概率和累积非父排除率分别为3.12×10-17和0.999 997 688 3.结论:15个STR基因座的累积匹配概率和累积非父排除率较高,适用于法医学亲子鉴定和个人识别.     

鼻咽癌组织STR基因座变异的研究

目的:探讨鼻咽癌组织21个常染色体STR基因座及Amel基因座等位基因的变异情况。方法:收集79例鼻咽癌患者的石蜡组织切片和外周静脉血，采用TIANamp FFPE DNA Kit试剂盒提取石蜡组织切片样本基因组DNA,Chelex-100提取血液样本基因组DNA。通过AGCU Expressmarker 22试剂盒进行PCR扩增，AB 3500 Genetic Analyzer检测STR型别。结果:79例鼻咽癌组织中，STR变异率为32.9%(26/79),变异类型包括Aadd、Anew、LOH、pLOH,发生率分别是6.3%、1.3%、6.3%、31.6%。在检测的STR基因座中有19个位点发生了变异，变异次数最多的基因座是D3S1358,D7S820、D19S433和Amel基因未发生变异。STR变异与鼻咽癌患者的性别、年龄、临床分期等均无明显相关性(P>0.05)。结论:鼻咽癌组织中STR基因座存在变异，但STR变异与患者性别、年龄、临床分期等无明显相关性。鼻咽癌组织中D3S1358基因座的变异率高，D7S820、D19S433和Amel基因座未发生变异。