基于网络药理学探讨金柴饮治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法研究金柴饮治疗新冠肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、SwissTarget Prediction平台、GeneCards、OMIM等疾病靶点数据库,得到金柴饮治疗新冠肺炎的作用靶点.借助String数据库和Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络(PPI...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣散对新型冠状病毒肺炎的多组分协同作用机制

目的 探讨防风通圣散(FFTSP)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点协同作用机制,并分析潜在药物靶点和关键通路.方法 基于网络药理学研究方法,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)筛选FFTSP的活性成分及靶点,利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病相关靶点,运用String...     

基于高通量分子对接虚拟筛选SARS-CoV-2 3CL水解酶中药小分子抑制剂及抗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的中药及其复方预测

目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合"ADME-Lipinski"规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方。基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制。结果以SARS-Co V-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,2个中药药对甘草-桑白皮和金银花-连翘,以及桑菊饮、桑菊饮合银翘散加减等12个中药处方作为抗SARS-CoV-2的候选方案。结论基于高通量分子对接技术虚拟筛选SARS-CoV-2 3CL水解酶的中药小分子抑制剂及中药,结合网络药理学分析潜在分子机制,为中药抗击SARS-Co V-2提供了科学指导与理论依据。     

疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学研究疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对疏风解毒颗粒的中药活性成分进行检索、筛选;运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测、筛选,将上述二者的共同靶点输入String数据库获取靶标蛋白互作网络关系,利用Cytoscape 3.7.2软件构...     

中药复方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)合理用药分析

本文针对《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》所列出的中医药治疗方案,基于中西医对COVID-19的认识和中西医对COVID-19在临床表现及治疗方案的对比,从方案给出处方的经典方剂溯源分析、现代临床应用/研究、化学成分/药理学研究三维角度对中药复方在COVID-19全周期治疗中应用的合理性进行论证,并提出合理用药的建议。《方案(第七版)》中药复方在COVID-19每一病程阶段中的用药都有其合理依据,临床应用应特别注意早期介入和辨证用药。     

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中医药防治的思考

对2019年底于中国武汉发现并蔓延到全球的新型冠状病毒肺炎(coronavirusdisease2019,COVID-19)的疾病范畴、病邪性质和疾病发展进行阐述,鉴于中医药在历年来"瘟疫"中的应用,分析了中医药在此次COVID-19疾病中的治疗优势,即"扶正祛邪,以不变应变"和"辨证施治,以变应变",减少因激素等药物带来的后遗症,降低患者病死率等。并提出应用清热解毒类中药发挥其对COVID-19未感染者的预防优势;早期介入,通过抑制"细胞因子风暴"控制疾病向重症发展;根据"卫气营血辨证"理论指导临床辨证分型,发挥中医药防治COVID-19的个体化优势;关注COVID-19中药防治中的合理用药问题;收集临床真实世界数据,中医药为主,中西医结合,获得中西医结合防治COVID-19数据库等思路。     

基于网络药理学与分子对接探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的:采用网络药理学与分子对接法探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:借助中药系统药理学分析平台TCMSP检索荆芥与防风的化学成分与作用靶标,采用Uniprot数据库查询各靶标对应的基因.通过String进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,预测其作用机制.通过Omicshare...     

基于网络药理学及体外实验探讨青黄散抗急性髓系白血病的分子机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术预测青黄散治疗急性髓系白血病(AML)的潜在活性靶点与信号通路,通过体外细胞实验进一步验证其作用机制.方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)、TargetNet、SwissTargetPrediction数据库获取青黄散活性成分和作用靶点...     

中药整合药理学计算平台的开发与应用

以中医药大数据为驱动,模型构建和生物信息技术为手段,该课题组开发一个网络版的中药整合药理学数据和计算平台。本平台以中医药大数据(中药方剂数据库、中药材数据库、中药成分数据库、疾病症状靶标数据库)为支撑,以人工智能、数据挖掘、网络科学等为手段,构建满足个体需求的自助式服务平台。通过建立"中药方剂-化学成分-作用靶标-疾病靶标"多维度关联的有效工具,能够有效揭示中药药效物质基础及其分子机制。中药整合药理学数据和计算平台在中药质量评价、中药临床重定位、中医原创思维揭示、方剂配伍的分子机制、中药新药研发等方面,具有较好的应用前景。     

基于网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗COVID-19的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制.方法 在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集并筛选复方鱼腥草合剂组方中各味药材的成分及对应的靶标.采用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶标网络,对靶标进行GO和KEGG富集分析,最后借助计算机虚...     

基于数据挖掘和网络药理学探究中医药治疗新型冠状病毒感染初期的用药规律和作用机制

目的：基于数据挖掘分析中医药治疗新型冠状病毒感染（简称新冠感染）初期的用药规律,同时采用网络药理学分析高频药物治疗新冠感染初期的潜在作用机制。方法：检索中国知网、万方、维普中文期刊和中国生物医学文献数据库中2019年12月12日―2022年12月10日中医或中西医结合治疗新冠感染初期的文献,对文献中所涉及的方剂进行筛选、整理,采用R语言对药物组成进行频数分析、关联规则分析及聚类分析;从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和Gene Cadrs等数据库中分别获得药物和新冠感染相关靶点,利用Venny取交集后通过Cytoscape 3.9.1制作药物-成分-靶点网络;将共同靶点上传STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）网络分析;运用Metascape数据库对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和基因本体论（GO）功能富集分析。结果：共收集到中医药治疗新冠感染初期的处方42首,高频药物有苦杏仁、广藿香、茯苓、麻黄、半夏、黄芩等17味中药;关联规则分析关联系数高的药物组合分别为半夏-麻黄-桂枝...     

网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的机制研究

目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune s...     

藏药麻花秦艽防治细胞因子风暴活性成分与作用机制的网络药理学研究

目的 应用网络药理学方法对藏药麻花秦艽防治细胞因子风暴的主要活性成分及可能作用机制进行预测分析.方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)及人类基因(GeneCards)数据库收集麻花秦艽的活性化合物和与细胞因子风暴相关靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件构建麻花秦艽活性成分-细胞因子风暴靶点调控网络...     

全国各省区中医药治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的诊疗方案分析

2019年12月以来,武汉首先发现新型冠状病毒肺炎,其他城市随后出现此类病例。由新型冠状病毒导致的疾病由世界卫生组织正式命名为COVID-19(coronavirus disease 2019)。国家卫健委以及其他省市先后对COVID-19进行辨证分型,并提供对应的中医药治疗方案。中医认为该疫病属"湿毒之邪",治疗的最佳原则为早发现早治疗,中医和西医各有优势,可以优势互补,不能互相取代。因此全面收集中医药治疗COVID-19的中医药用药方案,进行系统分析,尤其是对中医药治疗COVID-19的药理学基础进行分析,为中药处方治疗COVID-19的合理性提供参考以及为各省市更新诊疗方案提供依据。     

基于网络药理学探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究

目的 通过网络药理学研究探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选.使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物—作用靶点网络关系图,应用STRING数据库...     

基于网络药理学和分子对接的玉屏风散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的采用网络药理学和分子对接技术探寻玉屏风散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物,以期将其更好地应用于临床。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)网站检索玉屏风散中黄芪、白术、防风3味中药的全部有效成分及作用靶点,通过String数据库生成玉屏风散的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,用Cytoscape3.6.1软件进行数据分析提取PPI网络中的Hub网络,通过String数据库的analysis功能进行KEGG通路分析,用ChemOffice、PyMOL、Auto Dock软件进行分子对接。结果限定筛选条件为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18共得到45个活性成分,筛选得到玉屏风散的潜在靶点345个,关键靶点共15个,通过KEGG通路分析得到50条通路,筛选得到25条主要通路,包含PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路和T细胞受体信号通路等。结论玉屏风散中的活性化合物能通过抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)结合,作用于PIK3R1、IGF1R等靶点,调节多条信号通路,起到预防COVID-19的作用。     

基于数据挖掘的中医药治疗新型冠状病毒肺炎用药规律分析

目的:基于中医传承辅助平台软件(V2. 5),分析《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》颁布的诊疗方案、各个疫区及部分云南民族民间治疗新型冠状病毒肺炎的处方用药规律,为进一步挖掘中医药防治新型冠状病毒肺炎方药提供临床参考。方法:应用中医传承辅助平台软件,构建中医药治疗新型冠状病毒肺炎的组方数据库,运用软件集成的数据挖掘方法,对组方数据库进行中药频次统计,组方规律及新方分析等研究。结果:共涉及中医药、民族医药治疗新型冠状病毒肺炎的90首方剂,涉及中药196味,分析了处方中药物出现的频次,常用药对及常用组合,演化得到新处方16首。结论:《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》颁布的诊疗方案、各个疫区及部分民间治疗新型冠状病毒肺炎的处方主要以清热解毒、宣肺平喘、燥湿化痰、扶正祛邪等功效为主,药性多寒温并用、药味多苦甘辛,体现新型冠状病毒肺炎的"攻补兼施、标本同治"的治疗原则。     

基于网络药理学探讨藿朴夏苓汤“培土生金”治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的:采用网络药理学探索藿朴夏苓汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法 :首先从《雷公炮制药性解》《本草汇言》《中药大辞典》等书中对藿朴夏苓汤的药物归经规律进行挖掘。其次,运用中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)平台检索该复方各味药的有效成分和作用靶点。并将经过Uniprot数据库检索的靶基因及TCMSP检索出的相应中药成分、中药名称输入Cyoscape3.7.1软件,使"药物-有效成分-靶点"网络可视化。然后运用GeneCards平台筛选疾病基因,并将该基因与药物靶蛋白取交集,通过STRING平台对交集靶点的相互作用关系进行探索,找寻藿朴夏苓汤治疗COVID-19的关键靶点,通过Cyoscape3.7.1软件构建PPI网络图。最后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制及核心靶标,并绘制气泡图及柱状图以使结果可视化。结果:藿朴夏苓汤各药的归经以肺、脾、胃为主,并涉及心、肝、肾、三焦、大肠、小肠、膀胱等多个脏腑;"药物-有效成分-靶点"网络涉及10味中药、68个有效药物成分,217个靶基因;将药物基因与疾病基因取交集,根据基因相互作用关系获取65个关键基因。按照P<0.05的标准,GO富集到1 739条生物过程,39条细胞组成,110条分子过程,KEGG富集到PI3K-Akt信号通路、小细胞肺癌、乙型肝炎等与之密切相关的136条信号通路。结论:本文预测具有"培土生金"多脏腑治疗作用的藿朴夏苓汤,其主要化合物成分槲皮素、木犀草素、黄芩素等可能通过作用AKT1、MAPK1、RELA、CDKN1A、CCND1、CASP8等关键靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制探析

目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。     

基于网络药理学与分子对接技术的化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎作用机制及活性成分筛选研究

目的:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法研究化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制及活性成分筛选.方法:采用中药系统药理学分析平台筛选化湿败毒颗粒活性成分及预测作用靶点,与OMIM和Gene Cards数据库筛选的病毒及肺炎靶基因取交集,得到潜在靶基因.利用Cytoscape软件构建"化合...