来自不同地区的两组鼻咽癌活检组织样本共同失调的基因功能及通路

摘要：目的探究两组鼻咽癌活检组织样本中差异基因表达谱所显示的失调基因功能及通路的相同之处。方法利用生
物信息学的方法分析两组差异表达基因谱,对比其失调的基因功能及通路,同时探索其相同的失调功能与两组数据间相
同的基因的关系。结果两样本中显著上调的基因主要与细胞的周期调控、增殖、DNA损伤修复、细胞的粘附迁移、代谢
及蛋白质结合等相关,但是显著下调的基因无明显的功能聚类;两差异基因表达谱显示出的相同失调基因功能并不是完
全由它们的相同基因引起;两者共同失调的通路有10条,排在前4位的为白细胞内皮迁移、细胞粘附分子、粘着斑和磷脂
酰肌醇信号系统。结论来自两个不同地区的鼻咽癌活检组织样本的比较发现,其差异表达的基因多与细胞周期调控、
DNA损伤修复、粘附迁移等相关,这与临床治疗首选放疗的原因相符;通路分析得出4条差异最显著的共同通路也与肿瘤
粘附迁移相关,通过干扰其在肿瘤中的病理作用,特别是磷脂酰肌醇信号系统在肿瘤发生、粘附及转移等关键步骤中的信
号传导作用,有望提高鼻咽癌的治疗效果及预后。     

差异基因表达谱分析小鼠烧伤早期免疫细胞刺激反应的相关基因靶标

目的利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析,筛选烧伤早期应对刺激反应相关基因靶
标。方法从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验和倍比法筛选差异表达基因,利用DAVID数据库进行
GO功能富集分析筛选刺激反应相关差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析,同时应用STRING数据库及Cytoscape软件构
建刺激反应相关基因的蛋白互作网络,运用荧光定量PCR技术验证其中部分基因差异表达。结果（1）在烧伤后第1天共有259
个刺激反应相关差异基因被选出,其中上调基因118个,下调基因141个。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于免疫
相关通路及细胞生长与死亡相关通路;将259个刺激反应相关差异基因通过STRING数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作网
络分析,分析显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因同时在蛋白互作网络中具有最大互作关系和在子网络中处于中心位置,可
能是潜在的诊断及治疗靶标;（2）实时荧光定量PCR技术检测显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因表达情况与分析结果相一
致。结论通过对小鼠烧伤后第1天全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因在烧伤早期刺
激反应过程中发挥重要的作用。
     

乳腺癌组织中C-erbB-2、nm23基因的表达及其预后的关系

目的探讨乳腺癌组织中C-erbB-2基因和nm23基因的表达与预后的关系。方法采用免疫组织化学S-P法检测298例乳腺癌C-erbB-2、nm23基因表达情况并与乳腺癌病理类型、发病年龄、临床分期、腋淋巴结转移情况及5a生存率之间的关系进行分析。结果C-erbB-2基因阳性率36.24%(108/298),nm23基因阳性率为58.05%(173/298);C-erbB-2和nm23基因的表达与肿瘤病理类型、发病年龄、临床分期无明显相关性(P>0.05);C-erbB-2基因表达与腋淋巴结转移呈正相关,与5a生存率呈负相关,nm23基因的表达与腋淋巴结转移呈负相关,与5a生存率呈正相关(P<0.05);C-erbB-2基因表达与nm23基因表达两者之间明显负相关(P<0.05)。结论联合检测乳腺癌组织中C-erbB-2和nm23基因表达可能成为预测、评估乳腺癌患者临床预后的标记物。     

孕激素膜受体1在乳腺癌的表达及其生物学意义

摘要：目的探讨孕激素膜受体1(PGRMC1)在乳腺癌中的表达状况及与临床病理指标的可能关系。方法采用免疫组织化学方
法回顾性分析检测60例乳腺癌PGRMC1的表达,并评价其与病理分级、临床分期、转移,化疗敏感性以及预后之间的关系。结
果60 例乳腺癌组织PGRMC1 表达阳性37 例,阴性23 例。PGRMC1 的表达与乳腺癌淋巴结转移（P=0.004）、肿瘤大小（P=
0.03）和临床分期（P=0.039)密切相关;与年龄（P=0.196）和肿瘤病理分级（P=0.526）无关。PGRMC1的表达与乳腺癌患者的总体
生存率（Log-rank=15.638;P=0.0001）和无瘤生存率（Log-rank=4.443;P=0.035）有关。多因素分析结果提示PGRMC1是乳腺癌
独立的预后因子（P=0.002）。结论PGRMC1的表达乳腺癌随转移和临床分期升高而增强,可能是乳腺癌的预后因素之一。
关键词：乳腺癌;孕激素膜受体1;预后     

miRNAs慢病毒文库筛选靶向EZH2 3’非翻译区的新型miRNAs及其在乳腺癌中的表达

目的重组过表达EZH2基因3’非翻译区的MCF-7细胞株中筛选靶向miRNAs,并进行细胞和组织定量分析。方法重组
细胞株感染慢病毒文库,利用细胞毒性药物筛选后抽提细胞基因组,以此为模板PCR扩增出miRNA前体,测序确定miRNAs名
称,并对其进行PCR定量分析。结果在重组细胞株中共筛选出7种miRNAs,依次为miR-15b、miR-16-2、miR-181b2、miR-217、
miR-224、miR-329-1、miR-487b,这些新型miRNAs用生物信息学软件PicTar 和TargetScan 无法预测。Real-time PCR发现,与
乳腺癌细胞MCF-7 相比,正常乳腺细胞株HBL-100 中miR-217、miR-329-1、miR-487b 高表达;乳腺癌组织中仅miR-15b 及
miR-16-2表达增加,与癌旁组织相比差异有统计学意义（P<0.05）。结论在重组过表达EZH2 3’-UTR的乳腺癌MCF-7细胞株
中结合慢病毒文库可筛选出用生物信息学软件未预测的新型靶向miRNAs,这些新型miRNA在正常乳腺细胞与肿瘤细胞及组
织中存在差异表达。
     

基于差异性表达谱分析挖掘不同亚型鼻咽癌的保护性转录因子

目的探究41例鼻咽组织活检样本中差异基因表达谱所显示的失调基因及挖掘调控这些基因的转录因子。方法利用
EXCEL及生物信息学方法分析Ⅰ、Ⅱ型鼻咽癌（NPC）患者鼻咽组织活检样本中差异表达基因谱,挖掘出同时符合以下条件的
转录因子：（1）在两组差异表达基因的结合位点具有统计学意义;（2）鼻咽组织中转录因子与基因的表达存在相关性;（3）相关基
因的表达至少有40%是受转录因子影响的。结果在Ⅰ型NPC较Ⅱ型NPC上调的差异表达基因谱（“Ⅰ_Ⅱ_Up”）中,找到对应
的符合条件的转录因子有80 个。其中RUNX3、GATA3、NR3C1、NRF1、RXRA、SMAD7、TBP、ZBTB6 等8 个正调节因子和
HLF、MTF1等2个负调节因子,它们调控与T细胞受体信号通路相关的基因。然而在Ⅰ型NPC较Ⅱ型NPC下调的差异表达基
因谱（“Ⅰ_Ⅱ_Down”）中,未找到符合条件的转录因子。结论通过分析Ⅰ、Ⅱ型NPC患者鼻咽组织活检样本的差异表达基因
谱发现,Ⅰ型NPC（NPC_Ⅰ）患者的差异表达基因主要与机体免疫反应相关,利用EXCEL及生物信息学方法,挖掘出8个正调
节因子和2个负调节因子,主要调控与T细胞受体信号通路相关的基因。预测到的这10个转录因子有可能成为药物研发的新
靶点,通过增强机体免疫防御能力,有望提高NPC患者的生存率。但研究中未能发现与“Ⅰ_Ⅱ_Down”基因谱明显相关的转录
因子,这可能与NPC_Ⅱ患者差异表达基因受转录因子、DNA修饰、磷酸化、染色体变异、环境等多因素影响有关。
     

基因芯片技术筛选和鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因

目的筛选CD133+CD200+大肠癌细胞并鉴定其相关基因的表达。方法流式细胞术分选CD133+CD200+和CD133-CD200-
大肠癌细胞,应用Affymetrix 人类全基因组表达谱芯片检测这两群细胞的基因表达谱,初步筛选CD133 +CD200 +与
CD133-CD200-大肠癌细胞之间的差异表达基因,进而寻找与大肠癌干细胞特异性相关的主效基因,最后利用qRT-PCR实验对
部分差异表达基因进行验证,以确定芯片检测结果的可靠性。结果芯片结果显示差异在3倍以上的基因共655个,CD200+细胞
表达上调的基因290 个,表达下调的基因共365 个,通过生物信息学分析和GENEMANIA共表达构建,筛选出3 条（MDM2;
PRKACG;CACNA1G）有特异相关的差异基因进行qRT-PCR验证,结果与芯片结果完全相符。结论基因芯片技术通过筛选和
鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因,建立了特异性大肠癌干细胞基因表达谱,为大肠癌基因靶向治疗及进一步研究提
供依据。
     

细胞分裂周期相关蛋白(CDCAs)与乳腺癌发生、发展和转移的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法研究细胞分裂周期相关蛋白(CDCAs)介导乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路 及分子机制。方法 从 GEO 和 TCGA 数据库下载正常乳腺组织和乳腺癌样本的基因芯片;使用 R 软件limma包分析 正常乳腺组织和乳腺癌样本之间的差异表达基因;使用 Kaplan-MeierPlotter评估乳腺癌患者的整体生存率、无复发生 存率和无远处转移生存率;对筛选出的差异表达基因进行 GO 和 KEGG信号通路富集分析。结果 通过对差异表达基 因的趋势分析,筛选出2015个显著上调的基因以及864个显著下调的基因,其中 CDCA1/2/3/5/7/8可能为介导乳腺癌 浸润性进展的相关基因。生存分析表明,乳腺癌 CDCA1/2/3/5/7/8高表达与不良预后相关(均 P<0.05)。GO 分析结 果主要富集于细胞有丝分裂周期、染色姐妹单体分离、染色体、着丝粒、纺锤体等;KEGG 信号通路富集分析则在卵母细 胞减数分裂、p53信号通路、DNA 复制显著富集。结论 整合生物信息学分析结果,表明 CDCAs在乳腺癌组织中表达 升高,并且 CDCAs表达水平显著影响乳腺癌患者预后,与其他 CDCAs相比,CDCA2/3/5/8可能是乳腺癌患者靶向治疗 的合适靶点。     

结直肠癌转移相关基因PCR芯片的建立及初步应用

摘要：目的建立同时检测表达多个结直肠癌转移相关基因的PCR芯片,用于诊断结直肠癌转移和预测转移。方法通过
严格设计基因引物,探索各基因同时达到特异性扩增的PCR反应条件;应用基因芯片筛选获得的29个结直肠癌转移相关
基因,结合3个看家基因,建立同时检测32个基因的PCR芯片;应用该芯片检测不同转移潜能的结直肠癌细胞和临床直肠
癌组织、癌旁正常粘膜。结果成功构建同时检测32个基因的PCR芯片,各基因均获得特异性扩增;29个转移相关基因
PCR芯片检测结果与基因芯片检测结果的吻合率为86%;PCR芯片检测伴有转移的结直肠原发癌与不伴有转移的结直肠
癌组织,结果显示14个基因表达一致,15个基因表达有差异。结论结肠癌转移PCR芯片结果可靠,可用于预测结直肠癌
转移的研究。     

基于生物信息学分析SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 通过分析生物信息数据库,探讨胆碱转运蛋白样蛋白SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义.方法 检索Oncomine数据库,分析SLC44A4基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间SLC44A4基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系.利用Kaplan-Meier Plotter在线分析SLC44A4基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系.检索肿瘤单细胞(CancerSEA)数据库分析SLC44A4基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性.结果 SLC44A4在多种肿瘤组织中高表达.与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC44A4基因的表达明显升高(P＜0.05),且不同临床病理分期和分型的乳腺癌患者SLC44A4基因表达水平比较差异有统计学意义(P＜0.05).从总体来看,SLC44A4基因高表达组总生存(overall survival,OS)期高于低表达组(P＜0.05).此外,SLC44A4基因的表达与乳腺癌细胞的侵袭、细胞周期、DNA修复呈正相关性.结论 SLC44A4基因在乳腺癌组织中高表达,与患者预后相关,并与乳腺癌细胞功能存在一定相关性.     

差异基因表达谱分析颈动脉不稳定斑块相关基因及可能的信号通路

目的探讨颈动脉不稳定斑块发生的分子机制。方法从ArrayExpress数据库下载基因表达谱数据E-MTAB-2055。该数
据包含24例颈动脉不稳定斑块和24例稳定斑块组织,从中筛选差异基因,并通过富集分析获取与不稳定斑块有关的生物学过
程和通路。同时,通过构建差异表达基因的生物网络来寻找与该疾病高度相关的风险模块,并用荧光定量PCR法检测五对不稳
定斑块和斑块旁标本,验证风险模块中部分基因的差异表达。结果不稳定斑块中发生显著性差异表达变化的基因共有439
个,其中上调基因为232个,下调基因为207个。涉及到的生物学过程和通路大部分与炎症和免疫应答有关。生物网络和模块
分析提示CXCR4、VCL和TYROBP 可能在不稳定斑块发生发展过程中发挥着重要作用。荧光定量PCR结果显示CXCR4和
TYROBP基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论本研究比较完整地揭示了不稳定斑块差异表达谱特征和所涉及的生
物学过程和信号通路,其中TYROBP可能是不稳定斑块发生发展进程中新的致病基因。
     

增殖诱导配体在乳腺癌原发灶表达及与预后的关系

目的探讨早期乳腺癌原发灶增殖诱导配体（A proliferation inducing ligand, APRIL）表达分布与预后的关系。方法回顾
性收集2000年1月~2002年12月在解放军总医院手术的130例Ⅰ~Ⅲ期乳腺癌患者的临床资料及石蜡切片,用免疫组织化学法
检测乳腺癌原发灶APRIL表达分布情况并分析其与CD8、CD4阳性淋巴细胞浸润强度的关系。分析APRIL表达分布情况与乳
腺癌临床病理特征及预后的关系。结果在大部分病例均可观察到肿瘤细胞的细胞质、间质细胞及部分基质为APRIL染色阳
性。APRIL肿瘤细胞质强度与APRIL阳性间质细胞密度正相关（P=0.009）,与Ki67百分比正相关（P=0.003）。APRIL阳性间质
细胞密度与CD4+间质细胞密度（P<0.001）和CD8+间质细胞密度（P<0.001）均正相关。在激素受体阴性（雌激素受体和孕激素受
体均为阴性) 患者,APRIL阳性间质细胞密度升高与较好的预后相关,是DFS（HR=0.313,95% CI=0.107-0.920,P=0.035）的独立
保护性预后因素。结论乳腺癌间质免疫细胞广泛表达APRIL,乳腺癌细胞APRIL染色强度与肿瘤细胞的增殖正相关,提示免
疫细胞可能通过分泌APRIL促进乳腺癌细胞增殖。在激素受体阴性患者,乳腺癌间质APRIL阳性细胞较多的患者预后较好。
     

KIR基因错配对肾移植临床疗效的影响

目的探讨KIR基因错配对肾移植效果的影响。方法调查111对肾移植供受者的KIR基因和受者术后持续随访>37个月
中急性排斥（AR）以及1、3年人/肾存活率的情况。结果（1）肾移植供、受者中均表达17个KIR基因,其中受者KIR3DS1的频率
显著高于供者组（38.75% vs 24.66%,OR=2.17,χ2=3.94,P<0.05）;（2）供受者KIR基因的平均相合率为82.53%;（3）肾移植后AR
组供、受者中KIR2DS1相合率显著高于非AR组（85.00% vs 54.95%,χ2=6.19,P<0.05),供受者KIR基因型为AB型→AB型的比
率显著高于非AR组（33.33% vs 8.00%,P<0.05）。（4）111例受者的1年人/肾存活率为94.59%,3年存活率为82.88%;预后不良组
中供者呈KIR-AB基因型的比例显著高于预后良好组（57.89% vs 29.63%,χ2=8.19,P<0.05）,供、受者均为KIR-AB型的比例亦显
著高于预后良好组（36.84% vs 9.78%,χ2=14.87,P<0.05）。结论KIR3DS1可能与尿毒症具有易感关联。供者或受者任何一方
为KIR-AB型可能与增加移植后AR发生率和降低人/肾的1年和3年生存率相关。避免选择KIR-AB型供体将有益于改善肾移
植的近远期效果,这一发现将对活体肾脏捐献的选择具有重要的医学伦理意义。
     

高密度cDNA微阵列技术检测乳腺癌差异表达基因

目的 描绘乳腺癌的基因差异表达谱，以寻找乳腺癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志。方法 用含14000个cDNA克隆的表达微阵列检测乳腺癌组织、乳腺癌旁组织及乳腺非癌组织的mRNA表达，并分析其表达的差异。结果 乳腺癌组织与乳腺非癌组织比较有80个差异表达基因，乳腺癌组织与乳腺癌旁组织比较有57个差异表达基因，乳腺癌旁组织与乳腺非癌组织比较有29个差异表达基因，在乳腺癌组织与乳腺非癌组织和乳腺癌旁组织比较中有14个差异表达基因是一致的。结论 用微阵列技术对乳腺癌的肿瘤相关基因和分子标志作初步探索，为了解中国女性乳腺癌发生发展的分子机制、发展新的诊断和治疗手段提供了信息。     

CR2和MXLIP在低分化鼻咽癌组织中的差异表达

目的 为了解低分化鼻咽癌组织与非癌症组织之间的基因表达差异,进一步找出有明显差异表达的基因作为诊断鼻咽癌新的分子标志.方法 实验通过14 112个点的cDNA基因表达谱芯片,比较20例低分化鼻咽癌组织和15例鼻咽慢性炎症组织之间的表达差异,并通过荧光实时定量PCR对50例鼻咽癌组织进行验证.结果 基因芯片的分析结果显示,9个基因（q〈0.01）至少在17例（85%）鼻咽癌组织中有2倍差异表达,包括8个下调基因（TAOK3,SLC16A2,PRB4,AMY2B,B3GALT4,MSMB,RPS27,CR2）和1个上调基因（MXLIP）.进一步研究表明,选用CR2和MXLIP对50例低分化鼻咽癌组织荧光实时定量PCR分析与3例鼻咽慢性炎症组织进行比较,与芯片实验结果相同,CR2在41例（82%）鼻咽癌组织中下调,MXLIP在42例（84%）鼻咽癌组织中上调.结论 我们认为这两个基因可以作为诊断低分化鼻咽癌新的标志基因.     

食管鳞状细胞癌中EZH2的表达对患者术后预后的影响

目的通过研究鳞状细胞癌EZH2蛋白的表达,探讨其表达程度高低与患者术后预后的关系。方法对1996~2006年本院
心胸外科食管鳞癌术后病人随访,纳入研究对象,采用免疫组化方法研究其中鳞癌组织（102例）、癌旁组织（30例）、正常组织（30
例）中EZH2蛋白的表达情况,研究该蛋白表达与临床病理参数（性别、年龄、分化、分期、淋巴结转移）的关系;结合随访资料,采
用生存分析研究蛋白表达高低对术后患者预后的影响。结果食管鳞状细胞癌中的EZH2表达高于非癌组织,中低分化鳞癌组
织表达高于高分化组织,有淋巴结转移组织表达高于无转移组织,临床TNM分期Ⅱ、Ⅲ期患者表达高于Ⅰ期患者,低于Ⅳ期患
者,高表达组患者术后远期生存时间较低表达组明显降低（P<0.05）。结论EZH2促进食管鳞癌的淋巴结转移,降低分化程度。
术后患者EZH2高表达组较低表达组预后差。
     

乳腺癌肿大腋窝淋巴结中BCSCs相关基因表达与肿瘤复发、转移的关系

目的：探索乳腺癌干细胞（BCSCs）相关基因CD44、Twist1、OCT4在乳腺癌患者癌组织、腋窝肿大淋巴结中的表达与乳腺癌转移及复发的关系。方法以免疫组化法和组织免疫荧光聚合酶链反应（RT-PCR）分别检测乳腺癌患者癌组织、腋窝淋巴结中BCSCs相关因子CD44、CD24、Twist1和OCT4的基因和抗原表达。结果在术前和术中确诊为乳腺癌的14例患者中均有癌细胞腋窝淋巴结转移。免疫组化法测得乳腺癌癌组织、腋窝肿大淋巴结BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4抗原阳性过表达,而CD24呈低表达;RT-PCR检测乳腺癌组织、腋窝淋巴结中BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4的基因表达增强（P＜0.05）,CD24基因低表达（P＞0.05）。结论乳腺癌伴腋窝淋巴结肿大者BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4的基因、抗原表达明显增高,可能表明BCSCs相关因子与乳腺癌细胞易早期转移、复发有关。     

宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查

目的: 应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法: 利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果: 从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-time PCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论: 通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。     

野生型DJ-1 与A39S 突变型DJ-1 表达的单克隆细胞株基因表达谱分析

目的：探讨DJ-1 基因A39S 突变在帕金森病发病过程中的作用机制,以及其是否可能通过转录调控活性
导致相关基因表达异常。方法：建立能够稳定表达空载体和野生型DJ-1 蛋白,以及A39S 突变型DJ-1 蛋白的HEK293
单克隆细胞株。利用基因芯片技术对不同组别细胞株进行差异性表达基因筛选。结果：与空载体组比较,野生型
DJ-1 组有14 个基因表达上调,28 个基因表达下调;A39S 突变型DJ-1 组有6 个基因表达上调;2 个基因表达下调;
A39S 突变型DJ-1 组与野生型型DJ-1 组比较发现只有1 个基因表达下调。具有表达差异性的基因分别参与信号转导、
基因转录调控、细胞周期、细胞凋亡、氧化应激等生物学过程。结论：A39S 突变型DJ-1 蛋白可能通过直接或间接方
式对这些差异基因进行表达调控影响这些通路的正常功能,而参与帕金森病的发病。