基因芯片技术筛选2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪代谢相关差异表达基因

目的:应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者和正常人大网膜组织脂肪代谢相关基因表达谱的差异,探讨IR可能的发病机制.方法:分别用Cy5 和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将IR组(n＝5)和正常对照组(n＝5)脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交,通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因.然后对芯片筛选结果中差异表达的FOXC2基因用Northern印迹法进行验证.结果:IR组和正常对照组之间共筛选出82条差异表达已知基因;其中脂肪代谢相关基因10条,表达增加的基因5条,表达降低的基因5条.Northern印迹证实IR组FOXC2 mRNA表达明显升高,与基因芯片检测结果一致. 结论:IR的发病与脂肪代谢相关,FOXC2可能是2型糖尿病IR的候选基因.     

应用基因芯片技术对2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪信号转导相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者与正常人大网膜脂肪组织信号转导相关基因表达谱的差异,以进一步阐明IR的发病机制并探索新的治疗方法。方法 分别以Cy5和Cy3两种荧光染料通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)将IR组和对照组脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有1组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度,经计算机软件分析,寻找两组差异表达基因。结果 IR组和对照组之间共筛选出82条差异表达基因。其中信号转导相关差异表达基因19条,表达增加的基因12条,表达降低的基因7条。RT-PCR验证,IR组MKP-4表达明显升高。结论 基因表达谱芯片筛选提示IR的发病涉及多个方面,并与受体信号转导密切相关,为阐明IR的信号转导机制提供强有力的工具。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

常染色体显性遗传多囊肾差异表达基因的研究

目的:应用表达谱芯片研究常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)与正常肾组织基因表达的差异,探讨此病的致病因素及可能的治疗途径.方法:等量的人正常肾和ADPKD肾组织的mRNA分别用Cy3和Cy5逆转录荧光标记,制作cDNA探针,混合后与4 096点人cDNA表达谱芯片进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异.RT-PCR法验证其中4条基因表达水平.结果:在ADPKD肾组织与正常肾组织中存在463条差异表达基因,其中206条基因在多囊肾组织中高表达,特别是细胞周期素D2(cyclin D2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、组织金属蛋白酶抑制因子1(TIMP1)、成纤维细胞活化蛋白基因等;257条基因在多囊肾组织中低表达,特别是蛋白磷酸酶1A、酸性磷酸酶1基因等.RT-PCR法验证的4条基因表达水平与芯片结果相一致.结论: ADPKD病理改变可能与细胞周期蛋白、MMPs以及各种生长因子相关基因的上调有关,钙调素抑制剂和MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的:应用基因芯片技术研究Graves病(GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达,探讨GD的发病机制。方法:GD组为我院普外科GD患者手术切除的甲状腺组织,正常对照组标本取自该科甲状腺腺瘤患者瘤旁正常组织。诊断均经临床及病理证实。组织离体后立即液氮保存备用。两组各取组织200 mg,进行总RNA抽提及mRNA纯化。400点免疫相关基因表达谱芯片、芯片杂交试剂盒购自联合基因公司。用Cy5 d—UTP标记GD组,用Cy3 d—UTP标记正常对照组,将芯片和标记探针杂交,用Scan     

基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。     

Cdx2基因过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因. 探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

新型去甲万古霉素-纤维蛋白胶磷酸钙人工骨研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。 【关键词】 胃癌;Cdx2;免疫相关基因;差异表达基因     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的：比较正常大鼠和糖尿病心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异，探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法：（1）实验大鼠分为两组（正常对照组和糖尿病心肌病组）；（2）从心肌组织中抽提mRNA，经逆转录分别用Cy3,Cy5荧光标记，获得两组动物来源的cDNA探针；（3）cDNA 探针与基因表达谱芯片杂交，结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果：能量代谢相关基因表达水平在糖尿病心肌病组明显下调，结论：能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

用cDNA表达阵谱分析原癌基因和抑癌基因在胃癌中的表达

目的：从基因水平了解正常胃和胃癌组织原癌基因和抑癌基因表达的分子机制。方法：从正常胃和胃癌组织中提取、纯化mRNA，逆转录合成cDNA，荧光标记后与H80D型芯片杂交，扫描后筛选出表达差异的原癌和抑癌基因。结果：在195条原癌及抑癌基因中，13条存在表达差异，其中6条(3．1％)表达上调，7条(3．6％)表达下调。结论：应用该方法识别出的原癌和抑癌基因对胃癌的诊断和治疗具有潜在的价值。     

应用基因表达谱技术研究人脑动脉瘤细胞信号传导相关基因

应用基因芯片分析人脑动脉瘤基因表达谱 ,分析细胞信号传导相关基因的差异表达。提取 4例人脑动脉瘤标本及作为正常对照的人颅底动脉环标本总RNA、mRNA ,进行线性扩增 ,通过逆转录的方法标记、制成cDNA探针 ,探针与84 6 4点基因表达谱芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,分析比较差异表达的基因。结果 :在 84 6 4条基因中 ,有 15条细胞信号传导相关基因表达有显著差异 ,其中表达上调 13条 ,表达下调 2条。提示 :差异表达的细胞信号传导相关基因及其参与的病理过程与脑动脉瘤的病理发生有关。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的比较正常大鼠和糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异,探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法(1)实验大鼠分为两组(正常对照组和糖尿病性心肌病组);(2)从心肌组织中抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3﹑Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;(3)cDNA探针与基因表达谱芯片杂交,结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果能量代谢相关基因表达水平在糖尿病性心肌病组明显下调。结论能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。     

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的：应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法：按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总ＤＮＡ并纯化ｍＲＮＡ;将４０９６种人类基因ＰＣＲ产物用ＣａｒｔｅｓｉａｎＰｉｘｓｙｓ７５００点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和喉鳞癌组织ｍＲＮＡ分别逆转录合成荧光分子掺入的ｃＮＤＡ－链做探针,混合后杂交上述基因芯片,经严格洗片后用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描仪扫描芯片     

基因表达谱芯片发现36条喉鳞癌相关基因

目的：研究探讨喉鳞癌发生、发展中相关基因群的表达和初步功能。方法：按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成BioDoor4096型微矩阵表达谱芯片;采用条件优化的一步法抽提喉鳞癌及正常组织总RNA,用Qiagen公司Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和严格洗片后,用SanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析肿瘤及正常组织中差异表达的基因。对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：在4096种基因中,喉鳞状细胞癌与正常组织间存在差异表达的基因。在所检测的4对临床标本中,发现有差异表达的基因36条（0．88％）。生物信息学分析显示,该36条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论：喉鳞状细胞癌的发生、发展中存在多因素表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。