肺鳞癌细胞信号转导及免疫相关基因表达谱分析

目的利用基因表达谱芯片技术,寻找人类肺鳞癌组织和正常肺组织中与生物信号转导或免疫反应有关的差异表达基因。方法分别提取肺鳞癌和正常肺组织总RNA后,逆转录合成cDNA探针,混合后与Biostar H-Ⅰ型基因芯片杂交,ScanArray 4000扫描仪扫描杂交信号,计算机分析差异表达基因。结果筛选出在3组以上标本中存在差异表达的基因77条,其中44条表达上调（r〉2.0）,33条表达下调（r〈0.5）。结论利用基因芯片技术实现了高通量筛选与肺癌发生发展密切相关的基因,发现了77条在肺鳞癌中与细胞信号转导或免疫反应有关的差异表达基因,为今后更深入的研究指明了方向。     

Smad4基因沉默对胰腺上皮内瘤变细胞基因表达谱影响的初步研究

抑癌基因Smad4失活可使由Kras基因突变启动的胰腺上皮内瘤变（PanIN）细胞发生恶性转化,但其具体机制尚未阐明。目的：探讨Smad4基因沉默的PanIN细胞（PanIN—S细胞）基因表达谱的变化,分析Smad4基因沉默致PanIN细胞增殖和恶性转化的可能分子机制。方法：通过RNA干扰沉默PanIN细胞的内源性Smad4基因表达以构建PanIN—S细胞．小鼠全基因表达谱芯片筛查PanIN细胞与PanIN-S细胞的基因表达谱差异．实时荧光定量RT—PCR验证基因芯片筛选出的细胞周期相关差异表达基因。结果：基因芯片共筛选出237个差异表达基因,其中148个基因在PanIN—S细胞中表达上调,89个表达下调。差异表达基因主要涉及细胞周期、增殖、凋亡、黏附、转录活性等。实时荧光定量RT．PER验证示细胞周期相关基因p27、p19、细胞周期蛋白（cyclin）D1表达在PanIN细胞与PanIN—S细胞间存在显著差异,与基因芯片筛选结果一致。结论：PanIN-S细胞p27、p19和cyclinD1基因表达发生明显改变．可能参与了PanIN—S细胞的增殖和恶性转化。     

香烟提取物对肺癌细胞中MTA1 mRNA表达的影响

目的研究香烟提取物对肺癌细胞肿瘤转移相关基因1(MTA1)mRNA表达的影响。方法参照已有文献的方法制备香烟提取物(CSE),用CSE处理高转移能力的肺巨细胞肺癌PG细胞系亚系BE1细胞系、低转移能力的肺巨细胞肺癌PG细胞系亚系LH7、人肺腺癌细胞系A549,观察CSE处理前后癌细胞中MTA1 mRNA表达水平。结果 CSE处理后各肺癌细胞系MTA1 mRNA表达水平均明显增加(P均<0.05)。结论 CSE能促进肺癌细胞中MTA1 mRNA表达,其可能通过引起MTA1下游基因改变而促进肺癌的发生、发展。     

肺巨细胞癌细胞与支气管上皮细胞分泌蛋白质的差异分析

目的：分析肺巨细胞癌细胞株95C与支气管上皮细胞株16HBE分泌蛋白质的差异。方法利用双向电泳（2-DE）分离肺巨细胞癌细胞株95C、支气管上皮细胞株16HBE分泌的蛋白质,寻找其分泌的蛋白质的差异。结果通过2-DE建立了较稳定的肺巨细胞癌细胞株95C、支气管上皮细胞株16HBE分泌的蛋白质2-DE图谱。经分析,两细胞株共有7个差异蛋白质点,肺巨细胞癌细胞株特有的差异点4个,量下调的差异点3个。结论差异蛋白质的鉴定为确定肺癌早期诊断相关蛋白标志物奠定了基础。     

几种肺癌细胞系中FHIT基因和蛋白表达的研究

目的研究不同人肺癌细胞系FHIT基因和蛋向的表达，为探讨外源FHIT基因对不同FHIT状态人肺癌细胞恶性表型的影响筛选受体细胞。方法提取B01D（人肺巨细胞癌细胞系）、LTEP-A2（人肺腺癌细胞系）、LTEP-Sm（人小细胞肺癌细胞系）和A549（人肺腺癌细胞系）细胞总RNA，定量后逆转录合成cDNA第一链，分别用5131、3D1和5U2、3D2两对引物进行巢式PCR扩增FHIT基因外显子1～10。1．5％琼脂糖凝胶电泳检测4种细胞株的FHIT基因表达。将扩增的PCR产物纯化后进行DNA测序。用FHIT单克隆抗体进行免疫组化染色检测4种细胞FHIT蛋白表达。结果801D和LTEP-Sm细胞有正常FHIT基因转录本，LTEP-A2细胞有一条正常FHIT基因转录本和一条异常转录本，正常转录本测序显示与FHIT cDNA同源，无缺失及重排。801D和LTEP-Sm细胞FHIT蛋向表达呈强阳性。A2细胞FHIT蛋白表达减弱。A549缺乏FHIT基因转录本和蛋白表达。结论4种细胞系代表3种FHIT基因状态，为进一步研究外源FHIT基因对不同FHIT状态人肺癌细胞恶性表型的影响提供了合适的受体细胞。     

肺癌转移相关基因C1、L1、L2片断的验证及全长序列的克隆

目的对肺癌转移相关基因C1,L1,L2片断（已知序列）进行验证,并克隆其基因全长。方法应用PCR及快速扩增cDNA末端（RACE）技术,在小细胞肺癌细胞株（NCI-H446细胞）和肺腺癌细胞株（95-D细胞）中对肺癌转移相关基因C1、L1、L2片断进行验证并克隆出其全长序列,登录基因库。结果在NCI。H446细胞和95-D细胞中未得到C1和L1目的片段,只得到L2目的片段。从这两种细胞株中均钓取到L2基因的3′端部分未知序列1169bp;从NCI-H446细胞、95-D细胞中分别钓取得到L2基因的5′端未知序列178bp和145bp。L2基因序列与已知的ABCE1基因序列同源性为100％。结论L2基因即为已知ABCE1基因,可能参与肺癌转移的相关调节。     

基因芯片在肺癌发生相关基因筛查中的应用

目的 研究人肺癌发生相关基因表达谱,探讨肺癌发生的分子机制。方法 选取1280个与肿瘤相关的基因克隆。制备成肿瘤相关cDNA芯片。提取人肺癌组织以及相应正常组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因52条。其中表达上调基因35条,下调基因17条;按照基因功能可分为运输载体,代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子以及未知功能基因。结论 基因芯片可用于肺癌相关基因表达谱的筛查,为明确肺癌发生机制提供重要参考。     

基因芯片技术研究原发性干燥综合征患者唇腺基因表达

目的应用基因芯片技术筛选原发性干燥综合征（SS）患者与健康对照唇腺组织中的差异表达基因，探讨其可能的发病机制。方法实验组和对照组各3例，分别制成eRNA探针，与基因芯片杂交，筛选出差异表达基因。结果实验组与对照组显著差异表达基因181个，其中上调表达128个，下调表达53个。涉及细胞因子及受体相关基因、凋亡相关基因等。结论SS的发生发展受多种基因调控，差异基因表达谱的建立较全面地反映了SS的分子生物学概貌。     

JAK/STAT信号通路相关基因在人胃腺癌5-氟尿嘧啶耐药细胞株中的表达变化

目的 用基因芯片技术研究人胃腺癌5-氟尿嘧啶(5-Fu)耐药细胞株SGC7901／R及其亲本细胞株SGC7901 JAK／STAT信号传导通路相关基因表达谱的差异。方法 分别抽提两种细胞mRNA，经逆转录反应，用生物素标记的16-duTP将两种细胞的mRNA分别标记成两种CDNA探针，并与载有-组靶基因的人JAlL／STAT信号通路芯片进行杂交，通过软件对扫描图像进行数字化处理和分析，筛选2种细胞在该信号通路中有表达差异的基因。通过RT-PCR法分别对耐药细胞及其亲本细胞中的Stat3、核因子(NF)-KB1和bcl-x mRNA的表达水平进行检测。结果通过两种细胞株JAKIC／STAT信号通路的基因谱平行比较，筛选出人胃腺癌5-Fu耐药细胞株及其亲本细胞株中有表达差异2倍以上的基因共70个，其中表达上调＞2倍的40个，表达下调＞2倍的30个。RT-PCR的验证结果与芯片的筛查结果基本相符。结论 人胃腺癌5-Fu耐药细胞株中JAK／STAT信号通路基因表达谱的变化研究是对胃癌多药耐药分子机制研究的有力补充。     

应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌的基因表达

目的　应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌 (PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达。方法　分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因 ,并用RT PCR、免疫组化对其中两条基因进行验证。结果　共有 65条差异表达基因 ,其中表达增加的有 48条 (2 .0倍以上 ) ,表达降低的有 17条 (0 .5倍以下 )。RT PCR、免疫组化结果与芯片扫描结果一致。结论　基因芯片是筛选PTC与正常成人甲状腺组织差异表达基因的有效方法。通过筛选所得差异基因提示 ,PTC的发病涉及细胞外基质、细胞因子、受体信号转导等多个方面。     

应用基因表达谱芯片研究高果糖大鼠胰岛素抵抗相关基因

目的 比较正常大鼠和高果糖大鼠骨骼肌组织基因表达差异,探讨胰岛素抵抗的发病分子机制.方法 实验大鼠分为正常对照组和高果糖组;从大鼠骨骼肌组织抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源cDNA探针;cDNA探针与4096条大鼠cDNA基因表达谱芯片杂交,扫描,重复2次实验,通过计算机数据处理.结果 筛选出胰岛素抵抗差异表达的基因共140条,基因上调有62条,基因下调有78条.结论 从骨骼肌组织中筛选出大量的差异表达基因,这些基因可能参加了胰岛素的发生发展过程.     

Gene expression profile in rat small intestinal allografts after cold preservation／reperfusion

AIM: To determine the changes of gene expression profile in small intestinal allografts in rats after cold preservation/ reperfusion, and to identify the genes relevant to cold preservation/reperfusion injury. METHODS: Heterotopic segmental small bowel transplantation was performed in six rats with a sham operation and they were used as controls. Total RNA was extracted from the allografts (experimental group) and normal intestines (control group) 1 h after cold preservation/ reperfusion, and then purified to mRNA, which was then reversely transcribed to cDNA, and labeled with fluorescent Cy5-dUTP and Cy3-dUTP to prepare hybridization probes. The mixed probes were hybridized to the cDNA microarray. After high-stringent washing, the fluorescent signals on cDNA microarray chip were scanned and analyzed. RESULTS: Among the 4 096 target genes, 82 differentially expressed genes were identified between the two groups. There were 18 novel genes, 33 expression sequence tags, and 31 previously reported genes. The selected genes may be divided into four classes: genes modulating cellular adhesion, genes regulating cellular energy, glucose and protein metabolism, early response genes and other genes. CONCLUSION: A total of 82 genes that may be relevant to cold preservation/reperfusion injury in small intestinal allografts are identified. Abnormal adhesion between polymorphonuclears and endothelia and failure in energy, glucose and protein metabolism of the grafts may contribute to preservation/reperfusion injury. The functions of the novel genes identified in our study need to be clarified further.     

表达谱芯片技术在罗勒多糖抗肿瘤机制研究中的应用

目的探讨表达谱芯片技术在罗勒多糖抗肿瘤机制研究中的价值与作用。方法建立荷NuTu-19卵巢癌大鼠模型共20只,10只予罗勒多糖（2．5mg／kg）连续灌胃50d（药物组）,另10只予等量生理盐水灌胃50d（对照组）。以腹水量、腹腔脏器转移程度积分判断各组肿瘤生长及转移情况。分别用Cy3-dUTP、Cy5-dUTP标记两组癌组织cDNA,与含有2000点的大鼠基因表达谱芯片杂交。结果对照组与药物组共有168条基因出现差异表达。结论表达谱芯片技术可以快速确定药物作用的可能机制． 并为进一步研究提供重要信息。     

三氧化二砷对HL60细胞作用后细胞周期素相关基因的表达

目的：应用微阵列基因芯片比较三氧化二砷（As2O3）对HL60细胞作用后细胞周期素相关基因表达谱的变化。方法：As2O3作用于HL60细胞,TRIzol试剂一步法提取作用前后HL60细胞的mRNA,经逆转录反应,用Cy3标记的脱氧三磷酸尿苷（Cy3-dUTP）和Cy5-dUTP两种不同的荧光染料将处理前后的HL60细胞mRNA分别标记成两种DNA探针,并与载有一组靶基因的表达谱芯片进行杂交,通过扫描分析筛选As2O3作用前后HL60细胞表达有差异的基因;用电镜和原位凋亡检测法、流式细胞术及DNA凝胶电泳等方法检测细胞凋亡。结果：筛选出HL60细胞在As2O3作用前后表达有差异的基因共82条,主要涉及细胞周期调控类、凋亡相关蛋白及应激反应蛋白类、信号传导类等基因,其中表达上调的有34条,表达下调的有48条。流式细胞仪检测发现浓度15μmol/L的As2O3对HL60细胞诱导凋亡的作用很强。对照组的细胞凋亡率为1.7％,而实验组细胞的凋亡率为26.1％。结论：细胞周期素B1、增殖细胞核抗原、类胰岛素生长因子结合蛋白等可能参与As2O3诱导HL60细胞凋亡的发生机制。     

应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14000种人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上，制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA，将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺人的cDNA一链作探针，混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像，每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量，获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准，从14000个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条，其中已知基因101条，新基因88条。在筛选出的已知基因中，有50条表达上调，51条表达下调。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因。并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

Gene expression profile of esophageal cancer in North East India by cDNA microarray analysis

AIM: To identify alterations in genes and molecular functional pathways in esophageal cancer in a high incidence region of India where there is a widespread use of tobacco and betel quid with fermented areca nuts. METHODS: Total RNA was isolated from tumor and matched normal tissue of 16 patients with esophageal squamous cell carcinoma. Pooled tumor tissue RNA was labeled with Cy3-dUTP and pooled normal tissue RNA was labeled with Cy5-dUTP by direct labeling method. The labeled probes were hybridized with human 10K cDNA chip and expression profiles were analyzed by Genespring GX V 7.3 (Silicon Genetics). RESULTS: Nine hundred twenty three genes were differentially expressed. Of these, 611 genes were upregulated and 312 genes were downregulated. Using stringent criteria (P ≤ 0.05 and ≥ 1.5 fold change), 127 differentially expressed genes (87 upregulated and 40 downregulated) were identified in tumor tissue. On the basis of Gene Ontology, four different molecular functional pathways (MAPK pathway, G-protein coupled receptor family, ion transport activity, and serine or threonine kinase activity) were most significantly upregulated and six different molecular functional pathways (structural constituent of ribosome, endopeptidase inhibitor activity, structural constituent of cytoskeleton, antioxidant activity, acyl group transferase activity, eukaryotic translation elongation factor activity) were most significantly downregulated. CONCLUSION: Several genes that showed alterations in our study have also been reported from a high incidence area of esophageal cancer in China. This indicates that molecular profiles of esophageal cancer in these two different geographic locations are highly consistent.