采用网络药理学和分子对接技术研究血必净注射液抗新冠肺炎的作用机制

目的： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎（COVID-19）的潜在分子机制。方法： 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO （gene ontology）和KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II （ACE2）进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果： 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论： 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学分析宣肺败毒方治疗SARS、MERS和COVID-19的作用机制

目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病（SARS）、2012年的中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨肤疾洗剂治疗瘙痒症的分子机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探究肤疾洗剂治疗皮肤瘙痒症的活性成分、关键作用靶点及潜在的分子机制。方法 运用TCMSP、Swiss Target Prediction、GeneCards数据库及文献报道对肤疾洗剂中活性成分、作用靶点及疾病靶点进行检索,Cytoscape软件进行成分–靶点网络图构建,通过DAVID数据库,进行基因本体（GO）功能分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接预测活性成分与靶点蛋白的结合能力。结果 获得肤疾洗剂61种有效成分和1 049个作用靶点,瘙痒症疾病靶点1 621个,其中肤疾洗剂146条信号通路,主要富集在癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)等。分子对接结果显示核心成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 肤疾洗剂具有抑制炎症、免疫调控作用,其发挥作用的主要活性成分为生物碱类、柠檬苦素类和黄酮类等,涉及的主要靶点有蛋白激酶1(Akt1)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体（EGFR）、肿瘤坏死因子（TNF）等,符合中药复方多成分、多靶点、多途径的特点,...     

基于网络药理学的项痹晕宁汤治疗颈椎病的作用机制研究

目的 基于网络药理学方法探讨项痹晕宁汤治疗颈椎病的潜在作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）筛选项痹晕宁汤主要活性成分,并对其潜在靶点进行预测;检索GeneCards、Drugbank数据库筛选颈椎病的相关疾病靶点;采用Bisogenet对药物、疾病靶点进行蛋白质相关作用网络构建,筛选出项痹晕宁汤治疗颈椎病的关键核心靶点,并对其进行富集分析。结果 项痹晕宁汤方剂中所含8味中药共筛选出活性成分84个,药物靶点244个,颈椎病靶点1032个,最终获得关键核心靶点204个。项痹晕宁汤治疗颈椎病主要活性成分为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山奈酚、卡维丁等。关键靶点为神经营养性酪氨酸激酶受体1(NTRK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、表皮生长因子受体（EGFR）、淀粉样前体蛋白（APP）等。关键的通路可能包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）、肿瘤坏死因子（TNF）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路等。结论 本研究通过网络药理学初步揭示了项痹晕宁汤多成分、多靶点、多通路治疗颈椎病的潜在作用机制...     

“土茯苓-薏苡仁”药对治疗骨性关节炎的网络药理学分析

目的 研究探讨“土茯苓-薏苡仁”药对治疗骨性关节炎的关键靶点以及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索并筛选“土茯苓-薏苡仁”主要有效活性成分及其作用靶点,通过Gene Cards数据库、OMIM数据库、Pharm Gkb数据库、TTD数据库、Drug Bank数据库检索收集“骨性关节炎”的相关靶点,制作Venn图获取“土茯苓-薏苡仁”药对与骨性关节炎的共同靶点,运用Cytoscape软件构建“中药活性成分-骨性关节炎-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络。最后运用R语言进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 中药“土茯苓-薏苡仁”对骨性关节炎有治疗作用的活性成分共19个（槲皮素等）;发挥治疗作用的关键靶点共81个（丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1等）;发挥疗效干预的生物学进程主要有对脂多糖的反应、对细胞外刺激的反应等;发挥重要作用的生物学通路主要有脂质和动脉粥样硬化通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等。结论“土茯苓-薏苡仁”药对能够通过多成分、多靶点、多...     

基于网络药理学、分子对接和生物信息学对中药复方抑制COVID-19“细胞因子风暴”分子机制的探索与验证

目的： 以确定临床疗效的6种推荐中药复方为研究对象,探索中药治疗COVID-19的分子机制和物质基础。方法： 利用TCMSP、IMMPORT、OMIM等数据库获得治疗COVID-19的免疫靶点。Cytoscape3.4.0用于构建"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络以及网络拓扑学分析,随后进行PPI、GO功能和KEGG通路富集分析。AutoDock Vina用于分子对接。SsGSEA利用转录组和microarray数据计算免疫细胞浸润程度。结果： 对"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络进行拓扑学分析,本研究发现28种COVID-19免疫靶点高度关联化合物,对其进行分子对接发现豆甾醇、靛玉红、黄芩素等与血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2,angiotensin converting enzyme Ⅱ）以及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶具有较好的结合活性。6种复方均通过TNF、IL-17等信号通路发挥抗炎、调节细胞因子活性。IL-6是6种复方抗COVID-19的共同核心免疫靶标。肺组织表达谱生物信息学分析证实IL-6的表达与活化CD8+T细胞、调节T细胞等免疫细胞的浸润高度有关,是免疫反应的关键分子。结论： 中药复方的活性化合物豆甾醇、靛玉红、黄芩素等作用于IL-6、IL-10、IL-1B等免疫靶点调节TNF、IL-17等多条信号通路,从而发挥抑制COVID-19"细胞因子风暴"的作用。     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

当归补血汤治疗血管性痴呆作用机制网络药理学研究

目的 探讨当归补血汤治疗血管性痴呆（VD）的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取当归补血汤活性成分,预测其作用靶点,利用GeneCards、OMIM数据库获取VD的疾病靶点;采用R 3.6.1软件获得共有靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-共有靶点网络,并筛选核心成分;通过String数据库构建共有靶点蛋白相互作用（PPI）网络,采用R 3.6.1软件筛选核心靶点和关键靶点,对共有靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock Vina 1.1.2软件对核心成分与关键靶点进行分子对接。结果 共获得当归补血汤活性成分22个（当归2个、黄芪20个）,作用靶点142个,疾病靶点3 414个,共有靶点81个。成分-共有靶点网络共获得毛蕊异黄酮、芒柄花素、异鼠李素等7个核心成分。PPI网络分析共获得丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、雌激素受体1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)等10个核心靶点,以及AKT1、血红素加氧酶1(HMOX1)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8...     

基于网络药理学探讨土茯苓防治炎症性肠病的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓防治炎症性肠病（IBD）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获得土茯苓的活性成分;在TTD、OMIM、Gene Cards数据库中去重、合并多平台的IBD靶点信息;获得活性成分和疾病靶点的交集并构建蛋白互作网络图（PPI）、“药物–成分–靶点–疾病”互作网络图;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析,获得相关生物学过程信息及疾病作用通路;利用Cytoscape获得核心靶点并使用Auto Dock Tools 1.5.7对其进行分子对接。结果 共获得15个活性成分、190个药效成分靶点、2 171个疾病靶点,整理得到137个交集靶点,通过界值筛选得到28个核心靶点,其中5个为关键核心靶点,主要涉及P53核内磷酸化蛋白（TP53）、白细胞介素-6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等,并推测磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路是主要作用通路。分子对接结果显示关键核心靶点与土茯苓相关活性成分具有关键的结...     

基于网络药理学和分子对接技术的热毒宁注射液抗SARS、MERS和COVID-19的潜在共性作用机制与活性成分研究

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨热毒宁注射液抗严重急性呼吸综合征（SARS）、中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在共性作用机制与活性成分。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库检索热毒宁注射液中青蒿、金银花、栀子的主要化学成分及其作用靶点。运用UniProt数据库查询相关靶点对应的基因，通过Cytoscape 3.8.2构建中药材-化合物-靶点（基因）网络；在GeneCards数据库中搜集“COVID-19”“SARS”和“MERS”相关靶点，通过Venny 2.1.0数据库映射筛选出3种冠状病毒感染疾病的共有靶点；将SARS、MERS和COVID-19的共有靶点与热毒宁注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；将共同靶点导入STRING数据库获取数据后，使用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的网络图；利用R语言进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，绘制柱状图及气泡图进行可视化分析，并构建成分-靶点-通路网络图；选取成分-靶点-通路网络中关键化合物与重要靶点蛋白及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 热毒宁注射液筛选得到31个活性化合物中，207个相应作用靶点；SARS相关靶点2 453个，MERS相关靶点805个，COVID-19相关靶点2 571个，3种疾病共有靶点786个，与热毒宁注射液的共同靶点11个，分别为HSPA5、CRP、MAPK1、HMOX1、TGFB1、HSP90AA1、TP53、DPP4、CXCL10、PLAT、PRKACA。GO功能富集分析得到生物进程（BP） 995个，分子功能（MF） 71种，细胞组分（CC）31种。KEGG通路富集分析筛选得到99条信号通路（P＜0.05），主要涉及前列腺癌、流体剪切应力和动脉粥样硬化、肝细胞癌、癌症中的蛋白多糖、脂质与动脉粥样硬化、人类T细胞白血病病毒1型感染、MAPK信号通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液中槲皮素、木犀草素、山柰酚3种核心活性黄酮类化合物与关键靶点MAPK1、PRKACA、HSP90AA1具有很好的亲和力，并且3种活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合能较推荐化学药小。结论 热毒宁注射液对SARS、MERS和COVID-19 3种疾病具有潜在共性作用，该作用可能与活性化合物槲皮素、木犀草素、山柰酚等作用于MAPK1、PRKACA、HSP90AA1等靶点，调节多种信号通路发挥抑制炎症风暴、调节免疫功能、抗病毒等作用有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术,探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制。方法 通过数据库筛选肾炎康复片的主要活性成分,进行靶点预测。收集IgA肾病相关靶点,并与肾炎康复片活性成分靶点基因交集,选取共同靶点。构建蛋白质-蛋白质互作网络图和药物-活性成分-共同靶点网络图筛选出药物主要活性成分。通过MetaScape数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析并构建主要活性成分-靶点-信号通路网络图。选取关键成分和核心靶点,使用Pymol、MGLTools、AutoDock等软件做分子对接。结果 肾炎康复片的活性化合物共有182个,涵盖310个作用靶点,IgA肾病相关疾病靶点有1190个。筛选出共同靶点119个,主要涉及肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）、白细胞介素17(IL-17)、细胞衰老、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。网络分析和分子对接结果提示肾炎康复片中关键成分豆甾醇、β-谷甾醇可能通过作用于核心靶点B细胞淋巴瘤-2基因（BCL2）、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、胱天蛋白酶3(CASP3)发...     

基于HPLC-ESI-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学的脑心通胶囊抗缺血性卒中有效成分及其作用机制研究

摘要：目的:系统研究脑心通胶囊（NXTC）的化学成分,并探讨其发挥抗缺血性卒中作用的主要药效成分和潜在作用机制。方法:采用高效液相色谱-电喷雾-四极杆-飞行时间串联质谱（HPLC-ESI-Q-TOF-MS/MS）技术对NXTC的化学成分进行全面解析;采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化合物与蛋白互作数据库（STITCH）、结合亲和力数据库（Binding DB）对鉴别得到的化学成分进行靶点预测;采用比较毒物基因组学数据库（CTD）、DrugBank、人类疾病数据库（MalaCards）、药物基因组学数据库（PharmGKB）、治疗靶标数据库（TTD）收集与缺血性卒中相关的靶点;利用Cytoscape软件构建“活性成分-潜在靶点”网络并分析关键成分和关键靶点;利用R软件的clusterProfiler包对潜在靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果:通过对NXTC提取液进行分析,共定性鉴别出125个化学成分。进行ADME（包括药物吸收、分布、代谢、排泄）筛选之后,在数据库中收集得到54个候选活性成分对应的484个靶点和缺血性卒中相关的179个靶点。通过交集分析获得65个NXTC抗缺血性卒中的潜在靶点。通过构建“活性成分-潜在靶点”网络分析表明NXTC发挥抗缺血性卒中作用的关键成分为槲皮素、木犀草素、芹菜素、染料木素、小红参醌B、鹰嘴豆芽素A等,关键靶点为前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、前列腺素G/H合成酶1（PTGS1）、凝血因子2（F2）、肾上腺素能受体β2（ADRB2）、碳酸酐酶Ⅱ（CA2）等。对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG通路分析发现,NXTC抗缺血性卒中主要涉及了调节血管和凝血过程、G蛋白偶联胺受体的活性,以及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、肿瘤坏死因子（TNF）、脂质和动脉粥样硬化、白细胞介素-17（IL-17）、环磷酸腺苷（cAMP）、低氧诱导因子-1（HIF-1）、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G（cGMP-PKG）等信号通路。结论:本研究采用HPLC-ESI-Q-TOF-MS/MS高分辨质谱结合网络药理学的方法,初步明确了NXTC抗缺血性卒中作用的潜在有效成分和分子机制,为深入阐明NXTC的药理作用机制提供重要参考。     

基于网络药理学探讨胆宁片治疗慢性胆囊炎的活性成分及其分子作用机制

目的：基于网络药理学探讨胆宁片治疗慢性胆囊炎的活性成分及其分子作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库和草本组鉴数据库获得中药胆宁片的化学组分,并根据药动学参数筛选有效活性成分和潜在作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET及Drugbank数据库获取慢性胆囊炎的相关靶点,通过Venny 2.1.1绘制韦恩图得到两者共有靶点;应用STRING数据库构建化合物和疾病共有靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络图后,运用Cytoscape 3.7.2软件实现可视化并进行网络拓扑学分析筛选核心靶点,最后利用R语言软件Cluster Profiler GO.R插件对核心靶点进行富集分析。结果：中药胆宁片与慢性胆囊炎共有靶点60个,其中关键靶点有肿瘤蛋白p53、Cyclin依赖性激酶抑制剂1、G1/S-特异性Cyclin-D1、原癌基因丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶1、表皮生长因子受体、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶9、受体酪氨酸蛋白激酶2和视网膜母细胞瘤相关蛋白1等,主要涉及膀胱癌、人巨细胞病毒感染以及磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B等信号通路。结论：胆宁片治疗慢性胆...     

渴络欣胶囊联合贝那普利治疗糖尿病肾病的临床研究

目的 通过网络药理学及分子对接技术预测金振口服液（Jinzhen Oral Liquid,JOL）干预新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 通过文献挖掘以及DisGeNET、OMIM、KEGG、UniProt数据库联用检索与COVID-19相关的蛋白靶点。借助Traditional Chinese Medicine Network（TCMN）信息平台检索JOL中的化合物,运用Cytoscape 3.2.1构建药材-化合物-靶点网络来预测JOL治疗COVID-19的活性成分及作用靶点。在RCSB PDB数据库中检索获取新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶（3CLpro）和血管紧张素转化酶II（ACE2）的晶体结构,借助AutoDock Vina软件将活性化合物与2个蛋白进行分子对接。结果 药材-化合物-靶点网络包含异甘草酸内酯、贝母辛、番泻苷B等75个化合物分别来自甘草、大黄和平贝母3味药材,哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）、Janus激酶3（JAK3）、丝裂原活化蛋白激酶激酶1（MEK1）等28个靶点。网络特征分析阐明了JOL治疗COVID-19的9个关键化合物（异甘草酸内酯、甘草内酯、去氢鄂贝定碱、desoxo-glabrolid-acetate、贝母辛、贝母素乙、乌苏里啶酮、西贝素和euchrenone A5）以及10个潜在作用靶（mTOR、JAK3、ACE2、TNFA、AKT2、PIK3CA、MEK1、BRD2、ACE、ANPEP）。分子对接显示,JOL中部分活性化合物对3CLpro和ACE2蛋白具有一定的亲和力。结论 JOL可能是通过调节溴结构域包含蛋白2（Brd2）、氨肽酶N（CD13）和ACE2的表达以及干预PI3K/Akt、Jak-STAT、TNF和MAPK信号通路来遏制COVID-19细胞因子风暴的发生和发展,并与3CLpro结合抑制病毒复制,从而有可能对COVID-19有防治作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探究生脉注射液对急性心肌梗死与短暂性脑缺血发作异病同治的机制

摘要：目的:采用网络药理学方法和分子对接技术,对生脉注射液治疗急性心肌梗死（AMI）与短暂性脑缺血发作（TIA）的异病同治机制进行研究。方法:通过TCMSP数据库、ETCM数据库和SwissADME对生脉注射液进行活性成分的收集与筛选,在PharmMapper中收集活性成分对应的人类靶点。在DisGeNET和GeneCards数据库获取两种疾病靶点,与生脉注射液靶点取交集得到关键靶点,并利用Cytoscape3.7.2绘制药物-靶点网络图。通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质互相作用分析并筛选出关键靶点,用R语言clusterProfiler程序包对核心靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并用R语言绘图。选取核心成分与部分靶点用Autodock Vina进行分子对接。结果:筛选得到生脉注射液25种活性成分,对应62个关键靶点。GO功能注释与KEGG富集分析结果表明,生脉注射液治疗AMI与TIA主要涉及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、白细胞介素17（IL-17）等信号通路。分子对接结果显示生脉注射液关键成分与相关靶点有较强的结合活性。结论:生脉注射液中的菊黄质、（1S,2R,4S）-冰片β-D-吡喃葡萄糖苷、去氧三尖杉酯碱、叶含长管贝壳杉素A等活性成分,主要作用于丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）、表皮生长因子受体（EGFR）等靶点,通过促进细胞增殖、改善血流状况、减轻炎性损伤、抑制细胞凋亡等途径发挥治疗AMI和TIA的作用。本研究揭示了生脉注射液对AMI与TIA异病同治的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为其后期实验研究和临床应用提供参考依据。     

基于网络药理学与分子对接的加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎恢复期肺脾气虚证的机制研究

目的 探讨加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期肺脾气虚证的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选中药活性成分和靶点，利用Gendcars、OMIM数据库筛选疾病靶点，STRING平台对靶点进行PPI网络构建，并进行GO和KEGG分析，利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图，然后通过拓扑学参数分析获得加减香砂六君子汤主要活性成分和靶点，最后将主要活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 得到槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素等115个活性成分，PTGS2、NOS2、PPARG、PTGS1、MAPK14等48个靶点，主要涉及IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等155条通路。分子对接显示，槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素与3CL水解酶、ACE2、PTGS2具有较好的结合活性，与第七版推荐抗病毒药物结合能相近。结论 加减香砂六君子汤活性成分可通过与3CL水解酶、ACE2、PTGS2结合，调控IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等信号通路来抑制炎症反应，调节机体免疫，减轻肺损伤，促进细胞生长分化和肺血管生成，从而改善患者症状，促进恢复期患者康复，提高机体免疫力，降低疾病复发或再感染的风险。     

基于网络药理学探讨复方祖帕糖浆治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的 通过网络药理学探讨复方祖帕糖浆（CZS）治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）可能的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中药靶点数据库（BANTMAN-TCM）和中药成分数据库（TCMIP）数据库信息筛选CZS的活性成分,CZS活性成分与疾病靶点进行映射,得到CZS作用于COPD的潜在靶点。潜在靶点利用基因功能注释（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）等方法进行富集分析,寻找CZS作用于COPD的信号转导通路。结果 CZS活性成分与COPD相关靶点进行映射得到77个潜在靶点,潜在靶点富集分析结果显示磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路和肿瘤坏死因子（TNF）信号通路富集显著程度最高。结论 CZS的β谷甾醇、槲皮素、木犀草素和豆甾醇等活性成分可能通过调控PI3K/Akt信号通路和TNF信号通路,从而发挥治疗COPD的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索当归四逆汤中的活性成分并以Swiss Target Prediction数据库预测各活性成分的靶点，采用GeneCards数据库收集系统性硬化症疾病靶点，取其中共同靶点作为潜在的作用靶点并导入String数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络，以Cytoscape软件进行网络拓扑分析。将PPI靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并以OmicShare平台将结果可视化。构建“通路–靶点”网络并筛选其中关键靶点，并采用CB-Dock平台将作用靶点与活性成分进行分子对接以筛选潜在药效成分。结果 收集得到141个当归四逆汤活性成分及1 047个相关靶点，系统性硬化症疾病靶点1 568个。筛选出潜在作用靶点266个，其中关键靶点6个，分别为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、促分裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）。主要涉及MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路的调节。分子对接结果显示，水鬼蕉宾碱、芍药苷、酸枣仁皂苷A等活性成分为治疗中的潜在药效成分。结论 当归四逆汤以多组分、多靶点、多通路干预系统性硬化症，其机制涉及免疫、血管损伤和细胞外基质合成等的调节。