氯胺酮诱导大鼠丘脑基因表达谱的改变

目的:用基因芯片研究氯胺酮麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化.方法:SD大鼠4只,分为对照组(n=2)和氯胺酮组(n=2).两组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg氯胺酮.1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交.杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其进行功能分析.结果:1323条待测基因中,氯胺酮麻醉后237条基因差异表达,上调表达132条,下调表达105条,其中差异表达超过两倍的为59条.差异性表达的基因功能可分为NMDA受体、离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等.结论:氯胺酮麻醉可以引起大鼠丘脑基因的差异表达.     

微囊微环境对脐血细胞造血相关基因表达的影响

[目的]利用基因芯片技术研究微囊微环境对脐血细胞造血相关基因表达的影响。[方法]将新鲜分离的人脐血细胞在生理条件下进行微囊化包封、培养7 d后,对其进行总RNA提取、纯化、体外转录合成cRNA探针、cRNA探针生物素标记、与基因芯片杂交、扫描杂交信号,最后进行芯片数据处理和生物学信息分析。[结果]基因芯片筛选结果显示,与平面培养对照组相比,微囊化培养脐血细胞中差异表达2倍及以上的造血相关基因有32个,其中19个表达上调,13个表达下调。[结论]微囊微环境影响脐血细胞造血相关基因的表达。     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

基因芯片技术在研究中药分子作用机制中的应用

目的：探讨罗勒多糖抑瘤作用和机制以及基因芯片技术在中药分子作用机制研究中的应用。方法：建立荷NuTu-19卵巢癌大鼠模型及相应对照,观察中药罗勒多糖对荷瘤鼠肿瘤生长及转移行为的影响;同时提取肿瘤组织总RNA,用RT-PCR逆转录合成cDNA,分别用Cy3-dUTP、Cy5-dUTP标记对照组和药物组cDNA,与含有2000点的大鼠基因表达谱芯片杂交,杂交芯片扫描结果用ImaGene3．0软件进行分析统计。结果：对照组与药物组之间共有168条差异表达基因,经归类分析,表达差异基因主要为：①肿瘤转移相关基因;②与免疫应答有关的基因;③与细胞能量代谢有关的酶类;④与药物代谢及敏感性有关酶类的基因;⑤与信号转导以及转录过程有关的基因等。结论：罗勒多糖可能通过多种作用途径抑制肿瘤生长及转移,基因芯片技术可从基因水平解释中药的可能作用机制,并为进一步确切机制的研究提供重要信息。     

一种用于基因表达谱分析的基因芯片方法

目的通过研究SLE患者外周血基因表达谱的改变,建立一种新型的基因芯片技术用于分子发病机理的研究.方法提取总RNA,逆转录合成单链cDNA、双链cDNA,体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交,通过抗体的检测标记荧光染料Cy3,基因芯片扫描仪进行图像扫描.结果该方法有较高的重复性和稳定性,SLE患者与正常对照相比较,鉴定出94个基因存在表达差异.结论该方法能在较少起始标本量的情况下,有效的进行SLE致病基因的筛选,更好的理解SLE发生的分子机理,并且可在其它疾病研究中推广应用.     

一种用于基因表达谱分析的基因芯片方法

目的：通过研究SLE患者外周血基因表达谱的改变，建立一种新型的基因芯片技术用于分子发病机理的研究。方法：提取总RNA，逆转录合成单链cDNA、双链cDNA，体外转录合成生物标记的cRNA与基因芯片进行杂交，通过抗体的检测标记荧光染料Cy3，基因芯片扫描仪进行图像扫描。结果：该方法有较高的重复性和稳定性，SLE患者与正常对照组相比较，鉴定出94个基因存在表达差异。结论：该方法能在较少起始标本量的情况下，有效地进行SLE致病基因的筛选，更好的理解SLE发生的分子机理，并且可在其它疾病研究中推广应用。     

基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植急性排斥反应的相关基因

目的:运用基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植后急性排斥反应的基因表达谱. 方法:建立大鼠颈部心脏移植模型,以同种同基因和异基因移植动物作为对照,术后5 d移植心脏中抽提总RNA,纯化后的mRNA进行逆转录制备杂交探针,应用含有4 096个靶基因的表达谱芯片对两组移植心脏组织进行差异表达谱分析.结果:在同种异基因心脏移植术后差异表达基因共有210条(下调96条,上调114条);其中已知基因有33条(下调13条,上调20条);未知基因177条(下调83条,上调94条),其中有15条已知基因(上调2条,下调13条)尚未见报道.结论:运用基因芯片技术研究同种异基因心脏移植术后急性排斥相关基因,可为进一步研究其发病机制和治疗提供新思路.     

大鼠反流性食管炎和Barrett食管基因表达谱的比较

目的:研究Barrett食管(BE)和反流性食管炎(RE)组织基因表达谱的差异. 方法: 建立胃十二指肠混合食管反流SD大鼠动物模型,用含有4096条双点大鼠cDNA芯片分别比较BE,RE和正常食管上皮(NC) mRNA表达情况. 结果: 芯片杂交差异表达在3倍以上的基因,RE和NC杂交芯片232项,其中表达上调的基因90条,表达下调的基因142条;BE和NC杂交芯片448项,其中表达上调的基因312条,表达下调的基因136条;相对于RE,BE表达上调的基因214条,表达下调的基因86条. 结论: BE和RE在基因表达水平上存在差异.     

苯甲基磺酰氟对三邻甲苯磷酸酯暴露母鸡脑组织基因表达谱的影响

[目的]从三邻甲苯磷酸酯(TOCP)暴露母鸡的脑组织中筛选迟发性神经毒性(OPIDN)相关基因,为探讨OPIDN发病机制提供靶基因信息谱.[方法]成年母鸡12只,随机分为1000 mg/kg TOCP暴露组、皮下注射40 mg/kg 苯甲基磺酰氟(PMSF)后再给TOCP的PMSF干预组及给生理盐水的对照组.染毒第5天处死鸡,取脑称重后制成匀浆,并依次行总RNA提取、纯化、体外转录cRNA探针合成、生物素标记、基因芯片杂交、杂交信号扫描和芯片数据处理分析.[结果]TOCP暴露组与对照组比较差异有显著性意义(P<0.05),且与PMSF前干预组比较差异无显著性意义(P>0.05)的基因有311个.其中,差异表达3倍以上的36个.[结论]通过PMSF干预,从TOCP暴露母鸡脑组织中筛出与OPIDN诱发相关基因311个.其中,有36个基因可能与OPIDN密切相关.     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

人口腔鳞状细胞癌Tca8113细胞过表达WWOX基因的基因表达谱分析及WWOX基因的抑癌作用机制

目的：分析人口腔鳞状细胞癌（OSCC） Tca8113细胞过表达包含WW域的氧化还原酶（WWOX）基因的基因表达谱变化,探讨WWOX基因的抑癌作用机制。方法：Tca8113细胞分为WWOX基因过表达组和对照组。采用携带WWOX基因的pGV287-LV-WWOX慢病毒颗粒和携带空载体的pGV287-LV慢病毒颗粒分别感染2组Tca8113细胞。采用实时荧光定量PCR （qRT-PCR）和Western blotting法检测2组Tca8113细胞中WWOXmRNA和蛋白表达情况。采用基因芯片技术筛选差异表达基因并进行生物学分析。采用定量PCR法检测丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路的差异表达基因的mRNA相对表达水平。结果：慢病毒感染后,WWOX基因过表达组Tca8113细胞中WWOXmRNA相对表达水平较对照组明显升高（P<0.05）,WWOX基因过表达组Tca8113细胞中WWOX蛋白表达水平升高。基因芯片筛选出差异倍数（FC）1.5倍以上的基因共347个,其中表达上调171个,表达下调176个。生物信息学分析显示这些基因分布于癌症、p53信号、MAPK信号和白细胞介素2（IL-2）等多条信号传导通路。WWOX基因过表达组MAPK信号通路中的丝裂原活化蛋白激酶2（MAP2K）、孤核受体4A1（NR4A1）、双特异性磷酸酶5（DUSP5）和双特异性磷酸酶6（DUSP6） mRNA相对表达水平较对照组明显升高（P<0.05）,而成纤维生长因子受体2（FGFR2） mRNA相对表达水平较对照组明显降低（P<0.05）。结论：WWOX基因过表达导致Tca8113细胞的基因表达谱发生变化,WWOX基因的抑癌作用机制与调节MAPK信号途径的多个基因表达有关联。     

活血潜阳颗粒对自发性高血压大鼠大脑组织基因表达谱的影响

目的采用基因芯片技术研究活血潜阳颗粒对自发性高血压大鼠（SHR）脑组织基因表达谱的影响,探讨该药保护高血压靶器官的分子机制。方法12只20周龄雄性SHR随机分为干预组（活血潜阳颗粒组）和对照组;从脑组织中抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得2组动物来源的cDNA探针;cDNA探针与基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果SHR给予活血潜阳颗粒药物干预8周后,收缩压明显下降。全基因表达谱差异表达基因共有1290个,下调的基因有611个,361个能在Genbank上登陆;上调的基因679个,360个基因能在Genbank上登陆。其中活血潜阳颗粒组SHR脑组织中Wif-1、Ppp2ca、EPO、Crk、Daxx、PPARδ等存在显著基因差异表达。这些表达差异基因涉及Wnt、JAK-STAT、MAPK、PPAR等多个信号传导通路。结论活血潜阳颗粒可能通过Wnt、JAK-STAT、MAPK、PPAR等信号传导通路相关基因的干预从而对高血压慢性脑损害起一定防治作用。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

Difference of Gene Expression Profiles between Barrett＇s Esophagus and Cardia Intestinal Metaplasia by Gene Chip

The difference of gene expression profile changes in Barrett＇s esophagus （BE） and cardia intestinal metaplasia （CIM） epithelium was studied and the novel associated genes were screened in the early stage by cDNA microarray. The cDNA retro-transcribed from equal quantity mRNA from BE and CIM epithelial tissues were labeled with Cy3 and Cy5 fluorescence as probes. The mixed probe was hybridized with three pieces BiostarH-40s double dot human whole gene chip. The chips were scanned with a ScanArray 4000. The acquired images were analyzed using GenePix Pro 3.0 software. It was found a total of 141 genes were screened out that exhibited differentially expression more than 2 times in all three chips. It was identified that in gene expression profiles of BE, 74 genes were up-regulated and 67 down-regulated as compared with CIM. The comparison between the difference of gene expression profile changes in BE and CIM epithelia revealed that there existed the difference between BE and CIM at gene level. 141 genes with the expression more than two time were probably related to the occurrence and development of BE and the promotion or progress in adenocarcinoma.     

光气吸入对大鼠肺组织基因表达谱的影响

目的:研究光气吸入染毒前后大鼠肺组织基因表达的差异,探讨光气肺损伤作用相关的基因谱.方法:提取正常对照组和光气染毒组肺组织的总RNA,并以此为模板制备荧光标记的cRNA靶物,经杂交、洗涤后,通过扫描荧光强度和计算机软件分析,寻找染毒前后上调和下调的差异表达基因.结果:在大鼠20500个靶基因中,初步筛选出801条差异表达基因,表达上调的有557条,下调的有254条.根据基因的生物学功能,差异表达基因被分为9类:G1自由基\电子传递相关;G2应激炎症相关;G3物质代谢相关;G4细胞增殖\分化\凋亡相关;G5基因表达调控相关;G6受体和信号转导相关;G7蛋白质修饰\分解相关;G8细胞骨架\运动相关;G9离子通道与物质转运相关等.结论:光气可以引起肺组织基因的多发性改变,其差异表达基因的功能分类为进一步探讨光气中毒发生、发展的机制和有效救治提供新的线索和思路.     

Gene Expression Profile of Pulmonary Tissues in Different Phases of Lung Ischemia-reperfusion Injury in Rats

In order to provide us new clues to induce some endogenous protective molecular mechanisms, the changes in gene expression profile induced by ischemia-reperfusion in pulmonary tissues of rats were investigated and the dynamic mechanism of pulmonary ischemia-reperfusion injury was elucidated. Thirty male Wistar rats were randomly divided into 6 groups： 5 ischemia-reperfusion （I/R） groups （I/R 0-h, I/R 1-h, I/R 3-h, I/R 6-h, I/R 24-h） and control group （n=5 in each）. An in situ ischemia-reperfusion lung injury rat model was established by occluded hilus of lung. The RatRef-12 Expression Beadchip （22 226 gene probes per array） was used to analyze the pattern of gene expression in all groups. The results showed that 648, 340, 711, 1279 and 641 genes were differentially expressed in I/R 0-, 1-, 3-, 6- and 24-h groups respectively. The differentially expressed genes were classified as following 7 functional categories： cytokine, adhesion molecule, growth factor and apoptosis-related factor, oxidation and antioxidation molecule, metabolic enzyme, ion channel and aquaporin, signal transduction molecule. It was suggested that gene chip technology was an effective and quick method for screening differentially expressed genes. Many differentially expressed genes with different functions interacted each other to result in pulmonary ischemia-reperfusion injury.     

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的:利用基因芯片技术,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分T3的分子机制.方法:(1)采用两种细胞系:人胃癌BGC823细胞和血管内皮细胞(EC),每种细胞分两组,一组为对照 ,另一组为T3药物刺激组;(2)抽提细胞总RNA,经反转录制备cDNA,对照组用Cy3、药物刺激组用Cy5荧光标记,获得cDNA探针;(3)cDNA探针与BioDoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用ImaGene3.0软件进行分析统计.结果:(1)BGC823细胞组有2.53％基因表达谱发生明显的变化,其中158条基因在经T3刺激后表达量明显上升,44条明显下降;(2)EC组有0.46％的基因表达谱发生明显的变化,其中30条基因在经T3刺激后表达量明显上升,7条基因表达量明显下降.结论:利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制,为新药的开发提供理论依据.     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

亚砷酸钠影响免疫功能相关基因表达水平的研究

目的：利用基因芯片技术研究亚砷酸钠对免疫功能相关基因表达的影响,探讨砷的分子遗传学机制。方法：将肝细胞cDNA克隆库的基因点在芯片上（每个克隆的基因尚未知）,然后与暴露于不同砷浓度肝细胞中得到的cDNA第一链杂交,对表达有差异的基因进行基因测序,再明确基因,最后筛选出与免疫功能相关的基因。结果：砷可通过抑制细胞角蛋白8基因（CK8）和人类白细胞抗原A基因（HLA－A）的表达来影响机体免疫功能。结论：从基因水平研究砷对免疫功能的作用机制是可行的,显示其对免疫系统的毒性作用。