SARS冠状病毒检测60 mer寡核苷酸基因芯片的设计及应用

目的设计并应用60 mer寡核苷酸基因芯片实现对SARS冠状病毒的检测.方法根据寡核苷酸基因芯片的设计原则设计出30条60 mer的寡核苷酸片段,覆盖SARS冠状病毒(以TOR2株为参考序列,GENEBANK索取号:AY274119)全基因组,点样制备成12×12的寡核苷酸基因芯片,将临床诊断SARS患者痰液标本抽提病毒RNA,采用限制性显示技术进行标记,将标记好的样品与芯片杂交,洗脱,扫描.初步探索寡核苷酸芯片诊断SARS冠状病毒的敏感性及特异性,并对芯片做进一步的优化.结果来自SARS患者样品与芯片上的多个SARS探针杂交,出现了明显的荧光信号;阴性和空白对照探针上没有杂交信号,而对照样品仅与一个SARS探针有杂交.结论采用60 mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对SARS冠状病毒多段序列的平行检测,对于提高检出率有一定意义,此外,尚可用于监测在发病过程的各个阶段中病毒基因的活动状况.     

基因芯片制作中长片段（70mers）寡核苷酸探针的合成与纯化

研究长片段（70mers）的寡核苷酸探针的合成与纯化。采用固相亚磷酰胺法合成长70mers的寡核苷酸片段，并通过改进的实验装置进行PAGE纯化和分析。结果表明此法能快速、高产率的制备可直接用于点样、长度为70mers的寡核苷酸探针．纯化后探针纯度高，满足基因芯片检测的制作要求。     

梅毒螺旋体寡核苷酸芯片探针的设计及筛选

【目的】设计梅毒螺旋体寡核苷酸探针,筛选出适合芯片检测的高敏感性和特异性寡核苷酸探针。【方法】根据梅毒螺旋体特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。提取梅毒螺旋体的DNA,采用通用引物联合标记法进行标记,标记样品与芯片杂交,用芯片扫描仪检测杂交结果。【结果】设计出23条50 mer梅毒螺旋体寡核苷酸探针。标记样品与芯片杂交部分探针有较强的杂交信号,并筛选出符合要求的9条梅毒螺旋体寡核苷酸探针。【结论】以上方法能设计和筛选出敏感性和特异性较高的梅毒螺旋体寡核苷酸探针,可用于制备梅毒螺旋体寡核苷酸芯片。     

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针.方法 使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer 4.2对其进行寡核苷酸探针设计.结果 设计出12条60 mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备.结论 将BLAST系统和Array designer 4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

探针的纯化与否对基因芯片重复利用的影响

目的 观察探针的纯度对基因芯片重复利用的影响。方法 将探针为未纯化、纯化两部分并分别与基因芯片杂交，扫描芯片后，用探针剥脱液洗涤芯片；同等条件成像后，进行下一轮杂交。结果 未纯化的探针杂交结果背景高，阳性信号界限不清楚；经探针剥脱洗涤后，仍留有较高强度的背景和原与靶基因片段杂交的阳性信号，即使洗脱4次后，仍有背景和阳性信号存在。纯化的探针杂交结果显示背景低，一般经2次探针剥脱液洗后，可以完全去除信号并进行下一轮杂交。结论 未纯化的探针与基因芯片杂交后，此芯片不能应用于下一轮的杂交；而纯化的探针杂交后，芯片可以再次利用。由此说明探针的纯化是基因芯片重复利用的前提条件。     

探针的纯化与否对基因芯片重复利用的影响

目的观察探针的纯度对基因芯片重复利用的影响。方法将探针分为未纯化、纯化两部分并分别与基因芯片杂交,扫描芯片后,用探针剥脱液洗涤芯片;同等条件成像后,进行下一轮杂交。结果未纯化的探针杂交结果背景高,阳性信号界限不清楚;经探针剥脱液洗涤后,仍留有较高强度的背景和原与靶基因片段杂交的阳性信号,即使洗脱4次后,仍有背景和阳性信号存在。纯化的探针杂交结果显示背景低,一般经2次探针剥脱液洗过后,可以完全去除信号并进行下一轮杂交。结论未纯化的探针与基因芯片杂交后,此芯片不能应用于下一轮的杂交;而纯化的探针杂交后,芯片可以再次利用。由此说明探针的纯化是基因芯片重复利用的前提条件。     

B19微小病毒70-mer寡核苷酸探针的设计

目的　设计B19微小病毒诊断基因芯片的寡核苷酸探针。方法　以微小病毒B19为例 ,利用BLAST软件对其序列进行比对并获得特异序列 ;利用软件Oligo 6设计特异性高、Tm值接近、长度均一的寡核苷酸探针。 结果　获得 12条 70 mer寡核苷酸探针 ,用于芯片打印及病毒检测。结论　利用BLAST系统和生物学软件Oligo 6可简便而有效地设计诊断芯片探针     

23S rDNA基因芯片对临床常见致病菌的检测

目的 建立含有10种细菌探针的检测用基因芯片模型。方法 使用合成的23S rDNA寡核苷酸探针，制备基因芯片。细菌核糖体DNA经过23S rDNA通用引物扩增后与芯片上的探针杂交，用荧光扫描仪检测信号。结果 基因芯片检测临床致病菌具有较高的特异性和灵敏性。结论 寡核苷酸探针基因芯片检测系统具有一定的种属鉴别能力，比常规培养法快速、准确。     

利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒

目的：利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒。方法：根据序列Blast比对分析结果，设计逆转录不对称PCR扩增引物和寡核苷酸检测探针。采用Trizol试剂从人静脉血中提取总RNA，经过逆转录和不对称PCR扩增得到的PCR产物与排列有寡核苷酸探针的芯片杂交，杂交后的芯片经激光共聚焦扫描分析。结果：SARS阳性样品与寡核苷酸芯片杂交后出现阳性杂交信号，具有不同二级结构的寡核苷酸探针杂交信号强度不一。结论：寡核苷酸芯片适于快速准确、平行大量地检测SARS病毒。     

戊型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步研究

目的制备戊型肝炎病毒诊断基因芯片并进行杂交验证。方法利用Oligo6.0软件针对戊型肝炎病毒诊断基因保守区域设计多对寡核苷酸探针,用芯片点样仪将其按照阵列设计打印在玻片上制备成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术,样品标记后进行杂交,进而在芯片扫描仪中对得到的探针数据进行分析并实验验证。结果芯片杂交后得到的探针荧光强度好,信噪比高,符合临床样品的基因亚型,RT-PCR验证后得到的电泳结果与芯片实验一致。结论实验设计并制备的寡核苷酸戊型肝炎病毒诊断芯片能用于戊肝的检测,为这项疾病的实验室诊断提供了一种快速平行的检测方法。     

黄热病病毒检测基因芯片的研究制备

目的制备黄热病病毒寡核苷酸检测芯片。方法根据黄热病病毒基因组序列,并应用生物信息学软件设计出22条寡核苷酸探针用于制备基因芯片。克隆于质粒上的黄热病病毒全长基因经限制性显示技术完成扩增并标记,杂交清洗后对芯片进行扫描和数据分析。结果大部分黄热病病毒寡核苷酸探针检测出阳性信号,阴性对照和空白对照检出阴性信号。结论基因芯片技术为黄热病病毒检测提供了一种早期、快速、可靠的方法。     

痘苗病毒寡核苷酸检测芯片的设计及研制

目的对痘苗病毒进行寡核苷酸检测芯片的初步研究,为建立寡核苷酸芯片检测该类病毒提供初步研究依据。方法根据痘苗病毒特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。在病毒感染的不同阶段提取病毒样品DNA及阴性样品DNA,采用限制性显示技术标记,标记样品与芯片杂交后,用Agilent芯片扫描仪检测杂交结果。结果芯片与病毒样品杂交有较强的杂交信号,而与阴性样品杂交除阳性探针外均无信号。结论病毒样品与阴性样品杂交信号区别明显,在病毒感染的各个时段也都有明显的杂交信号,反映了寡核苷酸芯片具有较高的特异性和灵敏度。     

痘苗病毒寡核苷酸检测芯片的设计及研制

目的 对痘苗病毒进行寡核苷酸检测芯片的初步研究，为建立寡核苷酸芯片检测该类病毒提供初步研究依据。方法 根据痘苗病毒特异基因设计寡核苷酸探针，人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。在病毒感染的不同阶段提取病毒样品DNA及阴性样品DNA，采用限制性显示技术标记，标记样品与芯片杂交后，用Agilent芯片扫描仪检测杂交结果。结果 芯片与病毒样品杂交有较强的杂交信号，而与阴性样品杂交除阳性探针外均无信号。结论 病毒样品与阴性样品杂交信号区别明显，在病毒感染的各个时段也都有明显的杂交信号，反映了寡核苷酸芯片具有较高的特异性和灵敏度。     

纳米金标记法在HIV检测中的应用

目的 制备金纳米颗粒人类获得性免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)基因探针,研究其在检测HIV中的应用.方法 采用枸橼酸还原金氯酸法制备Au纳米颗粒.Au纳米颗粒通过Au-S共价键与烷烃硫醇修饰的寡核苷酸结合制备检测探针.检测探针通过与靶序列在液相中杂交,形成Au纳米颗粒聚集体,采用电镜观察结果.结果 制备的Au纳米颗粒粒径为(12±5)nm,分散良好,在520nm有最大吸收峰,经寡核苷酸修饰后,最大吸收峰改变为524 nm.液相杂交后采用电镜观察可检测低至1 fmol/L的合成靶序列.结论 Au纳米颗粒HIV cDNA基因探针,通过液相杂交技术检测HIV cDNA,可以缩短检测窗口期,做到早期诊断和预防.     

乙型脑炎病毒与黄热病病毒联合诊断基因芯片的初步实验研究

目的制备乙型脑炎病毒（JEV）与黄热病病毒（YFV）联合诊断基因芯片。方法基于早期实验室研究挑选出28条寡核苷酸探针制备检测芯片。克隆于质粒上的乙型脑炎病毒和黄热病病毒基因片段用于检测探针特异性，经限制性显示技术扩增并标记，与芯片杂交后完成扫描和数据分析。结果JEV、YFV探针与相应的荧光标记样本杂交后，均能检测出阳性荧光信号，而空白对照则检出阴性信号。结论基因芯片技术为病毒检测提供了一种早期、可靠的方法，具有应用于多病毒临床鉴别诊断的前景。     

利用寡核苷酸膜芯片检测SARS病毒

目的：建立寡核苷酸膜芯片技术检测SARS病毒。方法：以SARS冠状病毒RNA聚合酶基因(P基因)作为目的基因．参考WHO公布的特异性引物序列,将SARSRNA进行P基因克隆。以地高辛标记的引物,扩增质粒DNA,在P基因上设计11条寡核苷酸探针,点于尼龙膜,制备膜芯片,与地高辛标记的PCR产物杂交显色。结果：以此特异性引物成功地扩增出了440bp的基因片段;以T载体成功的克隆了此基因;克隆的P基因为靶序列,与膜芯片杂交显示,能与probe1,probe2,probe4,probe6,probe8,probe96条正义链特异性探针稳定杂交,其中Drobe1,probe4,probe9杂交效果最好,作为最后选择的探针。结论：膜芯片技术能快速敏感地鉴定出标本中的SARS病毒RNA。     

利用寡核苷酸芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的:开发快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB寡核苷酸突变的基因芯片。方法:根据结核杆菌rpoB基因序列设计探针和引物并制备基因芯片,从临床痰标本中提取结核菌的基因组DNA,PCR扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上的特异性寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果:22株临床痰标本有18株可用寡核苷酸芯片检测出来,正确率可达82%;患者痰液中少量DNA足够进行芯片检测,无须细菌培养。结论:利用寡核苷酸芯片检测结核菌对利福平的耐药性具有较高的准确性和敏感性,可以应用于临床耐药性诊断。     

HIV基因芯片的初步研究

目的：建立HIV基因检测芯片的分析技术，方法：分离HIV 1U26942基因限制性显示片段作探针，应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片，然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交，以分析限制性显示基因片段的杂交动力学，经杂交后清洗和干燥，扫描芯片进行检测。结果：对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论：建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

HIV基因芯片的初步研究

目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

应用70 mer Oligo基因芯片从限制性cDNA片段中钓取目的基因

目的 探讨采用单一探针寡核苷酸阵列从经限制性显示方法制备的cDNA片段中钓取目的基因片段的方法。方法酵母经常规培养,抽提mRNA逆转录成cDNA后,经限制性显示技术制备成限制性cDNA片段,根据目的基因SSA1设计70mer特异性oligo片段并打印成为寡核苷酸阵列。采用荧光标记的通用引物对上述经限制性显示技术获得的限制性cDNA片段进行标记,与oligo阵列杂交,洗脱,扫描。然后进行杂交后剥除,收集剥除液,采用限制性通用引物扩增,产物克隆于PUC18T载体中,并转化至JM109大肠杆菌中培养,抽提质粒,进行测序鉴定。结果 测序结果BLAST同源性比较表明,用该方法成功的克隆出了目的基因片段。结论 采用70mer寡核苷酸芯片可以直接从限制性显示方法处理的cDNA片段中钓取目的基因,而无需构建cDNA文库。另外,本方法也可用于oligo芯片的杂交后对有表达差异的基因的获取及研究中。